Протягом 1994 – 1995 рр. ситуація у фінансовій сфері почала стабілізуватися. Завдяки монетаристській політиці Нацбанку, підкріпленій діями окремих політиків в уряді (В.Пинзеник, І.Мітюков, С.Тигипко), Україна дозріла до того, аби ввести свою власну національну валюту. У вересні 1996 року Ющенко “благословив” введення гривні в Україні. Протягом двох років гривня була досить стабільною грошовою одиницею. Ющенко повернув українцям віру в можливість стабільної економіки.
Коли у 1997 році закінчився термін повноважень Віктора Ющенка як Голови Нацбанку, Президенту підготували чотири досьє на людей, які би могли очолювати Національний банк наступні чотири роки. Перше досьє належало самому Ющенкові. Інші три – віце-прем'єру Сергієві Тигипку; голові Комісії Верховної Ради з питань фінансів і банківської діяльності Вікторові Суслову та голові правління Укрексімбанку Олександрові Сорокіну. Віктор Ющенко, перебуваючи з візитом у Японії, дізнався, що вибір Президента знову впав саме на нього. На користь Віктора Ющенка спрацювали підтримка міжнародних фінансових кіл та позитивний імідж всередині України. На перешкоді не стало навіть те, що Ющенко незадовго перед повторним висуненням на посаду посварився з Павлом Лазаренком – конфлікт полягав у діаметрально протилежних підходах до питань облігацій внутрішньої позики та векселів. Згодом час покаже правоту Ющенка: саме ОВДП стали однією з основних причин обвалу гривні у серпні 1998 року. Неконтрольований прихід нерезидентів на внутрішній ринок державних позик у 1996 році згодом обернувся для Нацбанку втратою третини валютних резервів.
Зрештою, навіть Павло Лазаренко мусів визнати Віктора Ющенка “фахівцем на своєму місці” і заявити, що “його призначення буде однозначно підтримане урядом, не зважаючи на наявність робочих питань, які, не виключено, виникатимуть і в майбутньому”.
У жовтні 1997 року Віктор Ющенко вніс на розгляд Верховної Ради законопроект “Про Національний банк України”. Згідно з законопроектом НБУ максимально унезалежнився від гілок влади, а також наділявся певними привілеями. Після першого читання законопроект було відправлено на доопрацювання і про нього забули…
Не всі дії Ющенка на посту голови Нацбанку у цей час можна вважати безпомилковими. Скажімо, під тиском голови НБУ для обслуговування внутрішніх позик, курс гривні штучно укріплювали протягом всього 1997 року, що болісно відбилося на експорті і призвело до дисбалансу товаропотоків на користь імпорту. Встановлений Ющенком 17-відсотковий норматив резервування не лише не зміг забезпечити стабільність курсу гривні, а й суттєво скоротив прибутковість банківського бізнесу. Але таких помилок було не так і багато. Низький “коефіцієнт помильності” сприяв тому, що для багатьох Віктор Ющенко перетворився на “непомильного” економіста. Він навчив державу не друкувати гроші надаремне і зупинив гуперінфляцію. Він побудував валютний ринок, що обслуговує зовнішню торгівлю. За його благословенням у державі виникло кілька десятків перспективних банків. Завдяки його діяльності Україна не мала жодної банківської кризи. Єгор Соболєв у “Зеркале недели” іронічно зауважує: ”Можливо, в лондонському Сіті немало людей заткнуть за пояс Ющенка за рівнем банківського професіоналізму, але для Києва, де навіть немає фінансового центру, він свої гроші відпрацьовує”.
У квітні 1998 року сталася трагедія: невідомий вбивця застрелив Вадима Гетьмана. Загибель Гетьмана викликала чимало чуток і версій. Однак зрозумілим було те, що Гетьман та його команда (до якої належав і Ющенко) створили потужний економічний “клан”, і комусь цей “клан” заважав. Гетьман і Ющенко отримали контроль не лише над фінансовою системою України, а і (до деякої міри) над транзитними фінансовими потоками. У них в запасі була довіра народу та позитивний імідж реформаторів. Із таким стартовим капіталом можна було думати і про штурм найвищих піків влади в Україні. Про Ющенка все частіше починають говорити як про майбутнього президента України.
Після загибелі Вадима Гетьмана Віктор Ющенко опинився у певній розгубленості. Потрібно було діяти самотужки, збирати уламки команди, готуватися до атак ворогів і суперників. Одним із найнебезпечніших ударів міг бути удар з боку оточення Президента, адже Леонід Кучма досить ревниво ставиться до ймовірних конкурентів.
Другим шоковим моментом для Віктора Ющенка стала загибель у автомобільній катастрофі голови Ощадного банку України Олександра Веселовського – ще одного представника команди, створеної свого часу Гетьманом.
Третім потрясінням для Національного банку і Віктора Ющенка стала криза українського фінансової системи у серпні-вересні 1998 року. На перших порах Ющенко розгубився. Він почав діяти нервово, непослідовно, навіть істерично, намагаючися спочатку направити гривню вслід за російським рублем, а потім зупинившись і визнавши помилковість такого рішення
Світ заговорив про фінансовий крах в Україні. “Financial Times” у вересні 1998 року писали про загрозу фінансового краху, що зберігався в Україні. Щоправда, при цьому наголошувалося, що відповідальність за цей крах мають нести не лише уряд та Нацбанк, але й Міжнародний валютний фонд. Світовий банк вустами одного зі своїх керівників, П.Сігельбаума, заявив, що в Україні криза затягнеться, оскільки вихід є лише один – реформи, а український уряд їх не проводить. Віктор Ющенко заговорив про необхідність глибинного реформування української економіки. Але це – на перспективу. Наразі ж долар було загнано у вузький гривневий коридор – нехай штучний, але все-таки настільки потрібний на той час. Цей надзвичайний захід не сприяв популярності української валюти на Заході, але мав чудовий психологічний ефект: на фоні російської кризи девальвація гривні в Україні виглядала невинною забавкою фінансистів.
Ющенко у дні кризи мобілізував усі сили Нацбанку. Практично було перейдено на ненормований робочий день. Майже всі працівники Нацбанку працювали у посиленому режимі, в умовах, близьких до бойових, до 2 години ночі. У жовтні місяці можна було з впевненістю сказати: удар кризи Україна витримала. Нехай із втратами, але витримала.
Коли деякі економісти з оточення Президента почали говорити про необхідність проведення емісії, яка би могла дозволити вирішити питання з знеціненими заборгованостями по зарплатах, пенсіях, стипендіях, інших соціальних виплатах, Ющенко заявив: ”Ні, персонально емісію я не проводитиму. Бо це — злочин. Це злочин, який тягне за собою великий гріх, за який професійно буде соромно відповідати... Я глибоко переконаний, що нині в нас немає політичної сили, яка могла б узяти на себе відповідальність за політичне рішення про емісію. Казки про те, що емісія за певних обставин точково, адресно, контрольовано, обмежено, місячно чи ще якось принесе хороший подарунок, я думаю, ні бізнес, ні політичні кола не сприймуть”. Ющенко і надалі залишався переконаним монетаристом (при цьому окремі світові фінансисти потроху заздрили Ющенкові і називали його “улюбленцем Мішеля Камдессю”, знаючи про чудові особисті стосунка Ющенка та голови Міжнародного валютного фонду).
Підсумовуючи результати кризи, газета “День” писала: ”Принципи монетаризму, яких дотримується створена Віктором Ющенком команда однодумців, у будь-якій іншій країні сприймалися б як єдино можлива ідеологія для центрального банку. У наших же умовах, коли виконавча й законодавча влади не можуть визначитися з курсом реформ, коли центробанк і реальний сектор працюють у різних “історичних” режимах, концепція “сильних грошей” виявляється непотрібною суспільству. Чи є вихід із нинішньої ситуації? Як довго можна суміщати несумісне – сильні гроші і слабку владу?”
Леонід Кучма в даній ситуації не подякував Вікторові Ющенку – навпаки, він виступив з різкою критикою політики Національного банку. У інтерв'ю агентству “Інтерфакс” Президент заявив, що “дехто хотів показати, що українська гривня стабільніша за американський долар чи японську ієну”. Він назвав недалекоглядною політику Національного банку, який “підтримує валютний курс тільки за рахунок валютних резервів”, коли попит на долар значно перевищує пропозицію. Кучма виступив про валютного коридору, закинув Нацбанкові надмірну самостійність і пообіцяв підпорядкувати його Кабінету Міністрів. Окрім того, відповідні служби дістали вказівку детально перевірити інформацію про зловживання вищих посадових осіб Національного банку. Зокрема, інформацію про будівництво у Києві спортивного комплексу з басейном, сауною, тренажерним залом для Національного банку. Журналісти були вельми подивовані: хіба подібними послугами не користуються інші державні службовці? Тоді чому про них нічого не згадується?
На початку 1999 року голова Комісії Верховної Ради Віктор Суслов надав у розпорядження Верховної Ради документи, які лягли в основу обвинувачень на адресу Віктора Ющенка. Згідно з цими документами, в період від 12 травня 1997 року по 28 січня 1998 року Національний банк України розмістив на депозити в банку "Credit Suisse First Boston (Кіпр) Ltd.” валютні резерви НБУ в розмірі 580 млн. дол. З них не повернуто 85 млн. дол. Серед інших звинувачень комісії – перекачування валютних резервів України в московський “Національний резервний банк”, недоцільність врахування в якості застави облігацій державної внутрішньої позики (“газпромівок”) із погашенням в 2002 – 2005 роках, згода на дострокове погашення одного з депозитів облігаціями внутрішньої державної позики. Ющенка звинувачували у тому, що його брат Петро став акціонером “Першого інвестиційного банку” (цей факт було розцінено як початок формування в Україні фінансового угрупування на чолі з головою Нацбанку).