Зарозумілість Никона і його активність росли разом з успіхами зовнішньої політики Росії, тому що у визначенні її курсу він теж брав діяльну участь.
Але за невдачі 1656-1657 р. у зовнішній політиці оточення царя склало провину на Никона. Активним втручанням буквально в усі справи держави і прагненням нав'язати усюди свої рішення, у тому числі шляхом погроз (щонайменше двічі через незгоду царя з його «радами» Никон загрожував залишенням патріаршої кафедри), став тяготитися і цар. Почалося охолодження відносин між ними. Патріарха рідше стали запрошувати в царський палац, Олексій Михайлович все частіше спілкувався з ним за допомогою посильних з царедворців і робив спроби обмежити його владу, з чим, звичайно, не бажав миритися Никон. Цю зміну використовували світські і духовні феодали. На Никона зводилися обвинувачення в порушенні законів, користолюбстві і жорстокості.
Відкрите зіткнення між царем і патріархом, що призвело до падіння Никона, яке відбулося в липні 1658 р. Приводом для нього послужила образа окольничим Б.М. Хитрово патріаршого стряпчого князя Д. Мещерського 6 липня під час прийому до Кремля грузинського царевича Теймураза (Никон не був запрошений). Патріарх листом зажадав від царя негайного покарання Б.М. Хитрово, але одержав лише записку з обіцянкою розслідувати справу і побачитися з патріархом. Никон не задовольнився цим і розцінив подію як відкриту зневагу до його сану глави російської церкви. 10 липня 1658 р. цар не з'явився на урочистій обідні в Успенському соборі. Князь, що прийшов замість його, Ю. Ромодановський сказав Никону: «Царська величність ушанував тебе як батька і пастиря, але ти цього не зрозумів, тепер царська величність велів мені сказати тобі, щоб ти надалі не писався і не називався великим государем і шанувати тебе надалі не буде». По закінченню служби Никон оголосив про залишення патріаршої кафедри. Він розраховував, що його безпрецедентний крок викличе замішання в урядових колах і в країні, і тоді він зможе диктувати умови свого повернення царю. Подібне положення не влаштовувало царську владу.[17]
Єдиний вихід з становища, що створилося, полягав у скиненні Никона і виборі нового патріарха. З цією метою в 1660 р. був скликаний церковний собор, який виніс рішення про позбавлення його патріаршого престолу і священства, пред'явивши Никону обвинувачення в самовільному видаленні з патріаршої кафедри. Єпіфаній Славинецький, виступивши, указав на незаконність рішення собору, тому що Никон не був винен у єретицтві, і судити його мали право лише інші патріархи. З огляду на міжнародну популярність Никона, цар був змушений погодитися і розпорядитися скликати новий собор за участю всесвітніх патріархів.
У листопаді 1666 р. патріархи прибули в Москву. 1 грудня Никон став перед собором церковних ієрархів, на якому був присутній цар з боярами. Всі обвинувачення патріарх або заперечував, або посилався на своє неведення. Никона присудили до позбавлення патріаршого престолу, але зберегли за ним колишній титул, заборонивши втручатися «у мирські справи Московської держави і всея Росії, крім своїх трьох монастирів, даних йому і вотчин їх; у них бо, аще хоче, так міркують мирські справи».[18] Місцем заслання патріарха визначили Ферапонтів монастир.
Але питання про співвідношення «священства» і мирської влади залишалося відкритим. Зрештою, сторони які сперечалися прийшли до компромісного рішення: «Цар має перевагу в справах цивільних, а патріарх – у церковних». Це рішення залишилося не скріпленим підписами учасників собору і не ввійшло до складу офіційних діянь собору 1666-1667 р.
Впровадження нових обрядів і богослужіння по виправлених книгах багато хто сприйняв як запровадження нової релігійної віри, відмінної від колишньої, «істинно православної». Виник рух прихильників старої віри - розкол, родоначальниками якого були провінційні ревнителі благочестя. Вони стали ідеологами цього руху, склад учасників якого був неоднорідним. Серед них було багато малозабезпечених служителів церкви. Виступаючи за «стару віру», вони виражали невдоволення посиленням гніту з боку церковної влади. Більшість же прихильників «старої віри» становили посадські люди і селяни, незадоволені зміцненням феодально-кріпосницького режиму і погіршенням свого положення, що вони зв'язували з нововведеннями, у тому числі й у релігійно-церковній сфері. Реформу Никона не прийняли й окремі світські феодали, архієреї і ченці. Відхід Никона породив у прихильників «старої віри» надії на відмову від нововведень і повернення до колишніх церковних чинів і обрядів. Розшуки розкольників, проведені царською владою, показали, що вже наприкінці 50-початку 60-х років XVII в. у деяких місцевостях цей рух придбав масовий характер. При цьому серед знайдених розкольників поряд із прихильниками «старої віри» виявилося чимало послідовників навчання ченця Капітона, тобто людей, що заперечували необхідність професійного духівництва і церковної влади.
У цих умовах керівником православної церкви Росії стала царська влада, яка після 1658 р. зосередилася на вирішенні двох основних завдань - закріпленні результатів церковної реформи і подоланні кризи в церковному управлінні, викликаної залишенням Никоном патріаршої кафедри. Цьому покликані були сприяти розшуки розкольників, повернення з заслання протопопа Авакума, Данила й інших священнослужителів, ідеологів розколу, і спроби уряду схилити їх до примирення з офіційною церквою (Іван Неронов примирився з нею ще в 1656 р.). Рішення цих задач розтяглося майже на вісім років, в основному через протидію Никона.[19]
Новим патріархом церковний собор обрав архімандрита Троїце-Сергієва монастиря Іоасафа. За вимогою східних патріархів скликаний собор засудив старі обряди і скасував постанову Стоглавого собору 1551 р. про ці обряди, як необґрунтовані. Віруючі, котрі додержувалися старих обрядів і захищали їх, були засуджені як єретики; було запропоновано відлучати їх від церкви, а світській владі - судити їх цивільним судом як супротивників церкви. Рішення собору про старі обряди сприяли оформленню і закріпленню розколу російської православної церкви на офіційну, що панувала в суспільстві церкву і старообрядницьку. Остання в тих умовах була ворожою не тільки офіційній церкві, але і тісно зв'язаній з нею державі.[20]
У 1650-1660-х роках виник рух прихильників «старої віри» і розколу в російській православній церкві.
Послідовним виразником і провідником політики ворожості і нетерпимості до старообрядництва й інших церковних супротивників, іновірству, іноземцям, їхній вірі і звичаям, до світських знань був Іоаким - патріарх із 1674 по 1690 р. Супротивниками прагнення до світських знань, зближення з Заходом і поширення іноземної культури і звичаїв були також вожді розколу, у їх числі протопіп Авакум, і сформовані в останній третині XVII в. старообрядницькі релігійні громади.
Царська влада активно підтримала церкву в боротьбі з розколом і іновірством і використовувала при цьому всю міць державного апарату. Вона виступила також ініціатором нових заходів, спрямованих на удосконалювання церковної організації і подальшу її централізацію.
Розкол останньої третини XVII в. - це складний соціально-релігійний рух. У ньому брали участь прихильники «старої віри» (вони становили більшість учасників руху), члени різних сект і єретичних течій, що не визнавали офіційну церкву, ворожі їй і державі, тісно зв'язаній з цією церквою. Ворожість розколу офіційної церкви і державі визначалася аж ніяк не розбіжностями релігійно-обрядового характеру. Її обумовили прогресивні сторони ідеології даного руху, його соціальний склад і характер. [21]
До прогресивних сторін ідеології розколу варто віднести освячення, тобто релігійне обґрунтування різних форм опору влади офіційної церкви і феодально-кріпосницької держави, боротьбу за демократизацію церкви.
Складність і суперечливість руху розколу проявилися в повстанні в Соловецькому монастирі 1668—1676 р., який почався як виступ прихильників «старої віри». Аристократична верхівка «старців» виступала проти церковної реформи Никона, рядова маса ченців - поверх того - за демократизацію церкви, а «бєльці», тобто послушники і монастирські працівники,— проти феодального гніту, і зокрема проти кріпосницьких порядків у самому монастирі.
Для придушення руху були використані різні засоби, у тому числі ідеологічні.
Але головними були насильницькі засоби боротьби з розколом, що за вимогою церковного керівництва застосовувала світська влада. Смуга репресій почалася з заслання ідеологів розколу, що відмовилися від примирення з офіційною церквою на церковному соборі в квітні 1666 р.; з них протопопи Авакум і Лазар, диякон Федір і колишній чернець Єпифаній були заслані і утримувалися у в'язниці Пустозерська. За засланнями пішла масова страта, тих хто залишився в живих учасників Соловецького повстання (стратили більш 50 чоловік). На настільки суворому покаранні настояв патріарх Іоаким. Жорстокі кари, включаючи страти, частіше практикувалися при Федорі Олексійовичеві (1676—1682 р.). Це викликало новий виступ розкольників у дні Московського повстання 1682 р. Невдача «заколоту» прихильників старої віри» спричинила за собою страту їхніх вождів. Ненависть класу, що панував, і офіційної церкви до розколу і розкольників одержала вираження в законодавстві. Відповідно до указу 1684 р., розкольників належало катувати і далі, якщо вони не скоряться офіційній церкві, стратити. Тих з розкольників, хто, бажаючи врятуватися, скориться церкві, а потім знову повернеться до розколу, належало «страчувати смертю без іспиту». Це поклало початок масовим гонінням.[22]