Потому и вся работа третьей сессии Собора проходила в нервной, временами митинговой обстановке. Соборяне особенно болезненно реагировали на принимаемые властью акты, касающиеся Православной церкви. Это наглядно проявилось при обсуждении инструкции Наркомюста от 30 августа.
На частном совещании 1 сентября у патриарха Тихона в Троицком подворье предлагалось в качестве ответной меры ввести в стране интердикт: закрыть все церкви, прекратить повсеместно совершение всех религиозных обрядов и треб. Многие ораторы — епископы и влиятельные лица из мирян — горячо ратовали за него. Однако немало было и тех, кто возражал, указывая на то, что рядовые верующие не поддержат решения Церкви об интердикте. Приведем фрагмент из протокола заседания:
«А.В. Карташев — Инструкция принуждает нас к принятию грудью боя. И хотя угашать дух перед боем не полагается, но я не считаю грехом в данном случае несколько сдержать пыл наших речей. Открытый бой принимается стратегами, когда имеется налицо надлежащий дух в войсках и есть все технические средства. Если же этого нет, то приходится вести бой более уклончивый, более сложный. Того подъема духа в народе, при котором было бы возможно принять бой прямой, на почве принципиальной, — ожидать нет оснований. Итак, я рекомендую не надеяться на православный народ. Не считаю осуществимым интердикт, а предлагаю перейти к единообразной и упорядоченной борьбе на частных позициях, и в таком виде достаточно тяжелой и ответственной.
Иоасаф, епископ Коломенский — Подведомственное мне духовенство уже собирало прихожан и беседовало с ними. «У нас отобрали землю, — говорили священники, — проценты с капиталов и покосы, и дрова. Нам не на что жить, мы уйдем от вас!» И те ответствовали: «Ну что же, уходите. Запрем церкви, да и так обойдемся». А потому считаю я, что закрытие храмов может вызвать вздохи лишь старых людей да плач женский. Надо бы лучше сделать так, чтобы в списки учредителей входили не люди хладные и безразличные, а записывать туда проверенных мирян да монахов с их мирскими именами.
Е.Н. Трубецкой — Если мы скажем, что интердикт издается потому, что отбираются церковные имущества, отбираются архиерейские дома, то народ нас не поймет, как не поймет и истинного значения этой меры« .
Думается, что в этих словах невольное вынужденное признание того, что рядовая православная паства в своей большей части не поддерживала политической позиции Церкви, и не видела необходимости бороться с властью за церковную собственность.
В конце концов, решение об интердикте не состоялось. Наоборот, было признано желательным всячески «возгревать» религиозные чувства верующих посредством общественных богослужений, канонизацией новых русских святых, крестными ходами. Тогда же избрали специальную комиссию, которой поручили выработать целостную программу мер противодействия «антихристианским» правительственным актам.
6 сентября в обращении в Совнарком Собор заявил о своем непризнании Инструкции Наркомюста и потребовал ее отмены. 12 сентября Собор обсудил и принял Определение «Об охране церковных святынь от кощунственного захвата и поругания» . В нем «под страхом церковного отлучения» верующим запрещалось участвовать в каких-либо мероприятиях по изъятию бывшего церковного имущества. То была еще одна отчаянная попытка не допустить национализации церковного имущества, «повесить замок» на соборы, храмы, часовни, монастыри, иные церковные дома, не допустить перехода в руки государства ни единого из «священных предметов», хранящихся в церкви. Каждый из верующих обязывался выполнять эти требования под страхом церковного наказания: отлучения, проклятия или закрытия храма.
Участие многих и многих тысяч верующих в религиозных церемониях и иных организованных Церковью мероприятиях ошибочно воспринималось патриархом Тихоном и его окружением, состоявшем в основном из сторонников абсолютной, никем и ничем не ограниченной свободы религии и церкви, как поддержка их политического курса, как демонстрация несогласия с новой властью. В этой эйфории, в ожидании близкого краха советской власти (от внутренних или внешних обстоятельств) к голосу более благоразумных лиц, которые были и в самой Церкви, и среди сочувствовавших ей, не хотели прислушаться. А они предупреждали, что политизация Православной церкви с неизбежностью «зачислит» ее в разряд «антиправительственных», «контрреволюционных» организаций, что неизбежно приведет к столкновению с властью; они указывали, что «белый террор» с его убийствами, покушениями и иными акциями, дестабилизирующими политическую ситуацию в стране, неизбежно породит ответные со стороны государства меры. И об их характере уже можно было судить по постановлению Совнаркома от 5 сентября 1918 г. «О красном терроре«, согласно которому расстрелу подлежали »все лица, прикосновенные к белогвардейским организациям, заговорам и мятежам».
20 сентября в Епархиальном доме собрались члены Собора (немногим более ста человек) на свое последнее заседание. Настроение было подавленное. Попытки в предшествующие дни связаться с Совнаркомом для разрешения спорных вопросов о положении Церкви в новых условиях и отдельных пунктах декрета об отделении церкви от государства, оказались тщетными. Совнарком отписал, что в приеме каких-либо делегаций от Собора надобности не видит и предлагал впредь подавать письменные обращения в общем для всех граждан порядке. Надежды на пересмотр Инструкции от 30 августа 1918 г. улетучились. По областям и губерниям продолжалась национализация церковного имущества, закрывались монастыри, из школ изгонялся Закон Божий, всякая попытка духовенства выступить в защиту интересов Церкви все чаще трактовалась как «контрреволюция». Число лиц «пострадавших за веру и церковь» увеличивалось, согласно сообщениям с мест, ежедневно. Устойчивые слухи предрекали, что вот-вот и сам Собор будет закрыт, а участники арестованы и высланы из Москвы. И хотя накануне без возражений и споров принято было решение созвать следующий Поместный собор весной 1921 года, но в это мало кто верил.
С заключительным словом к собравшимся обратился патриарх Тихон. Он поблагодарил всех членов Собора и других лиц, принимавших участие в его деятельности, и объявил о закрытии Собора .