В середине 1930-х на политическую арену вышло новое поколение, получившее образование на Западе. Эти люди надеялись преобразовать Албанию, положить конец коррупции и зависимости от Италии. Наиболее радикальные противники режима Зогу объединились в "Тайную организацию". После мощного восстания в Фиери, подавленного в крови, Зогу в октябре 1935 назначил либеральное правительство во главе с известным националистом Мехди Фрашери (1872-1963). 19 марта 1936 было подписано еще одно соглашения между Италией и Албанией, предусматривавшее установление более тесных финансовых и торговых отношений. Взамен на списание задолженностей по ранее выданному займу и предоставление нового займа (в 9 млн. албанских франков) и кредита (в 3,5 млн. албанских франков), Албания обязалась вернуть итальянских военных советников и гражданских инструкторов в государственный аппарат и армию. Италии предоставлялись новые нефтяные и горнорудные концессии, право на разведку полезных ископаемых и сооружение ряда военных укреплений. Снимались все ограничения на ввозимые в страну итальянские товары. Однако противоречия внутри правящей верхушки привели к падению. В ноябре 1936 кабинет М. Фрашери ушел в отставку.
Недовольство свертыванием реформ привело к еще одному восстанию весной 1937 на юге страны. Непосредственной причиной выступления явился декрет правительства, запрещавший женщинам ношение мусульманской одежды, но фактически оно выражало народное недовольство режимом Зогу. Восстание, к которому примкнула часть офицеров и чиновников, было быстро подавлено, а его главные зачинщики схвачены и казнены.
Вторая мировая война и гражданская борьба в Албании (1939-1944). Курс на стабильное развитие, провозглашенный Зогу в 1925, был прерван в апреле 1939, после оккупации Албании Италией. Этому предшествовал фактически ультиматум с требованием установления итальянского протектората над Албанией.
7 апреля 1939 итальянская армия (50 тыс) высадилась в портах Дурреса, Влёры, Шенгини и Саранды. После непродолжительного сопротивления 8 апреля итальянские войска заняли Тирану, а на следующий день - Шкодер и Эльбасан. Оккупация страны была завершена 10 апреля. Король Зогу отклонил требования о превращении Албании в итальянскую колонию и вместе с семьей бежал в Грецию, а затем в Лондон. Созванное 12 апреля Учредительное собрание одобрило установление "личной унии" Албании с Италией. Временным главой государства, до передачи короны итальянскому королю, и премьер-министром марионеточного правительства стал Шевкет Верляци.16 апреля король Виктор Эммануил III принял "корону Скандербега" из рук делегации албанского правительства.
Одним из первых актов албанского правительства стало решение о выходе из Лиги наций. В конце апреля появилось правительственное постановление об уравнении итальянцев в гражданских и политических правах с албанцами. Оформилась таможенная уния. Албанская конституция была отменена. Вместо нее 3 июня 1939 Албании была "дарована" новая конституция. Согласно этой конституции, Албания объявлялась королевством в "личной унии" с королем Италии, вся полнота государственной и исполнительной власти принадлежала итальянскому королю. Сохранялось Народное собрание Албании. Было сформировано местное правительство. Оба этих органа подчинялись итальянскому вице-королю и его чиновникам.22 апреля 1939 королевским наместником (вице-королем) был назначен бывший итальянский посланник в Албании Франческо Якомони ди Сан-Савино.
По итальянской модели была организована Албанская фашистская партия, а албанская армия в 1940 была включена в состав итальянской. Италия заручилась поддержкой части населения Албании, отстаивая ее притязания на некоторые районы Югославии и Греции. В октябре 1940 контингент албанских вспомогательных войск в составе 12 тыс. человек принял участие в кампании Италии против Греции. Правительство Верляци объявило войну Греции. Однако греческой армии не только удалось остановить итальянское наступление, но и перенести боевые действия на территорию Албании. С декабря 1940 по апрель 1941 Греция вновь оккупировала Южную Албанию (Северный Эпир). После захвата Югославии и Греции державами "Оси" Албании были в 1941 возвращены Косово и Метохия, некоторые районы Западной Македонии (Дебар и Струга), принадлежавшие Югославии, часть Черногории, а также округ Чамерия в северо-западной Греции. Таким образом, заветные мечты албанских националистов претворились в жизнь.
Между тем при поддержке Англии и СССР на оккупированных территориях развернулось движение Сопротивления против марионеточных режимов. В 1940 началось формирование антифашистских партизанских чет, возглавлявшихся бывшими офицерами зогистской армии, региональными вождями, представителями интеллигенции и религиозными деятелями. Отдельные группы албанских коммунистов 8 ноября 1941 основали Коммунистическую партию Албании, секретарем которой стал Энвер Ходжа (1908-1985), бывший учитель, получивший образование на Западе. Весной 1942 стали создаваться коммунистические партизанские отряды, в первую очередь среди тоскских крестьян и интеллигенции. Летом 1942 они выступили против итальянцев.
Расширение антифашистского движения способствовало организационному оформлению входивших в него сил и формированию руководящих центров.16 сентября 1942 на конференции в г. Пезе националистические группы объединились с коммунистами и создали Национально-освободительный фронт (НОФ), в котором доминирующие позиции заняли коммунисты. В том же году оформилось еще одно движение сопротивления. В ноябре 1942 Али Клиссура и Мидхат Фрашери создали Балы комбтар (Национальный фронт), некоммунистическое движение, которое объединило как крупных землевладельцев, так и часть крестьянства. Балысты разработали программу, направленную против Зогу, и включавшую требование вернуть Албании область Косово. Они обещали бороться за восстановление республики и проведение экономических и социальных реформ.
К концу 1942 в стране действовало свыше 20 партизанских чет, не считая крестьянских отрядов самообороны, контролировавших ряд районов юга и центра. На освобожденной территории устанавливалась власть национально-освободительных советов. В июле 1943 было принято решение об организации Генштаба Национально-освободительной армии Албании (НОА). К осени 1943 коммунисты взяли под свой контроль большинство южных городов Албании, кроме Влёры, которая считалась цитаделью "Балы комбтар", многие районы на севере были освобождены националистическими группами. Британские офицеры связи, появившиеся в начале 1943, пытались наладить сотрудничество НОФ, насчитывавшего 8-10 тыс. бойцов, с "Балы комбтар", предоставляя им оружие и оказывая финансовую поддержку. В августе 1943 союзники убедили КПА и "Балы комбтар" образовать Комитет спасения Албании, который координировал бы все партизанские операции. Наиболее спорным вопросом для национально-освободительного движения оказался послевоенный статус Косова. Албанские коммунисты, не желая портить отношения со своими югославскими соратниками, поддерживали идею возвращения области Югославии, что никак не устраивало балыстов. В итоге переговоров представители обеих организаций пришли к соглашению, что окончательное решение по косовскому вопросу должен определить плебисцит. Однако под югославским давлением коммунисты вскоре изменили свою позицию. В сентябре их отряды напали на четы "Балы комбтар", развязав гражданскую войну, которая продолжалась в течение всего следующего года, главным образом, в Южной Албании.
По мере распада итальянской армии немцы форсировали оккупацию городов и прибрежной равнины (сентябрь 1943). Им удалось внести раскол в движение Сопротивления, взяв курс на восстановление албанской независимости и передачу области Косово Албании, что привлекло на их сторону многих членов группы "Балы комбтар", включая некоторых лидеров организации. По инициативе Комитета по провозглашению независимости Албании в сентябре 1943 было созвано т. н. "Учредительное собрание", объявившее об отмене "личной унии".20 октября 1943 был образован Высший регентский совет (в составе четырех представителей от основных религиозных общин) во главе с видным деятелем национального движения Мехди Фрашери. Премьер-министром прогерманского правительства стал косовский помещик Реджеп Митровица. Немцы практически не вмешивались в события, происходившие в горах. Многие военные преступления, в т. ч. уничтожение косовских сербов, совершались албанскими коллаборационистами, особенно дивизией СС "Скандербег".
В ноябре 1943 в результате разногласий в НОФ была создана еще одна организация сопротивления, Движение "Легалитет". Возглавляемая Абазом Купи, бывшим членом Генсовета НОФ, "Легалитет", опиралась в основном на северные кланы, сохранявшие лояльность королю Зогу и недовольные решением коммунистов отказаться от Косово. Заклеймив своих главных соперников как предателей, коммунисты совершили поход из тоскских земель на север. Попытки союзников примирить различные фракции национального движения и создать коалиционное антифашистское правительство оказались безуспешными. Отразив зимой 1943-1944 и летом 1944 наступления немецко-фашистских оккупантов и коллаборационистов, коммунисты перехватили инициативу.24 мая 1944 на конгрессе в Пермети они сформировали Антифашистский национально-освободительный совет (АНОС) как верховный законодательный и исполнительный орган, который представлял суверенную власть народа и государства. Функциями временного правительства был наделен Антифашистский национально-освободительный комитет (АНОК) во главе с Энвером Ходжей, назначенным главнокомандующим НОА. Новые органы власти заявили о пересмотре, аннулировании или замене новыми всех экономических и политических договоров, подписанных правительством Зогу. Вместе с тем монархия формально не ликвидировалась, а вопрос о форме правления откладывался до освобождения страны от оккупантов.