Ретроспективный анализ русской истории, к которому постоянно обращался Марков, имел конечной целью, как и у большинства идеологов Зарубежья, объяснение случившегося в 1917 году. По мнению Маркова, смысл и содержание всей современной истории — «не классовая борьба, не борьба народов, а борьба за существование наций с еврейским интернационалом». В докладе «История еврейского штурма России» он даёт целиком конспирологическое толкование последних 100 лет истории царской России: создателями всех критических ситуаций оказывались еврейский кагал либо масоны.
«Иудо-масонством» и британским империалистами, поддержанными в России либеральной интеллигенцией и англоманами из бюрократии, была спровоцирована первая мировая война. МИД в лице Извольского и Сазонова был «послушным исполнителем задорной балканской политики, которую подсказывал масон Милюков». Вслед за этим Россию разрушила, овладела ей «власть международного иудейства», «большевицкий коммунизм и советский террор являются лишь грубо-революционным выражением вековечного стремления иудаизма к мировой власти под скипетром мессии»; эволюционное выражение «то же поработительское стремление иудаизма... прикровенно получает в масонстве и Лиге Наций».
Эта концепция была всесторонне разработана в двухтомнике «Войны тёмных сил», изданном в 1927—1930 годах в парижском издательстве князя М. К. Горчакова «Долой зло!», которое специализировалось на литературе, разоблачающей «иудейско-масонскую идеологию» (Горчаковым, в частности, были переизданы «Протоколы сионских мудрецов» и работа В. В. Розанова «Обонятельное и осязательное отношение евреев к крови»). «Войны тёмных сил» посвящены без малого 2000-летней борьбе «иудейского мессианизма» против христианства и христианской государственности, борьбе сначала самостоятельной, явной, а затем проводившейся преимущественно «изнутри», посредством организации сект, ересей и тайных обществ. Вехами этой борьбы были Реформация, Просвещение, Французская и все последующие революции.
Участвовал в объединительном съезде правой и правоцентристской эмиграции (Париж, 4—11 апреля 1926). Цель съезда — создание общего координационного органа — достигнута не была; значительная группа правых либералов отказалась признать Великого князя Николая Николаевича «вождём» русской эмиграции, вокруг которого должны сплотиться все политические силы. Марков настаивал на создании исполнительного органа с широкими полномочиями, непосредственно подчинённого великому князю. Требовавшихся 2/3 голосов инициатива правых не получила. Либералы старались избежать и монархических деклараций, так как «в противобольшевистской борьбе не нужны и невозможны никакие политические программы, кроме самой общей идеи — восстановления правовой государственности на национальном начале» (П. Б. Струве). После съезда возникли два параллельных органа — «Русское зарубежное патриотическое объединение» во главе с И. П. Алексинским, представлявшее правых, и «Российское центральное объединение» (центристы; председатель — А. О. Гукасов). Съезд доказал ограниченность политического потенциала правой эмиграции в условиях, когда скорого падения большевистской власти уже не ожидалось.
После «Зарубежного съезда» Марков оставил пост председателя ВМС, но, переехав из Германии во Францию, продолжал редактировать «Двуглавый орёл» и участвовать в работе Совета. В 1931 году председательствовал на монархическом съезде в Париже, где конфликт вокруг вопроса о престолонаследии привёл к расколу ВМС. После смерти в. кн. Николая Николаевича законность претензий в. кн. Кирилла Владимировича на царскую власть была признана главой Зарубежной церкви митрополитом Антонием; за признание Кирилла Владимировича главой Императорского дома выступил и Марков. Противостояние большинства делегатов вынудило Маркова покинуть съезд и выйти из числа членов ВМС. В конце 1920-х — начале 1930-х гг. Марков участвует в работе Русской монархической партии, Комитета призыва к объединению вокруг главы Императорского дома (кирилловцы), Союза «За Веру, Царя и Отечество», общества «Российское Согласие», Российского Имперского союза.
В 1934 году Марков привлечён Ульрихом Флейшгауэром (своим знакомым по первым годам эмиграции) в качестве эксперта защиты для участия в Бернском процессе, организованном рядом еврейских организаций с целью доказать подложность «Протоколов сионских мудрецов» и остановить их дальнейшее распространение. Марков фактически определил стратегию защиты, для которой «невыгодно стараться доказать, кто именно из евреев создал текст протоколов. Это невозможно доказать, и попытки такого рода лишь серьёзно осложнят защиту. Достаточно будет сказать, что этот еврейский план соответствует еврейской психологии и есть только повторение идей, изложенных в старинном завещании, Талмуде и т. д., которые проповедывались евреями во все древние и новые времена, и которые они реализовали в полной мере в СССР» (Платонов, 407, ГАРФ, ф. 5802, оп. 1, д. 31, л. 186). Переписка Маркова с Н. Ф. Степановым, Н. А. Степановым, Е. К. Брандтом из личного архива Н. Ф. Степанова, связанная с подготовкой процесса, опубликована О. Платоновым в кн. «Загадка Сионских протоколов» (М., 2004, стр. 426—431).
У. Флейшгауэр ещё в 1919 основал «Мировую службу» — своего рода «антисемитский интернационал», «международный орган изучения еврейского вопроса», включающий исследовательский центр и издательство «Бодунг»«. В 1935 году по приглашению Флейшгауэра Марков поступает на работу в русскую секцию «Всемирной службы» и переселяется в Эрфурт. С 1936 редактор русского выпуска издававшегося раз в 2 недели на шести (впоследствии — на 11-ти) языках бюллетеня «Мировая служба. Международная корреспонденция по просвещению в еврейском вопросе» («Welt-Dienst. Internationale Korrespondenz zur Aufklärung über die Judenfrage»). Участвовал в создании энциклопедии «Сегила Вери», где планировалось собрать всё, что «думают и знают о евреях арийцы». В Эрфурте Марков окончательно отстраняется от внутриэмигрантской политической борьбы, хотя время от времени продолжает выступать с докладами и лекциями и публиковать статьи в эмигрантской прессе.
Скончался в Висбадене в 20-х числах апреля 1945 года (по нек. данным — 24 апреля).
Сочинения Н. Е. Маркова:
Речи членов Государственной Думы Маркова 2-го и Пуришкевича по запросу о Финляндии 12 и 18 мая 1908 г. СПб.: РНС им. Михаила Архангела, 1908.
Ответ Маркова 2-го на статью Жеденева в «Русском Знамени». СПб., 1910.
Последняя речь Н. Е. Маркова 2-го в 4-ой Государственной Думе. Заявление фракции правых. Пг.: тип. «Согласие», [1917].
Правда о смуте церковной. Париж, 1926.
Войны темных сил. Кн. I—II. Париж: Долой зло!, 1928—1930 (нем. пер.: Erfurt, U. Bodung-Verlag, 1935 с подзаг. «Historische Übesicht über die menschenfeindliche Tätiqkeit des Judentums, vor allem in Russland Nikolaus Markow»; 2-е изд.: Fr./M.: Welt-Dienst-Verl., 1944).
«Das auserwählte Volk» im Spiegel seiner eigenen Schriften. Erfurt : U. Bodung-Verlag, 1936.
История еврейского штурма России. Харбин, 1937.
Лик Израиля. Эрфурт: U. Bodung-Verlag, 1938.
Отречённые дни Февральской революции 1917 года. Харбин: Наш Путь, 1938.
Der Jude ist der Parasit des Bauerntum. Frankfurt am Main, 1944.
Die Rolle des Judentums in Russland seit seinem Erscheinen im 17. Jahrhundert bis zu seiner Machtergreifung 1917. Frankfurt am Main : Welt-Deinst-Verlag, 1944.
Воины темных сил. Статьи. 1921-1937. М.: Москва, 2002
Список литературы
1. Куда временщики ведут Союз русского народа. СПб., 1910.
2. Василеостровцы о главносоветчиках. СПб., 1911.
3. «Преступление Маркова 2-го». Пг., 1916.
4. А. Островцов. Последние могикане старого строя. М.: Воля, [1917].
5. Падение царского режима. Стенографические отчеты допросов и показаний, данных в 1917 г. в Чрезвычайной Следственной Комиссии Временного Правительства. Т. VI. М.; Л., 1926.
6. Е. П. Кабытова. «Зубр» Николай Евгеньевич Марков 2-й // Дворянское собрание. Историко-публицистический и литературно-художественный альманах. № 1. М., 1994, С. 142—146.
7. Ю. А. Бугров. Дворяне Марковы. Родословная и дела // Курский край: Альманах, № 1. Курск, 1997, стр. 3—14.
8. Д. Д. Богоявленский. Н. Е. Марков и Совет Министров: Союз русского народа и самодержавная власть // Консерватизм в России и мире: прошлое и настоящее. Сб. научных трудов. Вып. I. Воронеж, 2001, стр. 192—204.
9. М. Б. Смолин. Монархический ригоризм Имперского Зубра // Н. Е. Марков. Войны тёмных сил. Статьи. 1921—1937. М.: Москва, 2002