Хоча окупанти жорстоко знущались над мирним населенням, це не завадило їм успішно використати його як для розширення власної агентури, так і для виправдання власної загарбницької політики. Вони провели акцію розкопок у Вінниці на місцях масових поховань жертв сталінських репресій. Поставлена мета була досягнута. Реакція населення на побачене не забарилась. Люди, які упізнали в розкопаних могилах своїх арештованих і розстріляних родичів добровільно приходили в німецькі каральні установи і видавали "гуманістам" радянських активістів, членів партії, працівників правоохоронних органів, більшість яких були залишені на окупованій території для підпільної роботи.
Ось які враження залишив про вінницьку філію ставки Гітлера Манштейн: "Вінниця - курортне місто, розташоване на мальовничих берегах Південного Бугу". Де знаходилась ставка Гітлера "Вервольф", на будівництво якої витрачено багато коштів. Вона мала власне водозабезпечення та силову установку. Службові й житлові приміщення були в дерев'яних будинках, обладнанні й мебльовані просто, але зі смаком. Нас вразила система виритих в землі й добре замаскованих бліндажів для вартових, яка охоплювала всю територію навколо лісового масиву".2
На півдорозі від Немирова до Вінниці, у с. Вороновиця, під склепінням стародавнього палацу Можайського розміщався аналітико розвідувальний відділ генштабу сухопутних військ „Іноземні армії сходу", яким із весни 1942р. почав командувати Рейнхард Гелен. По сусідстві знаходилися абверівці з трьох штабів „Валлі", тут же причаїлася і підпорядкована Гейдріху, а пізніше Шеленбергу секретна спецгрупа на чолі з Отто Скорцені. Весь цей необмежений контингент „лицарів плаща і кинджалу" розгорнув бурхливу діяльність з перевербування, навчання та закидання агентів. Безпосередньо у Вінниці розмістилося головне командування вермахту (ОКВ), сухопутних сил (ОКХ), а також генеральний штаб на чолі з генерал-полковником Францем Гальдером. А безпосередньою охороною „Вервольфа" керував групенфюрер СС генерал-лейтенант поліції, начальник особистої охорони фюрера Раттенхуберг, а відповідати за організацію служби унтерштурмфюрер СС Даннер і військовий комендант підполковник Штруве.
Жорстокістю і терором окупанти намагалися залякати людей, зламати "їх опір і перетворити у покірних рабів фашистської Німеччини. Населення області методично винищувалося. Гітлерівці стріляли, вішали, катували, закопували живцем у землю. Повсюди, проти цивільного населення було розв'язано масовий терор, котрий досить швидко переріс у відвертий геноцид.
Вістря терору насамперед спрямовувалося проти комуністів, комсомольців, активістів підпільної боротьби і тих хто їм співчував. Це підтверджують численні документи. В перші ж дні німці звозили підозрілих для них людей машинами. Людолови - фашисти в кашкетах з гербами смерті їздили розправлялись з активістами. З с.Уладівки Літинського району 22 чоловік стояло в черзі до розстрілу. Тут же копали ями, в які мали лягти невинні жертви.
17 липня 1941 року, коли німці вступили до с. Носківці Станіславського району Вінницької області, мешканець села Манілко Сидір Артемович 1903 року народження, безпартійний, зустрів пораненого червоноармійця Дехтярука і надав йому допомогу. Німці, дізнавшись про це, негайно арештували Манілка С. А. і почали по-звірячому бити. Після цього вивели на город громадянина с. Носковець Дехтярука заставили викопати для себе могилу. Коли могила була готова, німці розстріляли його й закопали.1
Терор продовжувався протягом усього періоду окупації. Так у грудні 1942р. гітлерівці зігнали в один будинок 300 мешканців м. Іллінці і живцем спалили їх. 2 квітня 1943 року в с Тернівці колишнього Джулинського району есесівці знищили 2400 селян. 14 лютого 1944 року в Гайсинських Хуторах нацисти кинули в криницю 24 особи. Всі вони загинули. В числі їх завгосп санітарної станції Терлецький С.А. Робітник Чернов з дружиною і з дочкою Манею 4-х років, сином Анатолієм 2-х років і дочкою Люсею 6-ти років. 6-річна Люся була зґвалтована, а потім кинута в криницю. Разом із сім'єю, дружиною Марією, 15-річною дочкою Надею, сином Георгієм 5-й років та дочкою Галею 3-х місяців у криницю був кинутий Яків Юркевич. У числі кинутих в криницю і гайсинський лікар Фанер Георгій Львович з дружиною та дочкою. Із 24-х чоловік, кинутих у криницю живими залишились шестеро дітей1.
З особливою жорстокістю і безпощадністю гітлерівці ставилися до євреїв. За расовою теорією вони були ворогами рейху, з чого випливало одне - ліквідація. Так званий голокост - тобто масове знищення людей єврейської національності - проводився окупантами після захоплення будь-якої території України. Масовому знищенню як „соціально небезпечні елементи", підлягали й цигани.
Кривава драма розігралася 14 серпня 1941 р. у м. Хмільнику. Тоді о 8 годинні ранку німці почали зганяти у двір місцевої райспоживспілки людей єврейської національності. Глумлячись над ними, обрізали бороди в людей похилого віку, заставляли молодих під ударами палиць їсти це волосся, після чого ставили всіх на бите скло біля кам'яної стіни, де почалось систематичне побиття: вдаряючи головами об стіну. На знак наведення „нового порядку" тут-таки повісили двох ні в чому не винних мирних громадян. Решту побитих і закривавлених - повезли розстрілювати до завчасно підготовленої ями. Тих, що втратили свідомість, і зовсім знесилених від побоїв, заставили в мішках нести до могили, де їх розстріляли.
9 січня 1942 р. було розстріляно 6600 мирних жителів - чоловіків, жінок і дітей. О четвертій годинні ранку, м.Хмільник було оточено каральним загоном Літинського гебіткомісаріату. Вриваючись у будинки німці, ще з постелі забирали з собою мирних жителів, а не здатних рухатися і старих вбивали на місці. При цьому грабували всі цінні речі, які були в квартирах2.
Частина забраного населення була вбита на вулицях міста, трупи вбитих прив'язували шнурами до хвостів коней і з метою глуму волочили по вулиці. Цілий день проходив розгул фашистських катів: до ями довжиною 150 метрів приводили групами жінок з грудними дітьми на руках, батьків сімейств, старих жінок та чоловіків. На тріскучому морозі роздягали їх наголо і заставляли годинами стояти в черзі - дорослих вбивати, а дітей кидали живими в яму. Крики нещасних батьків, які прощалися зі своїми дітьми, далеко лунали від місця убивства1. Вагітні жінки родили на дорозі і біля ями, їх також разом з новонародженими кидали в яму.
Жахлива розправа над мирними громадянами Хмільницького району тривала і далі в наступні дні. Випадково вцілілих від бойні розшукували і збирали в підвал при будинку районної поліції. Більше 1500 людей в страшній тісняві без їжі, води піддавались побиттям, їх тримали 7 днів. Багато людей в підвалі втрачали розум, вони не витримували нелюдських мук. 16 січня 1942 року були теж розстріляні.
За час свого панування фашисти розстріляли, зарили живцем, повішали, спалили на вогнищі і замучили в Гайсинському районі більше 10 тис. чоловіків, жінок, старих і дітей, а в місті Гайсині знищили понад 6 тис. чоловік.2 16 вересня 1941 року німці під приводом переселення наказали громадянам міста Гайсин - чоловікам, жінкам, дітям зібратись захопивши з собою цінності. Усіх хто зібрався оточили озброєні загони гестапо і погнали за місто, в район с.Белединка і групами по 60-75 чоловік заводили в приміщення стрілецького тиру, де відбирали в них документи, цінності і роздягали догола. Потім приречених на смерть громадян тягнули до ями і розстрілювали з автоматів, а дітей живими кидали в яму. В цей день було розстріляно 3 тис. чоловіків, жінок і дітей. Розстріляних закопали в шести ямах.3
17 вересня 1942 року в с.Беделинка таким же чином було розстріляно тисячу чоловік. Громадянина Клянуса живим закопали разом з убитим конем. Громадянки Котляр і Волгіна вранці народили, а на другий день породіллі разом з новонародженими були розстріляні. Старих і хворих, які не могли йти, фашистські звірі на підводах приводили на місце страти і убивали. Так був убитий 80-річний старий Гройсман з дружиною,4-місячного Борю Діхтярьова німці штиком викинули через вікно на вулицю. А в одного п'ятирічного хлопчика розстріляли батька і матір. Хлопчик дуже кричав і просив: „Дядю, не вбивай мене, не вбивай мене..." і намагався втекти. Німецький кат схопив його ногу, кинув в яму і хлопчика закопали живим1.
Масові розстріли єврейського населення були проведені в Немирові, Літині, Дашеві, Комсомольському, Гнівані, інших населених пунктах.
Та особливо багато безневинної крові було пролито у Вінниці. 13 вересня 1941 року гітлерівці спільно з поліцаями провели першу пробну акцію. Цього дня за наказом начальника фельдкомендатури Маркуля вони зібрали 1200 чоловік, прогнали через все місто і за селом Шеремета розстріляли.2
19 вересня 1941 року були по звірячому замучені в П'ятничанському лісі 15000 чол. із населення Вінниці. Того ж дня 3 тис. чол. розстріляли в районі Тяжилова. По звірячому були знищені жінки з новонародженими дітьми, яких гітлерівці забрали з пологового будинку, також люди похилого віку із Стрижавського будинку для пристарілих.