Церковне життя в Києві кінця 1941 - початку 1942 pp. відзначалося конфронтацією автономного єпископа Пантелеймона (Рудика) з Всеукраїнською православною церковною радою (ВПЦР). Непримиренне ставлення єпископа Пантелеймона до УАПЦ відразу після його прибуття до Києва переросло у відкриту ворожнечу, внаслідок якої 11 лютого 1942 р. німецька окупаційна влада розпустила ВПЦР, конфіскувала її майно, а голову П. Рибачука згодом заарештувала.
Як свідчить протокол засідання ВПЦР від 20 грудня 1941 p., головним питанням, яке на ньому обговорювалося, було "визначення погляду єпископа Пантелеймона на його ставлення до Української автокефальної православної церкви".
На цьому засіданні констатувалося, що "Церковна рада УАПЦ не якийсь заново утворений церковний орган, а є єдиний і найвищий керуючий орган церкви, обраний на Всеукраїнському православному церковному соборі ще у 1927 p., який мусив припинити свою роботу і ліквідуватися за вимогою і терором більшовицької влади". Церковна рада відновила свою діяльність на засадах канонів і статуту, затверджених Всеукраїнським православним церковним собором у 1921 р.Зазначалося, що після довгорічного найлютішого нищення святих храмів і священнодіячів більшовицькою владою..., не лишилося жодної української парафії, за винятком декількох так званих церковнослов'янських, по суті русифікаторських". З усього складу священнодіячів УАПЦ (2 митрополити, 36 єпископів та більше 3000 священиків) лишилося в живих і поки що зареєстровано лише близько 200 священиків.
У таємних німецьких доповідях поліції безпеки та СД члени ВПЦР кваліфікувались як "націонал-українські екстремісти" і "національні екстремісти", які "створили виконавчий орган для політичних цілей". Оскільки "націоналістична тенденція" її діяльності аж ніяк не влаштовувала окупантів, то за ВПЦР відразу було встановлено суворий нагляд.
Один з цих членів - особистий секретар єпископа Пантелеймона, протоієрей М.Івасков - регулярно писав відповідні доповідні записки начальнику особового складу при о бер бургомістрі м.Києва доктору Боссу. В них містилася інформація та документи, які підтверджували написане, різні звинувачення на адресу Церковної ради УАПЦ та її діячів. «Форматер не тільки переконував німців, що "єпископ Пантелеймон не може згодитися з національною і політичною роботою... церковної ради", а й стверджував: автономний владика (Пантелеймон)"впевнився також, що замучений більшовиками народ не бажає і не хоче більше ніякої політики". Аза те, що "геніальний вождь великого геройського народу та його побідоносна армія дали українському народу можливість відпочити", він буде вдячним "культурному і благородному народу і завжди буде молити Бога про дарування рішучої перемоги німецькому світлу над іудейсько-більшовицькою темрявою".
У доповіді начальника поліції безпеки і СД м. Києва про становище в Київському генеральному окрузі за лютий 1942 р. зазначалося, що "нове загострення відносин між православними напрямками" було викликане появою двох нових єпископів, "висвячених Полікарпом і посланих до Києва". У ній містився детальний аналіз звинувачень, якими обмінювалися противники. Єпископ Пантелеймон звинувачував Українську автокефальну православну церкву в тому, що вона "служить, начебто, лише інтересам українських сепаратистів" і перетворює "церкву в знаряддя політичної пропаганди". Одночасно, як зазначалось у доповіді, "націоналісти намагаються дискредитувати Пантелеймона", звинувачуючи його в тому, що він "працює на НКВС", є москвофілом і панславістом і "користується для цього кожним зручним випадком. З доповіді видно, що німців не залишали байдужими ці політичні закиди, але вони фіксували: "...наскільки ці звинувачення дійсно відповідають істині, "не можна" до цього часу повною мірою перевірити", й поки "неможливо було достовірно встановити, чи дійсно єпископ Пантелеймон є і нині знаряддям НКВС". Вони вважали "цікавим" те, що противники "використовують як Пантелеймона, так і Олексія", звинувачуваних у симпатіях до Москви, тоді, "коли їм потрібно, а саме для того, щоб усунути нових конкурентів".
Втручання владних структур у діяльність церков помітно посилилося влітку 1942 р. Було заборонено відправляти богослужіння в релігійні свята, які припадали на будень. Часто заборонялися й недільні богослужіння. У разі невиконання цих вимог людей розганяли, а церкви замикали.
Особливих обмежень та утисків з боку представників влади зазнавали ієрархи і парафіяльне духовенство УАПЦ. Саме таким було їхнє ставлення до єпископів цієї церкви Никанората Ігоря, коли вони прибули до Києва. Неласка німців була пов'язана з тим, що єпископи розпочали організацію церковно-релігійного життя у всеукраїнському масштабі. За перші три місяці своєї діяльності вони висвятили 103-х священиків. Нові автокефальні парафії почали виникати в усіх українських землях. До Києва звідусіль посилалися делегації з проханням взяти їх під свою опіку, висвятити нових священиків.
Німецькі донесення про події на окупованих землях, таємні інструкції А.Розенберга рейхскомісару України Е.Коху щодо релігійних справ за 1942 р. рясніють вимогами "заборонити церквам і сектам займатися політикою й робити публічні заяви". Дозволити існування релігійних громад, але за умови, що вони не займатимуться політикою".
Якщо у вересні 1941 р. у німецькому таємному циркулярі зазначалося, що "Українська автокефальна церква, так само, як і конфесійні об'єднання, дозволена з тим, що вони не займатимуться політикою, то вже 4 лютого 1942 р. начальник поліції безпеки та СД у донесенні про події в СРСР твердив, що "ще одним інструментом української національної політики є Українська автокефальна церква".
Виконуючи вказівки А.Розенберґа про сприяння антиросійським настроям в Україні, німецькі окупаційні служби певний час підтримували автокефальний рух. Коли ж він виявив ознаки самодостатності й некерованості, то німці більше прихильності почали виявляти Автономній православній церкві.
11 квітня 1942 р. у вузькому колі наближених А. Гітлер виклав своє бачення перспектив релігійної політики, яке зводилося до наступних позицій: насильницьке дроблення церков, примусова зміна характеру вірувань населення окупованих районів, заборона "влаштування об'єднаних церков для скільки-небудь значних російських територій". "Нашим інтересам, - зазначав Гітлер, - відповідало б таке становище, за якого б кожне село мало б власну секту, де розвивалися б свої особливі уявлення про Бога. Навіть якщо у цьому випадку в окремих селах виникнуть шаманські культи, подібні до негритянських чи американо-індіанських, то ми могли б це тільки вітати, оскільки це лише збільшило б кількість факторів, які дробили б російський простір на малі одиниці". 8 травня 1942 р. під час наради А.Гітлера з М.Борманом та А.Розенбергом відзначалося, що на зайнятих східних землях "самі по собі" виникають значні релігійні об'єднання, які потрібно використовувати та контролювати. Тоді ж було вирішено не видавати закону про релігійну свободу, а доручити рейхекомісарам "Остланда" й "України" здійснити від свого імені заходи з віротерпимості. Фюрер підкреслив, що "...після війни він вдасться до відповідних заходів проти церкви. Він вірить, що своїм авторитетом зможе зробити те, що іншим пізніше важко буде здійснити. На виконання цих рішень 13 травня 1942 р. А.Розенберг дав письмові вказівки рейхскомісарам реалізувати відповідні заходи, спрямовані на обмеження діяльності релігійних організацій. Основні їх положення зводилися до 4-х пунктів:
"1. Релігійним групам категорично заборонялося займатися політикою. 2. Релігійні групи мали бути розділеними за національними та територіальними ознаками. При цьому національна ознака повинна була особливо суворо дотримуватися при підборі керівництва релігійними групами. Територіальне ж релігійні об'єднання не повинні були виходити за кордони генерал-округу, тобто приблизно, якщо це стосувалося Православної церкви, то за межі однієї єпархії. 3.Релігійні спільноти не повинні були заважати діяльності окупаційних властей. 4.Особлива пересторога рекомендувалася щодо Російської православної церкви як такої, що є носієм ворожої Німеччині російської національної ідеї".
За цією інструкцією, структура церкви у рейхскомісаріаті "Україна" мала відповідати території генеральних округів. У кожному такому округу, а всього їх було шість, мала існувати окрема церковна одиниця, очолювана єпископом або іноді двома єпископами від різних церков. Виконуючи інструкцію А.Розенберґа, заступник рейхскомісара Коха Дар Гель своїм розпорядженням від 9 червня 1942 р. обмежив структуру обох церков до одиниць, які відповідали території окремих генеральних округів. Ієрархію православних церков про це рішення було повідомлено 1 жовтня 1942 р.
Згідно з цим розпорядженням, митрополит Полікарп не визнавався главою Української автокефальної православної церкви, а митрополит Олексій -Автономної православної церкви. Вони були поставлені на один рівень з іншими єпископами. Кожен православний єпископ ставав особисто відповідальним за свої дії перед генеральним комісаром округа. Розпускалися синоди православних церков, а генеральні комісари отримували право поставляти й усувати єпископів. Висвячення в сан священиків повністю залежало від дозволу генеральних комісарів. У цій інструкції Даргеля суворо вимагалося: "...Відтепер треба дотримувати рівноваги позицій обох церков. З цієї причини треба у відповідний спосіб протистояти будь-якому об'єднанню". Розпорядження рейхскомісара України "Про правні відношення релігійних організацій" від 1 червня 1942 p., яким формально оголошувалася свобода релігії та релігійних інституцій, насправді виявилося документом, що заперечував їх дійсну свободу. Зміст розпорядження віддзеркалив основні принципи ставлення німецьких окупаційних структур до релігійних організацій. Усі релігійні інституції зобов'язувалися: у 3-місячний термін пройти відповідну реєстрацію (§ 1), заснування нових релігійних товариств могло відбуватися лише з дозволу рейхскомісара (§ 2), склад їх правлінь ставився в залежність від політичної лояльності до існуючої влади кожного його потенційного члена (§ 3), релігійні громади зобов'язувалися обмежити свою діяльність виключно релігійною сферою (§ 3). Друга позиція § 5 декларувала: "Рейхскомісар може розв'язати (розпустити)релігійне товариство, якщо його діяльність не обмежується до виконування релігійних завдань або загрожує публічному порядкові і безпеці". Цілком зрозуміло, що, згідно з цим розпорядженням, релігійне життя в Україні потрапляло в цілковиту залежність від вищих чиновників окупаційної влади.