Попытка перенять эти идеи не дала ничего «Братьям-мусульманам», которые значительно растеряли свою социальную базу, не приобретя взамен ничего, поскольку левый фланг был уже занят сложившимися политическими силами. В развернувшейся политической борьбе между буржуазными националистами, насеристами, партией Баас и коммунистами «Братья-мусульмане» не смогли найти свою нишу.
Летом 1954 г. в рамках поездки по странам Благодатного полумесяца в Сирии побывал Верховный наставник египетских «Братьев-мусульман» аль-Худайби. 30 июля в Дамаске он выступил против парафирования египетским правительством соглашения о выводе английских войск из зоны Суэцкого канала. Эта поездка была призвана вернуть активность исламистам, однако же последующие события помешали этому.
После неудавшегося покушения на президента Насера 26 октября 1954 г. организация «Братья-мусульмане» в Египте была разгромлена и запрещена. А государство в 1955 г. повело борьбу со всяким влиянием религиозных институтов на политическую жизнь Египта. Так, мусульманские суды были объединены с гражданскими, а в 1961 г. был передан в государственную собственность университет аль-Азхар. Все это привело к существенному ограничению помощи со стороны египетских исламистов своим сирийским братьям.
После объединения Сирии и Египта и образования Объединенной Арабской Республики организация сирийских братьев-мусульман была официально распущена. Поскольку в Египте политические организации не действовали со времени революции 1952 г., по мартовскому декрету президента ОАР Насера все политические партии и организации, действовавшие в Сирии, распускались, а членам этих партий запрещалось проводить какую-либо политическую деятельность.
Однако несмотря на объявления о самороспуске еще до издания декрета, ядро движения «Братья-мусульмане» действовало в подполье достаточно активно. С этого же времени началась инфильтрация сирийских исламистов в различные органы государственной власти и проникновение в другие политические партии. Это традиционное для исламистских партий свойство сохранять свои структуры в неблагоприятных условиях сказалось на быстром восстановлении нормальной деятельности структур движения исламистов после выхода Сирии из ОАР. Впоследствии эти приобретенные «навыки» пригодились после вторичного перехода в подполье уже при власти баасистов.
28 сентября 1961 г. в Сирии произошел очередной военный переворот. После того, как президент ОАР Насер отказался подписать коммюнике, выработанное руководителями переворота и своим представителем в Сирийском округе маршалом Амером, в котором указывалось, что выступившие офицеры не ставят своей целью «угрожать достижениям арабского национализма», и что «они получили согласие маршала Амера на принятие мер для защиты единства вооруженных сил ОАР», организаторы переворота объявили о выходе Сирии из состава ОАР.
«Братья-мусульмане» поддержали руководителя переворота генерала Абд аль-Карима аль-Нахлауи и даже выступили единым фронтом на парламентских выборах 1 декабря 1961 г., в результате чего десять их последователей получили мандаты сирийского парламента, насчитывавшего 150 избранников. По данным В. Вавилова, у исламского блока, образовавшегося в 1962 г., в парламенте было уже 12 мест (из 173 мест). Новое правительство возглавил один из лидеров Народной партии, политик, близкий к фундаменталистам, доктор Мааруф Давалиби.
В сформированном в сентябре 1962 г. правительстве Халеда Азема исламисты получили несколько портфелей. Об усилении влияния исламистов на политическую жизнь Сирии свидетельствует следующий факт. В конце 1962 – начале 1963 гг. в правительстве возникли серьезные разногласия между министрами-социалистами и министрами – ставленниками организации «Братья-мусульмане» по вопросу сближения с социалистическими странами. Сближение Сирии с Советским Союзом, начавшееся с участия советской делегации в Дамаскской Международной ярмарке в 1954 г., продолжилось заключением 16 ноября 1955 г. соглашения о торговле и платежах и получило свое оформление в советско-сирийском соглашении об экономическом и техническом сотрудничестве, заключенном между двумя странами 28 октября 1957 г., было одной из мишеней, против которой резко выступали «Братья-мусульмане». Лидер «Братьев-мусульман» М. Аттар заявлял, что «социалистические мероприятия правительства Халеда Азема несовместимы с исламом», и возражал против разрешения возвратиться в Сирию генеральному секретарю компартии Х. Багдашу, осуждал обращения Сирии за помощью к социалистическим странам в строительстве Евфратской плотины и организации добычи сирийской нефти. Самое примечательное, что фундаменталисты, в случае неприятия их условий, требовали проведения досрочных выборов. Это свидетельствует о том, что «Братья-мусульмане» чувствовали себя достаточно сильно, для того чтобы рассчитывать на успех в досрочных выборах. Таким образом, после выхода Сирии из ОАР, исламские фундаменталисты использовали создавшиеся легальные возможности для активизации усилий по наращиванию своей материальной базы и распространению своего влияния.
8 марта 1963 г. войска, находившиеся на границе с Израилем под командованием горячего сторонника сотрудничества с ОАР полковника Зияда аль-Харири, двинулись на Дамаск и закрыли все входы и выходы из города. Выступление поддержала вторая группа офицеров-насеристов во главе с начальником разведки Генштаба генерал-лейтенантом Рашидом Кутейни. Руководство и контроль над операцией осуществили руководители созданного Военного комитета баасисты Мухаммед Умран, Салах Джадид и Абдель Керим аль-Джунди, уволенные из армии после распада ОАР в 1961 г.
В результате переворота был создан Национальный совет революционного командования, взявший на себя все функции законодательной и исполнительной власти, «верующей в единство арабов и борющейся за его осуществление». Национальный совет запретил деятельность всех других политических партий. Поначалу имена людей, входящих в состав и руководство НСРК, скрывались, позже выяснилось, что совет состоит из 18 человек, а возглавляет его генерал Луэй Атаси.
После переворота «армия [фактически] провозгласила себя верховным арбитром политической жизни». Правительство возглавил Салах Битар – один из отцов-основателей партии Баас, а еще один – Мишель Афляк – вошел в состав НСРК.
Приход к власти партии Баас (на первом этапе вместе с насеристами и юнионистами, а после их устранения из правительства и с высших армейских постов летом 1963 г. единолично) ознаменовал начало совершенно нового этапа в развитии Сирии. После волны чисток, когда были отправлены в отставку 47 чиновников и около 800 офицеров, к управлению страной пришли новые общественные силы – представители средних городских и деревенских слоев. Кроме того, что немаловажно, ликвидировалось второе поколение сирийских офицеров, что в условиях возросшей роли вооруженных сил приобретало решающее значение.
После ухода прежней военной элиты на первый план вышли выпускники Военной Академии Хомса, по определению Г.И. Мирского, «националисты с социальной ориентацией», в большинстве своем алавиты и представители других религиозных меньшинств. Так алавиты заняли половину из тех вакансий офицерств, возникших после переворота 1963 г. Причем алавиты занимали должности в столице, постепенно вытесняя суннитов на периферию страны.
Преобладание представителей религиозных и этнических меньшинств, как уже отмечалось, было присуще всей истории сирийской армии с самого ее возникновения. Служба в армии была непрестижной для представителей основного большинства населения Сирии – мусульман-суннитов и пополнялась большей частью несуннитской молодежью, для которой это был единственный шанс сделать карьеру. А поскольку политическую опору последних составляла именно партия Баас, именно ей досталась роль политической организации армии. Фактически Баас дала этническим и религиозным меньшинствам возможность легального и непосредственного участия в политической жизни страны. До этого доступ в политические партии являлся монополией суннитского слоя населения страны, и влияние алавитов и др. на политику было только опосредованным, путем доминирования в армейских институтах.
Программные установки Баас, в свою очередь, полностью устраивали офицерский состав, поскольку в них содержались требования, близкие к их позициям. Это, прежде всего, упор на социальный характер программы (в данном случае социалистический – аль-иштиракийа), неприятие вмешательств империалистических или колониальных (аль-истимарийа) сил во внутренние дела страны и, исходя из состава армии, наднациональные, надконфессиональные, панарабские (аль-уруба) цели и задачи.
Акцентирование внимания на тесных связях армии и Баас очень важно для понимания последующих событий. Ведь именно то, что в течение всех выступлений исламистов армия всегда сохраняла верность правящему режиму, становилось решающим фактором в противостоянии сторон.
Партия Баас стала главным проводником идеи радикального арабизма в Сирии. Концепция арабизма определялась как «стремление народов арабских стран к освобождению арабской нации, объединению ее в единое государство и строительству социализма на демократических началах» и в какой-то мере компенсировала для представителей национальных и религиозных меньшинств их непринадлежность к ортодоксальному мусульманскому большинству, одновременно создавая возможность выхода на политическую арену страны. «Речь более не шла о религиозном исповедании, а о более высокой ценности – принадлежности к национальному сообществу как основе человеческой, включая и политический аспект, жизнедеятельности». Однако интересно, что «создавшись как удобное средство для адаптации религиозных меньшинств к суннитскому праву, он стал использоваться для подчинения суннитов праву меньшинств».