Указ о назначений Кочубея полномочным министром в Царьград состоялся 11 октября 1792 г.; к новому месту своего назначения Кочубей выехал в конце 1792 г., ехал через Вену и прибыл в Константинополь в феврале 1793 г. Положение его здесь было не из легких. После только что окончившейся войны, в Турции было еще очень сильно недоверие и враждебность к России; опасаясь нападения со стороны своего недавнего противника, Порта и в свою очередь готова была снова вступить в борьбу с Россией; продолжавшиеся смуты в Польше постоянно грозили доставить для этого повод; впрочем, с этой стороны опасность была скоро уничтожена победами Суворова. Воинственное настроение Порты поддерживалось еще и внушениями агентов французской революции, которые всячески старались втянуть Турцию в нападение на Австрию, которая тогда начинала борьбу с Францией; между тем, при тогдашних отношениях дворов петербургского и венского, нападение Турции на Австрию неизбежно должно было вызвать и войну России с Турцией. Представители всех держав боролись в Константинополе против французских агентов и долго успевали удерживать Порту от признания ею республики. Наконец, весною 1795 г., признание это состоялось, но зато Турция объявила, что войны она не начнет и действительно, мир был сохранен. Деятельное участие во всех этих переговорах принимал и Кочубей; ему приходилось тратить много внимания и времени еще и на улаживание разных мелких, но довольно частых, пограничных столкновений, в которых он, переписываясь со своими друзьями, не мог не обвинять иногда и русских начальников пограничных областей. Кочубею удалось даже достигнуть изменения в желательном для России направлении торгового тарифа и согласия Порты на то, чтобы и вновь присоединенные к России от Польши области в уплате торговых пошлин были приравнены всем остальным русским областям. В Петербурге были очень довольны деятельностью Кочубея: 1 января 1795 г. он получил звание действительного камергера, 22 сентября того же года ему пожалован орден св. Владимира 2 ст. Но сам Кочубей очень тяготился своим пребыванием в Константинополе. Помимо тех неприятностей при самом его назначений, о которых мы уже упоминали, и благодаря которым он хотел остаться в Константинополе лишь два года, он тяготился и своими обязанностями. Ему казалось тяжело вести переговоры с турецкими министрами, которые с одной стороны отличались крайней медленностью и упорством в своих мнениях, с другой – чрезвычайной изменчивостью во взглядах и решениях. Тяготился Кочубей и тем, что ему приходилось постоянно касаться дел торговых: так как торговлю между Россией и Турцией вели тогда по преимуществу армяне и греки, то, по словам Кочубея, дела эти не только большей частью мелочные, но почти всегда и не совсем чистые. Наконец, во время пребывания своего в Константинополе Кочубей, вообще не отличавшийся хорошим здоровьем, почти постоянно хворал припадками давно мучившей его подагры. Жалобы его в письмах к друзьям, по-видимому, отражают его действительно угнетенное настроение духа тем вернее, что он, жалуясь на скуку мелких дел, занимался ими тем не менее, очень добросовестно, изучал эти самые торговые дела: в его бумагах сохранились копии с переписки французского посла гр. Шуазеля Гуфье с марсельской торговой палатой, несколько записок о финансах Турции и о торговле в ней и с ней, наконец – обширная корреспонденция с одним из наиболее деятельных консулов на востоке, Фонтоном, касающаяся преимущественно наших коммерческих интересов в Турции и вообще на юго-востоке. Во всяком случае, весной 1796 г. Кочубей решительно заявлял желание бросить службу, или по крайней мере, оставить Константинополь.
Воцарение Павла Петровича, который в бытность наследником выказывал к Кочубею большое расположение, побудило его остаться еще на своем посту. Новый император немедленно осыпал его знаками своего благоволения: 13 января 1797 г., по получении первой депеши Кочубея, адресованной уже к новому императору, Государь пожаловал ему одновременно чин действительного тайного советника и орден св. Александра Невского; и дальнейшими его депешами Государь казался очень доволен. Но и в отношениях к Кочубею проявил он ту же неустойчивость, то же непостоянство, какими отмечены отношения его и ко всем другим, его окружавшим. В том же году Кочубей навлек на себя сильнейший гнев Государя запиской, в которой указывал на недостаток устройства южных окраин России; «огонь был большой», пишет Безбородко Кочубею после того, как по настоятельной просьбе самого Кочубея доложил Государю его записку. К весне 1798 г. Государь, по-видимому, вернул ему свое расположение: он согласился на назначение Кочубея в коллегию иностранных дел, а Безбородко, кажется, и не скрывал своего намерения передать своему любимому племяннику фактически ведение всех дел. В июне 1798 г. Кочубей прибыл в Петербург и 18-го числа этого месяца был очень милостиво принят Императором и по приглашению его провел несколько дней в Павловске. Здесь он имел неоднократно продолжительные разговоры с великим князем Александром Павловичем; Император дважды встретил его у великого князя и, казалось, был очень доволен их сближением; однажды он провел в беседе с ними около часа и, уходя, сказал Кочубею, что очень желал бы, чтобы он был при его сыне тем же, чем при нем самом Безбородко, так чтобы им составить une esp? ce de quatuor. Конечно, беседы Кочубея с великим князем касались по преимуществу государственных дел; вероятно в связи с ними находится «Записка об управлении государством», несколько листов черновика которой, писанных рукой самого Безбородко, сохранились в бумагах Кочубея, – на них сделана им пометка, что записка эта составлена по просьбе великого князя в 1798 году. Однако, к октябрю Кочубей заметил полное охлаждение к себе Государя; через Кутайсова ему даже было сказано, чтобы он не ходил к Государю по вечерам. Но скоро милость к нему опять вернулась: 23 октября 1798 г. он был назначен вице-канцлером, в декабре 1798 г. управлял коллегией иностранных дел во время поездки Безбородко в Москву и 10 декабря получил командорский крест ордена св. Иоанна Иерусалимского. Вскоре опять заметна стала холодность Государя к Кочубею, и даже к Безбородко; о Кочубее Государь отзывался не раз Растопчину, что он «умничает», а когда однажды Растопчин решился спросить, что это значить, Государь ответил, что Растопчин этого понять не может. В феврале 1799 г., по случаю обручения великой княжны Александры Павловны с палатином Иосифом, Кочубей получил в подарок 50000 р., а 4 апреля 1799 года возведен был в графское достоинство Российской Империи; 21 апреля 1799 г. ему пожаловано по ордену Иоанна Иерусалимского командорское имение, бывшее за Безбородко до его смерти. Тем не менее Кочубей чувствовал постоянно, что Император им недоволен; из одного письма Кочубея узнаем, что однажды Император заговорил с ним об Императрице и с крайним неудовольствием отзывался о ее стремлении вмешиваться в дела; Кочубей вообще был очень невысокого мнения о тактичности Императрицы Марии Федоровны (что он даже в довольно резкой форме высказал в письме 8 апреля нов. ст. 1801 г. из Дрездена), но счел нужным успокаивать Императора; это не понравилось и после Кочубей говорил, что Император недоволен им, подозревая в нем излишнюю преданность великому князю Александру Павловичу и государыне Марий Федоровне; поэтому вскоре после смерти кн. Безбородко (который умер 6 апреля 1799 г.) Кочубей попросился в отставку и 8 августа 1799 г. последовал указ: «вице-канцлера нашего Кочубея по желанию его всемилостивейше увольняя от службы, повелеваем остаться ему при исправлении должности до приезда тайного советника гр. Панина»; гр. Н.П. Панин вступил в должность 25 сентября 1799 г. – За время вице-канцлерства Кочубея привелось принимать участие в переговорах, которые завершились договором 17 ноября 1798 г. с неаполитанским королем Фердинандом IV о подании ему помощи, затем союзом и конвенцией с Англией (17 декабря 1798 г. и 10 июня 1799) и наконец – союзным договором с Португалией (7 сентября 1799 года), но, конечно, рядом с Безбородко ему в это время принадлежала только второстепенная роль.
Поздней осенью 1799 г. В.П. Кочубей уехал в Диканьку, после того как 13 ноября состоялась его свадьба с Марией Васильевной Васильчиковой, сестрой Илл. Вас. Васильчикова, впоследствии князя; отец графини Кочубей был действительный камергер В.С. Васильчиков, родной брат Александра Семеновича Васильчикова, а мать – Анна Григорьевна, рожденная гр. Разумовская; супруга В.П. Кочубея родилась 10 сентября 1779 г., умерла 12 января 1844 г. в звании статс-дамы. В мае 1800 г. он выехал через Киев за границу и узнав в Дрездене, в конце марта 1801 г. по старому стилю, о воцарении Императора Александра, немедленно выехал в Петербург и из Берлина написал ему какое-то, по-видимому горячее, письмо. В то же время, 27 марта, гр. Кочубей писал к гр. С.Р. Воронцову из Дрездена: «JeparsparcequejecroisdevoirquelquechoseauGrandDucAlexandre; jepars, parcequejecroisquetousleshonn? tesgensdoiventser? unirautourdeluietfairetousleurseffortspourcicatriserlesplaiesinfiniesport? esparsonp? re? sapatrie; etapr? scelavoudra-t-ilm'employer, jeleserviraidemonmieux, etdepr? f? rencedansquelquebranchedel'administrationinterne».