Виникненню кожного твору Леонардо передувало тривале збирання матеріалу, створення великої кількості начерків. У Британському музеї, в галереї Уффіці, у Луврі зберігаються малюнки, що їх спеціалісти вважають підготовчими до «Мадонни Бенуа». Потім наставав тривалий процес написання картини, він завжди був пов'язаний з пошуками нових вирішень, постановкою сміливих проблем, тому виправлення під час роботи були природними. Вивчення «Мадонни Бенуа. в лабораторії Ермітажу показало, що спочатку голова немовляти була більша, рукав плаття Марії мав складнішу форму, локони обрамляли обличчя, затуляючи праве вухо. Картини народжувалися на світ повільно, тому що писати для Леонардо означало вивчати. «Живопис - це наука і законна дочка природи», - стверджує він в одному з записів. У процесі створення картини змінювався і мотив руху руки немовляти,- це засвідчують документи про переведення живопису з дерева на полотно. Цю операцію картина перенесла у 1824 році, в той час вона зберігалася у зібранні астраханського купця О. П. Сапожникова. Його дочка Марія Олександрівна, у заміжжі Бенуа, була власницею картини на початку ХХ століття. Тоді-то, у 1908-1909 роках, петербурзькі шанувальники мистецтв уперше побачили «Мадонну з квіткою» на виставці, організованій журналом «Стapыe годы». У 1914 році Ермітаж придбав картину, яку звичайно називають «Мадонна Бенуа» - за ім'ям останніх власників. Донедавна були заплутаними відомості про те, як потрапив маленький шедевр Леонардо до Сапожникова. За родинними переказами, картину куплено у мандрівних італійських музикантів. Однак родинну версію заперечують дані Державного архіву Астраханської області, де зберігається «Реєстр картин пана Олександра Петровича Сапожникова», опублікований 1976 року. В ньому подано такі відомості про картину: «Божа матір, яка тримає передвічне немовля на лівій руці. Спершу написана на дереві, але поверхню її переклав на полотно академік Коротков 1824 року. Вгорі з овалом. Майстер Леонардо да Вінчі ... З колекції генерала Корсакова» . За тривалий час від року створення, 1478-го, до згадки у «Реєстрі» доля картини невідома.
Близько 1480 року Леонардо дістав замовлення від монастиря Сан-Донато а Скопето поблизу Флоренції на вівтарну картину «Поклоніння волхвів». Багатофігурна композиція потребувала підготовчих штудій, ескізів. Один з перших начерків композиції зберігається в Луврі, на ній волхви, які прибули в далекий Віфлеєм, щоб піднести новонародженому дари, щільно оточили Мадонну. В картині художник обрав інше вирішення теми: юрба, що хвилюється й жестикулює, утворила півколо і перебуває на значній відстані від Марії, яка спокійно сидить з немовлям на колінах. Постаті Мадонни та трьох волхвів, які їй поклоняються, вписуються у врівноважену піраміду, і ця композиційна схема створює відчуття величної значущості того, що відбувається. В італійському живописі XV століття сюжет «Поклоніння волхвів» звичайно звучав як картина вceнародного свята. Леонардо, зберігши велику кількість персонажів, активно виділив смисловий центр - Богоматір з майбутнім рятівником світу, які піднесені над бурею людських пристрастей. Гармонія мислиться як наслідок рівноваги динамічних мотивів руху.
Кожна картина Леонардо ставала одкровенням для сучасників. Для автора творчий процес був завжди трудомістким, він забирав багато часу. Тривалість роботи здебільшого не задовольняла замовників, з якими у Леонардо часто виникали конфлікти: відомо, що ченці флорентійського монастиря Сан-Донато, не дочекавшись закінчення роботи майстра над вівтарним образом, змушені були звернутися до Філіппіно Ліппі.
Картину «Поклоніння волхвів» не було закінчено, вона залишилася в стадії підмальовку: зображення виконано в одному коричневому кольорі. Уже в перший флорентійський період клалася живописна манера Леонардо да Вінчі, нова для XV століття: художник відмовився від традиційної темпери (непрозорої фарби, сполучним елементом якої є яйце), він звернувся до олійного живопису і здобув з нової техніки ті можливості, які в ній були закладені, олійні фарби давали змогу старанно моделювати об'єм і писати прозорими шарами (лесуваннями). Спочатку Леонардо писав одним кольором (сірим або коричневим) різної світлосили, ліпив форму, вирішував композиційну побудову. Домігшись досконалого світлотіньового зображення, він наносив на нього тонкими шарами вохристі, сині, зелені фарби, крізь які просвічував підмальовок. Завдяки цьому світ картини набував переконливості, однак не було сухості й різкості, властивих живописові XV століття. (У стадії підмальовку лишилися два твори, виконані на рубежі 1470-1480-х років,- «Поклоніння волхвів» та «Святий Ієронім»).
У 1482 році Леонардо від'їжджає з Флоренції, залишивши незакінчене «Поклоніння волхвів».У родині Америго де Бенчі, - тут бачив картину в XVI столітті Джорджо Вазарі. Художник перебирається у Мілан. Тим же 1482 роком датовано його лист до Лодовіко Моро, правителя Мілана. У ньому Леонардо перераховує сфери діяльності, в яких він може бути корисним герцогові. Леонардо пропонує свої послуги і як скульптор, здатний виконати кінний монумент. Напевно, Лодовіко Моро шукав майстра, який міг би увічнити полководницький геній батька, Франческо Сфорца. Успішні війни були основою влади міланського герцога, тому його не могли не цікавити знання Леонардо да Вінчі в галузі інженерного мистецтва. У перший міланський період Леонардо створює численні рисунки, що зафіксували його військові винаходи.
З придворним життям Міланського герцогства пов'язаний портрет «Дама з гopнocтaєм»; традиційно його розглядають як зображення Чечілії Галлерані, коханої Лодовіко Моро. Обернуто ліворуч обличчя протистоїть зустрічному рухові тіла, руки гладять пухнасте, старанно виписане хутро звіреняти. У гербі Лодовіко Моро був зображений горностай; отже, його наявність на портреті символічна. Пластика руху розвернутої у просторі поста ті Чечілії та горностая, що граційно вигнувся, звучить як образне порівняння.
У 1483 році Леонардо да Вінчі та художники брати де Предіс одержали замовлення на виконання вівтаря для капели церкви Сан-Франческо Гранде в Мілані. Центральною частиною вівтарної композиції стала «Мадонна у гроті»; перший варіант її що нині зберігається у Луврі, ймовірно, почато ще у Флоренції.
У таємничому гроті, скелі якого прорізані розколинами й оживлені квітами ірису, чотири фігури утворюють об’ємну піраміду: Мадонна правою рукою обнімає уклінного Іоанна Хрестителя, лівою начебто благословляє та оберігає немовля Ісуса. Завершує групу ангел, що перстом вказує на Іоанна, його тіло обернуте у профіль, плечі ми бачимо зі спини, в той час як обличчя, мерехтливий погляд спрямовані до глядача. У картині, персонажі якої об'єднані мовою жестів, перехресних поглядів, панує гармонійний стрій глибоких почуттів. Замкненість цього прекрасного світу порушує тільки ангел: поглядом він концентрує нашу увагу, а жестом вводить у світ твору. Рухи постатей спокійні, пластичні, вони виражають внутрішню сутність образів. «Рухи мають бути вісником душі того, хто їх робить стверджує Леонардо да Вінчі у «Трактаті про живопис». Крізь розколини у грот падає розсіяне світло, і водночас потік світла падає на постаті зліва. Боротьба двох світлових хвиль викликає гру освітлених та затемнених планів, розчиняє контури зображення, через що все здається огорнутим серпанком. «Не роби м'язи різко окресленими, але нехай м'які світла непомітно переходять у приємні й чарівливі тіні; в цьому - умова привабливості і краси» писав майстер. Найтонша розробка світлотіньового ліплення, м'яке сфумато (у перекладі з італійської - серпанок) наділяє образи трепетом справжнього життя. В обличчі ангела немає жодної статичної деталі: тіні на обличчі рухливі, очі випромінюють м'який блиск, ніжна лінія рота створює враження усмішки, що от-от зародиться, хвилі волосся наче розвіює легкий ефір. Те, що було вперше проголошено у творах першого флорентійського періоду, - достовірність образів і водночас їх піднесена значущість, типові істини, які підносять творіння митця над повсякденністю, - знайшло повне втілення в «Мадонні у гроті». В картині панують простота, ясність, гармонія.
Існують рисунки, створені у процесі вивчення реальних вражень, вони лягли в основу поетичних образів картини: у Віндзорі зберігається «Штудія ріки, що протікає повз гори» - мотив, використаний у пейзажному тлі; в Туріні - «Штудія голови», підготовча для образу ангела. При порівнянні рисунків з картиною стає зрозуміло, що живописний твір є наслідком синтезу, він передає духовну сутність щоденної дійсності.
«Штудія голови» стилістично дуже близька до рисунка «Профіль голови», що зберігається. у Луврі. В ньому лінії музикальні, тіні легкі й прозорі, погляд з-під трепетливих повік зосереджений. Цей рисунок вважають начерком для «Мадонни Літта»із зібрання Ермітажу.
Глядач, що зупиняється перед цією картиною, відразу ж потрапляє у полон до образу - піднятого на п'єдестал ідеалу: досконалі пропорції обличчя Марії, та істинно прекрасним його робить самовіддане почуття материнської любові. Настрій гармонії духовного і фізичного начал виникає завдяки спокійній виразності співучих ліній: на тлі чорної ,стіни вимальовується чистий профіль, напівзаплющені очі створюють враження духовного споглядання заповітних думок, настроїв, губи ледь помітно усміхаються. Тіло немовляти, що лежить на руках матері, вписується в замкнений силует її постаті, але очі дитини дивляться на глядача, встановлюючи контакт з людиною, що споглядає картину. Леонардо звернувся до іконографічного типу «мадонна дель латте» (мадонна, що годує груддю), який веде походження від ранньохристиянського живопису. Однак стара іконографічна схема втілена в образ, близький і зрозумілий серцю сучасного глядача, завдяки реалістичній переконливості зображення, світлотіньовому моделюванню; що утверджує життя об'ємних тіл у просторі. Ідея материнства живе зримо, відчутно у виразній міміці персонажів, природній пластиці рухів.