Тем самым царь Иван III оказал епархии, что называется, «медвежью услугу»: Пермская земля находится слишком далеко от центральной России и в те времена была мало заселена, и епископы всё чаще «наезжали» в Вологду, со временем сделав её своим постоянным местом жительства[7].
Позже, уже при епископе Макарии, в 1571 году, кафедра уже официально была перенесена в Вологду и получила название Вологодско-Великопермская.
Кроме этого, уже в 16 веке, царь Иван Грозный, любивший Вологду и всячески способствовавший её возвышению, укреплял зависимость Перми от неё. Для упрочения такой зависимости решено было перевести всё богослужение коми церквей на славянский язык. Возникло гонение на зырянскую письменность, в результате чего были сожжены практически все книги, в том числе богослужебные, написанные на зырянском языке, а те, кто пытался спасти книги от уничтожения, подвергались репрессиям со стороны властей[8].
Вышеназванные события 15-16 веков и привели к тому, что на пермской земле не осталось ни одного монастыря из основанных св. Стефаном.
Монастырь пребывал в запустении около двухсот лет до тех пор, пока во второй половине 17 века, во время патриаршества Иоасафа, не нашёлся благородный энтузиаст, вдовый священник одной из московских церквей, Фёдор Тюрнин, решивший возродить заброшенную обитель. В 1667 году Фёдор был пострижен в монашество с именем Филарет и, заручившись благословением патриарха, который также снабдил его антиминсом, частицами святых мощей и миром, отправился в далёкий путь из Москвы в зырянскую землю. С ним вместе отправились и четыре его сына, давших обет впоследствии также стать монахами. Сыновей звали Гурий, Стефан, Никон и Иван. Из привезенных ими с собой икон наибольшую известность приобрели две: икона Нерукотворного Образа и икона Похвалы Пресвятой Богородицы – они стали храмовыми иконами двух церквей, построенных Тюрниными[9].
Когда Тюрнины добрались до Ульянова, они не нашли там даже следов основанной когда-то св. Стефаном обители. На необитаемом в те времена месте Тюрнины, исполняя благословение патриарха, построили небольшую церковь во имя Спаса Нерукотворённого[10] Образа, которую они снабдили утварью, привезённой ими из Москвы и Устюга.
Окрестные зыряне, жившие в радиусе 20 км от Ульянова, преимущественно жители Усть-Кулома и Деревянска, приняли новых поселенцев крайне недружелюбно. Они воспринимали подвижников как захватчиков, позарившихся на удобные земельные владения. Крестьяне, желая выжить Тюрниных из Ульянова, отказывались продавать им продовольствие, самовольно захватывали пашни и сенокосные угодья, а позже обратились к судебным властям с иском. Филарет, уставший от притеснений со стороны местных жителей, поехал в Москву, добился аудиенции у царя Алексея Михайловича, которому рассказал о происходящих в Ульянове событиях. Царь Алексей, войдя в положение Тюрнина, выдал последнему грамоту для предьявления воеводе Яренского уезда, куда в то время входили вычегодские земли, об ограждении прав Тюрниных от посягательств местных жителей. Грамота датируется 31 марта 7179г. (1671 г от Р.Х.) и была адресована яренскому воеводе Михаилу Мусорскому, и в ней в частности говорится: «И мы, великий государь, пожаловали велели отвесть к церкви Всемилостивого Спаса из черного лесу против иных церквей на пропитание земли на пятнадцать четей. И как к тебе ся наша, великого государя, грамота придет, и ты б велел к церкви <…> из черного лесу отвесть на пропитание земли на пятнадцать четей, буде о том черном лесе спору и челобитья никакого ни от кого не будет, и в вотчину и на оброк никому не отдано; да что ему, строителю Филарету, к той пустыне из черного лесу … будет отведено, и ты б о том к нам, великому государю, отписал…»[11]
Таким образом, Ульяновская обитель получила в пользование «15 четей»[12] земельных угодий.
После царского повеления противостояние местных жителей приняло иную форму: на Тюрниных клеветали, ставили на мирских сходах на суд и земскую расправу. И Филарет своим терпением и кротостью в конце концов заслужил любовь и уважение местных жителей, которые, посещая Спасскую пустынь, уже извинялись перед ним. Он же, забыв вражду, в страдное время служил молебны и совершал требы безвозмездно.
Некоторые из благочестивых местных крестьян, завещали похоронить себя в пустыни.
Филарет скончался 22 июня 1671 года, и его старший сын Гурий в том же году занял место своего отца, будучи пострижен в монашество и рукоположен во священники архиепископом Вологодским Симоном. Остальные три брата стали белыми священниками.
В начале священства Гурия по неизвестным причинам опять возникла вражда между ним и жителями Усть-Кулома и Деревянска. В 1673 году двое местных жителей ночью пробрались в храм и выкрали деньги и церковную утварь. Гурий долго разыскивал похищенное, но местные судьи не могли (или не хотели) искать преступников, и тогда Гурий отправился в Москву к царю Федору Алексеевичу с челобитной о защите от притеснений и обид местных жителей. Но даже вмешательство государя, повелевшего Устюжскому воеводе Иову Пояркову и дьяку Андрею Покрышкину сделать строгий (т.е. тщательный) розыск преступников, ничего не дало – воры так и не были найдены.
Два года спустя – в 1675 году – новая кража, а в 1684 году Спасская церковь сгорела.
Однако братья не унывали, смиренно терпя испытания, посылаемые им Богом, и в 1689 году церковь была отстроена заново. С этого же момента окончательно прекратилась вражда местных зырян с братьями Тюрниными. Один из местных жителей даже перешёл на жительство в пустынь, вступив в состав братии – правда, «по обещанию, без принятия иноческого сана»[13].
Местные жители помогали также в строительстве второго храма в пустыни – во имя Похвалы Пресвятой Богородицы. В 1695 году, с разрешения Преосвященного Александра, архиепископа Велико-Устюгского и Тотемского, эта церковь была освящена Гурием и Усть-Вымским дьяконом Алексеем.
Но уже в первой половине 18 века, после смерти Гурия, монастырь опять пришёл в упадок. Обе церкви – Спасская и Похвалы Богородицы – сохранились, однако сам монастырь превратился в бесприходской погост.
После секуляризации, проведённой в 1764 году, все монастыри в коми крае были упразднены[14], в результате чего Ульяновский монастырь опять пришёл в упадок.
Здесь следует отметить ещё одну причину, из-за которой древние монастыри, основанные на зырянской земле, приходили в упадок. Это – малочисленность населения, жившего здесь. населения: численность всех зырян в середине 19 века составляла 160 тыс.человек[15].
К середине 19 века деревянные церкви пришли в негодность, и вместо двух этих церквей была построена одна, двупрестольная. первый престол был освящён во имя Нерукотворного Образа, а второй – во имя иконы Похвалы Пресвятой Богородицы. Строительство было окончено в 1858 году.
К середине 19 века причт церкви состоял из священника и двух причётчиков. При церкви жили две крестьянских семьи.
При генеральном межевании Ульяновской пустыни было отмежевано в 1785 году 815 десятин и 1116 кв. сажень земли. Фактическими владельцами этой земли были потомки Тюрниных.
К середине 19 века причт Ульяновской церкви состоял из священника и двух причётчиков. также при церкви жили две крестьянских семьи.
Обрабатываемая давала в год до 1130 пудов ржи, а с лугов скашивалось до 290 возов сена.
Также держали до 50 голов крупного рогатого скота, 100 овец и 14 лошадей.
До нашего времени сохранилось лишь единственное подробное описание ульяновских церквей. Оно было составлено С Е. Мельниковым, членом-сотрудником Императорского археологического общества, сделанное в первой половине 19 века.
«Спасская церковь с трапезною и прирубным полукруглым алтарём срублена из соснового леса в 8 углов; она длиною 4-х, шириною 3-х, а высотою до главы не более 5 сажень. Крыша круглая, деревянная; на осьмирике выведена небольшая шейка, покрытая грушевидною главою … на которой четырехконечный крест… внутренность церкви представляет небольшую квадратную палату,4 алтарь отделяется о церкви одним иконостасом, а капитальной стены не имеет… Солеи нет: пол и потолок однорядные как в алтаре, так и в церкви…».
Церковь Похвалы Богородицы была похожа на Спасскую, но меньше – 3х2х4,5 саж., только «с запада трапезы нет, а небольшое с навесом крыльцо служит преддверием храму»[16].
В середине 19 века вологодское епархиальное управление обратилось в Синод с ходатайством учредить Троице-Стефано-Ульяновский мужской монастырь. консистория мотивировала это тем, что в обширном Коми крае нет ни одной обители, но в то же время есть немало желающих «найти пристанище для спасения души»[17]. по предположению историков советского периода, в частности, Ю. В. Гагарина, она станет своеобразной школой коми священников перед поступлением на службу, а также развернет миссионерскую деятельность среди староверов[18].
Укзаом Синода от 18 октября 1860 года «Об учреждении Троице-Стефано-Ульяновского мужского монастыря» в монастырское владение было передано 815 десятин земли, принадлежавших ранее ульяновской церкви.
Причт церкви был переведён в другие места, а во вновь учреждённый монастырь прибыли монахи Лальского[19] монастыря: 3 иеромонаха, 1 иеродьякон и 3 послушника.
За шесть лет братия привела в порядок обветшалую церковь и колокольню при ней, а также построила несколько келий. Работами ведал иеромонах Ириней, а после его смерти – иеромонах Виталий, коми по национальности, бывший эконом вологодской семинарии.