Мадонну з немовлям півколом оточує натовп, що наблизився до Святого сімейства, щоб поклонитися йому. Тут представлена множина фізіономічних типів людей всіх віків; серед них і юні вершники. Навіть тварини, як це потім часто зустрічатиметься у Леонардо, здається розділяють людські відчуття. На задньому плані, з руїн палацу, чиї порожні сходи справляють враження ірреальних, виривається кортеж подорожніх і вершників. У правій частині композиції зображена кінна битва сенс якої залишається поки неясним. Два дерева в центрі – пальма і кам'яний дуб – служать осями, навколо яких закручується спіраль всієї композиції, як би вставленої зліва – між фігурою старика, і справа – фігурою хлопця (він указує на Мадонну з немовлям). На картині ми бачимо також коней, що бредуть без вершників, а що можливо символізує природу, ще не підпорядковану людині. А в глибині картини виникають звичайні для композицій Леонардо високі гірські вершини намічені лише ескізно, вони справляють величне враження.
Жодне з сучасних Леонардо джерел нічого не повідомляє про картину Святий Ієронім, що тепер зберігається в Музеях Ватикану, хоча сумнівів в атрибуції йому цієї роботи ніколи не виникало, оскільки стилістичні мотиви явно пов'язані з живописною манерою саме цього майстра. Окрім незавершеності, з Поклонінням Волхвів, її ріднить також формальна і структурна схожість, при очевидній відмінності змісту. Там – натовп охоплений жагою пізнання, занурену в містерію універсальної значущості, тут – самотній герой, чия особа висохла від посту і покаяння, але з запалих очних ямок обернений погляд, повний рішучості і волі. У Леонардо особи ніколи не виражають другорядних і невизначених відчуттів, вони утілюють глибокі пристрасті, що більш не трактували на кватрочентістській мові ліній. У зображенні голови святого позначається майстрове володіння Леонардо таємницями анатомії, яке, втім, сходить до традиції Флорентійського малюнка що простежується від Антоніо Поллайоло до Андреа дель Кастаньо і Доменіко Венеціано. Новим тут є синтез анатомічного досвіду і вивчення рухів. Фігура представлена уклінною, вона спрямована вперед, в той час як права рука протягнута убік, стискаючи камінь жестом, за яким послідують удари в груди. Фігура лева, що розтягнувся завершує спіраллю піраміду з фігурою святого. Ця композиційна схема починається з чіткого контура гір в глибині сцени, охоплює скелястий грот, місце самоти Ієроніма, і закінчується кривою, утворюваною спиною тварини. Така структурна побудова характерна для Леонардо, що відмовився від композицій, з їх симетричним розташуванням фігур і предметів і що поклав початок нової концепції співвідношення об'єктів і простору, де чинники атмосфери грають більшу роль, ніж геометричні мотиви. В більшості своїй історики мистецтва відносять цей твір до першого Флорентійського періоду творчості Леонардо, до його від'їзду до Мілану.
Таємна вечеря була замовлена Леонардо (можливо в 1494 році) домініканським монастирем Санта Марія делла Граціє. Фреска повинна була зайняти північну стіну трапезної монастиря. Леонардо віддав більше трьох років розробці цілої серії підготовчих ескізів, студій і малюнків. Над цим твором він працював з 1495 по 1498 рік.
Сюжет Вечері так само старий, як християнське мистецтво, але лише в монастирських розписах він переноситься в трапезні, або рефекторії, де звичайно знаходився настінний живопис великих розмірів. По-перше на підготовчих замальовках Леонардо, очевидно, прагнув дати традиційну схему композиції з Іудою-зрадником, що сидить з протилежної від Христа сторони столу, але вже із самого початку «в його концепції теми панує прагнення трактувати заяву про зраду як центральний драматичний мотив» (Хейденрайх). Отже, в леонардовському розумінні Таємної вечері переважаюче місце займає людський аспект драми, що здійснюється, а не сакральний і містичний момент власне встановлення таїнства Євхаристії, коли Христос, узявши хліб і чашу вина пропонує їх учням.
У остаточному варіанті композиції, Іуда сидить за столом поряд з Христом і апостолами. Тільки його поведінка виділяє його з числа інших персонажів композиції, що слухають слова Вчителя. Тоді як всі або схвильовано обернулися до Христа, або приголомшено обговорюють сенс сказаного ним, він відсовується від загальної драми, залишаючись наодинці під гнітом зради. Новизна втілення теми не обмежується нетрадиційним розташуванням учасників події, але розповсюджується також на їх характеристики. Вони розрізняються написами з відповідними іменами, але майстрово трактуються засобами живописного мови. Сцена містить в собі комплекс власне зорових натяків, які художник черпає з євангельської традиції і з агіографічної літератури (особлива роль інтер'єру в зображенні співтовариства апостолів; внутрішній зв'язок між фігурами; характер відношення кожного апостола до свого Вчителя і т.д.). Крім того, це новаторство ясно позначається в оригінальності живописної техніки, застосованої тут Леонардо. Вона дозволила художнику ускладнити колористичний лад композиції, передати атмосферу і те просторове оточення, в якому відбувається подія, з незрівняно тоншою майстерністю, ніж це властиве будь-якому творінню Раннього Ренесансу.
Цей шедевр став знаменитим відразу ж після завершення, і традиція заснована на декількох джерелах, повідомляє, що французький король Франциск і хотів вирізати всю стіну рефректорія з розписом, щоб відвезти її на батьківщину. Згідно іншому історичному факту; розпис зберігся неушкодженим під час бомбардування в 1943 році, коли бомбами були зруйновані стеля рефекторія і майже вся апсида церкви Санта Марія делле Граціє. Погане збереження композиції, що постійно викликало жаль з приводу того, що її не можна побачити в первинному стані, приписувалася історіографією мистецтва (Вазарі) техніці, використаній в ній Леонардо. Навпаки, недавні реставрації і уважніше читання джерел показують, що псування розпису відбулося від вологості стін рефекторія і всього інтер'єру церкви. Проте ідея, втілена художником, торжествує над перехідним, додаючи цій драмі справді універсального масштабу.
Виконаний вугіллям з пробілкой крейдою, цей картон нині знаходиться в Національній галереї в Лондоні, куди він поступив в 1966 році з Королівської Академії, де знаходився з 1791 року. У 1763 році він був придбаний у сім'ї Сагредо у Венеції братом англійського посла, що жив там, Роберта Адні. У відповідності з прийнятим дослідниками датуванням картону 1498 роком,виконання його доводиться на кінець міланського перебування Леонардо. Група задумана ним у вигляді єдиного блоку, але складові його фігури передають різні відчуття, що спричинило за собою суперечні інтерпретації твору Ланцюг емоцій відбитий безпосередньо в позах персонажів, що втілюють цілу гаму внутрішніх рухів.
Енергія Святої Ганни, сумна ніжність Марії, серйозність немовляти і благоговійна увага маленького Іоанна з'єднуються в компактній пірамідальної композиції. Жодна картина не повторює даний картон. Але додавши сюди фігуру Святого Йосипа, Бернардіно Луїні переробляє цей мотив в композицію Святе сімейство, що належить тепер Пінакотеке Амброзіана в Мілані.
З напівтемряви слабо виступає неспокійна фігура. Очеретяний хрест і звірина шкура, прикривають тіло, указують на те, що на картині зображений Іоанн Хреститель, або Передвісник. Звернений до неба вказівний палець його правої руки – ще один мотив, пов'язаний з іконографією цього святого, що прийшов в світ, щоб проповідувати покаяння, яке «розчистить шлях» прийдешньому явищу Месії. На обличчі, виділеному світлом, з гострим овалом, обрамлених каскадом кучерявого волосся, грає загадкова інтригуюча усмішка, яка не узгоджується з образом аскетичного пророка, що жив в пустелі і харчувався сараною і всякої дикою їжею.
Історія цього твору, що виявляє чи то манірність, чи то пошуку мови експресії, покрита таємницею. У джерелах воно не фігурує під назвою Іоанн Хреститель: Базарі говорить про «ангела» з медичейських колекцій, приписуючи його Леонардо, і в його описі ця картина дуже нагадує Іоанна Хрестителя. Що знаходилася близько ста років в Англії, вона потім перейшла у володіння французьких королів.
Цей твір був перероблений, можливо, самим майстром, а можливо, його учнями. Можна думати, що першою ідеєю художника було зобразити ангела, якщо тільки це узгоджується з дивною фігурою, що викликає у глядача швидше відчуття незручності, ніж захопленого подиву. У ній помітний той же дух іронії, що характерний для Джоконди проте тут відсутній пейзаж, на який могла б проектуватися ця іронія, відображаючи складніші зв'язки між людиною і природою. У силу цього Іоанн Хреститель справляє на глядача дивне, навіть двозначне враження. Тим часом, картина безумовно належить до круга робіт Леонардо, а по своєму задуму є однією з самих новаторських оскільки у фігурі Святого Іоанна майстер синтезував свої пошуки засобів вирази відчуттів і природи людини в цілому. Переобтяжений символікою і ілюзіями, цей образ, здається, існує на межі загадки і реальності. Доказом його дії на сучасників виступають численні копії і варіанти композиції, що збереглися до наших днів. Дослідники датують картину кінцем римського – початком французького періоду творчості Леонардо (1514-1516).
Отже, Леонардо да Вінчі у своїй творчості звертається переважно до біблійних сюжетів. В творчості митця вони набувають нового характеру та відображення.
До Леонардо да Вінчі, може більш, ніж до всіх інших діячів Відродження, підходить поняття universale. Цей незвичайний чоловік все знав і все вмів – все, що знав і вмів його час; крім того, він передбачав багато що, про що в його час ще навіть і не думали. Так, він обдумував конструкцію літального апарату і, як можна судити по його малюнках, дійшов ідеї гелікоптера. Леонардо був живописцем, скульптором, архітектором, письменником, музикантом, теоретиком мистецтва, військовим інженером, винахідником, математиком, анатомом і фізіологом ботаніком. Легше перерахувати ким він не був. Причому в наукових заняттях він залишався художником, так само як в мистецтві залишався мислителем і ученим.