Структурными подразделениями Министерства природных ресурсов Российской Федерации являются департаменты по основным направлениям деятельности Министерства:
Департамент государственной политики и регулирования в области природопользования (разработка проектов планов деятельности Министерства по реализации государственной политики в области природопользования, нормативно-правовому регулированию вопросов по изучению, воспроизводству и использованию природных ресурсов; организация обеспечения деятельности структурных подразделений Министерства аналитическими материалами в области геологического изучения, воспроизводства минерально-сырьевой базы, рационального использования недр, эффективного развития лесного и водного хозяйств).
Департамент управления делами, государственной службы и кадров (формирование кадрового состава работников центрального аппарата Министерства;
методическое и информационное обеспечение в области кадровой политики и государственной гражданской службы; организация единой системы делопроизводства в центральном аппарате Министерства, федеральной службе, федеральных агентствах).
Департамент международного сотрудничества в области охраны окружающей среды и природопользования (участие в выработке государственной политики в сфере международного сотрудничества в области охраны окружающей среды, природопользования и организации выполнения обязательств Российской Федерации, вытекающих из двусторонних и многосторонних договоров, а также членства в международных организациях и участия в программах и проектах, по которым).
Департамент экономики и финансов (участие в выработке государственной политики в сферах деятельности Министерства по вопросам, касающимся экономики природопользования и организации охраны окружающей среды).
Правовой департамент (участие в выработке государственной политики в сфере рационального использования и охраны водных объектов, использования, охраны, защиты лесного фонда и воспроизводства лесов, ведения лесного хозяйства, геологического изучения, использования и охраны недр, охраны окружающей среды).
Департамент науки, имущества и информатики (разработка проектов организационно-методических и нормативных правовых документов с целью реализации государственной политики в сферах управления государственным имуществом, регулирования научно-технической и информационной деятельности, правового обеспечения контроля производственной и финансово-хозяйственной деятельности МПР России, находящихся в его ведении федеральной службы, федеральных агентств, а также подведомственных МПР России и указанным органам организаций).
Департамент государственной политики в сфере охраны окружающей среды (участие в выработке государственной политики и нормативно-правовом регулировании в сфере охраны окружающей среды, использования объектов животного мира и среды их обитания (за исключением объектов животного мира, отнесенных к объектам охоты), формирования и развития системы особо охраняемых природных территорий, организации и проведения государственной экологической экспертизы, осуществления государственного экологического контроля, совершенствование механизмов экономического регулирования в области охраны окружающей среды и возмещения вреда окружающей среде).
В ведении МПР находятся: Федеральная служба по надзору в сфере экологии и природопользования, Федеральные агентства по недропользованию, лесного хозяйства и водных ресурсов.
Федеральная служба по надзору в сфере экологии и природопользования является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по контролю и надзору в сфере экологии и природопользования. Основными функциями Федеральной службы по надзору в сфере экологии и природопользования являются: а) государственный контроль за геологическим изучением, рациональным использованием и охраной недр; б) государственный контроль за использованием, охраной, защитой лесного фонда и воспроизводством лесов; в) государственный контроль за использованием и охраной водных объектов; г) государственный контроль в области охраны, использования и воспроизводства объектов животного мира и среды их обитания в пределах своей компетенции; д) надзор за соблюдением законодательства Российской Федерации в отношении объектов животного мира, отнесенных к объектам охоты, и водных биологических ресурсов в особо охраняемых природных территориях в пределах своей компетенции; е) государственный контроль в области организации и функционирования особо охраняемых природных территорий федерального значения в пределах своей компетенции; ж) государственный контроль в области охраны окружающей среды (федеральный экологический контроль); з) контроль за деятельностью в области обращения с отходами производства и потребления, трансграничным перемещением отходов; и) государственный контроль за охраной атмосферного воздуха в пределах своей компетенции; к) контроль за производством и потреблением озоноразрушающих веществ; л) контроль за соблюдением лицензиатами лицензионных требований и условий, а также требований технических регламентов; м) надзор и контроль за состоянием и эксплуатацией гидротехнических сооружений в пределах своей компетенции; н) лицензирование деятельности в области обращения с опасными отходами; о) организация и проведение государственной экологической экспертизы; п) выдача и аннулирование разрешений и лицензий в соответствии с компетенцией Службы, в частности на: выбросы, сбросы загрязняющих веществ в окружающую среду, а также вредные физические воздействия на нее; размещение, захоронение, перемещение, складирование, уничтожение, утилизацию промышленных и иных опасных отходов; трансграничное перемещение отходов; оборот диких животных, принадлежащих к видам, занесенным в Красную книгу Российской Федерации; вывоз из Российской Федерации и ввоз в Российскую Федерацию палеонтологических, минералогических и зоологических коллекций; транзит через территорию Российской Федерации ядовитых веществ и веществ, указанных в таблицах I и II Конвенции ООН о борьбе против незаконного оборота наркотических средств и психотропных веществ.
Федеральное агентство по недропользованию является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по оказанию государственных услуг, управлению государственным имуществом, а также правоприменительные функции в сфере недропользования.
Федеральное агентство по недропользованию находится в ведении Министерства природных ресурсов Российской Федерации.
Основными функциями Федерального агентства по недропользованию являются:
а) организация работ по воспроизводству минерально-сырьевой базы и ее рациональному использованию; б) проведение геологического изучения недр на территории Российской Федерации и континентальном шельфе Российской Федерации; в) ведение федерального и территориальных фондов геологической информации о недрах, а также банка данных по вопросам недропользования; г) управление в пределах своей компетенции федеральным имуществом в сфере недропользования, в том числе управление государственным фондом недр; д) осуществление в пределах и порядке, определенных федеральными законами, актами Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации, полномочий собственника в отношении необходимого для обеспечения исполнения функций федеральных органов государственной власти федерального имущества, в том числе переданного федеральным государственным унитарным предприятиям, федеральным казенным предприятиям и государственным учреждениям, подведомственным Агентству; е) ведение государственного кадастра месторождений и проявлений полезных ископаемых, государственного учета работ по геологическому изучению недр, участков недр, предоставленных для добычи полезных ископаемых, а также для целей, не связанных с их добычей, и включение их в государственный реестр, ведение государственного баланса запасов полезных ископаемых, осуществление мониторинга состояния недр; ж) предоставление в установленном порядке права пользования недрами; з) оказание государственных услуг, связанных с проведением: в установленном порядке геолого-экономической и стоимостной оценки месторождений полезных ископаемых и участков недр; государственной экспертизы запасов полезных ископаемых, геологической и экономической информации о предоставляемых в пользование участках недр, а также проектно-сметной документации на ведение работ по геологическому изучению недр.
Федеральное агентство лесного хозяйства является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по оказанию государственных услуг, управлению государственным имуществом и правоприменительные функции в сфере лесного хозяйства.
Основными функциями Федерального агентства лесного хозяйства являются:
а) обеспечение рационального, непрерывного и неистощительного лесопользования, воспроизводства, охраны и защиты лесов, объектов животного мира (за исключением отнесенных к объектам охоты), выполнения мер по лесному семеноводству, гидромелиоративных работ и иных работ по ведению лесного хозяйства, рационального использования земель лесного фонда, сохранения и усиления средообразующих, защитных, водоохранных, рекреационных и иных полезных природных свойств лесов; б) предоставление прав пользования участками лесного фонда; в) обеспечение проведения лесоустройства; г) оказание государственных услуг, связанных с предоставлением информации о состоянии участков лесного фонда, организацией выбора участков лесного фонда для разрешенных видов лесопользования; д) осуществление государственного мониторинга лесов; е) ведение государственного учета лесного фонда, отнесение в установленном порядке лесов к группам лесов и категориям защитности лесов первой группы, а также перевод лесов из одной группы лесов или из категории защитности лесов первой группы соответственно в другую группу или категорию; ж) ведение государственного лесного кадастра; з) рассмотрение ходатайств о переводе лесных земель в нелесные и переводе земель лесного фонда в земли иных категорий.