Гостиный двор также сооружение историческое, возникшее со времени основания города. Постройка его - высокие каменные стены - соответствовала условиям прежней торговли, когда киргизам и вообще азиатам запрещалось останавливаться в городе. Гостиный двор предназначался для зимней торговли, а меновой двор - для летней. Памятником прежней постройки гостиного двора в настоящее время остается только южная его стена, прочие же стены перестроены в торговые магазины, выходящие на три улицы: Николаевскую, Гостинодворскую и Введенскую. Длина гостиного двора -100 сажен, ширина немногим меньше.
В гостиный двор со всех четырех сторон ведут четверо ворот, из коих над западными возвышается старинная башня. Внутри гостиного двора
имеется 68 торговых помещений, - кладовых и лавок, где производится незначительная торговля среднеазиатскими товарами; главным же образом гостиный двор служит ныне складом товаров.
От прежних построек гостиного двора сохранилось еще небольшое каменное здание таможни среди двора, служащее ныне помещением городского ломбарда.
Город (крепость) представлял овальную форму многоугольника об 11 полигонах, 10 бастионах и 2-х полубастионах. В город вели четверо ворот: на восточной стороне находились Орские ворота, на западной Чернореченские и Уральские (тогда Яицкие), последние назывались также Водяными, на северной стороне были Сакмарские ворота. Город окружен был валом. Снаружи вал был облицован плитным камнем. По линии бастионов, от Орских до Чернореченских ворот, стояли во входящих углах крепостные пушки на лафетах. Ворота охранялись часовыми и запирались в ночное время. Близ ворот были устроены кордегардии, то есть караульные дома. Город за валом был обнесен рвом и снабжен достаточным к обороне гарнизоном. Вал имел в окружности 5 верст 192 сажени; высота его равнялась на ровных местах 12 футам, на высоких менее, а на низких более 12 футов, глубина рва - 12, а ширина - 35 футов. Длина города равнялась 677 саженям, а ширина - 570. За валом в восточной стороне была застроена казачья слобода (нынешний Форштадт).
Для обеспечения безопасного проезда в Оренбург И. К. Кирилов в 1736 г. основал первые небольшие крепости по Яику: Губерлинскую (современное с. Губерля), Озерную (современное с. Верхнеозерное), Бердскую (на месте современного Оренбурга), Камыш-Самарскую (современное с. Татищево). Тогда же он заложил крепости по р. Самаре: Сорочинскую (современный г. Сорочинск), Тоцкую (современное с. Тоцкое), Бузулукскую (современный г. Бузулук). Дорога, проложенная вдоль крепостей, расположенных по р. Самаре к г. Самаре и дальше в Центр России, получила название Московской дороги.
Центр во многом сохранил без изменений старинную планировку, которая сама по себе уникальна и является памятником русского градостроения по регулярным принципам. План построен на двух взаимно перпендикулярных осях с центральной площадью на их пересечении, часть которой сейчас застроена, а другую занимает Ленинский сад. На этих осях был построен почти опиравшийся на овал крепости прямоугольник, улицы которого имели рокадное значение. Остальная уличная сеть спланирована так, что улиц, пересекающих весь город как с севера на юг, так и с запада на восток, оказывается мало. Такой прием способствовал бы усилению обороноспособности крепости на случай прорыва в город. Большинство улиц не доходило до центра и главных осевых улиц. Когда составлялся проект, такие улицы вместе с их геометрическим положением понималась как одна, и название соответственно давалось одно.
Есть разные версии о наименовании города. По мнению П.И.Рычкова, слово Оренбург образовано от названия реки Орь, которая впадает в Урал в трехстах километрах от нынешнего расположения города. Там стоит другой город - Орск, который первоначально Анна Иоанновна и повелела обозначить Оренбургом. Этот факт помогает точнее понять глубину намерений государственной власти относительно восточного форпоста империи. Действительно, почему неудачной крепости на Ори не было оставлено название, дарованное царицей, а новому городу не дано другое имя?
Замечено, что города с окончанием на "бург" занимают на карте России особое положение - они являются географическими, административными, экономическими центрами (например, Петербург, Екатеринбург). Участь сия была уготована и Оренбургу, и поэтому никак нельзя было оставить красивое и звучное имя второстепенной крепости ("burg" в переводе с немецкого ничто иное как крепость, замок). Ее назвали Орском. Обозначение же Ори в имени столицы края было сохранено, хотя эта невеликая речка довольно далека от Оренбурга - по тем временам до нее надо было добираться неделю.
Краевед В.В.Дорофеев дает свою версию происхождения названия города. Он учитывает значительное влияние иностранцев в годы царствования Анны Иоанновны. "Ohren" по-немецки означает "уши": "крепость-уши". Скорее всего, оба предположения верны: получив имя от реки, название затем приобрело и второй смысл.
Край кочевников все больше населялся людьми из исконно российских районов. Одновременно с Оренбургом строили десятки укреплений, населенных пунктов. Сначала их заселяли солдатами, рассчитывая, что те займутся хлебопашеством и начнут кормить себя. Однако этого не произошло: армейский уклад не располагал к ведению хозяйства, ибо много ли надо военному человеку, не обремененному семьей. Тогда и стали создавать Оренбургское казачье войско. Оно было нерегулярным, вело оседлый образ жизни, занималось хлебопашеством, справляло службу по месту жительства, а во время войны шло воевать. Самарские, алексеевские, уфимские и исетские казаки образовали костяк Оренбургского войска. Указом от 11 февраля 1736 года было разрешено зачислять в казаки беглых людей. На степные земли переселялись крепостные крестьяне. Менялся национальный и сословный состав: образовалось казачье войско, появились крепостные крестьяне и заводские люди, которых называли работными. Однако в Оренбурге мастеровых людей было не так уж много. Основное население занималось торговлей, значительную часть составляло чиновничество и купечество. Город все больше приобретал очертания центра губернии. Год от года он превращался во все более мощный источник власти и денег. Власть простиралась все дальше и дальше, а деньги все больше концентрировались в руках немногих людей. Это вызывало протест у населения: то там, то здесь возникали бунты. Особенно дерзко вели себя башкиры, во второй половине XVIII века стали нередки массовые возмущения казаков. Среди них было много староверов. В войско поступил указ: направить на регулярную службу более трехсот казаков, и чтобы при командире находился цирюльник. Брить бороды означало отказ от старой веры. Казаки забушевали. Для их усмирения прибыл генерал-майор Траубенберг.
Бунт предшествовал появлению войска Емельяна Пугачева (октябрь 1773 года). Недовольство казаков действиями местной администрации привело к тому, что многие из них весьма благожелательно отнеслись к Пугачеву. "В Берде Пугачев был любим, - отмечает А.С.Пушкин. - Его казаки никого не обижали. Когда прибежал он из Татищевой, то велел разбить бочки вина, стоявшие у его избы, дабы драки не учинилось. Вино хлынуло по улице рекою..." О популярности Пугачева среди простого народа говорит и то, что даже после его поимки казацкие дети долгое время играли "в пугачевщину".
Однако в Оренбург Пугачев так и не вошел. Город был хорошо укреплен. Крепость имела 10 бастионов и 2 полубастиона. Оградой служил земляной вал с каменной "одеждой", который опоясывался рвом глубиной 12 футов (более 3,5 метра), шириной - 35 футов. Со стороны Яика крепость оставалась несомкнутой, потому что берег достигал местами высоты 30 метров. К осаде в городе хорошо подготовились, сделав необходимые запасы провианта и боеприпасов. Перед самым подходом пугачевцев по приказу губернатора сожгли Георгиевскую (Калмыцкую) слободу, находившуюся с восточной стороны вплотную к крепостному валу, дабы повстанцы не смогли укрепиться вблизи фортификационных сооружений.
Сначала пугачевцы разбили лагерь на лугах в пойме Яика, затем перенесли его в низину к югу от Бердской слободы. С наступлением холодов большинство из них переселилось в Берду (так в пушкинские времена называли Берды). Пугачевцы близко подступали к городу. Самое крупное сражение разыгралось 13 (24) января 1774 года, когда войска гарнизона предприняли последнюю попытку деблокировать город и потерпели поражение. Взять Оренбург повстанцам оказалось не по силам потому, что они не умели брать артиллерийских крепостей. Сам предводитель скомпрометировал себя разбоем, грабежами, жестокими расправами.
Всерьез обеспокоенная крестьянскими волнениями Екатерина II распорядилась послать на подавление восстания генерал-поручика А. В. Суворова, только что одержавшего блестящую победу над турками. Он добрался до Уральска, но Пугачев уже был пойман казаками и выдан властям. И Суворову ничего не оставалось, как препроводить Пугачева в клетке (в пути ее заменили на кандалы) до Симбирска. За участие в этой операции Суворов был награжден золотой шпагой.
Подводя итоги периода становления Оренбурга, необходимо отдать должное первому и одному из выдающихся губернаторов Оренбурга Ивану Ивановичу Неплюеву. По выражению историка В. О. Ключевского – "это один из даровитейших сотрудников Петра. При нем открылся в Оренбурге крупный торг, он устроил на территории края медеплавильные и железоделательные заводы". Город строился по плану, который при Неплюеве и создавался.