Ще від часу Брестського собору виник антикатолицький козацький рух під проводом Северина Наливайка, а потім гетьмана Петра Сагайдачного. Цей рух мав велике позитивне значення для всієї Південно-Західної Русі. Із Львова та Вільно центр боротьби за стару релігію переноситься в Київ. При підтримці козацтва київське духовенство і міщанство дають відсіч уніатській ієрархії. Київська лавра, древній Печорський монастир завдяки новим діячам із Галичини, таким як Плетенецький, Копистен-ський та ін., перетворюється у великий центр церковно-національної діяльності. Поряд з ними в 1615 р. засновується братство^ до якого і записується козацький гетьман Петро Сагайдачний з усім військом запорозьким, і воно швидко посідає місце в культурному й релігійному житті українського народу.
Під захистом козацького війська у 1620 р. відновлюється православна ієрархія і тримається доки уряд не був змушений визнати її існування. Відновлення православної ієрархії було здійснене патріархом Єрусалимським Феофаном в 1620—1621 рр. і мало важливе значення для православної церкви. З кончиною єпископа Перемишльського Михайла у 1610 р. православна церква залишилася з одним архієреєм — єпископом Львівським Єре-мією (Тісаровським). Після його смерті уряд Сигізмунда III одразу ж проголосив би православну церкву позбавленою єпископа, тобто неіснуючою. Ось чому патріарх Феофан призначив у Києві єпископа, якого «православні оцінили як великий дар провидіння Божого, спасительний дар Святого Духу».
Уряд Речі Посполитої тільки в 1632 р., після смерті головного ініціатора унії польського короля Сигізмунда III, потребуючи допомоги з боку козаків, в «Статтях заспокоєння громадян Корони і Великого князівства Литовського, народу грецької релігії» визнав за православними права на Київську митрополію і чотири єпархії: Львівську, Луцьку, Перемишльську і Мстиславську. Саме тоді король Владислав IV пожалував стверджувальні грамоти Віденському, Львівському, Люблінському, Мінському та іншим братствам. На виборчому сеймі в листопаді 1632 р. православні посли обрали Києво-Печерського архімандрита Петра (Могилу), видатного діяча української культури, митрополитом. З ім'ям цієї людини пов'язане заснування Києво-Могилянської академії, яка протягом XVII—XVIII ст. була вищою українською школою, про яку знали в Європі. Петро Могила опікувався письменниками й митцями, сприяв розвиткові друкарства.
Проте за 36 років свого існування Брестська унія зміцнила на Україні польську шляхту, посилила процес денаціоналізації частини української шляхти, яка, навчаючись в єзуїтських школах та колегіях, переходила в латинство, полегшуючи собі доступ до заняття вигідних посад. Так сини одного із натхненників і старанного провідника унії на Україні і в Литві — Іпатія (Потія), користуючись прихильністю папи Климента VIII до їхнього батька, здобули освіту в латинських школах і стали католиками, а не уніатами. Не тільки діти Іпатія обрали такий шлях. Це було характерно, як ми вже зазначали, для певної частини української шляхти.
Значною мірою, особливо напочатку, унія впроваджувалася і підтримувалася шляхом тиску, насильства з боку католицьких властей, а також польських і спольщених українських поміщиків, уніатських єпископів та духовенства. Тому селянсько-козацькі повстання проти соціального та національного гноблення, проти спроб знищити православну церкву проходили під гаслом боротьби за козацькі вольності і захист православної віри. Коли козаки, які перебували у Прусії, довідалися, що існує задум «привести усіх їх із грецької віри в унію», вони заявили: «Всі ми, скільки нас не є в польському війську в Прусах, для захисту нашої святої віри готові пролити нашу кров...» (Орловский П.Й., протоиерей. Киевский Церковний Собор, 1629//Тр. Клев. Ду-ховнойАкадемии, 1905. —Август. — С.651). Отже, уніатські плани короля не здійснилися: собор, що був скликаний для розв'язання цього питання, не відбувся. Православну віру було збережено «завдяки втручанню козаків і протестові київських мирян».
Боротьба проти унії не припинялася. Безрезультатні повстання 1637—1638 рр. зміцнили в широких народних масах на Україні усвідомлення необхідності єднання з єдиновірними і єдинокровними народами, що мало велике значення для успішного проведення визвольної війни 1648—1654 рр. Розгортанню народно-визвольної боротьби на Правобережній Україні, піднесенню національної свідомості народних мас сприяла також все-зростаюча роль Києва.
У розісланих в травні 1648 р. відозвах гетьмана Богдана Хмельницького теж лунав заклик до тих, кому «мила віра благочестива, поляками в унію обернена», боротись проти унії, згуртовуватися навколо народного вождя «на добрих конях, із справною зброєю невідкладно і встати мужньо і безбоязно; при всемогутній допомозі Божій, проти своїх грабіжників, гнобителів і супостатів». (Беднов В. Православная Церковь в Польше й Литво по Сборникам законов. — Екатеринослав, 1908. — С.298 — 299). Унія для Б.Хмельницького, котрий добре розумів її кінцеву мету, поділяв нетерпиме ставлення до неї значної частини українського народу, була зрадою віри й народу, його свободи і святині заради спокою і вигід віровідступників.
Визвольна війна 1648—1654 рр. завдала досить відчутного удару по унії — уніатська церковна організація фактично розпалася. Вона поволі відновлювалася тільки на тих українських землях, які залишилися під владою феодальної Польщі. Так, згідно з Андрусівським договором 1667 р., Правобережна Україна, крім Києва., перейшла під владу шляхетської Польщі, котра зобов'язалася не обмежувати «грецько-руську» релігію. Тільки на Галичині, на Волині і Поділлі польська влада була відносно міцною, однак і тут унія не набуває значного поширення до кінця XVII ст. Наприклад, Перемишльська єпархія переходить до унії в 1692 р., Львівська —в 1700 р., Луцька —в 1702 р. На 1720 р. уніатська церква в Польщі мала в своєму складі також Холмську, Полоцьку і Пінську єпархії.
Уніатський собор у Замості в 1720 р. відмінив чимало православних обрядів, узаконив латинські нововведення, прийняв рішення про видання богослужебних книг, виправлених в уніатському дусі. Пізніше з'являється розпорядження уніатським священикам переймати зовнішні риси латинських ксьондзів.
На єдину на той час в Речі Посполитій православну кафедру в Могильов-на-Дністрі з Києва прибув єпископ Георгій (Конись-кий), де його та помічників спіткали великі труднощі, пов'язані з турботами по збиранню православної пастви. Через два роки в Переяславі був поставлений вікарієм (заступником) Київського митрополита єпископ Гервасій (Лінцевський), який опікувався долею православ'я на Правобережній Україні. Він призначив в 1768 р. у різні місця Правобережної України «духовних правителів» і доручив їм завідування церковними справами. Завдяки діяльності Гервасія та його помічників двадцять три деканати (благочиння), тобто тисяча парафій, повернулися до православ'я.
У 1772 р. настав час першого поділу Польщі і приходу в Галичину Австрії, а з нею — іншого державного укладу й дещо іншого ставлення до католицизму та унії. Австрія почала з того, що безмежна шляхетська сваволя була втиснута в жорстокі рамки австрійських законів — Австрії потрібні були спокій і регулярні грошові надходження до державної скарбниці; було ліквідовано значну частину польських костьолів і монастирів, а їх землі конфісковано. На основі конфіскованих земель створено так званий релігійний фонд; греко-католицька церква здобула рівні права з римо-католицькою; уніатське духовенство одержало не тільки реальне правове, а й матеріальне забезпечення у вигляді щомісячної платні із релігійного фонду. Греко-католицькому духовенству було відкрито реальний доступ до вищої освіти у Львові, Відні, Інсбруку та Римі. У Львові було відкрито греко-католицьку семінарію, яка гарантувала студентам-богословам повне матеріальне забезпечення, що умотивлювало здобуття освіти здібною бідняцькою молоддю.
Зрозуміло, що ніякого благодійництва з боку австрійських властей тут не було; був тверезий політичний розрахунок на послаблення польського впливу у Галичині, зокрема протиставлення йому місцевого населення й уніатського духовенства. Втілювався в життя відомий принцип Макіавеллі «поділяй і володій», але в даному випадку його реалізація була виграшна для українців: створилися сприятливі умови для національного відродження. Слід визнати, що значна частина проблем національного відродження впала на плечі греко-католицького духовенства. Як визнавалося на Львівському (1946 р.) соборі в XIX ст. «наша уніатська церква повільно скинула з себе польське духовне поневолення і саме вона відродила наш народ національне».