Андерсон не выражал беспокойства относительно его мирского успеха или академического продвижения, и осуждал несомненные факты защиты прав потребителей и приверженности прогрессу. Он написал весьма много, но издал мало в главных международных журналах, и некоторые из его наиболее важных работ были опубликованы в малоизвестных журналах. Международная репутация Андерсона среди профессиональных философов небольшая, потому что он издавался почти исключительно в австралийских журналах. Ранее он показал, что философские источники позиции Андерсона лежат в ранних реалистических концепциях У.Джеймса, У.Т. Марвина, Р.Б. Перри, и что наиболее важно, С. Александера.
Андерсон вдохновлялся древними греками, особенно Гераклитом, и восхищался объективным отношением досократиков, которое он противопоставлял антропоцентрическим, субъективным беспокойствам пост – картезианской философии. Гегель уважался за возможности его мысли. Дж.Мур, Рассел и Александер были достаточно критически адаптированы. Среди тех, кто так или иначе повлиял на его мысль, кроме названных, были Сорель, Хилари Беллок и Джеймс Бурнхэм. Он осудил Оксфордский реализм Вилсона (Cook Wilson), потому что философия - всегда скептическая, критическая, но никогда не может претендовать на моральное руководство.
Как профессор кафедры Challis философии Сиднейского университета, Андерсон был непримиримым борцом за принципы академической свободы от авторитарного вмешательства. «Моя оппозиция идеализму в философии, - писал он, - тесно связана с моей оппозицией капитализму». Андерсон порицался Сенатом Сиднейского университета в 1931 после критики роли военных памятных дат в освящении войны. В 1943 он порицался Парламентом Нового Южного Уэльса после его утверждения, что религия не должна иметь никакого места в школах. Он основал и был президентом Сиднейского университетского Общества свободной мысли (Freethought Society), которое работало с 1931 до 1951 гг.
Сенат университета, признавая, что он не может уволить профессора Challis, стремился уменьшить влияние Андерсона, создав новую кафедру «Моральной и политической философии», на которую был назначен Алан Стоут. Но эта тактика дала осечку, когда Стоут немедленно признал гений Андерсона и стал одним из его самых устойчивых поклонников. Результат состоял в том, что Сидней получил второго престижного и представительного философа.
Андерсон был человеком, который устанавливал повестку дня, и устанавливал тон интеллектуального обсуждения философских проблем в Сиднее. Андерсон, как и Делез, редкие среди философов, у которых их работа, кажется, немедленно полезной, чтобы думать о времени и пространстве каждодневной жизни. Оба были общественными деятелями, а их исследования использовались специалистами во многих областях гуманитарного знания. Возможно, это связано с тем, что и Андерсон, и Делез формовали понятия из потока времени, а не из идеальной сетки пространства категорий. Вот почему интерес Андерсона к Марксу и Фрейду не был полностью необычен для того времени; то, что он сделал с их работами, было несвоевременно. Андерсон видел в обоих авторах позитивный процесс прорыва новаторских концепций в объединенный и рациональный порядок общества и разума. Не устраивало же его в обеих доктринах, как и другое поколение западной мысли, новые фантазии, которыми они способствовали социальному или психическому лечению конфликта - на баррикадах или на кушетке. В этом он служит любопытным прототипом радикального перечитывания Маркса и Фрейда, которое Делез предпринял после неудачи Парижского восстания мая 1968. Делез и Андерсон оба отводят специфические роли эстетике в сохранении канала, открытого для разнообразия вещей и событий. Андерсон был сторонником работ Джеймса Джойса, в то время, когда Улисс был фактически запрещен в Австралии. В его известном эссе 1941 г. Андерсон утверждает, что есть «интересная параллель между литературной и политической цензурой». По словам Андерсона, «цензура «изготавливает очевидность» социальной солидарности».
Как преданный эмпирик, Андерсон утверждал, что есть только одно царство «бытия», и оно может быть лучше всего понято через науку и натуралистическую философию. Он считал, что нет никакого сверхъественного бога и что нет никаких ненатуральных царств, наподобие тех, которые отстаивал Платон. Он отрицал, что знание может быть получено иными средствами кроме описаний фактов, и любой веры, что откровение или мистика могли быть источниками получения истины. По его мнению, традиционные христианские понятия добра и зла были предназначены только для рабов. Для Андерсона, термин «хороший» был действителен, когда он применялся к объективным человеческим действиям, которые были свободными, критическими и творческими. Субъективных заявлений нужно избегать или квалифицировать их, как вводящие в заблуждение. Не удивительно, что влияние Андерсона было и обширно, и спорно, поскольку он постоянно исследовал и бесстрашно критиковал освященные верования и учреждения.
В последние годы его карьеры, 1950-ые, Андерсон отстаивал более консервативные представления. Он прервал контакт с прежними учениками, которые сформировали Либертарианское Общество, и никогда не связывался с богемой «Удара», которые обычно хвалили его. После отставки в 1958 и до его смерти в 1962, он ежедневно занимался исследованиями, продолжая работу и пересматривая ранние тексты. Среди его последних публикаций был Classicism (1960), Empiricism and Logic (1962) и Relational Arguments (1962).
Хотя Андерсон проповедовал критический тон в исследованиях, он был очень нетерпимым к критике, когда она была направлена против его мнения, особенно в его департаменте и от его собственных студентов. Что Андерсон действительно хотел людям принести, признавал он это сам или нет, было одно - хорошо овладеть его учением и признать его собственную позицию. Андерсонианцами были те, кто почти все усвоил из его наследия. Имея силу ума, или характера, или даже просто строптивость, учась у Андерсона можно получить прекрасное образование. Джон Пассмор, Джон Маки, Дэвид Стоув, Юджин Каменка и Дэвид Армстронг - все могли бы подтвердить это. Некоторые из его учеников не пошли далее подражательных выступлений в академической философии, другие стали важными вкладчиками в философию на австралийской и мировой сцене. Джон Пассмор, Дэвид Армстронг, Джон Маки и Юджин Каменка все выразил ощущение задолженности Андерсону и, хотя его система фактически умерла с ним, влияние может быть замечено в некоторых из их характерных представлений. В других академических областях, например, в искусстве, люди на которых повлиял Андерсон, имели поразительное воздействие на Австралийскую жизнь, особенно в Новом Южном Уэльсе и Канберре. Два самых прекрасных поэта Австралии, Джеймс Макаулей и Алек Хоуп (James McAuley и Alec Hope), были студентами Андерсона и отстаивали в печати почтительное философское противоречие с их наставником относительно моральной философии. Типичные андерсонианские установки остались с ними, как со многими журналистами, адвокатами, судьями и государственными служащими.
Фрэнклин настаивает, что Джон Андерсон был большой философ, который передавал его незаинтересованную любовь к философии любому, кого он учил. Но этика не должна быть изолирована от метафизики. Это - неотъемлемая часть вселенной, которая является предметом философа и неотъемлемой частью логики Андерсона. В любом случае, Андерсон был решительным моралистом вольнодумного разнообразия. Каково было его моральное влияние? Как пишет Фрэнклин, это «более темная сторона андерсонианства». Так Андерсон в 1937 г. назначил первого преподавателя женщину по философии в Австралии. Это была Элен Фоулер, которая прошла в своем развитии от сиднейского реализма до римского католицизма: она больше не могла терпеть андерсонианское издевательство над логикой.
Настойчивость Андерсона на непрерывное исследование и критику стала центральной в интеллектуальных принципах Либертарианского Общества университета (Libertarian Society - Общество борцов за свободу), которое вытеснило Общество свободной мысли в начале 1950-ых и обеспечило философскую платформу для намного более широкой субкультуры, известной как «Удар» («the Push«) в 1960-ых. Он был защитником свободы слова и критиковал запрещения австралийского правительства на определенные политические публикации еще в 1928г. Мыслитель защищал религиозные и сексуальные свободы и свободное обсуждение проблем в эру, когда упоминание о табу обычно приводило к сердитому общественному осуждению видными моралистами. Цель общества состояла в том, чтобы «провести расследование областей политического, сексуального и религиозного авторитаризма». Либертарианцы порывали с традиционализмом как актом воли. В письмах фрейдиста Вильгельма Рейха они увидели непосредственную связь между сексуальностью и властью (опередив Фуко), которую и критиковали. Либертарианцы отказались и от догматической стороны андерсонианизма и странного соединения учителем квиетизма и реакции в практическом действии.