Риба, що свіжозаснула, швидко піддається псуванню, тому після вилову її необхідно якнайскоріше охолодити.
Багато риби, що здобувається, зберігається в цілому вигляді, але значна кількість перед зберіганням піддається деякій обробці: миттю, потрошінню, филітируванню. Миття знижує чисельність мікробів на рибі, оскільки при цьому віддаляється багатий бактеріями слиз. Потрошіння риби пов'язане з розтином кишечника, що може привести до обсіменіння риби гнильними бактеріями, тому після потрошіння рибу ретельно промивають. Збільшується обсеменність риби і при її обробленні (у вигляді філе) із-за інфікування ззовні (з рук працівників, з інвентаря, з повітря). Щоб зберегти рибу в охолодженому стані, іноді користуються льодом, який за вмістом мікроорганізмів повинен відповідати санітарним вимогам, що пред'являються до питної води.
Свіжа охолоджена риба - продукт короткочасного зберігання (декілька днів) навіть при температурі біля 0˚С. При цьому дрібна риба псується швидше великою. Псування наступає тим швидше, чим вище температура зберігання і чим більше на рибі містилося бактерій. За даними Кастелла, свіжа тріска при 3 °С зберігається 5 діб, при Про °С - 8 діб. Рибне філе з первинною обсеменністью бактерій 102 на 1 г продукту зберігалося при 3,3 °С 12 днів, а з обсеменністью 105 - 4 дні (Р.Л. Носькова).
На охолодженій рибі психротрофні бактерії в першу чергу починають розмножуватися на поверхні і зябрах, звідти потім проникають в тіло. У тканинах тіла риби бактерії розмножуються менш інтенсивно.
Розвиток мікроорганізмів супроводжується значними змінами хімічного складу м'яса риби. Розвиваються гнильні процеси, характер яких істотно не відрізняється від описаних для м'яса забійних тварин. Зазнає зміни і жир. Крім ліполізу, деякі бактерії, володіючи ферментом ліпоксигеназою, викликають окислювальне псування жиру.
Головними збудниками псування охолодженої риби є бактерії роду Pseudomonas. Викликаючи гнильні процеси, вони утворюють значні кількості летючих з'єднань, зокрема триметиламін - речовину, що обумовлює появу специфічного неприємного запаху, який характерний для риби, що псується. Псевдомонади не тільки швидше за інших бактерій розмножуються, але і володіють вищою біохімічною активністю по відношенню до білкових речовин і жиру. До моменту псування охолодженої риби псевдомонади складають основну масу (до 80-90%) її мікрофлори. Найбільш активними з них є Pseudomonas putrifaciens, P. fragi, P. fluorescens - продуценти сірководня, аміаку і триметиламина.
У псуванні охолодженої риби беруть також участь, хоча і в значно меншому ступені, бактерії родів Alcaligenes, Flavobacterium, Micrococcus.
Все велика віддаленість районів промислу спричиняє за собою подовження термінів доставки риби в порти. Для поліпшення постачання населення свіжій охолодженою рибою - високоцінним, але швидкопсувним продуктом живлення знаходять додаткові до холоду прийоми обробки свіжій риби, що затримують розвиток в ній мікроорганізмів.
Пропонується вводити в лід, використовуваний для зберігання риби, антисептики і антибіотики. Зберігання риби, наприклад, в біоміциновому льоду збільшує термін її зберігання на декілька днів. Довше зберігається охолоджена риба в газонепроникній упаковці з полімерних плівок. Дефіцит кисню, що створюється в упаковці, і вуглекислий газ, що накопичується, несприятливі для аеробних бактерій - головних збудників псування. Упаковка, крім того, оберігає рибу від додаткового інфікування мікробами ззовні.
Хороший ефект як додаткова до холоду засобу консервація дає зберігання в атмосфері азоту. По даним А.М. Піськарева, зберігання салаки при 0 °С у атмосфері, що містить 98% азоту, на декілька діб перевищує термін зберігання риби при тій же температурі в звичайній (повітрям) атмосфері.
Довше зберігається охолоджена свіжа риба і в модифікованій атмосфері з високим (60-80%) вмістом вуглекислого газу.
Ефективна, як і для сирого м'яса, радуризація свіжої риби. Встановлено (Е.Н. Дутова, М.М. Гофтарш, А.І. Кдрдашев і ін), що радіаційна обробка γ-випромінюваннями в дозі 0,2-0,4 Мрад викликає загибель головних збудників псування риби - псевдомонад. Зберігаються переважно мікрококи, молочночнокислі і деякі коринеформні бактерії, що володіють меншою біохімічною активністю і порівняно невисокою швидкістю розмноження при низьких позитивних температурах. У зв'язку з цим термін зберігання опроміненою свіжій риби при 0-2 °С без помітної зміни органолептичних властивостей значно збільшується. Так, свіжа камбала, опромінена дозою 0,5 Мрад, зберігається при 2 °С протягом 22-24 днів, а неопромінена - 3-4 днів. Філе тріски, опромінене дозою 0,25 Мрад, зберігається 30 діб, а неопромінене - 7-9 днів.
Для тривалішого збереження рибу заморожують або піддають іншим способам консервації: засолу, копченню, маринуванню, в'яленню.
Заморожена риба може тривало (місяцями) зберігатися без мікробіального псування при температурі не вище - 12, - 15 °С.
Хорошим захистом є покриття риби глазур'ю і зберігання при - 18 °С. Така температура виключає розвиток мікроорганізмів.
Індустріалізація і хладофикация рибного промислу дозволяють велику частину риби, що добувається, заморожувати безпосередньо на судах, що забезпечує краще збереження якості продукту.
В процесі заморожування багато мікроорганізмів, що містяться на рибі, гинуть, але деякі виживають. Одні з них в процесі подальшого зберігання поступово відмирають, інші тривало зберігаються життєздатними, при цьому мікробів зберігається тим більше, чим нижче температура зберігання. Так, в замороженому палтусові при температурі зберігання - 10 °С протягом 115 діб виживало близько 6% бактерій від тих, що залишилися після заморожування, при - 15 °С - близько 17, а при - 20 °С - 50% (Р.Л. Носькова).
Відносно впливу швидкості заморожування на виживаність мікроорганізмів єдиної думки не існує. Проте нерідко спостерігається, що при температурах, близьких до кріоскопічних, швидке заморожування продукту менш згубно для мікроорганізмів, чим повільне. Відомо, що температурні межі від - 1 до - 5, - 8 °С є найбільш несприятливими для мікроорганізмів, тому швидке проходження цієї зони при заморожуванні обумовлює краще збереження кліток.
Загибель мікроорганізмів при заморожуванні і в заморожених продуктах відбувається під впливом багатьох несприятливих для них чинників.
На замороженій рибі виявляють переважно різних мікрококів; паличкоподібні спороутворюючі і не створюючі суперечку бактерії, спори цвілі зустрічаються в невеликих кількостях.
При розморожуванні, особливо повільному, відбувається загибель деяких мікробів, але ті, що збереглися починають швидко розмножуватися. У зв'язку з цим розморожувати продукт слід безпосередньо перед використанням.
Посол - один із старих способів збереження риби. Консервуюча дія засолу обумовлена високою осмотичною активністю розчину солі і зниженням водної активності (аw) середовища. Куховарська сіль не тільки гальмує розмноження кліток, але і впливає на їх біохімічну активність. Встановлено (Е.Н. Дутова), що вміст солі до 4% стимулює протеолітичну активність мікрококів, при 6% вмісті соли активність знижується, а при 12% - така активність не виявляється. Аналогічний вплив солі і відносно активності відновлення бактеріями окислу триметиламіна в триметиламин.
В даний час практично виключений випуск в реалізацію крепкосоленої сирої риби. Засолу піддають головним чином ті види риб, які здатні при витримці в певних умовах дозрівати (оселедцеві, лососеві), тобто набувати специфічні смакові якості і м'якшу консистенцію в результаті біохімічних процесів перетворення білків і ліпідів, що відбуваються в рибі, під впливом її власних ферментів. Доспіла риба стає їстівною без додаткової кулінарної обробки. Деяка роль в процесах дозрівання належить і мікроорганізмам, що знаходяться в тузлуке і на рибі.
Недозріваючі види риб піддають засолу для збереження їх як напівфабрикат, використовуваний при виготовленні в'яленою, сушеною, копченою і інших видів рибної продукції.
Ступінь обсіменіння солоної риби мікробами коливається в широких межах (від сотень до сотень тисяч в 1 г) залежно від первинного їх вмісту па рибі, концентрації солі, температури і терміну зберігання. При будь-якому способі засолу риби відбуваються зміни кількісного і якісного складу її мікрофлори. Типові для свіжої риби психротрофные види Pseudomonas поступово відмирають або зберігаються в невеликій кількості в плазмолізованому стані. Переважаючими в солоній рибі і в тузлуках стають галофільні і солестійкі мікрококи; у меншій кількості виявляються спороносні палички; зустрічаються молочнокислі бактерії, дріжджі, спори цвілі, коринебактерії.
У солоної риби при зберіганні можуть з'являтися різні дефекти. Деякі з них обумовлені розвитком мікроорганізмів. Крім описаних вище червоних галофильних аеробних бактерій, що викликають "фуксин", - червоний слизистий наліт з неприємним запахом, псування солоної риби викликають солестійкі мікрококи, створюючі червоний пігмент, і галофільна коричнева цвіль, яка, як і збудники "фуксину", потрапляє з сіллю.
При поразці цвіллю на поверхні риби з'являються плями і смуги коричневого кольору. Цей дефект називається таким, що "ржавить". Коричнева цвіль при температурі нижче 5˚С не розвиваються.
Слабосолоний оселедець може піддаватися під впливом розвитку аеробних, холодо- і солестійких бактерій "омиленню". При цьому поверхня риби покривається брудненько-білим нальотом, що мажеться. Риба набуває неприємного смаку і гнильного запаху. У солоному оселедцеві можуть виживати і токсігенні бактерії: сальмонели, золотистий стафілокок, ботулинус.
Слабосолона рибна продукція з дрібної риби (кільки, салаки, хамси і ін), що випускається в герметично закритій тарі, - пресерви - крім невеликої кількості солі містить цукор і спеції. Пресерви не піддають тепловій обробці; для оберігання від псування в них вводять антисептик - бензойнокислий натрій (0,1%). Добрі результати замість нього або у поєднанні з ним дають сорбінова кислота і антибіотик низин. Процес просолення і дозрівання ведуть протягом 1,5-3 міс. при температурі від - 5 до 2°С. Деякий консервуючий ефект забезпечує і куховарська сіль.