14 лет управлял святитель Иоанн Черниговской епархией, снискав себе, как богато одаренному светильнику Христову, благоговейное почитание от паствы. В марте месяце 1712 года состоялось назначение архиепископа Черниговского Иоанна Максимовича в Тобольск с возведением его в звание митрополита Тобольского и всея Сибири. Выбор духовного начальства и Государя Петра I по отречении митрополита Филофея Лещинского от управления Тобольскою епархией остановился на Черниговском архипастыре Иоанне Максимовиче потому, что еще от 18 июня 1700 года Петр I, желая просветить светом евангелия не только сибирских язычников, но и сопредельные с Сибирью неверующие народы, дал указ о том, чтобы на Сибирскую митрополию возводимы были мужи не тоько благочестивые, а вместе с тем и ученые. А Иоанн архиепископ Черниговский, вполне обладал этими качествами, которых Великий Император требовал от кандидатов в архипастыри Тобольские: он сиял и добродетелями христианскими, был вполне образованным по тогдашнему времени человеком и известен был как писатель и переводчик назидательных и душеполезных сочинений. Кроме того, он умудрен был в делах церковного управления, имея уже более шестидесяти лет от рождения. Во время борьбы русских со шведами он предрек Царю Петру Великому полную победу на врагов. «Благословен Ты, говорил он Царю, - егда входиши, и благословен, егда исходиши: предаст бо Господь Бог враги Твои, сопротивляющиеся Тебе, сокрушены пред лицом Твоим; путем единым придут к Тебе и седмию путий побегут от лица Твоего».
Святитель Иоанн прибыл в Тобольск 14 августа 1712 года и остановился сначала в Знаменском монастыре на берегу реки Иртыша. На другой день, в праздник Успения Божней Матери, утром, он торжественно с крестным ходом, сопровождаемый многочисленным народом и войском, вступил в нагорную часть города Тобольска, отслужил сначала на площади молебен и, благословив народ, вошел в кафедральный собор и совершил Божественную литургию.
По словам Григория Новицкого, автора книги «Краткое описание остяцкого народа»: «Митрополит Иоанн был усердный ревнитель и трудолюбивый желатель благочестия». А неизвестный автор рукописи сибирской летописи говорит: «Митрополит Иоанн был тих, смирен, благорассудлив, о бедных сострадателен и милостив».
Несмотря на кратковременное управление Тобольской епархией, Святитель Иоанн много помог здесь делу умножения святых храмов Божиих и особенно делу проповеди света Христого учения среди многочисленных инородцев местного края – вогул, остяков и татар. Умер великий святитель 10 июня 1715 года и был погребен, согласно его желания, в придельном соборном храме в честь преподобных Антония и Феодосия Печерских, у северной стороны Успенского собора.
Как видно из донесения Святейшему Синоду в 1720 году, Филофей не обольщался статистическими данными о крещеных и очень скептически относился к уверениям в их истинном обращении к православию. И в самом деле, митрополит Антоний Стаховский (1721-1740) вынужден был в 1727 году доложить Святейшему Синоду о массовых отпадениях в язычество, особенно среди остяков, он также просили расширить систему льгот. Святейший Синод послал в распоряжение Антония 1000 рублей. В указе о 1730 года Святейший Синод рекомендовал отказаться от принуждения при крещении и не привлекать к этой деятельности «жестких и ретивых» миссионеров, необходимо действовать «тихо и мягко». Нельзя не упомянуть и о том, что наряду с профессиональными миссионерами среди местного духовенства Сибири появлялись и отдельные клирики, посвящавшие себя миссионерским трудам по велению души. Они доходили с миссией вплоть до Енисея.
В конце 1749 года свое служение в Тобольске начал митрополит Сильвестр Головацкий (1749-1755). Уже в Казани, где ему подчинялась Контора новокрещенских дел, он возбудил недовольство своими насильственными методами обращения. В Сибири он особенно интересовался татарским населением так называемой Барабинской степи. Как и в Казани, он и здесь применял насильственное крещение детей и увозил их в русские школы. Из-за жалоб татар вскоре была назначена комиссия для расследования, и митрополит в 1755 году был переведен в Суздаль. Постепенно политика веротерпимости Екатерины II стала проникать и в Сибирь. 20 августа 1769 года вышел указ императрицы губернатору Сибири следить вместе с митрополитом за тем, чтобы клирики, действующие по своей инициативе, не применяли никаких средств насилия. Как и повсюду, в Сибири миссия была прекращена и только в 30-х годах XIX века стала опять постепенно развиваться.
Далее историю Тобольско - Тюменской епархии мы будем отслеживать по истории Тобольской Духовной Семинарии. Основателем предшественницы Тобольской семинарии – славяно-российской школы на архиерейском дворе, первой духовной школы в Сибири всегда почитался просветитель Сибири митрополит Филофей (Лещинский). Ее создание также связано с именем императора Петра I.
Указом Петра I от 9 января 1701 года повелевалось: «…Приказному человеку Тобольского Софийского дворца из дворян Андрею Городецкого на Софийском дворе, или где прилично, построить училище поповских, диаконских и церковниковых детей, ребяток учить грамоте, а потом словенской грамматике и прочим на словенском языке книгам; и катихизис православной веры могли бы совершенно знать, и удостоятся в чин священства, народ учить и многочисленных в Сибири иноземцев, неведующих Создателя Господа Бога, приводить в познание истинныя веры могли, и потому ко святому крещению искать расширения до самого государства Китайского».
Дело своего предшественника митрополита Филофея по развитию школы продолжил святой Митрополит Тобольский Иоанн (Максимович) во время его пребывания на Тобольской кафедре с 1711 по 1715 год. С ним прибыло несколько человек ученых монахов. Митрополит Иоанн вносит собственные пожертвования на содержание школы и пишет наставления ученикам.
Открытие школы и преобразование ее в семинарию принадлежит митрополиту Антонию II (Нарожницкому), который прибыл на Тобольскую кафедру 19 февраля 1743 года. Как отметил в рукописной записке по истории семинарии ее ректор архимандрит Михаил (Бурдуков), «Тобольская семинария восприяла свое начало 1743 года, при преосвященном митрополите Антонии Нарожницком, который, как любитель учения, сразу по прибытии учредил школы латинского языка».
За свое шестилетие пребывания на кафедре митрополит Антоний сделал очень много для Семинарии. Он выстроил для нее новое помещение, вызвал из Киева новых учителей, значительно расширил семинарскую библиотеку, приобретая для нее книги из библиотек покойных архипастырей и пожертвовав собственных двадцать семь томов древних церковных писателей на латинском языке, озаботился содержанием учителей и учеников.
Особое внимание дальнейшему развитию семинарии уделял митрополит Сильвестр (1749-1755). Первоначально курс образования в Тобольской семинарии заканчивался обучением в трехгодичном классе риторики.
Постепенно в семинарии были открыты все классы, и с 1764 года она имела их полный состав: аналогии или фары, инфимы, грамматики и синтаксимы, пиитики, риторики, философского и богословского. Богословский класс ввел святой Митрополит Павел II (Конюскевич) (1758-1768), назначив преподавателем в нем архимандрита Михаила (Миткевича), который стал и первым ректором семинарии. Были также и экстраординарные классы: исторический, географический, греческий, татарский, класс высшего красноречия, математический, немецкий, французский, медицинский, рисовальный.
Постепенно Тобольская семинарии становится центром всего духовного образования в епархии; в городах Тюмени, Туринске, Ишиме, Березове, Таре, селе Самарове открываются латинские и славяно-русские школы как подготовительные для поступления в семинарию, а также семинария играет заметную роль в развитии светского образования в Сибири.
Вследствие увеличения количества учащихся преосвященный Варлаам (Петров) (1768-1802) в 1770 году перевел семинарию в Знаменский монастырь в подгорной части города. Архиепископ Варлаам за время своего продолжительного управления епархией оставил значительный след в истории семинарии (тогда в состав семинарии входило и училище). Он был очень сердечен и ласков в обращении с учащимися. Если ему сообщали о каком-нибудь нерадивом семинаристе, то он обычно выносил такое решение: «Обязать подпискою, чтоб учился прилежно и ходил всегда в школу».
Весной 1788 года в Тобольске случился страшный пожар, который повредил и семинарский корпус.
В 1804 году на постройку здания семинарии было выделено 20000 рублей, и указом Святейшего Синода преосвященному Антонию III, преемнику по кафедре архиепископа Варлаама, было предписано приступить к постройке. Преосвященный Антоний, имел намерение построить здание семинарии на мысе Чукман, там, где сейчас стоит памятник Ермаку и располагается городской парк, поскольку местоположение Знаменского монастыря в гигиеническом отношении было неблагоприятным. Составлен был план и начали уже копать рвы и закладывать фундамент. Но в 1806 году преосвященный Антоний был переведен из Тобольска, а прибывший на кафедру архиепископ Амвросий Келембет посчитал расположение Семинарии на мысе Чукман не удобным и приказал приостановит работы.
Святейший Синод указом от 10 декабря 1808 года одобрил решение преосвященного и предписал отремонтировать для семинарии старый монастырский корпус, а также выстроить новое помещение для учителей, учеников, больницу и поварню.
В октябре 1818 года Тобольская духовная семинария была преобразована по «Проекту устава духовных семинарий». Реформа семинарского образования в России была вызвана накопившимися недостатками в организации духовного образования: отсутствием высшего надзора за духовными учебными заведениями, скудностью преподавательских кадров, неопределенностью и смешанностью курсов, господством латыни, материальной необеспеченностью. Тобольская семинария поступила, в соответствии с проводимой реформой, под надзор Правления Московской Духовной академии.