Число всех епархий в Московской митрополии после отделения от нее Киевской простиралось до 10, но в епархиальном делении происходили по временам разные перемены, из которых замечательны: учреждение в 1555 г. новой Казанской епархии, переведение Пермской епархии в Вологду (в начале ХVI века), присоединение к Московской митрополии Смоленска (при Василии Иоанновиче) и Полоцка (при Грозном) с их епархиями; при Грозном у немцев взят старинный русский город Юрьев и устроена новая Юрьевская епархия. Польский король Стефан Баторий опять отнял у России и Юрьев и ІІолоцк; Полоцкая епархия снова отошла к Киеву, а Юрьевская была закрыта. Епархия митрополита через отделение от нее киевской половины значительно уменьшилась, но все еще была слишком обширна и после этого; она обнимала собою нынешние епархии: Московскую, Костромскую, Нижегородскую, Вятскую, Курскую, Орловскую и значительные части Владимирской, Архангельской, Новгородской и Тамбовской. После падения Орды сарайский епископ (с 1454 года) стал жить в Москве на Крутицах и сделался как бы викарием митрополита.
Органы епархиального управления.
С ХVI века встречаем целый ряд новых и очень важных постановлений относителыю органов епархиального управления. Духовенство давно уже тяготилось тем, что епархиальные дела производились большей частью светскими чиновниками архиерейских домов, которые смотрели на свои должности, как на кормление, и притесняли духовный чин. Во время московского собора 1503 года ростовский священник Георгий Скрипица писал: "Господа священноначальницы! Неблагословно надсматриваете над верными людьми... Назираете церковь по царскому чину земного царя -боярами, дворецкими, неделыциками, доводчиками, для своих прибытков, а не по достоинству святительскому. Вам достоит пасти церковь священниками благоразумными, а не мирским воинством." Наконец Стоглавый собор определил: суд по всем духовным делам производить самим святителям, или кому они укажут из духовных, а не из мирских лиц, за владычними же боярами оставить суд только по гражданским делам, подведомым суду Церкви, и то лишь над мирянами церковного ведомства и белым духовенством. Вследствие этого постановления увеличено число духовных органов архиерейской власти, каковыми были органы приказные - архимандриты, игумены и протопопы, и выборные - поповские старосты. Поповские старосты, которых в первый раз мы видели во Пскове, в ХV веке появились и в некоторых других местах, но с исключительно финансовым значением, как органы архиерея, к которым, по выражению грамот, тянули* всякими сборами тяглые попы. Стоглав сделал учреждение поповских старост и их помощников, десятских священников, повсеместным, и облек их, кроме обязанности собирать владычные сборы, еще обязанностью надзирать за церковным благочинием и в качестве депутатов сидетъ в суде над духовенством у владычных мирских судей. Право церковного суда по-прежнему оставлено за одними приказными органами архиерейской власти, как духовными, так и светскими, которым духовная власть доверяла больше, чем выборным старостам. Сами поповские старосты подчинены надзору архимандритов, игуменов и протопопов.
Устройство церковного суда.
Правилами судебников Иоанна III и Иоанна Грозного, новыми грамотами духовной и светской власти и особенно правилами Стоглава произведено более точное разграничение церковного и гражданского ведомств. Неподсудность духовных лиц и всех вообще церковных людей государственному, мирскому суду признана была общим правилом по всем делам, кроме уголовных, но и по этим делам первые действия суда над духовными лицами до снятия сана с виновного принадлежали духовным же властям. По искам на лиц духовного ведомства от людей посторонних и наоборот назначался суд совмесный - из органов и духовного и светского суда вместе. Иски на самих духовных властей, архиерейских наместников и бояр разбирались самим государем или его боярами в приказе большого дворца. Но эти правила соблюдались не вполне. При древнем стремлении каждой корпорации людей к обособлению и вследствие тяжких поборов со стороны архиерейских чиновников, многие монастыри выпрашивали себе несудимые грамоты, на основании которых братия и монастырские крестьяне судились у настоятелей, а настоятели, помимо епархиальной власти, подчинялись прямо суду самого царя в приказе большого дворца. Несудимые грамоты изредка успевали выпрашивать и церковные причты. Грамоты эти производили большую путаницу в церковном суде, нарушали судную власть архиереев и подчиняли духовенство мирскому суду. Стоглав отменил их: но его распоряжение не вошло в практику. Замечательно, что митрополит и архиереи, по крайней мере со времени Стоглава, должны были принимать к себе на службу бояр и дворян, а равно и увольнять их с этой службы не иначе как только с соизволения государя; таким образом эти люди сделались теперь не столько церковными, сколько обыкновенными государевыми людьми, только служившими по церковному ведомству. Государство заявляло свое участие в церковных судах по гражданским делам и с другой стороны - вместе с поповскими старостами на них положено было сидеть еще земским старостам, целовальникам и земским дьякам как представителям светской власти.
Состояние белого духовенства.
Члены причтов по-прежнему ставились к церквам по выбору прихожан. Β Стоглаве находим описание того, как в Новгороде улица, обыкновенно составлявшая особый приход, выбирала себе кандидата на церковное место и просила владыку ο поставлении избранного, причем брала с последнего деньги за выбор, а кого владыка пошлет сам без приходского выбора, тому отказывала. Член клира был членом и своей приходской общины, и притом членом грамотным, что давало ему болыпой вес и участие в земских делах, в разных общинных актах, межевых исках, мирском суде, выборах, челобитьях пред властями и т. п. При всем том в ХVI веке нельзя уже не замечать признаков скорого упадка выборного значения духовенства. Государство все более и более стесняло поставление в священный чин людей служилых и тяглых, так что ставленники были большей частью из лиц духовного же происхождения. Сама приходская община в своих выборах прежде всего обращала внимание на них же, потому что на их стороне была большая грамотность и привычка к церковной службе. Отсюда с течением времени постепенно формировалась наследственность церковного служения. Стоглав уже прямо говорит ο наследии церковных мест после отцов детьми.
Сборы с духовенства.
Β финансовой сфере церковного управления встречаем некоторые определения касательно архиерейских сборов с духовенства. После резких обличений стригольников касательно поставления пастырей на мзде собор 1503 года отменил было ставленые пошлины, но Стоглав снова восстановил их. Самый главный сбор с церквей в архиерейскую казну составляла ежегодная церковная дань по числу приходских дворов, количеству земли и других угодьев при каждой церкви. Другими сборами были: перехожие деньги с священно и церковно служителей за переход к другой церкви, епитрахиальные и орарные пошлины с вдовых священнослужителей при выдаче епитрахиальной или орарной грамоты на служение, крестцовые с безместного духовенства, служившего по найму, для которого оно становилось на крестцах (перекрестках), явочные - за явку грамот каждому новому архиерею. Важную статью архиерейских доходов составляли пошлины за антиминсы для новых церквей и венечные - с браков. При Грозном определена была денежная сумма, которую духовенство должно было платить ежегодно за архиерейский подъезд, хотя бы архиерей и не ездил по епархии. Кроме подъезда, оно платило еще московский подъем для покрытия издержек на поездки епископа к митрополиту. Со сборами на архиереев соединялись еще особые сборы на их чиновников и служителей архиерейского дома; со времени Стоглава эти сборы слагались в одну общую сумму, равную по величине церковной дани и известную под именем десятильнича дохода. При поездках архиерейских чиновников по делам духовенство ставило им кормы и подводы. Оно же строило двор архиерея и дворы десятильничи. Количество сборов зависело от усмотрения архиереев. Случалось, что церковь облагалась слишком высокими сборами и поэтому долго оставалась без причта. Случалось и то, что причт, соединясь вместе с прихожанами, силой отбивался от сборов. Законным средством избавиться от тяжести платежей были жалованные грамоты, но архиереи давали такие грамоты большей частью только таким церквам, которые находились в государственных селах или в вотчинах уважаемых монастырей и сильных лиц. Кроме платежей в архиерейскую казну, духовенство не было свободно и от гражданских платежей и повинностей. С своих собственных земель оно должно было выставлять ратников, давать деньги или припасы на военные нужды, поставлять кормы и подводы чиновникам, поддерживать мосты и дороги, исполнять повинность городовую (т.е. строить городские стены и казенные здания). Духовные лица, жившие на чужих землях, подлежали еще сборам в пользу владельцев этих земель. Жившие на землях черных тянули с черными людьми, т.е. несли обыкновенное тягло, платили оброк наместникам и другим чиновникам, деньги ямские, стрелецкие, пищальные и др. Белою, свободною от платежей, считалась только земля церковная, но и с нее духовенство должно было нести некоторые платежи в чрезвычайных случаях - во время войны и для выкупа пленных. Из постоянных повинностей эта земля не освобождалась от повинности губной, т.е. содержания губного старосты.