Была еще одна причина для возвращения ученого в Россию, о которой он сообщает в письме одному из коллег: «Глубоко и органически не принимаю политической платформы подавляющего большинства русских ученых-эмигрантов»
В декабре 1924 г. секретариат Президиума ЦИК СССР восстановил ученого «в правах советского гражданства». И в 1925 г. профессор с семьей вернулся на Родину «для продолжения прерванной событиями последних лет работы
По возвращении на родину научный потенциал ученого, обладающего энциклопедической широтой научного кругозора, нестандартностью мышления теоретика и практика, оказался востребованным: до 1930 г. Челинцев работал в Земплане РСФСР, Экспертном совете ЦСУ СССР по хлебофуражному балансу, Статплане ЦСУ СССР, НКРКИ СССР, активно участвовал в разработке первых пятилетних планов развития народного хозяйства страны.
Научно-организаторскую деятельность он совмещал с преподавательской работой в Петровской сельскохозяйственной академии, МГУ, ВНИИСХЭ, в Межевом и Харьковском сельскохозяйственных институтах. Сохранилось приглашение А.Н. Челинцеву от группы профессоров и преподавателей Петровской сельскохозяйственной академии (подписанное в том числе и А.В. Чаяновым) на заведование кафедрой организации хозяйства. В нем говорится: «…Так как нужда в преподавании организации хозяйства в настоящее время в Академии остро ощущается, и так как ввиду Вашего особого авторитета в этой области Вы являетесь наиболее желательным кандидатом – мы просим Вас не отказать вступить в число работников Петровской сельскохозяйственной Академии».
В результате государственной политики сплошной коллективизации, приведшей к субъективизму и насилию и в аграрной науке, последовали аресты ученых-аграрников, многих из которых обвинили в принадлежности к так называемой «ТКП».
Несмотря на информацию в печати о том, что А.Н. Челинцев был оставлен после «чистки в составе профессоров и преподавателей ТСХА», его в 1930 г. арестовали и выслали в Воронеж. Через два года он был освобожден «от дальнейшего отбывания наказания с правом свободного проживания на территории СССР» и вызван в Москву. До 1950 г. он работал в Наркомате (Министерстве) земледелия СССР, Арало-Каспийской научной экспедиции Академии наук СССР по проблемам ирригации и развития хлопководства в Средней Азии, НИИ Северного зернового хозяйства и других учреждениях. В эти годы ученого интересовали карликовое плодоводство и виноградарство, агротехника зерновых культур, организация подсобных хозяйств курортов, планирование агротехнических мероприятий и урожайности сельскохозяйственных культур, освоение новых земель в Нечерноземной полосе под пашню, практическое районирования сельского хозяйства.
3 августа 1950 г. 76-летний юбилей профессора Челинцева совпал с окончанием его работы во ВНИИ консервной промышленности, где он проработал последние 10 лет, «и в связи с преклонным возрастом освобожден от занимаемой должности старшего научного сотрудника».
Несмотря на свой весьма преклонный возраст, «пенсионер науки» все еще был полон неиссякаемого интеллектуального интереса к проблемам сельского хозяйства в стране и за ее пределами. Об этом говорят рукописи его крупных научных монографий, статей, докладных записок правительственным, научным и партийным организациям СССР, в том числе с его предложениями по вопросам организации сельского производства в отстающих колхозах.
В 1950 - 1962 гг. вышли в свет его работы «Состояние и развитие плодоводства и виноградарства в республиках Средней Азии и Казахстане» и «Анализ сельскохозяйственного района и зон деятельности МТС по колхозам».
Последний труд - «Сельскохозяйственные районы СССР» - был доработан 88-летним ученым 9 января 1962 г., за несколько дней до его трагической гибели.
В 1987 г. Верховным судом СССР «за отсутствием события или состава преступления» А.Н. Челинцев был полностью реабилитирован по делу 1930г.
А. Н. Челинцев был глубоким знатоком экономики сельского, в частности крестьянского, хозяйства дореволюционной, а затем и Советской России. Кроме того, он был хорошо знаком с положением и организацией сельского хозяйства (крестьянского и помещичьего) в Западной Европе. Он много ездил странам, чтобы ознакомиться с состоянием сельского хозяйства и результатами проведения аграрной реформы. Вместе с тем Александр Николаевич был выдающимся статистиком-экспериментатором, организатором многих статистических обследований в области сельского хозяйства - экспедиционных и анкетных.
Александр Николаевич собирал многочисленные производственные бюджеты крестьянских хозяйств предреволюционной России. С 1913 по 1919 гг. он произвел бюджетные обследования крестьянских хозяйств в 14 губерниях Украины и Центрально-Черноземной полосы, а в 1919 г.- и на Кубани. В этих бюджетах были детально учтены и численно описаны все элементы сельскохозяйственного производства, агротехники, условия крестьянского труда и быта. Со статистической точки зрения - в отношении типичности обследованных хозяйств, широты программы, качества собранных сведений - эта статистическая операция была проведена образцово. Был собран огромный фактический материал для изучения всех сторон крестьянской жизни, но, ввиду военного времени, .только немногие первичные бюджеты отдельных хозяйств увидели свет (в частности, были опубликованы таблицы к бюджетному обследованию крестьянских хозяйств Тамбовской губернии - 85 подробных бюджетов отдельных хозяйств).
Александр Николаевич частично разработал собранный материал и подытожил результаты этих обследований в двух книгах: "Опыт изучения организации крестьянского сельского хозяйства в целях обоснования общественной и кооперативно-агрономической помощи - на примере Тамбовской губернии" и "Теоретические основания организации крестьянского хозяйства".
Эти книги представляют собой не только фундаментальный экономический анализ положения крестьянства основной сельскохозяйственной полосы предреволюционной России. В них изложены, как показывает само название первого труда, взгляды автора на пути переустройства и рациональной организации крестьянского хозяйства и предлагается программа соответствующих агротехнических и организационных мероприятий в соответствии с тогдашними общественными и социально-политическими воззрениями А. Н. Челинцева.
До Октябрьской революции Александр Николаевич идейно принадлежал к группе тогдашней либеральной интеллигенции, искавшей и пропагандировавшей улучшение положения крестьянства не путем социалистического переустройства деревни, а с помощью института общественной агрономии, широкого кооперирования крестьянских хозяйств и других паллиативов, не путем уничтожения социального неравенства и классов в деревне, а с помощью лишь некоторого смягчения вопиющей нищеты, бесправия крестьянства, улучшения его экономического положения в рамках капиталистического развития. К этой группе примыкало большинство научных работников и прогрессивно мыслящих земских служащих (агрономы, земские статистики, кооператоры, сельские врачи, учителя и т. д.).
К чести Александра Николаевича необходимо отметить, что он осознал ошибочность своих прежних взглядов и имел мужество уже в 1928 г. печатно отказаться от них во втором издании своей книги "Русское сельское хозяйство перед революцией", а также в статье, опубликованной в том же году в журнале "Пути сельского хозяйства".
Наряду с экономико-организационным изучением крестьянского и сельского хозяйства, Александра Николаевича глубоко интересовали экономико-географические проблемы, в частности, проблема сельскохозяйственного районирования, которая для России, с ее огромными сельскохозяйственными просторами, разнообразными климатическими и метеорологическими условиями имела исключительно важное значение. Александр Николаевич стремился выявить и исследовать закономерности пространственного размещения различных культур, разных типов сельского хозяйства, сопоставляя ряд признаков, характеризующих организационную структуру сельскохозяйственного производства, т. е. рассматривал сельскохозяйственную экономическую географию как науку номографическую. В противоположность опытам районирования сельского хозяйства по природным условиям, в работах Александра Николаевича отдается приоритет признакам, характеризующим организацию сельского хозяйства. В этом отношении особенно интересна его работа о сельскохозяйственных районах как стадиях сельскохозяйственной эволюции. Здесь мы видим смыкание обоих направлений научных интересов
А. Н. Челинцева, тесную связь между двумя комплексами проблем, исследованию которых была посвящена вся научная деятельность Александра Николаевича. Начиная от статистической работы о погубернских избытках и недостатках отдельных видов зерновых хлебов для Европейской России в 1909 г., он выпускает ряд работ, посвященных вопросам сельскохозяйственного районирования и в предреволюционный период и в советское время. Он рассматривает в них методологические вопросы и строит конкретные районы - как общие сельскохозяйственные, так и районы для отдельных отраслей (садоводства, животноводства).
Метод пространственных агрономических сопоставлений Александр Николаевич применил далее при анализе данных транспортной статистики. Исследования в этой области были опубликованы в книге "Состояние и развитие русского сельского хозяйства", вышедшей в 1918 г., переработанной и переизданной в 1928 г., а также при изучении вопросов развития и районирования отдельных отраслей животноводства в работах "Крупное рогатое скотоводство в России", и "Производство свинины в Европейской России". Но этот же метод оказался эффективным и при анализе и выделении производственных типов колхозного хозяйства по районам СССР , и при обосновании размещения новых консервных заводов и организации для них сырьевой базы.