Отдельно необходимо рассмотреть работы русских историков, описывающих молокан в рамках изучения русской истории. Изучая особенности духовной жизни русского народа, они утверждали, что представители русского старообрядчества и сектантства во многом несут в себе особую русскую народную веру. Причины, обуславливающие развитие сектантства, слишком широко захватывали народную жизнь и коренились в ней очень глубоко.
Вопрос раскола в исследованиях Мельникова П. И. связан с проблемами общественного быта, которые относят к правовому и экономическому положениям народа. Они находились в прямой и тесной связи с условиями, способствующими развитию сектантству.
Милюков П. Н. осуждал церковно-миссионерскую концепцию сектантства, согласно которой «истинно русский человек не может быть сектантом», а само оно является «каким-то чуждым наростом иностранного происхождения», и считал, что русское сектантство является «самобытными национальным продуктом». Сектантство – явление не социальное, а психологическое, коренящееся «во внутренних условиях народно-психологического развития». Он сделал попытку понять историю сектантства как закономерный процесс. История сектантства по его мнению – последовательное чередование религиозных учений, отличающихся между собой степенями «спиритуализации» веры. По мнению Юзова И., именно в расколе проявляются умственные и нравственные особенности народа, поэтому его изучение необходимо всем общественным деятелям.
В рамках изучения русского раскола и сектантства о молоканах пишет и Пругавин А. С. Он акцентировал внимание на связи социально-экономических отношений с сектантством. В дальнейшем он разрабатывал конкретные сюжеты из жизни сектантов, для чего много разъезжал по молоканским общинам, устанавливал контакты с их руководителями и рядовыми верующими, собирал рукописные сочинения. Основная идея его работ - осуждение церковно-полицейских преследований сектантов и старообрядцев. Заслуживает особого внимания собранный им обильный фактический материал, который намного шире характеризовал состояние сектантства, чем материалы правительственных чиновников, не говоря уже о представителях официальной церкви.
Многие авторы начала XX в. выделяют сектантов как особый слой общества, которому свойственны рационалистические идеи. Это были люди гораздо более образованные,чем обычное население России, которым свойственна «жажда сознательной жизни, стремление дать смысл своему существованию на земле, а главное, им были не чужды понятия о добре и зле, правде и лжи». Большой упор в исследованиях делался на экономическое благосостояние молокан, их религиозно–нравственные обычаи и традиции.
Марксистская историческая наука рассматривает сектантство как социальный протест под религиозной оболочкой. В советской научной литературе большое внимание уделялось либо общим проблемам критики сектантства, либо сектам баптистов, свидетелей Иеговы, пятидесятников, адвентистов седьмого дня, которые рассматривались как особо опасные, так как занимались пропагандой среди населения. Считалось, что они финансировались иностранными спецслужбами. Молокане же не признавали в своих общинах посторонних, поэтому для советской антирелигиозной пропаганды не представляли опасности. Возникновение молоканского
учения в советской историографии связывалось с «демократическим протестом крестьянских низов против крепостничества и помещичьего произвола. По причине неграмотности, забитости и отсталости крестьянского населения этот гнёт приобретает религиозную форму».
Основные тенденции развития «духовного христианства» освещались в работах исследователей 20-30-х годов, прежде всего Бонч-Бруевича В. Д. Его подход к изучению религиозного сектантства определялся ленинской постановкой вопроса о крестьянстве как союзнике в революционной борьбе. В. Д. Бонч-Бруевичем были собраны уникальные материалы и рукописные сочинения представителей различных сект, которые представляют огромный интерес для изучения и характеристики многих сект, в том числе и молокан. В то же время, историю русского сектантства он рассматривал в тесной связи с классовой борьбой, что, на наш взгляд, неприемлемо.
Интересно исследование по этому вопросу И. Морозова. Молоканское учение он рассматривает в связи с политической жизнью страны и считает его «религиозным оформлением интересов сельскохозяйственной буржуазии, зеркалом, отражающим душу деревенского капиталиста».
Дружинин В., происхождение молоканства связывал с социальной иерархией в деревне, которая имела место в конце XVIII века. Он рассматривал молоканское учение как попытку избавиться от крепостного права. О кризисе молоканства и его «типичной кулацкой организации» упоминает в своем труде и известный историк Н. М.Никольский.
В целом, историки 30–х годов XX в. считали, что к сектантам относились только зажиточные слои деревни, поэтому рассматривали их как потенциальных «врагов народа».
В послевоенные годы история сектантства рассматривалась в трудах Клибанова А. И., Рындзюнского П. Г. и других историков. По мнению Клибанова А.И., дореволюционной историографии сектантства официально не существовало. Он признает, что неплохая литература была написана такими "ведомственными" – по выражению Клибанова
А.И. - авторами, как Мельников–Печёрский П. И., Дингельштедт Н. А., Варадинов Н, но такая литература даёт лишь богатый фактический материал. На большом историческом материале он показал, что молокане принадлежали к числу проводников буржуазного предпринимательства в сельском хозяйстве Закавказья и Сибири. Трудно не согласиться с его выводами о том, что догматика и этика молоканства поощряли «приобритательность» и способствовали энергичной предпринимательской деятельности молокан.
Изучение сектантства во второй половине XX в. происходило в основном в рамках истории атеизма. Основное внимание уделялось таким сектам как Баптизм, Свидетели Иеговы, Адвентисты, Новый Израиль, и т.д. которые считались потенциально опасными, так как они проводили религиозную пропаганду среди населения. Считалось, что они финансировались иностранными спецслужбами. Подавляющее
большинство авторов, как уже было сказано, в своих исследованиях основное внимание уделяли религиозной идеологии, лишь попутно рассматривали вопросы истории, культуры, быта сектантов, в том числе и молокан. Так, Москаленко А. Т. считает, что на становление молоканской идеологии повлияли идеи Апокалипсиса о конце мира и наступления тысячелетнего «царства Христова». По мнению автора, они сыграли роль побудительного мотива к массовому переселению молокан, когда «десятки тысяч молокан устремились на Кавказ… Даже царский указ о переселении был истолкован как промысел Божий».
В советской историографии русское сектантство рассматривалось как «религиозная форма социально-политического протеста крестьянских масс против системы феодально-помещичьей эксплуатации и освящавшей её православной церкви.Сектантов, том числе и молокан, связывали сразвитием новых капиталистических общественно-экономических отношений, и география распространения сектантства, в общем, соответствовала распространению капиталистических отношений в стране. Довольно подробно учение молокан в XX в. изучается в трудах Малаховой И. А. Ученым был собран полевой материал об основных особенностях хозяйственной и религиозной деятельности, культуре, обрядам молоканских общин Центральной России и Закавказья и даны рекомендации для атеистического воспитания молоканской молодежи. Однако поскольку работа написана по истории атеизма, многие аспекты, касающиеся истории молокан, их культуры жизнеобеспечения, остались неизученными.
Ряд аспектов религиозной идеологии и деятельности молокан рассматривается в работах Балалаевой Н. И., Козловой К. И., Инниковой С. Отдельно необходимо выделить работы по истории сектантства сибирских ученых. Для многих исследований второй половины XX в. характерно отрицательное отношение к молоканам как к носителям религиозной традиции. Также постоянно прослеживается мысль о неминуемом кризисе внутри общин.
Молоканские общины изучались в рамках исследований, посвященных истории русского населения на территории закавказских республик. Здесь необходимо отметить серьезные работы Долженко И. В., Исмаил–Заде Д. И., Айтяна А. Х., Акопяна А. М. Ими подробно изучены основные черты экономического развития закавказской деревни XIX–XX вв., отмечены особенности государственной политики Российской Империи в регионе, взаимоотношений русского и местного населения, а также показан огромный вклад русских крестьян, в том числе и молокан в развитие экономики Закавказья в XIX – начале XX веков.
По истории Кавказа создано немало обобщающих работ, однако в них не содержится никакой информации о молоканских общинах. В официальных изданиях XIX – начала XX вв. их относили к общей категории раскольников и сектантов, позднее, в советских фундаментальных исторических трудах, религии отводилось довольно мало места, поэтому сведения о молоканских общинах также отсутствуют. Лишь в последнее время в рамках изучения региональной истории появляются работы, посвященные изучению взаимоотношениям государства и религиозных организаций.
Среди новейших исследований кавказского региона необходимо выделить диссертационные работы Колосовской Т. А., по изучению государственно-конфессиональных отношений на Ставрополье, и Крюкова А. В., посвященную исследованию религиозного сектантства Кубани. Однако в обоих работах молокане упоминаются лишь вскользь. В целом вопросам истории молоканских общин на Кавказе, их хозяйственно-культурному своеобразию в историографии XX века не посвящено ни одной монографии.