16 января 2003 года в "Российской газете" появилась заметка, в которой говорилось, что показанный на канале НТВ фильм "Казахстанский транзит" нанес существенный ущерб интересам России и отношениям "Газпрома" с казахстанскими партнерами. Гендиректор "Газпром-медиа" Йордан был немедленно освобожден от должности в холдинге, его место занял Александр Дыбаль. Через несколько дней Иордан согласился покинуть и пост гендиректора НТВ. Его заменил заместитель начальника департамента по информационной политике "Газпрома" Николай Сенкевич, чьим начальником был Дыбаль.
С 2004 года "Газпром" намеревался развивать свою нефтяную "дочку", "Газпром нефть". В нее должны были попасть не только все нефтяные активы концерна, но и "Роснефть", которую концерн намеревался поглотить. О подготовке этой сделки новый премьер-министр РФ Михаил Фрадков доложил президенту Путину 14 сентября 2004 года. Предполагалось, что 100% акций "Роснефти" будут внесены во ФГУП, которое затем должно будет создать товарищество с "дочками" "Роснефти". Те, в свою очередь, должны будут передать товариществу около 10,7% акций "Газпрома". После ликвидации товарищества предполагалось, что ФГУП получит акции "Газпрома", а "дочки" концерна - акции "Роснефти". Одним из побочных эффектов этой схемы должна была стать консолидация контрольного пакета акций "Газпрома" государством.
В "Газпром нефть" должны были попасть и 76,79% главного добывающего актива нефтяной компании "ЮКОС", "Юганскнефтегаза". Их предполагалось купить на аукционе Росимущества, которое продавало "Юганскнефтегаз" за налоговые долги "ЮКОСа".17 декабря 2004 года Федеральная антимонопольная служба (ФАС) разрешила "Газпром нефти" участвовать в аукционе вместе с еще тремя компаниями. Именно "Газпром
нефть" считалась самым вероятным победителем аукциона, однако 19 декабря актив был продан неизвестной компании "Байкалфинансгруп", а "Газпром нефть" не сделала ни одного шага. Частично это могло объясняться тем, что компании не удалось получить кредит на покупку актива у иностранных банков.
Попытка купить "Юганскнефтегаз" происходила на фоне скандального "дела ЮКОСа". Чтобы вывести разбирательство на международный уровень и помешать иностранным банкам финансировать покупку "Юганскнефтегаза", "ЮКОС" обратился в суд американского города Хьюстон (штат Техас). На момент подачи иска в США работал только один сотрудник "ЮКОСа", финансовый директор компании Брюс Мизамор.14 декабря 2004 года он потребовал от хьюстонского суда срочно признать "ЮКОС" банкротом и, в соответствии с американским законодательством, воспользоваться защитой от банкротства Положительное решение суда означало бы запрет на торги по "Юганскнефтегазу", назначенные на 19 декабря. В свою очередь, основной акционер "ЮКОСа", GroupMENATEP, пригрозил подать в суд на покупателей "Юганскнефтегаза".
17 декабря суд запретил на 10 дней все операции с активами "ЮКОСа", в том числе проведение торгов по продаже "Юганскнефтегаза". Правительство РФ проигнорировало решение техасского суда, а московский арбитраж заявил, что законы США не действуют на территории России. Тем не менее консорциум банков, которых "Газпром" просил о кредите на покупку "Юганскнефтегаза", отложил предоставление ссуды.
22 декабря 2004 года "Роснефть" купила компанию "Байкалфинансгруп" за 10 тыс. руб. После того как "Роснефть" приобрела "Юганскнефтегаз", "Газпрому" пришлось отказаться от планов по слиянию. В представленной в конце февраля 2005 года инвест-программе концерна "Роснефть" практически не упоминалась.
Для получения государством контрольного пакета "Газпрома" была создана структура "Роснефтегаз", в которую вошли "Роснефть" и "Юганскнефтегаз". От продажи ее неконтрольного пакета появились средства, на которые и были куплены необходимые 10,7399% акций "Газпрома". Пакет появился на балансе "Роснефтегаза" 1 июля 2005 года, но первый платеж прошел только в конце июля.
Тем временем "Газпром" не отказался от своих планов по созданию собственной нефтяной компании.21 октября 2005 года "Газпром" официально завершил сделку по покупке у компании "MillhouseCapital", управляющей активами предпринимателя Романа Абрамовича, 72,66% компании "Сибнефть". Сумма сделки составила 13,1 млрд. долл. США.13 мая 2006 года "Сибнефть" была переименована в "Газпром нефть" и сменила юридический адрес с Омского на Санкт - Петербургский.
22 декабря 2005 года "Роснефтегаз" перечислил "Газпрому" последний транш за покупку 10,7399% компании. Сделка проводилась в рамках планов правительства по консолидации контрольного пакета "Газпрома".5 млрд. долл. из полученных средств "Газпром" направил на погашение кредитов, связанных с покупкой "Сибнефти".
В конце 2005 года произошла либерализация акций "Газпрома".23 декабря, на следующий день после объявления о консолидации контрольного пакета акций концерна в руках государства, президент Путин подписал указ, снимающий все ограничения с рынка акций "Газпрома".
Несмотря на то, что на сайте "Газпрома" утверждается, будто государство является собственником контрольного пакета концерна (50,002% акций), по данным СМИ, это не так. После покупки "Роснефтегазом" 10,74% акций Росимуществу принадлежит только 49,113% акций. Необходимые 0,89% находятся в собственности АО "Росгазификация", в которой государству принадлежит 74,5%. Таким образом, государство контролирует лишь 49,776% акций "Газпрома".
Начиная примерно с 2003 года "Газпром" все чаще использовал свои экспортные контракты в качестве инструмента политического давления на экономических партнеров Российской Федерации. Так, с 1 января 2004 года концерн полностью прекратил поставки газа Белоруссии. Одним го условий продолжения поставок по низким ценам внутреннего рынка ставилась приватизация и передача российскому концерну половины компании "Белтрансгаз", контролирующей газопроводную систему республики. Переговоры по "Белтрансгазу" заняли несколько лет, соответствующее соглашение "Газпром" заключил только 18 мая 2007 года.
В течение практически всего 2005 года длился конфликт "Газпрома" с правительством Украины, не желавшим закупать газ дороже 70 - 80 долларов за тысячу кубометров. Конфликт был урегулирован лишь 4 января 2006 года. Республике пришлось согласиться в течение следующих пяти лет закупать газ по 95 долларов за тысячу кубометров у эксклюзивного независимого поставщика, компании "RosUkrEnergo". Последняя закупала у "Газпрома" газ по 230 долларов, смешивала его с более дешевым азиатским и продавала по более низкой цене.
В итоге из-за рисков, связанных с возможным прекращением поставок газа через республики - транзитеры, пострадала репутация российского правительства - как раз в это время Кремль в рамках подготовки к встрече стран "большой восьмерки" в Санкт-Петербурге продвигал на международном уровне концепцию энергетической безопасности. "Газпром" является крупнейшей газовой компанией мира, ему же принадлежит крупнейшая в мире газотранспортная система. Доля запасов "Газпрома" в мировых запасах газа составляет 17%, в российских - 60%. На "Газпром" приходится около 20% мировой и около 90% российской добычи газа.
Основными своими проектами "Газпром" считает разработку Штокмановского месторождения, проекты "Голубой поток", "NordStream" (также известный как Северо-Европейский газопровод), "Алтай" и разработку Приразломного нефтяного месторождения.
По состоянию на 21 июля 2007 года правление "Газпрома" возглавлял Алексей Миллер, главой совета директоров был первый заместитель председателя правительства РФ Дмитрий Медведев. Миллер также являлся заместителем Медведева в совете директоров.
В 2006 году выручка "Газпрома", согласно годовому финансовому отчету, выросла по сравнению с 2005 годом на 32,6% и составила 1,63 трлн. руб. Чистая прибыль выросла на 68,9% до 343,7 млрд. руб. Коэффициент цена/прибыль (Р/Е) сократился с 22,65 до 20,83.
Средняя рыночная капитализация "Газпрома" в 2006 году, первом после либерализации акций концерна, выросла почти в 2,5 раза с 91,13 до 239,33 млрд. долл. В 2007 году рост капитализации продолжился. 19 июля 2007 года рыночная капитализация "Газпрома" составляла 271,5 млрд. долл.
С 2003 года объемы добычи газа "Газпромом" практически не выросли. Если в 2003 году они составляли 547,6 млрд. куб. м., то в 2006 - всего 556 млрд. Для сравнения, в 2002 году объем добычи вырос с 512 до 525,6 млрд. куб. м.
Добыча и распределение природного газа.
На долю "Газпрома" приходится 93% российской добычи газа. Основные добывающие мощности расположены в Ямало-Ненецком автономном округе. Газпром производит более 8% российского внутреннего валового продукта. Газпром почти полностью удовлетворяет потребности в газе всего бывшего СССР, Восточной и Центральной Европы. Добыча газа в 2005 составила 547,2 млрд. куб. м., из них на внутренний российский рынок поставлено 286 млрд. куб. м. (при этом общее потребление газа составило 386 млрд. куб. м), а 151 млрд. куб. м. экспортировано в Европу. В 2006 году организации "Газпрома" продали российским потребителям 316,3 млрд. куб. м. газа.
На 2004 год Газпром был единственным поставщиком газа в Боснию и Герцеговину, Эстонию, Литву, Латвию, Финляндию, Македонию, Молдавию и Словакию, поставляет 97% газа Болгарии, 89% газа Венгрии, 67% газа Турции, 65% газа Австрии, 45% газа Германии, 27% газа Италии и 25% газа Франции. Всего "Газпром" поставляет 25% газа Европейского союза.