Але найбільшою турботою Могили була Колегія. Іван Франко зазначав: "Головна справа його життя – заснування Києво-Могилянської колегії, яка повинна була стати забралом православ'я і південно-руської (тобто української) національності, користуючись тією зброєю, якою вівся на них наступ ворога – наукою і просвітництвом".
Колегія якою опікувався Петро Могила, залишалася національною школою, ґрунтованою на давніх культурних й освітніх традиціях. В ній вивчались церковнослов'янська й руська (книжна українська) мови, вітчизняна історія, студенти виховувались у глибокому православному благочесті. До Колегії приймали дітей всіх станів.
Але Петро Могила зумів перетворити Колегію на заклад європейського типу. "Могилянська колегія, – пише М. Чубатий, – стала правдивим першим українським університетом, що виховував сотні української освіченої інтелігенції за зразками західної культури". Тут вивчався курс наук, властивий для західно європейських університетів, впроваджувалися досягнення світової історії, літератури, поезії, філософії.
Засобом до опанування вищих наук була латинська мова, вивчалися також грецька й польська мови. Професорів для викладання в Колегії Могила навчав у закордонних університетах. Незабаром Колегія вже сама готувала викладачів, державних діячів, високоосвічених богословів.
Києво-Могилянська колегія була не тільки школою, але й прикладом і зразком православного християнського життя. За статутом, що його уклав Петро Могила ("Антологія", в Колегії були дві "конгрегації", або "младенчеські братства", старша – під покровом Богородиці і менша – під покровом св. Володимира. В них учні привчалися до самодіяльності, обирали свою управу, вступаючи до конгрегації, давали присягу шанувати свій монастир.
Такі організації існували з початку ХVІІ ст. В різних школах України: 1606 року "юнацьке братство" у школі в Замості дістало благословення Гедеона Балабана; 1620 року в Київській Братській школі було студентське братство; 1625 року в Могилеві постало юнацьке братство; 1655 року і Вільні існувала "студентська конгрегація св. Константина й Олени".
Учні Київської колегії урочисто брали участь у всіх святах; за Петра Могили в колегії влаштовували шкільні драматичні вистави на теми релігійного та морального характеру.
Петро Могила забезпечував викладачів та неімущих студентів засобами для життя і навчання, збудував першу бурсу, нове кам'яне приміщення під школу, яка є й сьогодні на території Києво-Могилянської академії (відома під назвою Трапезна або Святодухівська церква). Братські школи, а головним чином Києво-Могилянська колегія, прислужилася до ширяння освіти в народі. Учні шкіл та „спудеї” – слухачі колегії або „бурсаки”, що жили в гуртожитку – „бурсі” – на вакації розходилися по селах України і там вчителювали, давали вистави, показували „вертеп”, співали колядки.
Одним з привілеїв вищих навчальних закладів Європи в ті часи було право відкривати підлеглі їм школи. Саме так діє Петро Могила: за прикладом Київської Колегії, він відкриває свої "училищні колонії": в 1634 році він заснував філію колегії у Вінниці, а року 1639 переніс її в Гощу, де вона існувала до 1672 року, у 1636 році – в Яссах , а також 1638 року – в Кремінці.
Помираючи, Могила заповідає Колегії великі кошти й найбільшу свою цінність – бібліотеку (2131 книгу), а також – будинки й дворові місця на подолі, половину худоби й інвентарю з свого хутора Непологи, хутір Позняківщину, села Гнідин, Проців і Рівне, більше 80000 золотих, срібний родинний посуд, свій митрополичий одяг, митру і хрест, прикрашений сімейним дорогоцінним камінням і навіть тканини – адамаск і камку – на одяг студентам тощо. І на останок Могила "слізно" просив берегти Колегію, "єдине його надбання".
Після смерті Петра Могили Братська школа стала йменуватися на його честь "Києво-Могилянською колегією". Єдине чого не встиг Могила – це добитися для Колегії офіційного статусу вищої школи. Але учні його продовжили розпочати ним справу. Оскільки польський уряд не визнавав її за високу школу і не дозволяв викладати в ній богословських наук, щоб примусити учнів вступати до польських колегій, 1658 року гетьман Іван Виговський, вихованець Колегії, підписав з Польщею Гадяцький трактат, за яким Україна, як Князівство Руське, ставала разом з Литвою й Польщею членом федеративної Речі Посполитої. У Гадяцькому договорі Виговський вимагав зрівняти Київську Колегію в правах з Краківською Академією і надати їй титул Академії. Але цей договір не був реалізованим.
Але сучасники ще з 30-их років ХVІІ ст. й безтитульну Колегію визнавали Академією. Ось кілька прикладів. Перебуваючи на початку 30-их років ХVІІ ст. у Києві, французький інженер і картограф Гійом Левасар Де Боплан записав, а потім помістив у своїй книзі "Київ" слова: "У києві, на Подолі, при Братській церкві міститься Університет, або Академія". І ще одне свідчення західноєвропейського історика Жан Бенуа Шерера, який досліджував історію запорізького козацтва. Розповідаючи про захоронення Сагайдачного на території Академії, він пише: "Під академією тут слід розуміти те, що ми звичайно називаємо університетом. Київський університет аж до часів Петра I був лише один як в Малоросії, так і у Великоросії. Його заснування сягає давно минулого часу".
ІІ. Діяльність Києво-Могилянської Колегії після смерті Петра Могили.
Історик і археолог, автор численних праць з ранньої і середньовічної історії України, теорії і методології історії, дійсний член Української Вільної Академії Наук у США, голова Осередку УІТ ім. М.Грушевського у Києві, професор Києво-Могилянської Академії, співробітник Археологічного інституту НАН України, д-р Михайло Брайчевський пише:
"Повертаючись до нашого питання про відносини між Україною та Росією в період, наступний за Переяславською Радою, відзначимо: думати, що "возз'єднання з Росією забезпечило благотворний вплив прогресивної російської культури, що розвивалася, на українську культуру" [Історія Української РСР, т. І, с. 261], можна хіба що в порядку гіркої іронії.
Бо російська культура в XVII-XVIII ст. перебувала у жалюгідному стані і стояла набагато нижче від української. Вона не тільки не могла здійснювати "благотворний вплив" на українську культуру, але навпаки, сама розвивалася під благотворним впливом останньої.
Відомо, що грамотність в Росії була дуже низькою, тоді як на Україні вона була набутком не лише заможних верхів, а й широких демократичних верств. Українська старшина в переважній більшості складалась з осіб, що мали прекрасну освіту, і тим вона кардинально відрізнялась від російського боярства, в переважній більшості неписьменного або малописьменного.
Київська Академія до середини XVIII ст. (до заснування Московського Університету) була єдиним вищим учбовим закладом в Росії і справжнім поставником кадрів інтелігенції для всієї країни.
Українська література, образотворче мистецтво, архітектура, музика, театр стояли на незрівнянно вищому щаблі, аніж в Росії.
Ще до національно-визвольної війни 1648-1654 pp. московський уряд запрошував українських учених і митців, доручаючи їм важливі культурно-ідеологічні справи. Так, в 30-ті роки XVII ст. Єпіфаній Славинецький і Арсеній Сатанівський були залучені до перекладу і виправлення богослужебних книжок у зв'язку з підготовлюваною церковною реформою.
В нових політичних умовах, коли Україна вступила в союзні відносини з Росією, Московський уряд в 1666 році, після пожежі, коли припинено навчання в Київській Колегії, спробував ліквідувати її, "як латинську", але сам воєвода Київський П. Шереметьєв рішуче висловився за збереження Колегії (в ній вчився син його, Б. П. Шереметьєв). Проте, увесь час, поки царем був Олексій, московський уряд ставився до Колегії вороже. Лише за царя Федора надано Колегії право викладати богослов’я. Року 1701 Колегія була перейменована на Академію, їй надано право володіти маєтками та призначено субсидію в сумі 1 000 золотих.
Велику роль відіграв у справі відродження Академії гетьман І. Мазепа, якого митрополит Варлаам Ясінський називав "прислівником і благодітелем", а Теофан Прокопович – "ктитором преславної Академії Могило-Мазеповіянської". Єпископ Антоній Стаховський називав Академію "Києво-Могилянськими Афінами", укріпленими Мазепою.
Зі свідчення надзвичайного посла французького короля в Москву Жана де Бал юза про гетьмана Івана Мазепу (1704 р.): "<...>