Дня 29 червня 1685 р. зааранжовано в Києві вибори митрополита, що на них перепер Самійлович кандидатуру луцького владики князя Гедеона Четвертинського, а в осені тогож року московський патріярх Йоаким висвятив номіната. Соболі, червінці й наказ турецького везира примусили царгородського патріярха погодитися з доконаним фактом відлучення української церкви від Царгороду й підчинення її Москві. Москва доконала свого, а Самійловичеві доволі скоро довелося спокутувати гріх проти незалежности української церкви.
Кримський похід
Згідно з вимогами «вічного миру», рушила стотисячна, московська армія, під проводом князя Василя Голіцина, на Крим. Нерадо прилучився до неї Самійлович з 50 тисячами козаків. Та не вспіли війська наблизитися до Великого Лугу, коли виснажений літньою спекою, степ, зайнявся пожаром. Татари, чи, як підозрівали москалі, козаки підпалили степ, щоби недопустити до розгрому Криму. З трудом наблизилася армія до Перекопу, а коли голод і спрага почали валити з ніг тисячі війська, команда рішилася на відворот. Сорок тисяч армії вислано під Кізикірмень для забезпечення відвороту, решта завернула назад. Завинив Голіцин, що не послухав Самійловича, який радив виступати в степ ранньою весною, коли ще трави свіжі й невиснажені спекою, але вся лють невдачників звернулася проти гетьмана. Скористала з нагоди козацька старшина, що вже здавна накипіла на гетьмана за його загребущість, потурання рідні, самовладство й безпримірне вислугування Москві. Скасування автономії української церкви, завинене Самійловичем, теж сиділо всім у печінках. Старшина, з генеральним обозним Дунін-Борковським, суддями Вуєховичем і Кочубеєм, генеральним писарем Прокоповичем і іншими військовими достойниками, склала на і Самійловича обвинувачення в зраді. Голіцин ухопився за донос, як за дошку власного рятунку.
Дня 22 липня 1687 р. в таборі над р. Коломаком арештували Самійловича й вислали в кайданах до Москви, а відсіля, без слідства й суду, заслали, разом з сином Яковом на Сибір. Неповинного в нічому другого сина гетьмана — Григорія, арештували, вивезли в Сівськ і тут серед страшних тортур замучили. Московський воєвода Неплюєв, загарбавши майно гетьманича, в той спосіб «пустив кінці в воду». Так закінчив свою карієру гетьман Самійлович з родиною. Вислугувався Москві, як вмів, занапастив автономію української церкви, алеж в доносі старшин на нього була одна стаття, що рятує його імя перед історією. В доносі сказано було м. і. що Самійлович був... неприхильний Москві й бажав створити з Гетьманщини незалежну державу...