У вересні 1947 р. відбулася Нарада комуністичних партій Болгарії, Німеччини, Угорщини, Польщі, Румунії, Італії, Франції, Чехословачини, Югославії і СРСР у Польщі, на якому було створене Інформаційне бюро (Коминформ), і пролунала констатація розпаду світу на два табори "імперіалістичний" і "антиімперіалістичний". Чехословацькі комуністи підсилюють боротьбу за згортання зв'язків із Заходом і обмеження впливу "правих" у країні. У центрі боротьби в цей час було введення податку на мільйонерів. Спочатку ця пропозиція комуністів бути відхилено, але потім, коли його підтримали соціал-демократи, воно було прийнято урядом. Восени 1947 р. відбувся розкол серед соціал-демократів. У листопаду з посади голови пішов З. Фирлингер, його місце зайняв Б. Лаушман, що вийшов з уряду, однак, це мимоволі привело до посилення прокоммунистических соціал-демократів в уряді. Тієї ж восени виникла і ліва опозиція усередині національних соціалістів57.
Кульмінацією політичного протистояння з'явилася урядова криза лютого 1948 р., коли 12 з 26 міністрів подали у відставку, розраховуючи на зміну кабінету. Бенеш спочатку обіцяв не приймати їхньої відставки. Що змусило президента змінити своє рішення: острах громадянської війни в країні, усвідомлення незначності шансів на успіх, тому що реальної сили за ним не було, а може бути нездужання, відсутність сил пручатися, зв'язані із серйозною хворобою президента?58 Імовірно, усі ці фактори зіграли свою роль. Бенеш підписав демиссию міністрів і дав згоду на збереження уряду Готвальда в обновленому складі. У дні лютневої кризи в Празі була присутня делегація польських соціалістів, що схилила чехословацьких соціал-демократів підтримати КПЧ. Деякі дослідники вважають, що це був один з основних факторів, що вирішили кризу на користь комуністів59.Як би те ні була криза закінчився комуністичним переворотом.
10 березня 1948 р. Готвальд оголосив програму нового уряду. Почалися чищення держапарату від опозиційних комуністам діячів. Чищення пройшли навіть у профспілкових і молодіжних організаціях. Був затверджений закон про вилучення і розділ земельних угідь понад 50 га, націоналізувалися промислові підприємства з числом робітників понад 50 чоловік. У травні Національні збори схвалили нову Конституцію ЧСР, у якій законодавчо закріплювалися підсумки комуністичного перевороту. Бенеш розцінив її як недемократичну, відмовився підписати і прийняв рішення про відхід у відставку60.Під натиском Готвальда він погодився, що офіційною причиною його відставки буде оголошений слабкий стан здоров'я. Через кілька місяців Бенеша не стало.
Ідеї Э. Бенеша про післявоєнний розвиток Чехословачини її були реалізовані. Президент поставив перед собою задачу балансування між Заходом і Сходом, але в нових умовах "холодної війни, що почалася," воно стало нереальним. Співробітництво з комуністами й опора в зовнішній політиці на СРСР привели до посилення впливу КПЧ у суспільстві. Природні симпатії населення до Радянського Союзу як визволителю країни від фашизму були використані комуністами для пропаганди радянської моделі розвитку. СРСР, прагнучи зберегти Чехословаччину в сфері свого впливу як західний форпост "східного блоку", не шкодував засобів на матеріальну й ідеологічну підтримку чехословацьких комуністів, нерідко зневажаючи своїми економічними інтересами на користь політичних амбіцій.
Спочатку після війни радянські партійно-урядові лідери не скупилися на декларації про невтручання у внутрішню політику Чехословачини, визнанні її прав на самостійний народно-демократичний шлях розвитку. Це підтримувало ілюзії Бенеша про можливість проведення самостійної внутрішньополітичної лінії. Однак потім, починаючи з 1946 р., СРСР підсилює тиск на чехословацьких політиків, включаючи і комуністів, змушуючи їх зрештою відмовитися від власних представлень про післявоєнний розвиток. Ці дії не носили "однобічний" характер: чехословацькі комуністи прагнули до влади і заради її готові були жертвувати незалежною політикою країни і приймати диктат Москви. Політичні діячі інших напрямків, у тому числі і Бенеш, також нерідко виявляли готовність використовувати радянський вплив для рішення своїх проблем (установлення границь, виселення німців і угорців, економічної допомоги), тим самим ставлячи країну в залежне положення,що із всією очевидністю проявилося в липні 1947 р. у зв'язку з відношенням до плану Маршалла.
Політичні супротивники комуністів занадто пізно усвідомили необхідність об'єднання. До того ж Бенеш відкрито не виступив на стороні опозиції (навіть під час лютневих подій). Кілька років назад були опубліковані спогади колишнього радянського розвідника П.А.Судоплатова61,у який говорилося про контакти Бенеша з агентурою НКВД і про вплив цього відомства на нього ( у тому числі і під час лютневої кризи). Чеські і російські історики, задаючи питанням, що це - викриття, що шокує, чи вимисел відома дезінформація, - не могли однозначно відповісти на це питання. Той факт, що Бенеш був "джерелом", надавав керівництву СРСР визначену інформацію до війни і під час її, є цілком достовірним, але Судоплатов не приводить ніяких інших (крім особистих) свідчень "роботи" чехословацького президента на радянську розвідку.
Після війни Бенеш був уже серйозно хворий. Під час лютневих подій, за свідченням Я. Чорного, він був змушений прийняти відставку міністрів, про яку заздалегідь нічого не знав і яку вважав помилкою, побоюючись початку громадянської війни62.Але після лютневого перевороту і відставки Бенеша готувався його від'їзд в еміграцію, що стало би початком "третього опору". Погіршення стану здоров'я президента перешкодило цьому.
Представлення Бенеша про можливість третього шляху до соціалізму ( розуміпо-своєму) дотепер повною мірою не були утілені в жодній країні, тому важко судити про їхню життєздатність. Можна лише сказати, що в умовах післявоєнної Чехословачини, незалежно від теоретичних прорахунків і політичних помилок Бенеша, його ідеї не могли бути реалізовані в силу сформованих політичних реалій. У цьому і складалася трагедія Бенеша як політика і державного діяча.