Большие надежды правительство возлагало на прокладку южно-сибирской магистрали, которая должна была «теснее связать нашу сибирскую окраину с мировым рынком, дать южным киргизским степям, богатым хлебом, скотом, золотом, медью, и каменным углем возможность сбыта этих богатств». По замыслу Столыпина и Кривошеина, дорога должна была пройти от Уральска через степь на Семипалатинск, а затем на Барнаул и соединиться с транссибирской магистралью в Новониколаевске или даже в Агинске. Отдельные участки дороги, совпавшие с Турксибом были построены уже при советской власти, но в целом этот проект не был осуществлен. В это время правительство вело строительство Амурской железной дороги. Столыпин провел ее проект через Думу и Государственный совет, несмотря на противодействие многочисленных оппонентов. Столыпин говорил, что «Амурская дорога имеет главной задачей накрепко приковать к России ее Дальний Восток». Строительные работы закончились в 1916г.
По ходатайству Иркутского, Тюменского и Курганского биржевых комитетов вопрос о сибирском земстве был поставлен в Думе уже после смерти Столыпина. Но думский законопроект о сибирском земстве, принятый в 1912г. был отвегнут Государственным комитетом. В 1917г. в гораздо более сложной обстановке. Временное правительство ввело земства в Сибири. Несмотря на короткий срок своего существования (1917-1920), земства проявили себя с хорошей стороны.
Второе междудумье не было использовано Столыпиным для проведения новых указов по 87й статье. Правительство занималось добиванием революционного движения, преследовало демократические и леволиберальные партии и организации, оппозиционные газеты и журналы.
Третья Дума, избранная по новому закону и собравшаяся 1 ноября 1907г. разительно отличалась от двух предыдущих. Трудовики, прежде задававшие тон, теперь были представлены крошечной организацией в 14 человек. Сильно сократилось число социал-демократов и кадетов. Зато октябристы, поддержавшие военно-полевые суды и третье июньский переворот, составили самую значительную фракцию. Они блокировались с умеренно-правыми и националистами, которые в последствии объединились во фракцию националистов. Блок октябристов и националистов действовал до конца полномочий третьей Думы.
Существо политики Столыпина в период после окончания революции составляло лавирование между интересами помещиков и царской монархии, с одной стороны, и задачами капиталистического развития страны с другой. Эта политика получила название бонапартистской.
До третьеиюньского переворота Столыпин говорил: «сначала успокоение, а затем реформы». После 3 июня 1907г. в революционном движении наступило временное затишье. И Столыпин изменил свою формулу. В одном из интервью 1909г. он заявил: «Дайте государству 20 лет покоя, внутреннего и внешнего, и вы не узнаете нынешней России». Это не означало, что Столыпин отложил свои преобразования на 20 лет. Это говорило о том, что он понял, каких неимоверных усилий они требуют в условиях наступившего «покоя», но не осознал или не хотел признать, что он поступил опрометчиво, добившись подавления революции ранее проведения всех остальных реформ.
Все более обострялись отношения Столыпина с крайне правыми, черносотенными организациями. В свое время правительство способствовало их зарождению, тайно субсидировало их деятельность, стараясь их руками вести борьбу с революционным движением. Но черносотенцы оказались неблагодарными детьми. Своим верховным вождем они считали царя, а на правительство смотрели как на «средостение» между царем и народом, считая народом, прежде всего самих себя. Столыпин их не устраивал тем, что не был антисемитом и водил дружбу с октябристами, которых они подозревали в конституционализме. Склонные к шумной диалогии правые радикалы поносили Столыпина и его правительство, мало стесняясь в выражениях. Столыпин же должен был действовать против них крайне осторожно.
Центральное место в черносотенном движении занимал шумный и разношерстный «Союз русского народа», возглавлявшийся А.И. Дубровиным. В 1907г. секретарь Главного совета «союза» В.П. Соколов опубликовал брошюру «Страшная правда», посвященную деятельности Столыпина. В 1910г. в результате длительных усилий, премьеру удалось организовать переворот внутри «союза». Дубровин был исключен из Главного совета, организацию возглавил известный думский деятель Н.Е. Марков, к нему же примкнул Соколов. Новое руководство перестало требовать ликвидации Думы, приглушилась и критика правительства.
Дубровин однако, не сдался. Лишившись казенной поддержки, он перешел на содержание купчихи Е.А. Полубояриновой, основал 2й «Союз русского народа» и начал усиленно рассылать залежанные экземпляры «Страшной правды». Газета «Русское знамя» по-прежнему находилась в его руках, продолжала крикливую кампанию против Столыпина.
В эти годы много досады доставлял Столыпину его старый друг саратовский епископ Гермоген. Он стал решительным противником аграрной реформы, видя в ней угрозу патриархальным отношениям в деревне и не желая замечать их неуклонное и необратимое распадение. Вскоре Гермоген обрел помощника в лице иеромонаха Илиодора. Особое значение Илиодор придавал «массовым паломничествам», в которых видел «спасение России». Предводительствуемые Илиодором шумные толпы по пути в Саратов прошли через многие поволжские города. При их появлении разбегалось все живое.
В это время в Петербурге светские и духовные власти совещались, каким образом вновь упрятать Илиодора в монастырь. Не придумав ничего лучше, они решили, что несколько духовных лиц, по назначению архиерея, удалят его из подворья и передадут властям, после чего он в отдельном вагоне будет отправлен в Тульскую епархию. Но император, ссылаясь на просьбу «царицынского народа» оставил его на месте.
Не прошло и года, как курс илиодоровских акций катастрофически пал. Гермоген и Илиодор поссорились с бывшим другом и покровителем Григорием Распутиным и вскоре были сосланы. Гермоген в Жировский монастырь, а Илиодор во Флорищеву пустынь.
В 1909г. в отношениях между Николаем II и Столыпиным произошел перелом. «Правые « Государственного совета подняли скандал, доказывая, что Дума и Столыпин вторгаются в военную область, которая по закону в исключительной компетенции царя. Это звучало тем более убедительно, что одновременно с этим протекал Боснийский кризис, в разрешении которого Столыпин принимал активное участие, пытаясь не допустить войны.
При дворе в те годы набирал силу Г.Е. Распутин. Докладывая царю о его похождениях, Столыпин давал понять, что в обществе начинаются толки и пересуды, а потому с Распутиным лучше расстаться.
Положение Столыпина совсем пошатнулось, когда от него стало отходить поместное дворянство. Камнем преткновения в отношениях с дворянством стали проекты местных реформ.
Столыпин намеревался перестроить всю систему местного управления – от сельского до губернского, - притом на бессословных началах. На месте бывшей волости предполагалось создать нечто вроде мелкой земской единицы. Если раньше помещик был над мужиком, то теперь Столыпин хотел их усадить рядом в волостном правлении. Расходы по содержанию волостного хозяйства должны были лечь на все сословия. Губернский проект преследовал цель оторвать губернаторов от двора и всецело подчинить их Совету министров и МВД.
Комплекс этих реформ, призванных упорядочить местное управление в России, очистить его от старославянских наслоений имел едва ли не большее значение чем аграрная реформа.
Стараясь договориться с дворянством, Столыпин задержал представление в Думу некоторых проектов. В осеннюю сессию 1908г. совет начал рассмотрение законопроекта об уездной реформе – сначала в специальной комиссии. Она приняла поправку о том, что в уездном совете должен председательствовать предводитель дворянства, а не уездный начальник. Эта поправка фактически разрушила весь проект.
2 декабря законопроект был поставлен на общее собрание Совета по делам местного хозяйства. На этот раз председательское кресло занял Столыпин, предложивший обсудить, прежде всего, вопрос, кто должен возглавить уездный совет. Он указал на то, что комиссия «наносит сильный удар всему построению проекта».
В Государственном совете Столыпин мог твердо рассчитывать лишь на небольшую группу, состоявшую из близких ему людей и возглавлявшуюся А.Б. Нейдгардтом. В просторечии эту группу называли «партией муравьев». Другие правые и центристские группировки постепенно выходили из-под ее контроля. Среди открытых врагов был П.Н. Дурново, предшественник Столыпина на посту министра внутренних дел. Председатель Государственного совета Н.Г. Акимов был среди тех, кто, по словам Крыжановского, исподтишка «гадил» Столыпину. Бывая у императора, он говорил, что начинания Столыпина и его заигрывания с Думой «до добра не доведут».
Учитывая настроения дворян и происки врагов, Столыпин понимал, что наибольшее сопротивление в верхней палате встретит местная реформа. Поэтому в целях создания прецедента, был задуман обходной маневр. В консервативных кругах в это время значительное распространение получили идеи национализма. Большую роль отдал им и Столыпин. В духе идей национализма был построен законопроект о введении земства в западных губерниях. В свое время Столыпин был против земских выборов на западной окраине. Теперь, поскольку думские выборы там уже проводились, он счел возможным провести и земские, но только в 6ти губерниях - Минской, Витебской, Могилевской, Киевской, Волынской, Подольской. Столыпин заявил, что новое земство должно быть «национально русским». С этой целью избирательные съезды были распределены на национальные курии. Это означало, что крупные помещики в новом земстве окажутся в меньшинстве. Кроме того, в отличие от действующих земских учреждений, новое земство было бессословным. Во время обсуждения в Думе был вдвое понижен имущественный ценз. В итоге получился странный национально-либеральный мутант, на который в Государственном совете с негодованием набросились и либералы, и реакционеры из лагеря Дурново, и помещики. Сподвижник П.Н. Дурново В.Ф. Трепов нашел возможность переговорить с Николаем II и объявил, что царь не настаивает на этом законопроекте. Столыпин же ничего не знал о ведущейся против него интриге. 4 марта 1911г. в его присутствии Государственный совет отклонил статью о национальных курьях. Удар был нанесен в самое сердце законопроекта. Теперь оставалось восстановить прежний ценз, и новое земство становилось таким же помещичьим, как и старое. Сразу же после голосования Столыпин подал в отставку. Царь ответил неопределенностью.