Патриарх долго молча сносил вмешательство в церковные дела придворных, а особенно царского духовника и ревнителей благочестия. Иосиф видел, что его оттесняют от управления Церковью, лишают инициативы в поставлении архиереев, настоятелей монастырей и протопопов. Конец его терпению пришел зимой 1649 г., когда царь указал провести церковный собор о единогласном пении. Алексей Михайлович ясно дал понять, что желает утверждения единогласного пения и осуждения церковной службы, исполняемой одновременно множеством голосов, поющих и читающих разные тексты. Патриарх взбунтовался.
Церковный собор, собравшийся в государевом дворце 11 февраля, подавляющим большинством во главе с патриархом постановил, что от введения в некоторых храмах на Москве единогласия учинилась молва великая и православные люди всяких чинов из-за долгого и безвременного пения от церквей Божиих стали отлучаться. Посему собор уложил: как было богослужение во всех приходских церквах прежде, так тому и быть, а вновь ничего не всчинать. Сторонники единогласия были повержены.
Конечно, патриарх Иосиф был кругом не прав. Иоанн Златоуст в толкованиях на послания апостола Павла порицал службу в несколько голосов одновременно как "беснование", сходно высказывался и Иоанн Богослов. Московский Стоглавый собор в XVI в. запрещал многогласие, "новый исповедник" Московский патриарх Гермоген писал о несоответствии многогласия уставу святых отцов и преданию апостольскому, объяснял, что оно "нашего христианского закона чуже". В XVII в. укоренение многогласия, ускорявшего церковную службу, вызывало суровые нарекания благочестивых людей, а единогласия церковные власти доселе не ограничивали. Всякому было ясно, что Дух Святой (как писал инок Ефросин) повелевает петь не просто, но разумно, то есть не шумом, не украшением голоса, но чтобы знать поемое самому поющему и слушающим пение смысл речей можно было ведать.
Однако Никон, привыкший к шумным спорам в кружке ревнителей благочестия, не ожидал, что столь сдержанный и тихий человек, как Стефан Вонифатьевич, будет в ярости публично изрыгать проклятия на патриарха, архиереев и сам церковный собор, да еще напишет эти ругательства в челобитной к своему духовному сыну царю Алексею Михайловичу Еще удивительней было, что патриарх Иосиф не испугался этих проклятий и гнева государя, но в соборно утвержденной челобитной требовал суда над хулителем церкви по Уложению 1649 г., подразумевавшем смертную казнь: "Пожалуй нас, богомольцев своих, не вели, государь, своей государевой Уложенной книги нарушить!" Отвага Иосифа объяснялась поддержкой его мнения архиереями и приходскими священниками. И так уже большая часть духовенства косо смотрела на затеи ревнителей благочестия и страшилась их фанатизма. Истовая, продолжительная церковная служба с единогласным, последовательным пением и чтением, необходимая, как указывал Иосиф, для монастырей, была столь обременительна для обычных прихожан, что многие предпочитали не ходить в церковь 8.
Решение собора 1649 г. было, с точки зрения Никона, чрезвычайно опасным. Оно опиралось на соображения практического удобства духовенства и прихожан, а не на высший, надчеловеческий авторитет. Однако Никон сознавал, что действия Иосифа и церковного собора полезны для него, а значит, для церкви. Царь и его окружение почувствовали необходимость иметь на патриаршем престоле не просто единомышленника, но человека, способного "скрутить" разболтавшееся духовенство, твердой рукой вести Церковь по нужному власти курсу. Алексей Михайлович мог защитить Стефана Вонифатьевича от суда, не утвердить решения церковного собора, проявить к Иосифу свою неприязнь - и он сделал это, демонстративно приглашая в храмы, которые хотел посетить, митрополита Никона, служившего литургию не только единогласно, но с греческим и киевским пением. Но без решения церковных властей царь не мог заставить священников отказаться от многогласил, помешать им следовать собственному рассуждению, а не указанию свыше.
Никон слишком верил в необоримую силу своего духа, в предопределенность высокого пути, чтобы увидеть предупреждение в том, как царская власть одолела патриарха Иосифа. Тот был убежден, что Русская церковь находится в полном единстве с четырьмя восточными патриархами, и не мог долго отказывать царю, требовавшему обратиться за разъяснениями о единогласном пении к патриарху Константинопольскому. Иосиф полагал, что сможет получить объективный ответ, учитывающий допустимую разницу в обычаях Поместных церквей. Но Алексей Михайлович не зря посылал на Восток богатую милостыню, а Посольский приказ имел глубокие связи в среде константинопольского духовенства, да и у турецких властей. От имени константинопольского собора в Москву пришел заказанный царем ответ: патриарх лично написал Иосифу, что при богослужении единогласие не только подобает, но непременно должно быть, и напомнил, что Константинопольская церковь есть источник и начало всем Церквам. Под давлением царя престарелый Иосиф сдался.
В 1651 г. в Москве был собран новый церковный собор, подчинившийся решениям константинопольского патриарха: "Петь во святых Божиих церквах чинно и безмятежно на Москве и по всем градам единогласно... псалмы и псалтирь говорить в один голос тихо и неспешно со всяким вниманием". Тогда Никон не придал значения повороту, произошедшему в отношении патриарха Иосифа к грекам, а поворот этот был значителен. Московский собор под председательством патриарха не счел нужным даже упомянуть о решениях константинопольского, но демонстративно сослался на русский источник - постановление Стоглавого собора XVI века.
Более того, московский собор принципиально отверг на будущее согласование древних русских церковных книг и обрядов с греческими. Не в силах бороться с окружением царя, патриарх отвергал официальную грекофилию как оружие светской власти против российского священства. Пройдет время, и Никон должен будет пойти по тому же пути. Тогда он вспомнит вызывавшие насмешку жалобы Иосифа, что "уже третье лето есть биен от свадник, терпя клеветные раны", когда сам захочет воскликнуть: "Переменить меня, скинуть меня хотят!" Но учиться на чужом примере будет поздно...
Сочувствовать Иосифу в 1649-1650 гг. Никону мешало не только самомнение, но и грозные события в епархии. Восставшие граждане бревном вышибли ворота Софийского дома, в котором Никон спрятал воеводу и тех дьяков и стрелецких голов, что сумели бежать под защиту митрополита. Остальные были убиты или брошены в застенки вместе с немцами, скупавшими по указу боярина Б.И. Морозова хлеб, мясо и рыбу в голодное время. Никон, вскинув руки, пытался остановить народ, и пал под ударами камней и дубин как "самый заступник изменничей и ухранитель". Благонамеренные граждане защитили упавшего, а устрашенный преступлением народ рассеялся, не разгромив митрополичьих покоев, где был скрыт воевода.
Очнувшись, Никон приказал звонить в большой колокол Святой Софии, собрать всех архимандритов и игуменов Великого Новгорода. С иконами и крестами духовенство двинулось по мосту на Торговую сторону. Народ пропустил их до собора Знамения Богородицы и позволил совершить литургию, после которой израненный Никон на санях поехал на Ярославово дворище, где бушевало народное собрание. "Если зрите во мне какую вину или неправду к царю или Российскому царствию, то мне сказав, убейте меня!" Возмутители не подняли на него руку, толпа стала расходиться. Никон велел отвезти себя в Софийский собор и поименно проклял главных бунтовщиков. Но это не остановило новгородцев. Послав царю Алексею Михайловичу челобитную об очищении государства Российского от изменников, они освободили из темницы прикованного цепью за шею митрополичьего дворецкого Ивана Жиглова и избрали его воеводой, придав в помощь других избранных начальников.
Близ Новгорода поставили стражу, слугам митрополита опасно было ходить по городу, он отсиживался на Софийском дворе, но не прекращал борьбы с восстанием. Никон нашел человека, способного тайно доставить в Москву его послание, вступил в переговоры с богатыми и влиятельными новгородцами, убеждая ради спасения города склонить народ повиниться перед государем. От Алексея Михайловича Никону были тайно доставлены две грамоты. Одна содержала похвалы его действиям, другая предназначалась для объявления народу перед земской избой. Она гласила, что новгородцы должны просить у митрополита прощения своим великим согрешениям. Если митрополит простит, то и великого государя будет милость, иначе все будут смерти преданы.
Наступающая на город армия князя Ивана Хованского заставила восставших прислушаться к обещанию Никона в случае покаяния добиться у государя прощения участникам волнений. Церемония покаяния была обставлена пышно. Новгородцы в Софийском соборе со слезами просили Никона о заступничестве. После трехчасового поучения митрополит отпустил им грехи и освободил от проклятия. Новгород успокоился, хотя митрополит не думал о всепрощении. По его указаниям до подхода карательной армии без шума были схвачены и заточены триста человек. Хованский вступил в город и сообщил Никону, что решение о наказаниях возмутителей возложено на митрополита. Духовный отец Новгорода одного велел обезглавить, Ивана Жиглова с десятком "главных завотчиков" сечь кнутом и сослать в Сибирь, остальных бить батогами и разбросать по тюрьмам, а некоторых освободить.
После восстаний в столице и других городах в 1648-1649 гг. искры недовольства тлели повсеместно, в соседнем Пскове пылал настоящий пожар. Купцы, продававшие хлеб за границу и взвинтившие цены, были перебиты, как государственные изменники, воевода брошен в темницу. Славленый полководец князь Федор Федорович Волконский-Меринов взялся подавить восстание силой убеждения, вошел в город без войска и с проломленной головой сидел в застенке вместе с архиепископом. Слух о жестоком подавлении восстания в Новгороде мог помешать усмирению псковичей, они способны были расправиться с арестованными.