Единство мнений членов Собора проявилось также при выработке постановления относительно декрета об отделении Церкви от государства. С.Н. Булгаков в заседании одного из соборных отделов предлагал учитывать следующее: «Перед нами два положения: объявить народных комиссаров врагами Церкви и народа, и нужно самые действия объявить противохристианскими, сознательные исполнители коих подлежат отлучению. Пункт же о неповиновении декрету требует змеиной мудрости: некоторые пункты декрета (свобода совести, светская регистрация) приемлемы, и с ними можно согласиться» .
В окончательно принятом 25 января постановлении Собора декрет Совнаркома был охарактеризован как «злостное покушение на весь строй жизни Православной церкви и акт открытого против нее гонения», и всякое участие «как в издании сего враждебного Церкви узаконения, так и в попытках провести его в жизнь» расценивалось как несовместимое с принадлежностью к Церкви, караемое вплоть до отлучения от Церкви . В этот же день, вечером, на закрытом заседании Собор вынес специальное постановление о том, чтобы «на всякий случай болезни, смерти и других печальных для патриарха возможностей предложить ему избрать несколько местоблюстителей патриаршего престола, которые в порядке старшинства и будут блюсти власть патриарха и преемствовать ему». Патриарх Тихон выполнил это постановление, что в дальнейшем стало спасительным для сохранения каноничной высшей церковной власти в Русской церкви.
Реакция Церкви на политическую ситуацию в стране, на правительственные решения и акты относительно положения и деятельности религиозных объединений показала, что и патриарх, и Собор, по существу, отказались признать обязательным для Церкви исполнение основного правового акта советской власти в отношении религиозных организаций — Декрета об отделении церкви от государства и школы от церкви. Это было воспринято властями как открытое вмешательство Церкви в сложную политическую ситуацию в стране, как акт ее дестабилизирующий, как призыв к верующим перейти к открытому неповиновению и сопротивлению существующим органам власти.
Тому подтверждением стала прокатившаяся по европейской части России в феврале-марте 1918 г. волна противодействия попыткам местных властей провести декрет в жизнь. Организовывались массовые крестные ходы и богослужения на площадях в поддержку «гонимой Церкви». Кое-где возле церквей происходили столкновения, совершались акты насилия в отношении работников советских органов власти. Коллективные петиции с требованиями отменить декрет, с угрозами массового сопротивления направлялись в адрес правительства.
Повсеместно распространялись листовки, прокламации и воззвания с призывами поддержать позицию патриарха и Собора в противостоянии «самозванной власти». К примеру, в одной из листовок, изданной Поместным собором под красноречивым названием «Анафема патриарха Тихона большевиков» , верующим разъяснялось в отношении кого направлены меры церковного наказания: «Патриарх Московский и всея России в послании возлюбленным о Господе архипастырям, пастырям и всем верным чадам Православной Церкви Христовой обнажил меч духовный против извергов рода человеческого — большевиков и предал их анафеме. Глава Православной Церкви Российской заклинает всех верных чад ее не вступать с этими извергами в какое-либо общение».
Предлагалась и обязательная для всех верующих линия поведения в отношении анафематствуемых: «Родители, если дети ваши — большевики, требуйте властью, чтобы отреклись они от заблуждений своих, чтобы принесли покаяние в великом грехе, а если не послушают вас, отрекитесь от них. Жены, если мужья ваши — большевики и упорствуют в служении сатане, уйдите от мужей ваших, спасите себя и детей от заразы, губящей душу. Не может быть у православного христианина общения с слугами дьявола на небесах». Церковь Христова призывает вас на защиту православной веры«.
На Соборе была образована специальная комиссия во главе с А.Д. Самариным, которой поручалось поддержание связей с властями. 15 марта она посетила Совнарком, где была принята управляющим делами СНК В.Д. Бонч-Бруевичем, наркомами Д.И. Курским и М.Т. Елезаровым. Глава делегации А.Д. Самарин заявил: «мы хорошо знаем, какое единодушное чувство глубокого и сердечного возмущения вызвали во всех преданных Церкви православных людях изданный вами декрет о свободе совести и все распоряжения ваши, коими Церковь стесняется в своей жизни и лишается своего достояния. На все это Православная церковь смотрит, и не может смотреть иначе, как на тяжелое и ничем не вызванное с ее стороны оскорбление религиозного чувства, и как на насилие, самым вопиющим образом нарушающее ту свободу совести и те начала нелицеприятной справедливости и равноправия, которые вы сами провозглашаете…Будет ведомо вам, что религиозное успокоение ста миллионов православных русского населения, без сомнения необходимое и для государственного блага, может быть достигнуто не иначе, как отменой всех распоряжений, посягающих на жизнь и свободу Церкви» .
По сути властям был выставлен ультиматум: либо будет отменен Декрет об отделении церкви от государства, либо противодействие ему на местах примет массовый и жесткий характер. Заявление Самарина властью воспринято было как свидетельство того, что Церковь перешла грань, отделяющую собственно церковные проблемы от политики, и тем самым оказалась в лагере воинствующей политической оппозиции.
Зимой-весной 1918 г. противостояние Православной церкви и государства было налицо, и все же обе стороны предпринимали некоторые шаги к поиску компромисса. Немало обращений патриарха Тихона, Поместного собора, отдельных иерархов и священников рассматривалось в Совнаркоме, других ведомствах и учреждениях и по ним принимались положительные решения. К слову сказать, и работа Собора, хотя и среди членов правительства, и среди видных и влиятельных большевиков не раз возникало желание закрыть его, не приостанавливалась. Властями разрешалось проведение богослужений в храмах Кремля. В архиве управляющего делами Совнаркома В.Д. Бон-Бруевича сохранилась следующая, относящаяся к этому периоду времени, запись: «После Октябрьской революции в Совнарком довольно часто заявлялись депутации от православных и православной церкви. Мне приходилось их принимать, беседовать с ними, защищать их от несправедливости власти и не только разрешать, но и даже охранять их крестные ходы как в Петрограде, так и в Москве, отвечать на письма патриарха Тихона — все это делать с разрешения и указания самого Владимира Ильича /Ленина — М.Ч./, потому что мы стояли всегда и в этих вопросах на принципиально выдержанной позиции» .
Вторая сессия Поместного собора, продолжавшая свою работу до 20 апреля 1918 г., рассмотрела и ряд проблем внутрицерковного устройства. Среди них вопросы епархиального управления.
Особенно бурные споры разгорелись вокруг процедуры выборов епархиальных архиереев и объема их властных полномочий. Явственно проявилось разделение Собора на две группы. Одна, в основном представители приходского духовенства и мирян, выступала за расширение прав клира и мирян при обсуждении и разрешении данных проблем. Другая, в основном иерархи, всячески отстаивала всевластие и решающую роль епископа во всех вопросах епархиальной жизни. В Определении об епархиальном управлении приоритет в разрешении общеепархиальных дел отдан правящему архиерею. В нем же определены были порядок образования, направления деятельности и устройство некоторых иных органов управления епархиальной жизнью: епархиального совета, благочиннических округов и собраний .
Внимание соборян было обращено и к жизнедеятельности первичной ячейки церковного сообщества — приходу. Почти два месяца в заседаниях комиссий и на пленарных собраниях обсуждался проект приходского устава, цель которого — оживить деятельность приходов, способствовать сплочению верующих вокруг своего приходского храма.
В последний день работы Собор принял Приходской устав. Его первая статья определяла православный приход как «общество православных христиан, состоящее из клира и мирян, пребывающих на определенной местности и объединенных при храме, составляющее часть епархии и находящееся в каноническом управлении своего епархиального архиерея, под руководством поставленного последним священника настоятеля» .
Последующие главы Устава посвящены были приходскому и соборному храмам, причту, прихожанам, управлению приходскими делами, приходским собранию, совету и учреждениям, просвещению населения, имущественным вопросам причта, устройству кладбищ и, наконец, союзам приходов.
Кроме того, Собор принял решения по учреждению единоверческих кафедр, деятельности духовных учебных заведений, расширению внешней и внутренней миссии Церкви. Причислены были к лику святых Софроний Иркутский и Иосиф Астраханский.
В дни работы второй сессии Поместного собора в Москву стали поступать первые известия о столкновениях вокруг православных храмов и монастырей, об арестах и расстрелах епископов, священников, наиболее активных мирян. Откликаясь на них, Собор принял Определение «О мероприятиях, вызываемых происходящим гонением на Православную церковь» (от 18 апреля) . В нем устанавливался порядок произнесения в храмах за богослужением «особых прошений о гонимых ныне за православную веру и церковь и о скончавших жизнь свою исповедниках и мучениках», а также «ежегодное молитвенное поминовение… всех усопших в нынешнюю лютую годину гонений исповедников и мучеников». Епархиальным властям вменялось в обязанность собирать сведения об изъятом церковном имуществе, арестованных служителях культа и прихожанах.
Весной 1918 г. отчетливо проявилось и расслоение в православной пастве в связи с отношением к политическим событиям в стране. Многие и многие из числа рядовых православных верующих поддерживали новую власть, и активно выступали в поддержку декрета об отделении Церкви от государства. Свое отношение к этой части членов Церкви Собор выразил в Определении «О мероприятиях к прекращению нестроений в церковной жизни» (от 19 апреля) . Предусматривались конкретные меры наказания для мирян, священников и епископов, «не покоряющихся и противящихся церковной власти и обращающихся в делах церковных к враждебному Церкви гражданскому начальству и навлекающих через то на Церковь, её служителей, её чад и достояние многоразличные беды». К числу «богопротивных» дел были отнесены: обращение к гражданской власти и гражданскому суду, исполнение или участие в проведении в жизнь требований декрета о свободе совести и иных актов государственной власти, относящихся к деятельности религиозных объединений, отобрание у монастырей и храмов земли и иной собственности. Соответственно определялось и возможное церковное наказание: запрещение в священнослужении, извержение из сана, лишение духовного звания, привлечение к церковному суду, отлучение от Церкви.