Ще радикальніше змінилася ситуація в самому Карабаху. Відразу ж після провалу серпневого путчу зі Степанакерта терміново виїхав оргкомітет на чолі з його головою Поляничко. Військова комендатура воліла дотримуватися нейтралітету – військові не визнавали над собою влади Азербайджану, що раптово став незалежним, а з Москви жодних певних інструкцій не надходило. Військове командування району надзвичайного стану виступило з ініціативою про виведення військ з регіону. Азербайджан позбавився як своїх органів управління, так і механізмів каральних акцій. А без підтримки союзної армії і внутрішніх військ Азербайджан змушений був заморозити дії своїх мілітаризованих загонів, що закріпилися винятково в пунктах, населених азербайджанцями.
В цей же час у Карабаху постало питання (яке неодноразово піднімалося після січня 1989 р.) про відновлення органів влади, чиї повноваження були призупинені – ці органи, вважаючи рішення Президії Верховної Ради СРСР неконституційним, продовжували весь цей час існувати як невизнана влада. Були висунуті вимоги – відновлення повноважень облради, припинення діяльності оргкомітету, часткове виведення мілітаризованих формувань Азербайджану. А поспішне проголошення Азербайджаном “відновлення державної незалежності 1918-1920 р.” відкривало перед Нагірним Карабахом нові політичні перспективи.1
Вже в 1990-1991 р. почався процес “республіканізації” автономій: автономні області, а також ряд компактно населених етнічними меншинами територій проголошували себе республіками, причому, як правило, без епітета “автономний”.2 Федеральні влади Росії закріпили цей процес у законодавчих актах російського парламенту, інші союзні республіки зайняли більш обережну або навіть ворожу позицію (Грузія, Молдова), але в цілому процес посилення автономій (чи колишніх автономій – якщо відповідати їх власним деклараціям) набирав силу, тим більше, що в умовах боротьби республік і центру їхня політична роль помітно зростала: центр розглядав їх як нездоланну для республік перешкоду для досягнення незалежності, а в той же час Єльцин прагнув заручитися їхньою підтримкою. Балансуючи на протиріччях між центром і республіками, автономії могли значно розширювати сферу своїх повноважень.1 Зокрема, ряд автономій Росії домагалися і були близькі до досягнення своїх цілей – брати участь у підписанні союзного договору якщо не на рівних правах, то “поряд” з Росією. Правда, це не було цілеспрямованим процесом – в деяких випадках (наприклад, Південна Осетія й особливо Карабах) центр замість визначених політичних поступок з боку республік міг надати їм союзний репресивний апарат. У цілому ж діяла “формула згоди”: на зміну лояльності стосовно Центра і Союзу СРСР республікам надавалися значні повноваження в їхніх внутрішніх справах, до яких були віднесені автономії й етнічні меншини. Не випадково, що проблеми з автономіями і меншинами виникли тільки в тих республіках, що не приєдналися до держав, які хотіли зберегти Союз (у випадку з Карабахом такою республікою стала Вірменія). Повсюдне розпалення конфліктів, як бачимо, розглядалося як найбільш надійна стратегія для збереження Союзу надзвичайними і військовими методами.
Особливо явно подібний підхід відбився в союзному законодавстві 1990-1991 р.: із усього комплексу прийнятих законів права автономій і етнічних груп виявилися закріплені лише в одному - “Про порядок рішення питань, пов’язаних з виходом союзної республіки зі СРСР” (3 квітня 1991), що передбачав, що у випадку виходу союзної республіки “за народами автономій зберігається право на самостійне вирішення питання про перебування в Союзі РСР, чи у складі вихідної союзної республіки, що виходить, а також на постановку питання про свій державно-правовий статус”.2 Право на самовизначення для народів автономій (а також, як сказано в законі, місця компактного проживання національних груп, що складають більшість населення даної місцевості”) союзний законодавець передбачав тільки в тому випадку, коли завдяки йому виникала можливість блокувати вихід союзної республіки зі складу СРСР.
Втеча оргкомітету, перехід політичної влади до Ради депутатів НКАО і нова ситуація в Азербайджані дозволили Нагірному Карабаху знову стати самостійним політичним фактором. У відповідь на рішення парламенту Азербайджану 2 вересня 1991 р. спільна сесія депутатів усіх рівнів НКАО і Шаумянівського району приймає Декларацію про проголошення Нагірно-Карабахської Республіки. Правовою підставою для неї послужила згадана вище норма. Як сказано в Декларації, “ґрунтуючись на діючій Конституції СРСР і законах Союзу СРСР, що надають народам автономних утворень і компактно проживаючим національним групам право на самостійне рішення питання про свій державно-правовий статус у випадку виходу союзної республіки зі СРСР”. Крім того, виходячи з ідеологічних гасел, азербайджанські законодавці вважали недостатнім обмежитися лише проголошенням незалежності, але проголосили саме відновлення Азербайджанської Республіки 1918-1920 р., у той час як у той період Нагірний Карабах не входив до складу Азербайджану і був, як мінімум, спірною територією (так зафіксовано в документах Ліги Націй). Це також створювало додаткові можливості наполягати на незалежності Карабаху від Азербайджану (у Декларації відзначено: “констатуючи проголошення Азербайджанською Республікою “відновлення державної незалежності 1918-1920 р.”).1
З моменту проголошення НКР Нагірний Карабах став прагнути самостійно представляти свої інтереси і наполягати на своїй особистій участі в переговорах з питань, що стосувалися безпосередньо НК і місія Єльцина-Назарбаєва були першим подібним досвідом. У своєму зверненні до президентів Росії і Казахстану голова виконкому Ради народних депутатів Нагірно-Карабахської республіки Л. Петросян (22.09.1991) виступив з наступними пропозиціями – не вирішуючи питання про статус НКР, вирішити в ході переговорів наступні питання: визнання факт утворення НКР; виведення з Нагірного Карабаху всіх збройних формувань, крім внутрішніх військ МВС СРСР; повернення депортованих і біженців; передача справ затриманих і заарештованих у введення правоохоронних органів Росії і Казахстану; оголошення Карабаху вільною економічною зоною і забезпечення його економічної самостійності, де-блокада комунікацій, у тому числі і повітряних, і створення контрольно-спостережливої комісії з представників Росії і Казахстану. Певним визнанням політичної ваги Нагірного Карабаху, що змінилася, став візит президентів Росії і Казахстану в Степанакерт і участь представників НКАО і Шаумянівського району в статусі спостерігачів при підготовці Желєзноводського комюніке.1
Желєзноводський процес об’єктивно диктувався принциповою зміною ситуації як у Карабаху, так і у Вірменії й Азербайджані. Однак початок т.зв. Желєзноводського процесу був обумовлений не стільки зусиллями Вірменії, політична вага якої й у нових умовах продовжувала залишатися незначною, скільки політичною волею основних претендентів на союзну спадщину – ними були насамперед Росія і Казахстан. (Не дивно, що другою назвою цього процесу стала “місія Єльцина-Назарбаєва”).
Ініціатива Єльцина-Назарбаєва диктувалася насамперед політичною інерцією процесів 1991 року, новими зовнішньополітичними можливостями республік в умовах, що змінилися, але насамперед – боротьбою за Кремль і перерозподіл повноважень між центром і республіками.2 (Не дивно, що після остаточної перемоги республік ініціатива зависла в повітрі). Цим мається на увазі як її бурхливий початок, непідготовленість конкретних пропозицій за рішенням проблеми і відсутність послідовності в її реалізації. 20-23 вересня делегації Росії і Казахстану на чолі з президентами цих республік та за участі керівників союзних силових структур, що фактично перейшли під контроль Єльцина, відвідали Баку, Степанакерт і Єреван, після чого в Желєзноводську було підписано широко розрекламоване Желєзноводське комюніке (офіційно воно називалося: “Спільне комюніке про підсумки посередницької місії Президента Російської Федерації Б. Н. Єльцина і Президента Казахстану Н. А. Назарбаєва”).
З десяти пунктів Комюніке найбільш важливим був перший: “Сторони вважають, що необхідними й обов'язковими умовами врегулювання до 1 січня 1992 р. конфлікту є: припинення вогню, скасування всіх неконституційних актів Азербайджану і Вірменії по НКАО, визнання повноважень законних органів влади, виведення із зони конфлікту всіх збройних формувань за винятком частин внутрішніх військ МВС СРСР і МБ СРСР. По витікання цього терміну присутність усіх збройних формувань і їхніх дій визнаються сторонами незаконними і будуть припинятися внутрішніми військами МВС СРСР, а учасники збройних формувань підлягають залученню до встановленої законом відповідальності”. В інших пунктах містилися положення відносно “поетапного, починаючи із сіл повернення депортованого населення” (стаття 3), негайного звільнення заручників (ст. 4), забезпечення “у двотижневий термін нормального функціонування залізничного транспорту, повітряних сполучень, систем зв'язку і комунікацій” і потім – “забезпеченню вільного і взаємовигідного функціонування автомобільних доріг” (ст. 5). Інші пункти стосувалися діяльності формованих посередниками робочих груп спостерігачів, у функції яких входило розробка пропозицій, “підготовка офіційної інформації про події в зоні конфлікту”, контроль за звільненням заручників. При цьому особливо обговорювалося, що “положення, що містяться в Комюніке, не можуть бути розглянуті як право посередників на утручання у внутрішні справи суверенних держав – Азербайджанської Республіки і Республіки Вірменія”.1