Местные органы власти продолжали методично уничтожать Церковь. В 1918 г. была реквизирована Епархиальная библиотека и передана комиссариату народного просвещения. В октябре 1918 г. в Тихоновой Пустыни в храме святителя Николая Чудотворца устроен клуб и театр.
10 октября Калужский Губисполком принимает постановление о немедленном изъятии из правительственных учреждений крестов и икон и об упразднении домовых церквей.
18 октября – организация подотдела по отделению Церкви от государства при губернском отделе Юстиции. Во главе подотдела встал Кузнецов, который уже 23 октября разослал во все монастыри распоряжение о подготовке к выселению в двухнедельный срок. Все церковные и монастырские земли были отняты и зачислены в земельный фонд, а Тихонова Пустынь была преобразована в первое советское культурное хозяйство имени Ленина. Была проведена конфискация всех церковных средств «в доход республики». Интересно, что решение о ликвидации всех действующих монастырей Калужская губерния приняла первой во всей стране, таким образом превратившись в авангард богоборчества. Летом 1920 г. местные власти решили, что пора преступить и к массовому закрытию церквей. Так по инициативе Тарусского Совдепа была начата борьба с верующими за храм в колонии НКВД им. В. И. Ленина, располагавшейся в закрытом монастыре. Причем против существования церкви не возражало ни руководство колонии, ни даже НКВД. Однако по требованию местного совдепа церковь была все-таки закрыта . В 1922 г. по епархии прокатилась волна «изъятия церковных ценностей», активным организатором которой явился Троцкий, неоднократно подчеркивавший, что уже заключены соглашения (главным образом с США) о реализации их за границей, которые надо непременно выполнять, ибо в противном случае грозит потеря доверия к Советским властям со стороны заокеанских деловых кругов. В результате Калужская епархия лишилась огромного количества икон, риз, богослужебных предметов имевших неоценимое значение для нашего народа.
Из Оптиной Пустыни по распоряжению Луначарского была вывезена уникальная библиотека. 15 июля 1924 года в больничной кухне о. Никоном (Беляевым) была отслужена последняя служба. На территории Оптиной Пустыни разместился детский дом, который сменили дом отдыха, концлагерь, СПТУ. Другой известнейший монастырь Калужской епархии, Боровский, был окончательно закрыт в 1923 году, его имущество передали Главмузею, а в помещениях разместили исправительную колонию. В те же годы был сброшен один из древнейших в России колоколов, отлитый через 11 лет после кончины преподобного Пафнутия Боровского, а из икон XVI века из иконостаса Ирининского придела были устроены будки для собак и клетки для кроликов.
В 1927 году епископа Феофана, всеми силами старавшегося оградить Церковь от полного уничтожения, переводят на Псковскую кафедру. 25 июля 1937 г. Владыка был арестован и после месяцев пыток был расстрелян 4 октября 1937 года в Нижегородской тюрьме. Калужская епархия осталась на год без управления. За этот год были сосланы на Соловки о. Николай Князев из с. Дубинки Плохинской волости и о. Александр Санковский из села Булгакова Мятлевского района. Тогда же по распоряжению Губисполкома был взорван Лаврентиев монастырь и разрушен его знаменитый некрополь. С 12 августа по 12 декабря 1928 года Калужскую кафедру занимал епископ Павел (Введенский) в последствии, 14 января 1937 г., расстрелянный, а с 1 января 1929 г. по 16 сентября 1930 г. – Калужским епископом являлся владыка Сильвестр (Братановский), скончавшийся на покое в Москве 29 сентября 1931 года. Относительное затишье в борьбе с Церковью было прервано в 1928 году, когда Сталин на собрании актива московской организации ВКП(б) призвал к «самой боевой антирелигиозной работе в массах». В 1930 г. в «Правде» появилась статья ее редактора Минея Губельмана, более известного под псевдонимом Ярославский, призвавшего «превратить пятилетку промышленного развития в пятилетку уничтожения религии». Начались сильнейшие гонения, закрытия огромного количества храмов, истребление в тюрьмах и лагерях большей части русского православного епископата, духовенства и монашества. В Калужской епархии, в г. Калуге закрыты следующие церкви: Петропавловская на Пятницком кладбище в 1929 г., Благовещенская, Илии Пророка разобрана, Михаила Архангела – разобрана, Спасо-Слободская – разобрана в 1932 г.; Воскресенская – разобрана в 1932 году, Знаменская церковь – переоборудована под хлебозавод. Даты закрытия и разборки других храмов г. Калуги не известны. Волна закрытия и разрушения храмов прошла по всей епархии. В 1930 г. был уничтожен Крестовский монастырь. Одновременно с закрытием храмов шли повальные аресты священнослужителей. 29 августа 1930 года был сослан викарий Калужской епархии, епископ Мосальский Стефан (Виноградов) вместе с настоятелем Мосальского кафедрального собора протоиереем Михаилом Полянским и старостой собора Ченышевым Иваном Петровичем. Всего за 1929-30 годы были сосланы или расстреляны 84 священнослужителя, 18 церковнослужителей, пять старост, восемь монахинь Шамординского монастыря, 14 монахинь обители «Отрада и Утешение» в пос. Дугна, четыре монахини Казанского Боголюбивого монастыря, две монахини Троицкого монастыря в Тарусе, четыре оптинских монаха.
В декабре 1930 года епископом Боровским временно управляющим Калужской епархией был назначен епископ Павлин (Крошечкин) выходец из крестьян, который, будучи на Полоцкой кафедре активно собирал подписи в поддержку избрания Патриарха, за что и был арестован. В 1936 году, уже будучи архиепископом Могилевским он был арестован и в следующим году расстрелян. За время его правления власти сослали и расстреляли еще 83 священнослужителя, 22 церковнослужителя, 13 Шамординских монахинь. 28 июня 1931 года 22 монахини Калужского Казанского монастыря вместе с игуменьей Ангелиной (Гуляевой) были сосланы в Казахстан, туда же были сосланы 16 монахинь Медынской Скорбященской общины и Свято-Троицкого Тарусского монастыря; в августе 1932 года в лагеря Северного края сосланы 10 монахинь Никола-Печерской женской общины во главе со старшей сестрой Екатериной (Авдеевой).
В 1933 году в связи со стремлением СССР стать членом Лиги Наций репрессии временно приутихли. В это время, с 29 июня 1933 года по 5 апреля 1934 года управление Калужской епархии осуществлял архиепископ Димитрий (Добросердов). В это время храмы не разрушались, но были репрессированы было 2 священнослужителей – отец Петр Лактионов из села Макарьева и отец Александр Соколов из села Покровского.
В 1934 году на Калужскую кафедру вступил недавно вернувшийся из заточения епископ Августин (Беляев) и этот же год совпал с усилением репрессий. Были возобновлены закрытия церквей, аресты священнослужителей и активных православных прихожан. На этот период были закрыты и разграблены практически все храмы Калужской епархии, а святыня нашего края, Калужская чудотворная икона Божией Матери, с которой было снято все более или менее ценное, сдана в Калужский краеведческий музей. Преосвященный Августин, препятствовавший атеистическому разбою в 1935 году был арестован, 19 ноября 1937 года Тройкой УНКВД СССР приговорен к расстрелу и 23 ноября расстрелян с группой духовенства и мирян. Всего же за годы правления владыки Августина было расстреляно или сослано 198 священнослужителей, 70 церковнослужителей. В ноябре 1937 года – 54 монахини из Шамордино отправлены в лагеря, а казначею Елисавету (Соколову) с пятью сестрами расстреляли. Расстреляны были трое монахов из Оптиной Пустыни, проживавших в Козельске – Феодор (Лавров), Никита (Чувенков) и Сергий (Борисов); приговорен к расстрелу настоятель Одигитриевской церкви в г. Калуга о. Иоанн Сперанский, бывший другом К. Э. Циолковского и многие другие священнослужители, монашествующие и миряне. Калужская епархия была лишена руководства, подавляющее большинство храмов было закрыто или разрушено. Достаточно сказать, что к 1941 году во всей России оставалось всего около 100 действующих церквей. Тем не менее разогнавшаяся репрессивная машина искала себе новые жертвы в Православной Церкви. В 1939 г. был превращен в инкубатор Покровский храм в г. Калуге, делались облавы на священников, лишенных приходов и постоянного места жительства. Всего за 1938-1941 годы были расстреляны или сосланы: 46 священнослужителей, 6 церковнослужителей, 5 монашествующих. Только начавшаяся Великая Отечественная война прекратила погром, отрезвила многие головы высших и местных руководителей и внесла определенный перелом во взаимоотношения государства и Церкви.