После смерти Митридата в 63 г. до н. э. Херсонес находился в политической и экономической зависимости от Боспора. Стремясь от нее избавиться, народ на протяжении I в. до н. э. дважды обращался к Риму с просьбой даровать ему свободу. Римляне подтверждали независимость Херсонеса, но его свобода оставалась мнимой. Фактически Херсонес продолжал быть зависимым от более сильного Боспора. Источники I в. до н. э.— I в. н. э. говорят о сложном внутреннем и внешнем положении Херсонеса — внутриполитической борьбе, нехватке хлеба, опустошении хоры врагами. Отягощенные борьбой со скифами херсонесцы вновь обращаются за помощью в Рим. В 63 г. н. э. в Крым вводятся войска римского легата Плавия Сильвана, который снял осаду с города и оставил в нем военный гарнизон. Римский гарнизон в Херсонесе и основанной римлянами крепости Харакс простоял примерно до 80-х гг. I в., а затем был выведен.
Херсонес вновь оказался в зависимости от Боспора. В середине II в. римские войска вновь вводятся в Херсонес. С этого времени город формально снова получает независимость, он сохраняет самоуправление, но фактически он становится типичным римским провинциальным центром, тесно связанным политическими, экономическими и культурными связями с Римской империей, что сказывается на всем облике его культуры, сохранившимся до конца античной эпохи. После раздела Римской империи в конце IV в. на две части Херсонес вошел в сферу влияния Восточной Римской империи. [12]
Существует несколько вариантов периодизации истории античного Херсонеса (Белов Г. Д., 1948. с. 54; Стржелецкий С. Ф., 1958). Однако видимо, наиболее приемлема схема, предложенная Е. Г. Суровым: конец V - IV в. (классический период), конец IV—I в. до н. э. (эллинистический), I—IV вв. н. э. (римский) (Суров Е. Г., 1961. с. 35). В отличие от многих других греческих северо-понтийских городов Херсонес не погиб на рубеже античности и средневековья, поэтому трудно установить конечный этап истории античного Херсонеса. Верхней хронологической границей его условно принимается конец IV — начало V в. н. э.
Первые поселенцы обосновались в северо-восточной части городища. Постепенно город расширял свои границы в западном и юго-западном направлении, захватывая и берега Карантинной бухты. Строительных остатков времени основания города не найдено. Но в 1977—1978 гг. в северо-восточной части Херсонеса С. Г. Рыжов обнаружил остатки жилых домов IV в. до н. э., построенных прямо на скале из мелких плит известняка на глиняном растворе. Слой содержал наряду с керамикой IV в. до н. э. керамику VI—V вв. до н. э. Ранее в Херсонесе уже было обнаружено несколько фрагментов сосудов, которые можно отнести к периоду, предшествующему времени основания города. Ионийская керамика V в. до н. э. была найдена при раскопках оборонительной стены и некрополя на Северном берегу (Белов Г. Д.. 1972. с. 17). Она дала основание В. Д. Блаватскому поддержать высказанное М. И. Ростовцевым предположение о существовании до основания Херсонеса ионической морской станции (Ростовцев, V., Л.. 1915. с. 80), на месте которой возникла торговая фактория или эмпорий (Жебелев С. А., 1953. с. 30; Блаватский В. Д., 1949б, с. 146; 1954в, с. 16). В пользу наличия временной стоянки судов, следовавших из Средиземноморья вдоль северного побережья Черного моря говорит единичность обломков керамики VI и первых трех четвертей V в. до н. э. (Зедгенидзе А. А.. 1979). Где проходила вся линия городских укреплений V — начала IV в. до н. э - пока не известно. По местоположению древнейшего некрополя и керамических свалок, в которых найдена краснофигурная керамика конца V—IV вв. до н. э. удается примерно очертить территорию раннего города. Его площадь в это время была небольшой, около 10—11 га. Территория, позднее вошедшая в границы города в V — IV вв. до н. э. была частично занята некрополем, остатки которого обнаружены К. К. Косцюшко-Валюжиничем в 1390 г. в южной его части, а затем открыты Г. Д. Беловым па северном берегу. [12]
Ко времени основания Херсонеса в приморской части Крыма уже существовали ионийские колонии Пантикапей, Феодосия и Керкинитида. Степи были заселены скифами. Кроме того, в VI – V вв. до н.э. на Гераклейском полуострове существовало около десятка поселений кизил-кобинской культуры (в античной традиции – тавры). По всей видимости, они были небольшими (большинство из них разрушено позднейшими агротехническими работами). К середине – второй половине V в. до н.э. эти поселения прекращают свое существование. Связано ли это со становлением и расширением Херсонеса – не ясно, достоверно лишь то, что они исчезают до начала размежевки полуострова. [10]
Гераклейский полуостров, на котором и расположился Херсонес и его хора, представляет собой прибрежную известнякову равнину на юго-западной оконечности Крыма на 44037’ с.ш. и 33033’ в.д. (заметим, что у Птолемея (III.6.2.) он располагается гораздо севернее). Территория полуострова немногим более 12000 га имеет форму треугольника, основанием которого являются гряды высот Карагач и Сапун-горы, протянувшиеся сплошной цепью с юга на восток почти на 8 км, что составляет примерно 40 греческих стадий. [Приложение 2]
С северо-восточной стороны он ограничен прекрасной судоходной Севастопольской бухтой длиной более 7 км и дельтой реки Черной, болотистые, низменные берега которой образуют плодородную долину. Северо-восточный, северный и северо-западный берега полуострова – правая сторона треугольника. Они буквально изрезаны глубокими бухтами, образовавшимися в результате интенсивного погружения западно-крымского мегаблока с перекосом в сторону Гераклейского полуострова. [8]
У входа в Севастопольскую бухту, на мысу между бухтами Карантинной и Песчаной, расположен Херсонес Таврический.
При основании колонии на берегу Карантинной бухты переселенцы руководствовались удачным географическим положением места. Херсонес находился на перекрестке путей, связывавших два культурно-экономических центра Северного Причерноморья — северо-западный, охватывавший район рек Днестра, Днепра и Буга, и северо-восточный, включавший Таманский полуостров и Восточный Крым. Эти районы, служившие издревле местом интенсивного торгового обмена с местным населением, привлекли внимание греческих колонистов, что привело к образованию здесь очагов эллинской жизни — Ольвии на северо-западе, Пантикапея, Фанагории и более мелких поселений, объединившихся впоследствии в Боспорское царство, на северо-востоке. В этих районах у эллинских городов существовали тесные торговые связи с местным населением, поэтому любое государство, стремившееся наладить активную торговлю с Северным Причерноморьем, неизбежно вступало с ними в контакт. Херсонес же был расположен па пересечении морских путей, связывавших два указанных культурно-экономических центра между собой и все Северное Причерноморье с греческой метрополией. Для древнегреческих кораблей было два пути к северным берегам: вдоль западного побережья Эвксинского Понта до Петра, откуда корабли плыли по прямой до западного берега Крыма, и по кратчайшему пути между мысами Карамбис (Пафлагония) и Криуметопон (Бараний Лоб) на южной оконечности Крыма. Оба пути проходили через Херсонес. [Приложение 3] Со второй половины V в. до н. э. Греческие мореходы эпизодически уже пользовались кратчайшим путем. По всей вероятности, гераклейские купцы с конца VI в. до н. э. неоднократно посещали северные берега Эвксинского Понта. Они плыли туда в основном вдоль западного берега, где было много удобных бухт и гаваней. Это определило их торговые интересы, сконцентрированные первоначально в западной части Причерноморья, что облегчалось существованием в тех местах гераклейской колонии Каллатис. [Приложение 3] Последнее подтверждается распространением гераклейской керамической тары, клейменной штемпелями ранних хронологических групп. По подсчетам В. И. Каца, сделанным но рукописи Б. Н. Гракова и Е. М. Придика IosРЕ III, выходит, что более всего ранних гераклейских клеим (185) приходится на Ольвию, в то время как на Херсонес и Керкинитиду соответственно 118 и 20, Пантикапей - 86, Фанагорию — 19, Феодосию — 19, Мирмекий — 19, Нимфей — 9 и т. п. В Истрии из приведенных В. Канараке 26 гераклейских клейм 11 принадлежат к ранней группе клеймения. Обнаруженная на Фракийском побережье и в Добрудже гераклейская керамическая тара в основном распределяется между I—III группами И. Б. Зеест и датируется первой половиной IV в. до н. э. Импорт из Гераклеи сбывался и местному населению, о чем свидетельствуют находки фрагментов гераклейских амфор в курганах и на поселениях Приднепровья, степного Крыма, Фракии. Гераклейская торгово-землевладельческая знать стремилась расширить влияние и проникнуть в Восточный Крым. Этот район на рубеже V—IV вв. до н. э. выдвинулся в ряды основных экспортеров зерна, а в интересах гераклейской торговли было получить дополнительные доходы от транзитной торговли хлебом. Но активная торговля с Феодосией, Пантикапеем и другими городами Восточной Таврики и Таманского полуострова требовала освоения кратчайшего пути плавания по Понту. В целях проникновения в Восточный Крым, подчинения своему влиянию Северного Причерноморья и освоения прямого пути плавания по Понту гераклеотам требовалось создать опорный пункт на северном берегу. Поселение у Карантинной бухты представлялось наиболее удобным, поскольку здесь скрещивались западный и кратчайший пути плавания. Как показали исследования М. И. Максимовой, в начале IV в. до н. э. краткий путь стал использоваться значительно интенсивней. В середине IV в. до н. э., как следует из подсчетов клейм П. И. Кацом, центр тяжести гераклейской торговли перемещается в Восточный Крым. Поэтому основание Херсонеса гераклеотами в конце V в. до н. э. явилось необходимым этапом для проникновения в Северо-Восточное Причерноморье. [11]