Ще більше значення мав політичний аспект його творчості. Найпліднішими з цієї точки зору були 1843—1845 рр., коли, повернувшись в Україну, Шевченко написав свої найреволюційніші поеми — "Сон", "Кавказ", "Великий льох", "І мертвим, і живим..." та вірш "Заповіт". Більшість з них він зібрав у своїй рукописній книжечці під назвою "Три літа". Його пристрасна поезія виходила за межі локального патріотизму та оплакування героїчного минулого. Вона будила національні почуття і давала бачення майбутнього: якщо Україна у минулому користувалася правами самостійної держави, то це повинно служити достатньою підставою для здобуття політичної незалежності у майбутньому.
Звинувачуючи у поневоленні У країни Росію та російських імператорів, Шевченко відкидав конформістську модель "малоросійства", що ґрунтувалася на ідеї нероздільності Малої і Великої Русі і лояльності до імператора.
Іншою великою заслугою Шевченка було те, що в своїй творчості він поєднав два до того часу відокремлених струмені козацької традиції — простолюдний і старшинський. Його ненависть до соціальної несправедливості та вболівання за волю і гідність простої людини виводилися з його селянського походження. Але своїми інтелектуальними здобутками він завдячував впливам українського дворянства Шевченка могли читати всі — і селяни, і дворяни, знаходячи в його поезії відображення своїх інтересів. Шевченків заклик до національного і соціального визволення став ідеологічним наріжним каменем модерної України.
Шевченкова творчість є вододілом у розвитку української ідеї. Вона заклала основи перетворення етнічної спільноти у політично свідому націю. Увесь пізніший український національний рух тією чи іншою мірою виводився з поезії Шевченка. А його мученицька особиста доля послужила джерелом для витворення сильного національного міфу, який надихав наступні покоління українських діячів.
У 1846 р. Шевченко увійшов до складу таємної української організації, що називала себе Кирило-Мефодіївським братством. Сама організація виникла дещо раніше, наприкінці 1845—на початку 1846 р. (Деякі дослідники твердять, що попередником Кирило-Мефодіївського братства був гурток «Українська молодь», який нібито виник у 1843—1844 рр. у Києві), До кінця 1846 р. у його склад входило 11 осіб: Микола Костомаров, Микола Гулак, Василь Білозерський, Тарас Шевченко, Пантелеймон Куліш, Микола Савич, Юрій Андрузький, Опанас Марковим, Олександр Навроцький, Іван Посада, Олександр Тулуб. За винятком Шевченка, Костомарова і Савича, всі вони були молодими людьми віком від 19 до 25 років. Ще близько 100 осіб підтримували з братством активні зв'язки. Практично всі братчики тією чи іншою мірою були пов'язані з Київським університетом. Пізніше офіційне розслідування діяльності Кирило-Мефодіївського братства приписує керівну роль у цій організації Миколі Гулакові, тоді як дослідники центральною фігурою вважають Миколу Костомарова. Первісно товариство виникло навколо групи молодих людей, які 1845 р. разом зі студентами-товаришами відвідували лекції Костомарова зі слов'янської міфології. Вивчення народної творчості українців та народної творчості слов'янських народів привело Костомарова до висновку, що між українцями й іншими слов'янами існує чимало спільного. Це наштовхнуло його на ідею слов'янської єдності. Після переїзду з Рівного до Києва Костомаров застав у місцевому університеті групу молоді, яка була вже приготована до засвоєння цих нових ідей лекціями Михайла Максимовича. Подібно як Срезнєвський у Харкові, Костомаров став духовним проводирем цієї групи. "Українська пісня й неписана словесність народу українського натхнули молоді уми в Києві спасенною думкою — видвигнути свою націю із темряви", — писав пізніше П. Куліш, а в своїй автобіографії додав: "Християнство та історія слов'ян були їм потрібні для великого сподвижництва".
Ідеологія Кирило-Мефодіївського братства була синтезою ідеї трьох рухів: українського автономістичного, польського демократичного і російського декабристського в Україні. Відчутним у його діяльності було християнське спрямування, що відобразилося у виборі патронів товариства — св. Кирила і Мефодія, які навернули слов'ян у християнство, формі самої організації, яка наслідувала старі українські церковні братства, та у програмному документі кирило-мефодіївців — "Книзі битія українського народу" (інша назва — "Закон божий"). Автором "Книги битія..." вважається Микола Костомаров. Центральним моментом у програмному документі братства було наполягання на необхідності досягнення християнських ідеалів справедливості, свободи і рівності, які у "Книзі битія" поєднуються з почуттям українського патріотизму.
Поєднання християнської і національної ідей не було винаходом кирило-мефодіївців. Цю формулу вони запозичили у польських інтелектуалів, передовсім з твору Адама Міцкевича "Ksiegi narodu polskego i pielgrzymstwa polskego" ("Книги народу польського і пілігримства польського"), написаного і виданого у Парижі 1832 р., після поразки листопадового повстання. Але незважаючи на запозичення однієї з центральних ідей "Книга Буття..." була оригінальним документом. У ній розвивалася ідея українського месіанства: український народ, найбільш пригноблений і зневажений, а водночас — і найбільш волелюбний та демократичний, звільнить росіян від їхнього деспотизму, а поляків — від аристократизму. У своїй автобіографії Костомаров пізніше признавався, що федерацію слов'янських народів братчики уявляли собі на зразок стародавніх грецьких республік або Сполучених Штатів Америки. "Книга битія" закінчувалася словами: "І встане Україна з своєї могили, і знову озоветься до всіх Слов'ян, і почують крик її, і встане Слов'янщина, і не позостанеться ні царя, ні царевича, ні царівни, ні князя, ні графа, ні герцога, ні сиятельства, ні превосходительства, ні пана, ні боярина, ні кріпака, ні холопа — ні в Московщині, ні в Польщі, ні в Україні, ні в Чехії, ні у Хорутан [Хорватів], ні у Сербів, ні у Болгар.
І Україна буде непідлеглою Річчю Посполитою в союзі Слов'янськім.
Тоді скажуть всі язики, показуючи рукою на те місто, де на карті буде намальована Україна: "От камень, єго же нєбрєгоша зіждущиї, той бисть во главу угла".
Програма Кирило-Мефодіївського братства вироблялася у гострих дискусіях, насамперед — між Костомаровим і Шевченком. Розходження між цими двома чоловими братчиками дали привід радянським історикам і літературознавцям говорити про існування двох течій всередині товариства — "реакційної" і "революційної". Це твердження не згідне з правдою: природно, що рівень радикальності братчиків був різним, але ніхто з них не був "реакціонером". Точніше буде сказати, що політична філософія братства мала синкретичний характер: Куліш наголошував на національному елементі, Костомаров — на загальнолюдському і християнському, а Шевченко — на соціальному. Кожний з цих елементів знайшов своє відображення у "Книзі Буття..."
Соціальна програма кирило-мефодіївців містила два пункти: скасування кріпацтва та поширення освіти серед народу. Вони не розробили конкретніших планів щодо знищення кріпацтва й введення загальної освіти. Реалізація цих обидвох вимог була лише передумовою для ширших політичних змін, які мали ґрунтуватися на принципах християнської етики, ідеї панславізму і широко зрозумілого лібералізму ч— особистої свободи людей, незалежної від їхнього соціального статусу.
Кирило-Мефодіївське братство було розгромлене жандармами за доносом студента Олексія Петрова весною 1847 р. Спочатку у жандармів склалося враження, що діяльність товариства не становила серйозної політичної загрози. Шеф жандармів граф Орлов у листі до Миколи І писав, що, "общество было не более как ученый бред трех молодых людей". Однак це враження швидко розвіялося після арешту Шевченка, у якого було знайдено зошити з поемами "Кавказ", "Сон", "Посланіє...". Крім їхнього революційного й антиросійського змісту Миколу І обурило те, що у цих віршах містилися образливі натяки на його особу та його дружину. Тому після завершення слідства особливо тяжко було покарано Шевченка: його було віддано у солдати на невизначений термін в Оренбурзький окремий корпус. За особистим розпорядженням імператора над ним був встановлений суворий нагляд з забороною писати і малювати. Інші члени товариства були засуджені на різні терміни ув'язнення, а після ув'язнення — на заслання у віддалені губернії без права повернення в Україну. Окрім того, Кулішу, Костомарову і Гулакові було заборонено займатися літературною діяльністю.
Діяльність кирило-мефодіївців поклала початок новій добі в російсько-українських стосунках. До цього часу всі українські інтелектуальні явища були хоч і своєрідним, але все ж таки відображенням російського інтелектуального життя. Досі українці задовольнялися тими нішами, які створювала для них російська культура. Заповнюючи ті ніші, вони водночас вносили свою коректуру у поняття "руськості". Вихідці з Малоросії першими порушили питання про російську національну ідентичність. Даючи розширене ("общерусское") трактування своєї ідентичності, "малороси" вводили росіян у ширший слов'янський світ і, до певної міри, готували грунт для слов'янофільства і російського націоналізму.
Приклад інтеграції "малоросів" в імперське суспільство немов давав ствердну відповідь на поставлене Пушкіним запитання: чи зіллються усі слов'янські ріки у російське море? Співвідношення між "Малою" і "Великою" Руссю, що склалося на початку XIX ст., слугувало готовою моделлю для асиміляції інших народів — тобто реалізації уваровської формули "народності". Здавалося, що "стара Україна" зійшла з історичної сцени, і в українському питанні не було нічого такого, що робило б його політичним, упроваджуючи свої реформи, Уваров зобов'язував Київський університет до проведення спеціальних заходів "к исцелению глубокой язвы — взаимной ненависти двух славянских народов". Він мав на увазі лише народи російський і польський. Офіційні плани не передбачали існування в Малоросії третьої нації — української.