Параллельно с появлением казачьих сообществ на Дону источники фиксируют в различных частях Московского государства появление служилых казаков, нанимавшихся выполнять «различные службы» государству, «знатным людям» и даже патриарху (конец XVI в.). По мнению Сватикова, эта служба, «подвергавшая жизнь казаков опасности, была все же гораздо легче и интереснее, чем работа в качестве батрака». Что же объединяло и отличало казаковавших «в поле» донских «вольных казаков» и казаков служилых, если последние нередко пополняли ряды «вольных» и наоборот «вольные» донцы, если судить хотя бы по первой известной царской грамоте на Дон, брались за выполнение царской службы (проводы послов, совместные боевые действия с русскими ратями). Первоначально понятие «казак» означало «не тяглый», «приходец», «вольный человек». Относительная свобода (насколько это вообще было возможно в XVI-XVII вв.), возможность жить то в одной, то в другом месте были общими чертами двух групп российского казачества. Но если служилые казаки стремились к службе на более льготных условиях, с сохранением больше свободы, то «вольные» стремились к устройству жизни «по своей воле». В XVI-XVII вв. грань между «вольным» и служилым казаком была довольно зыбкой. Многие служилые казаки (особенно из пограничных крепостей) уходили «казаковать в поле» тогда как «вольные казаки» нанимались на государеву службу (в этом отношении весьма благоприятным периодом было Смутное время).
Но «вольное казачество» в отличие от служилого не было инкорпорировано государством. Донская земля не была провинцией Московской Руси. Созданное «вольными казаками» Войско Донское обладало демократическим внутренним устройством, имело собственные органы власти (Круг, выборные атаманы), проводило самостоятельную внешнюю политику (совершало неоднократно морские походы против Османской империи и Крымского ханства даже в те моменты, когда Москва рассматривал их как союзников в борьбе с Речью Посполитой). Контакты с донскими казаками Московское государство строило как с иностранными державами через Посольский приказ. В дипломатической переписке с султаном Оттоманской Порты и ханом Крыма Московские государи нередко характеризовали казаков не иначе как «всяких земель беглых людей, воров», «воров, беглых людей без государя…ведома». «Вольные» донские казаки в отличие от служилых не были обязаны службой государству. Они не приносили присяги («крестного целованья») до 1671 г., не несли тягла. В отписке 26 мая 1632 г. Михаилу Федоровичу Романову и патриарху Филарету Никитичу донцы сообщали: «И крестного целованья, государи, как и зачался Дон казачьи головами, не повелось». Во время военных действий в составе московских ратей казаки не считали себя связанными какой-либо субординацией. В 1579 г. во время Ливонской войны казаки ушли из состава русской армии из-под крепости Соколы, в 1633 г. покинули расположение московских частей во время осады Смоленска, занятого поляками, в 1655 г. с «польской войны». Именно казачьи вольности были причиной того, что даже на весьма благоприятных для казаков условиях на последнем этапе «Смуты» (после избрания царем Михаила Романова) лишь часть их перешла в разряд служилых московских людей.
По отношению к донским казакам Москва проводила политику «кнута и пряника». С одной стороны государство стремилось минимизировать самостоятельные, несанкционированные им внешнеполитические акции донцов. Отсюда и периодические «опалы», накладываемые на казачество. В 1590-е гг., 1630 г., середине 1660-х гг. Москва устраивала Дону блокады. С другой стороны, несмотря ни на что Москва не спешила покончить с «вольным Войском», так как была заинтересована в казачестве как в мощной военной силе. Появившись на территории Северного Причерноморья, казаки с первых дней своего существования вели борьбу с турецко-татарской экспансией, закрывая с юга границы Московского государства. Казаки были фактически бесплатной военной силой Москвы зачастую более эффективной, чем ее собственные вооруженные силы. Военная мощь казачества была чрезвычайно нужна государству. Отсюда интерес к Дону и его строптивым обитателям, поддержка жалованьем (хотя и нерегулярным) и воинскими контингентами (особенно в период после «Азовского сидения» 1641 г.). На всем протяжении истории государство видело в казаках Дона две стороны – военную силу (консервативное начало) и стремление к политической независимости (начало с точки зрения Москвы «бунтарское»).
Что же в таком случае притягивало донских казаков к Московскому государству, чьим внутренним строем они были недовольны и чьи внешнеполитические цели далеко не всегда разделяли? Перманентная степная война с татарскими и другими кочевыми ордами, противостояние мощной Османской империи вызывали у казаков неутолимую жажду стабильности (в особенности у казачьей политической элиты). Стабильность при покровительстве Москвы стала со временем рассматриваться частью казачества как меньшее зло по сравнению со свободой в условиях постоянных военных конфликтов. Однобокое экономическое развитие Дона (землепашество у казаков не допускалось), существование, зависящее от успеха очередного «похода за зипунами» также требовало внешней помощи (в нашем случае московской). Таким образом, друзья-враги казачество и государство были обречены на тесное сотрудничество, прерываемое нарушением status quo в Смутное время и период восстания Степана Разина. Будучи не в силах противостоять одновременно Оттоманской Порте и Московскому государству донское казачество в 1671 г. сделало свой выбор, принеся присягу на верность службы российским государям. Процесс инкорпорирования «вольного» казачества в структуры государства начался.
Принеся присягу на верность Москве, потеряв право внешних сношений, казаки Дона, однако, до эпохи Петра Великого сохраняли больше прав, чем малороссияне. В то время как на Украине размещались русские гарнизоны, на Дону действовали в союзе с казаками отдельные воинские контингенты. Казаки до самых Азовских походов Петра Великого 1695-1696 гг. противились строительству русских крепостей и не желали в них «сидеть». Государевы ратники жаловались на то, что донцы их «бьют и грабят и дров сечь под городками (казачьими) не дают…»
Решительный удар по политическим правам Войска Донского был нанесен Петром I, подчинившим в 1721 г. казаков Военной коллегии, тем самым, втиснув их в рамки социального организма Российского государства, сделав «государевыми слугами». Подчинение донцов сопровождалось жестоким подавлением булавинского восстания, лишением казаков таких важнейших для них прав как выборы атаманов и прием беглых («с Дону выдачи нет»). В 1709 г. после победы над Булавиным, Петр назначил атаманом Петра Рамазанова «по смерть его» (т.е. до смерти). Он же не утвердил атаманами избранных казаками Максима Кумшацкого и Максима Фролова (несмотря на то, что отец Максима Фрол Минаев был активным проводником петровской политики). В 1723 г. Петр, минуя Круг, назначил казачьим атаманом Андрея Лопатина, не утвердив избранного донцами Ивана Краснощекова.
Несмотря на ликвидацию казачьей демократии и низведение ее институтов, включение казаков в число «государевых слуг», с точки зрения государства, было привилегией. Это положение возвышало казаков над массой тяглого неслужилого населения. Став служилыми людьми государства, вчерашние «вольные» казаки оказались в социально-политическом и экономическом плане на более высокой ступени по сравнению и с другой группой российского казачества – старослужилыми казаками. Петр Великий в 1724 г. «одним ударом уничтожил на пространстве половины Империи старое служилое казачество Московской Руси, превративши казаков в свободных крестьян, обложивши их подушным окладом». Данная мера не коснулась лишь Сибири, Чугуевских, Торских, Маяцких, Новохоперских служилых казаков и находившихся в ведении Приказа Казанского дворца.
Основное содержание политики, начатой Петром, состояло в лишении казаков демократических прав и традиций с законодательным оформлением их прав и обязанностей как служилого сословия Российской империи, а также включением их в общую систему государственного управления. Эту политику продолжили преемники первого императора. Указом от 4 марта 1738 г. атаман стал чином, жалуемым правительством, а в 1775 г. был ликвидирован войсковой круг. Но краеугольным камнем процесса превращения «вольных» казаков в слуг империи стал закон Екатерины II от 24 мая 1793 г. Согласно этому документу, в основе своей определившему статус донского казачества вплоть до февральской революции 1917 г., все донские земли были переданы Войску Донскому за его военные заслуги.
Передача земли сопровождалась предоставлением права на беспошлинную торговлю, исключительного права на рыбную ловлю, добычу соли на р. Маныч. Казаков освободили от государственных податей и повинностей. Тем самым утрата демократических прав и автономии была компенсирована существенными социально-экономическими привилегиями.
Преобладавшая в период позднего средневековья «политика кнута» сменилась «политикой пряника». Законом 1793 г. донское казачество было поставлено на высокое место в Российской империи. Г.А.Потемкин писал, что те из крестьян, которые зачислены в казаки, счастливы в новом звании своем, не будучи более подвержены перемене помещиков. Привилегированное положение казаков стало предметом зависти и мечтаний для российского крестьянства. Так, в манифесте от 31 июля 1774 года Емельян Пугачев жаловал всех участников своего выступления «вечно казаками».
К концу XVIII столетия казачество Дона окончательно превратилось в служилое сословие Российской империи, ставшее держателем своей земли на правах коллективного помещика. Форма землевладения, обозначенная законом от 24 мая 1793 г. была феодальной по своей сути. Сеньором выступало государство, предоставившее право на землю за военные заслуги и службу своему вассалу – донскому казачеству. Отличительной чертой подобных вассально-ленных отношений было то, что сеньор и вассал были не частными лицами.