Ідея унії православної церкви з Римом гаряче підтримувалась королівсько-магнатським урядом, саме вона розглядалась як засіб ідеологічного обгрунтування тієї експансіоністської політики, що проводилась ним як засіб асиміляції, ополячення православного населення Речі Посполитої. Оскільки Флорентійська унія не мала тут успіху, було визнане за необхідне провести нове «узгодження церковне», згідно з яким українське і білоруське населення, підкорене «апостольській столиці», було б відчужене від православної церкви, поступово ополячене та окатоличене.
Трагічна ситуація на Україні кінця XVI ст. поставила проблему вибору і перед православним духовенством: 1) продовжувати нерівну боротьбу, знаючи, що це несе загибель духовенству і неминуче окатоличення та полонізацію народу; 2) прийняти римо-католицьку віру, що викличе кривавий розкол, в результаті якого частина народу загине, а інша буде полонізована; 3) піти на унію з Римом, щоб зберегти обряд і національну самобутність, змінивши залежність від константинопольського патріарха на залежність від папи римського.
Прийняття ідеї унії частиною православного духовенства пояснювалось і деякими іншими, прозаїчнішими обставинами. Уже протягом століття, незважаючи на церковні канони, зловживаючи правом патронату призначати кандидатів на архієрейські кафедри, ігуменів монастирів і навіть священиків парафіяльних храмів, польські правителі роздавали церковні нагороди, часом продавали високі церковні посади. Внаслідок цього надзвичайно знижувався духовний рівень ієрархії, яка більше турбувалася про свої власні інтереси, а не інтереси свого народу; це підривало її зв'язок з народними масами. Зрозуміло, що ці характеристики не стосуються усіх представників православного духовенства на Україні того часу, але все ж таки значна частина його загрузла в розпусті. Ці ієрархи саме завдяки унії розраховували добитися рівноправності з польськими феодалами, домогтися високих державних і церковних посад і звань. Свою згоду на визнання влади папи римського вони пов'язують не з переконаністю в істині догматів католицької церкви, не з релігійно-ідейними мотивами. Православні ієрархи пояснюють це незадоволенням розпорядженнями патріархів, складним становищем церкви на Сході. Особливо ж підкреслюється стурбованість тим, що єпископи залишили кафедри та села й помістя, які перебували у їхній власності; щоб митрополитові та єпископам були дані місця в сенаті та сеймі Речі Посполитої і, взагалі, щоб вони були зрівняні в правах з католицькими єпископами.
Переходячи під владу Риму й прагнучи знайти підтримку з боку короля та уряду, єпископи ніби уникали глибокого невдоволення решти православного духовенства, братств, православного шляхетства і всього народу.
Підготовка православної церкви в Польщі до унії з Римом проводилася в обстановці таємності, що її дотримувалися як єпископи, так і уряд. Уже 24 червня 1590 р. чотири єпископи — Луцький, Львівський, Пінський і Холмський — підписали та скріпили своїми печатками грамоту про згоду прийняти унію. Й укладення в Бресті було так само засекречене, як і попередня їхня нарада в Белзі. В цій першій грамоті про унію висловлене тільки бахання визнати владу папи за умови, що він збереже на віки непорушними церемонії та всі священнодійства Східної церкви, тобто службу Божу і весь церковний порядок. Крім того, єпископи, що підписали грамоту, просили, щоб король своїми грамотами забезпечив їм вольності і затвердив артикули, котрі вони йому представлять (Жукович П. Сеймовая борьба православного западно-украинского дворянства с церковной унией (до 1609 г.). — СПб, 1901. — С.95—96). Передати цю грамоту було доручено єпископу Луцькому Кирилу (Терлецькому), який добре знав латинського єпископа Луцького Бернарда Мацієвського. Пізніше питання про унію обговорювалося не на чергових зборах, а на таємних, «покутних зібраннях» (тобто «по кутках»). У посланні віденського духовенства до новогрудського воєводи Феодора названі чотири «покутних собори»: Сокаль-ський, Красноставський, Кобринський, Брестський, що відбулися 1594—1595 рр.
У грудні 1594 р. у Сокалі було розроблено десять умов прийняття унії, так звані «сокальські артикули», тільки три з них стосувалися церковних питань. Щодо віри в них нічого не говорилося. Уповноважений Сокальського з'їзду Терлецький та інші прибічники унії в 1595 р. на нарадах разом із представниками католицького духовенства виробили «Угоду духовенства латинського і руського, при посередництві Кирила (Терлецького), єпископа Луцького, з відома його королівської милості та панів-сенаторів». У цій угоді, за настійною вимогою представників католицької ієрархії, уповноважений православних єпископів повинен був дати обіцянку представити спільні догматичні питання на розгляд папи. Митрополит М. Рогоза та єпископи Володи-мирський, Луцький, Пінський разом із Кобринським архімандритом Тоною підписали 1 червня 1595 р. докладні артикули унії папі й королю. 12 червня митрополит і єпископи підписали послання папі, висловивши тим самим згоду прийняти унію.
Унія, яка готувалася таємно від народу, піддалася рішучому осуду ще до її проголошення. Слідом за князем Островським Константином єпископ Львівський Гедеон 1 липня 1595 р. записав у міській книзі свій офіційний протест проти унії: «Постанова про неї складена всупереч правилам та звичаям нашої православної віри, нашим правилам і вільностям, без відома й дозволу патріархів, наших духовних керівників, без нарад духовного собору, а також без волі світських станів, як знатних старо-житних станів, так і простих людей православної віри, без згоди яких ми нічого робити не бажаємо» (Малишевский Й. Западная Русь в борьбе за веру й народность. — СПб, 1892. — С. 197). Приклад єпископа Гедеона наслідував і єпископ Перемишльський М.Копистенський, який у своїй заяві настійливо вимагає передати питання про унію на розгляд собору за участю всього духовенства, шляхетства і братств.
Однак король Сигізмунд III, побоюючись, що православні можуть зруйнувати унію, не погоджувався на скликання собору. Він 14 вересня 1595 р. повідомив своїм підданим про об'єднання православних в Речі Посполитій з римською церквою універсалом і через два дні відправив єпископів Іпатія і Кирила до Риму. Водночас Сигізмунд звернувся до папи з проханням дозволити скликати в Польщі з'їзд руських уніатів і православних для залучення останніх до римської віри. Король наводив також політичні мотиви відносно унії. Зокрема, висловив побоювання, що через «схизматиків» (тобто православних) можуть передаватись туркам урядові таємниці. Якщо на Русі уніати об'єднаються з апостольським престолом, то це легко може привести в унію і велике князівство Московське, де мільйони християнських душ заражені «грецькою схизмою», оскільки і в одних, і в других одна богослужебна мова, та й розмовна мова обох народів мало чим відрізняється.
У грудні 1595 р. єпископи, послані до Риму польським королем на аудієнцію до папи Климента VIII, в присутності кардиналів подали йому прохання єпископів православної церкви в Речі Посполитій прийняти їх в об'єднання з римською церквою. Обидва єпископи прочитали й підписали Символ віри («філіок-ве»), визнали догмат про верховну владу папи, постанови західних соборів, включаючи Флорентійський та Тридентський, чим перевищили дані їм повноваження, повністю прийнявши католицьку віру. Папською буллою уніатській церкві забезпечувалося збереження східних обрядів, «якщо ці обряди й церемонії не суперечать істині і вченню католицької віри і не перешкоджають спілкуванню з Римською церквою», право священиків на шлюб, дозвіл київським митрополитам призначати єпископів своїх областей. У пам'ять про цю подію було викарбовано медаль: з одного боку зображено портрет папи, а з іншого — папа на троні, що благословляє стоячого на колінах уніатського посла. Листами про укладення унії, датованими 7 лютого 1596 р., папа через послів Сигізмунда III просив його та католицьких ієрархів допомогти унії, а митрополиту М.Рогозі наказав скликати собор єпископів своєї області для такого ж сповідування віри, яке продемонстрували в Римі Іпатій та Кирил Терлецький. Православні скористались дозволом короля і запрошенням митрополита на собор, аби він став собором і православної церкви.
Члени другого, уніатського собору не допускали й думки про можливість проведення загального собору разом з численними захисниками православ'я, переконаними супротивниками унії. Уніатський синод у складі митрополита, п'яти єпископів і трьох архімандритів під керівництвом трьох католицьких єпископів — папських легатів і трьох королівських послів виконав волю папи римського: його учасники «учинили сповідування святої (тобто римо-католицької) віри і віддали послушенство» папі Клименту VIII та його спадкоємцям. Акт про це з печатками був вручений папським послам, а 8 жовтня 1596 р. про це було видано соборну грамоту.
Постанови двох соборів — уніатського і православного, які відбувалися одночасно в Бресті 6—10 жовтня 1596 р., були подані королю Сигізмунду III, але затверджені саме рішенням уніатського собору, як і передбачали захисники православної церкви. Отак православ'я в Речі Посполитій фактично опинилося поза законом. Усі права, що з давніх-давен належали православній церкві, передавалися тепер уніатській; для православних кліру та мирян в королівсько-магнатській Польщі настали тяжкі часи.