Численность в крае всюду низка. Больше всего лебедей в двух районах: в лесотундровом и северо-таежном левобережье Енисея, а также в верховьях правых притоков Нижней Тунгуски и на прилежащих крупных озерах Северной Эвенкии. В северо-западной части округа плотность населения кликуна варьировала от 0,01 до 0,25 особи на км2. В средней тайге на гнездовании сравнительно редок (только на немногих малопосещаемых участках их численность достаточно высока): так, в бассейне р. Сыма она составляла 0,05-0,30 особи на км2. Весной сразу после прилета на реке их заметно больше – 0,3-0,4 особи на 10 км русла. На озерах в пойме р. Сыма и на водоразделах встречается чаще . В южной тайге левобережья и южнее, в полосе лесостепи и степи, уже почти не гнездится. Численность ангаро-тунгусской группировки также крайне низкая и не превышает 150-200 особей. Общая численность саяно-минусинской группировки оценивается в 250-300 особей, из них в крае сосредоточено 15-30%. Численность лебедя-кликуна в среднетаежном левобережье составляет (включая разрозненные гнездовые пары, обитающие по р. Касу, на водораздельных болотах междуречий Сыма, Тыма, Елогуя, Кети и Каса) 1,0-1,5 тыс. особей. В Туруханском районе в 1990-е годы общее число лебедей не превышало 200-250 пар. В целом в Красноярском крае (без Таймыра, Эвенкии и Хакасии) в настоящее время обитает не более 3,5 тыс. этих птиц. Основными лимитирующими факторами уменьшения численности следует считать прямое истребление кликунов ради мяса, шкурок, пуха и перьев, особенно во время линьки и на пролете. В южных районах Приенисейской Сибири наиболее значимы воздействия, вызванные фактором беспокойства, а также уничтожение среды обитания данного вида как в местах остановок на пролете, так и на зимовках.
Кликун – охраняемая птица, охота на него в крае строго запрещена. Внесен в перечень видов Российско-индийской конвенции об охране перелетных птиц. Охраняется в заповедниках "Центрально-Сибирский", "Путоранский", "Азасский" и "Убсу-Нурская котловина". Основные гнездовья кликуна, обитающего в бассейне р. Сыма, войдут в зону проектируемого природного парка "Сымский". Размножающиеся пары встречаются также в Туруханском заказнике. В пределах проектируемых ООПТ пребывание лебедя-кликуна отмечено в Чадобецком, Дешембинском, Крыжинском, Агашульском, Канско-Тугачском, Косогольско-Сережском заказниках, встречается он в Кежемском многоостровье, на озерах Интиколь, Улюколь, Салбат и Ношинском пруду, где также планируется ввести режимы ограничений хозяйственной деятельности и охраны водно-болотных угодий.
· Дрофа восточного подвида вблизи Красноярского края сохранилась в небольшом числе на гнездовье в Туве. Этот подвид всегда занимал только изолированные участки, лежащие на периферии ареала. Основным центром его обитания была Абаканская степь, но дрофа встречалась и севернее. А.Я. Тугаринов проследил ее к северу до 54° с.ш. На правобережье Енисея в Минусинской котловине всегда отмечалась редко и случайно, иногда её видели под самым г. Минусинском, иногда – у Бараксана и Курагино на р. Тубе. В Туве в начале ХХ в. была всюду обычна и широко населяла разнообразные степные участки. Возможно, что в конце XIX – начале XX вв. в Минусинской котловине встречался и европейский (западный) подвид дрофы. В настоящее время – очень редкая бродячая птица степных участков юга региона. За последние десятилетия в пределах края дрофа встречена лишь дважды в Идринском районе (1984 г.) между населенными пунктами Большой Телек и Салба.
В настоящее время на территории края эпизодически встречаются лишь неразмножающиеся бродячие особи, которые в основном залетают с территории Тувы, где, дрофа регулярно отмечалась в 1980-1985 гг. (Уюкская, Центрально-Тувинская и Убсу-Нурская котловины). Наиболее подробные сведения о ней в Хакасии приводит С.М. Прокофьев. За 21 год наблюдений (1963-1983 гг.) он встречал дрофу в Минусинской котловине всего 5 раз: в Абаканской степи стайки из 2, 5 и 8 птиц и в Ширинской степи – группы из 4 и 5 особей. По приводимым им же опросным данным, 10-15 августа 1979 г. в Койбальской степи были отмечены 4 дрофы, 2 из которых, возможно, были молодыми; в 1980 г. здесь же были встречены две группы: 5 и 4 птицы; также, по данным опроса охотников, до последнего времени в Уйбатской степи осенью ежегодно видели дроф, среди которых иногда были и молодые. В летний период отмечена в урочище "Сорокаозерки". Основная причина резкого снижения численности вида: повсеместное ухудшение, а местами и полное исчезновение пригодных биотопов в связи с интенсификацией сельского хозяйства (сплошная распашка степей и выпас скота). Важнейшими причинами снижения численности явилась неумеренная охота в первой половине ХХ столетия. И в настоящее время отмечаются случаи браконьерской добычи этих птиц, как правило, с применением автомашин, которых дрофа совершенно не боится и подпускает их вплотную. Помимо прямого преследования, в гнездовое время на полях и пастбищах велик фактор беспокойства (тракторы вспугивают насиживающих птиц, следующие за машинами грачи расклевывают яйца и т. п.). Использование пестицидов не только может вызвать отравление, но и лишает их животных кормов (насекомых). Численность лимитируется и низким воспроизводственным потенциалом: малой плодовитостью, поздним достижением половой зрелости. Яйца и пуховиков уничтожают волки, лисицы и пастушьи собаки, растаптывает скот. Птенцов, молодых птиц и самок ловят крупные хищные птицы – степной орел, беркут, могильник.
Дрофа занесена в Красную книгу Российской Федерации и повсеместно охраняется законом. Включена в Приложение II Конвенции CITES и перечень видов Российско-индийской конвенции по охране перелетных птиц. Следует выявить, сохранились ли на территории края места гнездования дрофы и, если они еще есть, организовать там заказник высокого ранга, создать ряд небольших заказников в степной части Хакасии для возможного привлечения птиц, залетающих из Тувы. Целесообразно наладить охрану дрофы в Туве. Это увеличило бы возможность её залетов на юг края. На территории Красноярского края в Минусинской котловине необходимо создать питомник по разведению птиц и интродукции их в природу, усилить борьбу с браконьерством и организовать широкую разъяснительную работу.
· Балобан распространен от южных границ края до широты городов Ачинска, Красноярска. В начале ХХ в. отмечался около пос. Балахта, у оз. Салбат, в окрестностях г. Минусинска, у Большого озера (Божье), в Восточном Саяне на границе с Красноярской лесостепью, где регулярно встречается и в настоящее время. На гнездовье найден под г. Красноярском, по долине р. Базаихи, по р. Енисею у г. Дивногорска и в районе Красноярского водохранилища. Гнездился в 1976 г. на о-ве Отдыха в черте г. Красноярска, наблюдали его у с. Додоново и по р. Караульной (левому притоку Енисея). Гнезда найдены в окрестностях сел Когунек и Новомарьясово, Краснотуранском сосновом бору, на Батеневском кряже. Обычен в Минусинской котловине в районе оз. Малый Кызыкуль и на Таежинском стационаре. Гнезда были найдены в Шушенском бору, в окрестностях бывшего Мигнинского водохранилища Ермаковского района, пара балобанов встречена на берегу р. Енисея в окрестностях с. Синий Камень, одиночные особи отмечались около с. Вознесенки, в пойме Кебежа в урочище "Филаретиха". Гнезда обнаружены в 1988 г. на горе Ойха около пос. Курагино, в окрестностях с. Покровка на правом берегу р. Кизира, в 7 км ниже устья р. Кизира, на левом берегу р. Казыра (Каратузский район) и в 10 км ниже пос. Курагино на р. Тубе. Одиночные особи отмечены на правом берегу р. Енисея ниже устья р. Кана, на реках Кизире, Тубе в районе о-вов – Таскин, Еферьев и Колмаковский. Гнездится балобан в приенисейской части Западного Саяна, Усинской котловине, в окрестностях с. Арадан, встречен на Куртушибинском хребте.
Относительно редок, но местами может быть обычен. В 1970-х годах плотность населения балобана в лесостепной части Минусинской котловины составляла: на левобережье р. Енисея - 2-3 пары на 100 км2 территории, или 5-7 пар на 100 км2 лесов; на правобережье Енисея не более 1 птицы на 100 км маршрута, или 0,5 пары на 100 км2 лесов. В окрестностях Красноярска в 1990-х годах обилие составляло 1-2 пары на 100 км маршрута, в бассейне рек Кизира, Тубы (Курагинского района) – 4-5 пар, в Шушенском и Ермаковском районах – 3-4 пары, в Усинской котловине – 2-3 пары, в Шарыповском районе (окрестности оз. Большое) – 1-2 пары на 100 км маршрута. Численность балобана в течение ХХ столетия в регионе никогда не была высокой, более того, в конце ХХ в. отмечался даже её рост. Размещение гнездящихся пар связано не только с наличием соответствующих стаций, но и с мозаичностью распределения грызунов – основного корма этого сокола. Обычно в пределах его гнездовой территории отмечается высокая плотность поселения длиннохвостых сусликов или полевок. В рационе довольно обычны и птицы, особенно в зимний период. Депрессии грызунов в отдельные годы, вызванные различными причинами, приводят к значительным флуктуациям численности и плодовитости балобана. Для вида важно наличие готовых гнездовых платформ и соответствующих скальных образований, необходимых для откладки яиц. Весьма чувствителен к пестицидам, используемым для истребления грызунов. Фактор беспокойства не имеет существенного значения, балобан может гнездиться и в условиях антропогенного ландшафта. В последние годы в связи с ростом популярности в мире соколиных охот отмечаются случаи отлова и вывоза этих птиц за пределы края.