Коли стали відомими позиція окупантів щодо української державності і наміри варшавського митрополита та громадсько-церковного проводу Волині, група православних ієрархів Західної України на чолі з архієпископом Олексієм розпочала боротьбу проти українізації церкви. Ці єпископи, більшість з яких були росіянами або здобули духовну освіту в російських навчальних закладах, виступали проти вживання української мови при богослужіннях. Архієпископ Олексій, незважаючи на те, що до 1939 р. був ревним поборником українського православ'я, на даний момент кардинально змінив свої погляди.
18 серпня 1941 р. в Почаївській Лаврі архієпископи Олексій та Симон, єпископи Пантелеймон та Веніамін провели "Обласний Собор єпископів православної церкви на Україні". Основною проблемою, яка розглядалася на ньому, було встановлення канонічного положення православної церкви в Україні в ситуації, що склалася. Єпископи дійшли висновку, що найкращим рішенням буде повернення до постанови Московського Собору 1917 р., на якому православна церква в Україні визнана автономною. Адже в 1940 р. єпископи автокефальної церкви в Західній Україні перейшли в юрисдикцію Московської патріархії.
Постанова Собору єпископів в Почаєві від 18 серпня 1941 р. містила такі пункти: 1. До помісного Собору православної церкви в Україні в складі ієрархів, духовенства, мирян вважати українську церкву і її ієрархію в канонічній залежності від церкви російської; 2. Повернути українській церкві права автономії та автономного управління; 3. Надати старшому із наявних ієрархів православної церкви на Україні архієпископу Олексію стосовно правила 34 апостолів права обласного митрополита; 4. Вважати екзархат в Західній Україні як такий, що припинив своє існування, а екзарха митрополита Николая, що покинув свій екзархат, єпархію Волинську і священноархімандритство в Почаївській Лаврі в час великої небезпеки, втратившим свої уповноваження як по екзархаті, так і по єпархії та Лаврі".
Рішення Почаївського Собору підтримали єпископи Антоній та Да-маскин. Ієрархи не знали, що 15 липня 1941 р. місцеблюститель патріаршого престолу РПЦ митрополит Сергій призначив Миколая митрополитом Київським та Галицьким і екзархом всієї України. Новопризначений екзарх весь період окупації перебував по той бік фронту.
Ініціатор скликання Собору архієпископ Олексій пояснював свої дії тим, що з падінням Польщі втрачено всі передумови існування автокефальної церкви. Хоча, очевидно, в прийнятті рішення провести Почаївський Собор певну роль відіграли і розрахунки архієпископа зайняти московський патріарший престол у тому разі, якщо б фашистська Німеччина остаточно розгромила Радянський Союз і ворожі війська вступили б у Москву. Деякою мірою це підтверджує і дещо поспішне надання сану митрополита Олексієві.
Неканонічним було рішення Собору про ліквідацію екзархату в Західній Україні, встановленого Московською патріархією. При цьому ставка робилася на підтримку віруючих. Але подальший розвиток подій показав, що дії автономістів схвалює в основному русифіковане населення міст. Більшість українців мріяли мати незалежну національну церкву. Слід зазначити, що ці події були важливими для православних віруючих саме Західної України. В Східній Україні церковно-релігійна ситуація розвивалася інакше.
Два ієрархи православної церкви в Західній Україні — архієпископи Полікарп та Олександр відмовилися прибути на Собор і не підтримали його рішення. Вони (особливо Полікарп) вважали, що український народ повинен мати свою автокефальну православну церкву, а юрисдикція автокефальної православної церкви в Польщі має поширюватися на всю Україну.
Таким чином, наприкінці літа 1941 р. в окупованій Україні відбувся розкол православної церкви. Формувалися дві церкви, ієрархи яких по-різному оцінювали перспективи православ'я в Україні. Обидві церкви вважали себе канонічними, а супротивну — неканонічною. Між ними поступово розгорталася полеміка, що надалі набувала різних форм протистояння — захоплення храмів, перепідпорядкування парафій, священиків, використання окупаційної влади для подолання супротивника тощо.
Тим часом в Україні відроджується релігійне життя. Майже в кожному селі громада пристосовувала для богослужінь уцілілі храми, які за радянської влади використовувались як колгоспні комори чи сільбуди. В тих селах, де храми були повністю зруйновані, з цією метою використовувалися громадські будівлі. В містах під церкви пристосовували кінотеатри, палаци піонерів, клуби, їдальні, школи. У таких приміщеннях надбудовували куполи, встановлювали іконостаси.
Комуністичні методи боротьби з релігією призвели до того, що у повітах залишалося лише по 3—4 храми, а в багатьох — їх не було зовсім. Внаслідок цього, наприклад, у с. Ольшани Харківської області, під церкву селяни пристосували колишню стайню. Уповноважені ініціативних комісій та парафіяльних рад стали збирати кошти населення на церковні потреби. Так, у Миргороді на ці кошти була відбудована Успенська соборна церква, в якій за радянської влади зруйновано іконостас і куполи, а приміщення використовували як склад. Парафія Сміли Київської області також на власні кошти відновила напівзруйновану церкву. У Вінниці в Покровській церкві (колишня Казанська), переобладнаній за радянської влади під кінотеатр, на кошти віруючих був відновлений іконостас. В с. Котельва (Харківщина), де до революції діяли шість церков, віруючі відбудували "напівзруйнований храм Всіх Святих (інші п'ять Церков були знищені повністю). Так звані "кухольні збори" проводилися майже повсюди. В тому ж с. Ольшани "...старики з хрестами й спеціальними кухлями обходили жителів, збираючи пожертви на побудову церкви".
В с. Петриківка Дніпропетровської області селяни зібрали кошти, за які зробили проект нової церкви на місці зруйнованої радянським режимом. Парафіяльна рада цього села в грудні 1941 р. надіслала листа в єпархіальну раду, в якому, зокрема, зазначала: "Українська Православна Церква, віра Христова не є приватною справою кожного, як дехто думає, вона є справою громади, всього українського народу, то є наш спільний релігійно-національний ідеал". У відозві Немирівської церковної ради на Вшничині від 16 вересня 1941 р. до населення м. Немирова і околиць про пожертви на відбудову Свято-Покровського храму підкреслювалося: "Будуючи Українську Православну Церкву, нам не треба шукати зразків у чужих церквах, зокрема, в Московській, ми маємо багаті приклади і традиції в минулому нашої рідної Церкви і на них треба взоруватися".
Поступово, з налагодженням релігійно-церковного життя на місцях, формуються організаційні основи автокефальної церкви в окупованій Україні. Так, 29 вересня 1941 р. ініціативна група віруючих колишньої Української автокефальної православної церкви провела в Києві організаційні збори, на яких було ухвалено рішення про відновлення всеукраїнської православної церковної ради (ВПЦР). А вже 10 жовтня 1941 р. в Андріївській церкві вперше після багатьох років богослужіння проводилися українською мовою. При сприянні бургомістра Києва Багазія (він виділив автомобілі, пальне, надав перепустки) до Варшави вирушила депутація представників автокефальної церкви від ВПЦР. Там вона зустрілася з митрополитом автокефальної православної церкви в Польщі Дионісієм і провела з ним переговори про майбутній устрій УАПЦ в Україні. Митрополит благословив діяльність ВПЦР. 17 жовтня 1941 р. всі церковно-православні течії, які виникли внаслідок організаційної невизначеності, на урочистих зборах ВПЦР в Києві об'єднались.
Незабаром були створені церковні ради у восьми обласних центрах, які встановили тісні контакти з ВПЦР у Києві. Незважаючи на значні транспортні труднощі, представники церковних рад взаємодіяли між собою. Наприклад, два члени Полтавської єпархіальної церковної ради ходили пішки до Кіровограда, а члени церковного проводу м. Охтирки — до Харкова . Один із сучасних дослідників зауважував: "...Вище духовенство було виключене із спонтанного процесу відродження православ'я в Україні, за винятком Волинської і Поліської єпархій...".
Якщо процес організації церковно-релігійного життя в Західній та Правобережній Україні очолили церковні ієрархи та патріотично настроєні місцеві активісти, то на сході України, в Харкові, його стимулювала українська цивільна адміністрація.
В міській управі Харкова діяв релігійний відділ, у роботі якого брав активну участь досвідчений фахівець у справах церковно-православного будівництва В. Потієнко. Саме він очолював у 20-х роках ВПЦР УА Василя Липківського. Спочатку відділ видав розпорядження про реєстрацію всіх служителів культу. Крім перепису священиків, релігійний відділ провів облік та обслідування храмів у Харкові та на його околицях для виявлення серед них придатних для богослужінь. Під впливом В. Потієнка його колеги дбали про відновлення автокефальної церкви, українізацію православ'я. Це знаходило вияв у зовнішньому оформленні відкритих церков і підтримці священиків, які дотримувалися позицій автокефалізму українського православ'я.
Невдовзі до релігійного відділу прийшов митрополит Феофіл Булдовський, колишній лідер Всеукраїнського братства автокефальних церков, і запропонував свої послуги. Його зареєстрували як "митрополита всієї України". На пропозицію відділу Феофіл почав створювати єпархіальне управління в Харкові. Діяв він самостійно, незважаючи на певний тиск В. Потієнка та представника західноукраїнського православного духовенства. На першій богослужбі в Гольбергівській церкві він відмовився поминати В. Липківського як митрополита всієї України.
Феофіл представляв в українському православ'ї течію, яка прагнула створити канонічним шляхом незалежну українську православну церкву. Короткий термін існування Всеукраїнського братства автокефальних церков, потім великий терор завадили втіленню в життя цієї ідеї. Ставши до пастирської служби наприкінці 1941 p., митрополит продовжував дотримуватися попередніх переконань. Це стало причиною непорозумінь, які виникали між ним і православними активістами в Харкові, що були прибічниками неканонічної УАПЦ В. Липківського.