Теоретические основы использования компьютерных программ в биологии (стр. 3 из 7)

0

0

i) Центр маски перемещается от пикселя к пикселю (где возможно), начиная с верхнего левого угла.

(ii) Применяется оператор преобразования в каждой позиции (x, y) для

получения соответствующего значения G.

(iii) Маска перемещается на следующую позицию.

Сейчас рассмотрим значимость возможного положения маски. Предположим, что используем маску 3x3. Тогда мы не сможем поместить центр маски в левый верхний угол (0, 0), так как позиции (x-1, y-1), (x-1, y), (x-1, y+1), (x, y-1) будут недоступны для операций (вследствие выхода за границы изображения). Таким образом, начинать необходимо с позиции (1, 1). Таким образом, не будут обработаны все значения в первом столбце, первом ряду, последнем столбце и последнем ряду. Например, для маски 5x5, недоступными для обработки окажутся два первых и два последних столбца, два первых и два последних ряда. Таким образом, происходит обработка только доступной части изображения, как это было рассмотрено выше.

Пример: маска, используемая для резкости это:

(1) Низкочастотные фильтры – применение низкочастотных фильтров не изменяет низкочастотные участки изображения, но заметно подавляет высокие частоты.

(2) Высокочастотные фильтры – эффект, обратный низкочастотным фильтрам.

Работа с файлами изображений

Изображения хранятся и распознаются компьютером в виде файлов. Можно получить и записать изображение, открыть существующее изображение с диска, сохранить обработанное изображение и создать новый бланк изображения определенных пользователем размеров.

Изображения хранятся в любом из поддерживаемых BioVision форматов: BMP, JPG, TIFF, PNG, GIF, PSD.

Каждое открытое изображение располагается в отдельном окне.

Загрузка изображений с диска

Используйте команду ОТКРЫТЬ (Open…) для загрузки изображения с диска. Программа BioVision поддерживает несколько графических форматов. Список этих форматов перечислен в выпадающем меню типов файлов, в котором нужно выбрать необходимый. Также нужно выбрать полный путь к открываемому файлу. Когда вы открываете изображение, то оно располагается в отдельном окне и активизируется. Можно открывать несколько изображений в одной рабочей среде. При возникновении проблем с загрузкой файлов изображений, записанных в других программах в неизвестном Вам формате, перезапишите эти файлы в любом из стандартных форматов. Для этого можно воспользоваться такими программами, как PhotoShop, Corel Draw и т.д.

Меню файл (File)

Полный список Меню Файл (File) появляется при открытом изображении. Без открытого файла с изображением это меню будет значительно короче.

Новый (New…)

По этой команде создается новое пустое окно определенных размеров и класса. Изображение может быть помещено в него по команде Вставка (Insert).

Открыть (Open…)

Команда загружает изображение из существующего файла. Также используется для быстрого просмотра изображения. Нужно выбрать полный путь к открываемому файлу. Когда вы открываете изображение, то оно располагается в отдельном окне и активизируется. Можно открывать несколько изображений в одной рабочей среде.

База изображений (Image Database…)

Команда загружает вспомогательную программу базы данных изображений. Также используется для быстрого просмотра изображений и связанных с ними таблиц и графиков.

Галерея изображений (Image Gallery)

Команда загружает серию изображений в окне справа. Команда загружает серию изображений в окне справа. Также используется для быстрого просмотра и выбора существующих изображений. Для включения функции необходимо поставить галочку рядом с пунктом Imag Gallery (Ctrl+G). Для просмотра изображений можно перемещать линейку справа. Для выключения Галереи изображений нужно щелкнуть по кнопке Закрыть на панели галереи.

Рис. 4. Галерея изображений

Сохранить изображение (Save Image)

Активное открытое изображение будет заменено с последними изменениями. Сохранить изображение как (Save Image As…) Окно списка содержит доступные файлы и каталоги. Новый файл можно сохранить под новым именем, а если нужно – то и в новом формате и в новом месте. Обновить (Refresh). Выберите эту команду, чтобы отменить все предыдущие операции и вернуть изначальные размеры и свойства изображения. Закрыть (Close), закрывает активное открытое изображение. Закрыть все (Close All) Закрывает все открытые окна с изображениями. Множество копий (Multiple Copies) Создание нескольких копий изображения с возможностью изменения размера. Послать письмо (Send Mail) Посылка активного изображения по электронной почте. Свойства изображения (Image Properties) Доступные характеристики:

1. Размещение (Path).

2. Формат изображения (Extension).

3. Измерения: ширина (Width), высота (Height), глубина цвета (Bits per pixel), количество кадров (Planes).

4. Размер изображения в байтах (No. of bytes). В этом меню также может быть измененмаршрут изображения (Path). Печать (Print) Позволяет напечатать текущее изображение или отчет. Предварительный просмотр печати (Print Preview) Открывает окно для предварительного просмотра изображения перед печатью.

Установки принтера (Print Setup) Позволяет задать или изменить установки печати подключенного принтера.

Выход (Exit) Осуществляет выход из программы.

Примечание: В самом низу меню Файл (File) будет список из 4 последних открытых файлов для быстрого доступа к ним.

Меню Захват изображений (Capture.)

Старт захвата изображений (Start Capture)

Ввод изображения. Если на Вашем компьютере не установлено никакого устройства для ввода, окно выбора устройства ввода будет пустое. В этом случае нужно выйти из программы и подключить нужное устройство ввода, т.е. подключить камеру, установить необходимые драйверы, и затем выбрать ее в качестве источника изображений (Video Source) в программе BioVision.

Меню Правка (Edit)

Отменить/Повторить (Undo/Redo)

Используйте команду ОТМЕНИТЬ (Undo) для отмены последних действий (до пяти последних операций). Эти операции также включают в себя Горизонтальное/ Вертикальное отражение (Flip), Увеличение / Уменьшение, Вращение и Изменение Размеров. Быстрый вызов по Ctrl+Z / Ctrl+Y. Если после применения операции изображение было сохранено, то отмена этой операции будет неосуществима. Это не применимо к автоматическим методикам: Измерения, Подсчет, Сегментация, Размер Частиц, Пористость, Зернистость, Толщина Покрытия, Декарбюризация (Обезуглероживание), Включения и т.п.

Вырезать (Cut) Используйте команду Вырезать (Cut) для вырезания части изображения и копирования его в буфер. Затем эту копию можно вставить в другое изображение (Paste) или сохранить как новый файл ( Paste as new Image).

Копировать (Copy) Специальный инструмент Выбора позволяет пользователю вставлять и копировать объекты изображения, переносить их на другое изображение. Используйте клавиши курсора для перемещения линии во всех четырех направлениях. Линия будет двигаться пиксель за пикселем при нажатии клавиши перемещения. Также доступен масштабируемый просмотр для более точного перемещения. Как только линия достигает стартовой точки – нажмите Копировать (Copy), и создать новое изображение или открыть уже имеющееся, в которое нужно вставить скопированный фрагмент. Нажав Вставить (Paste) с помощью мыши можно перенести вставленный объект в нужное место на изображении.

Инструмент выделения (Selection Tools)

Используйте этот инструмент для выделения объектов. Доступны четыре инструмента выделения: прямоугольник (Rectangular), эллипс (Ellipse), свободное выделение (Irregular) и с помощью клавиш курсора (By Keys) для осуществления Вырезания (Cut)/ Копирования (Copy)/ Вставки (Paste). Вставить как новое изображение (Paste as new Image) Используйте эту команду для создания нового изображения из скопированного или вырезанного изображения. Вставить как новое изображение (Paste as new Image).

Используйте эту команду для создания нового изображения из скопированного или вырезанного изображения.

Меню Просмотр (View)

Показать/Спрятать панель инструментов или строку статуса

Чтобы показать панель инструментов (Tool Bar) или строку статуса (Status Bar), выберите название панели инструментов, нажмите на нем и рядом появится галочка. Чтобы спрятать панель инструментов, снимите в списке галочку 􀀻 рядом с интересующей панелью.

Инструменты (Tools) Используйте эту команду для вызова панели дополнительных инструментов в окне. С помощью этих инструментов можно определить положение определенной точки на изображении 􀃉, нанести линию нужной толщины 􀀇, стереть нанесенные пометки с изображения с помощью «резинки», нанести прямоугольник 1 или круг 􀁣, нанести текст А, вставить стрелку, определить цвет, растянуть/сжать изображение, масштабировать изображение, повернуть изображение вертикально ↕ или горизонтально ↔, сбросить все нанесенные пометки и изменения 􀁔. Некоторые из этих инструментов дублируются на панели инструментов (Tool Bar). Уменьшить (Zoom out)

Используйте эту команду для последовательного двукратного уменьшения изображения в окне.

Увеличить (Zoom in) Используйте эту команду для последовательного двукратного увеличения изображения в окне.

Сетка (Grid) Накладывается на изображение для подсчета процентного отношения выбранной части ко всему изображению. Обычно используется для изображений, которые тяжело анализировать с помощью модуля Фазовый Анализ/Сегментация вследствие невозможности разделения по яркости и монохромным оттенкам. Доступны сетки 5x5, 10x10, 100x100 линий. Чтобы убрать сетку, нажмите Отменить или выберите Remove Grid (Убрать сетку) в блоке управления размером сетки.

Гистограмма (Histogram) Гистограмма показывает, какие особенности яркости/контраста присутствуют на изображении. Изображение с низким контрастом будет иметь гистограммы, сконцентрированные около ограниченного участка цветовой плоскости изображения. Изображение в оттенках серого будет иметь гистограмму с отмеренными градациями серого (0–255) по оси X. 24-битное цветное изображение имеет гистограммы отдельно для каждого канала – Красного (Red), Зеленого (Green), Синего (Blue).