Однако, по дороге, из Кенигсберга, написал он, между прочим, следующее в одном из писем к гр. Воронцову: «Желание перемены было каждому естественно и никто оные более меня не желал; но насилие такового рода, каковое, сказывают было, должно быть как гнусно, так и опасно для переду. По истине, если бы было мне возможно, если бы не отозвался я письмом к самому о приезде моем, никак бы не двинулся из Берлина; но теперь должен уж следовать первому течению, в твердом будучи, однако же, намерении убраться, как скоро некоторые неприятные обстоятельства найдутся основательными», Мы не знаем в подробности, как разрешились для Кочубея эти тяжелые сомнения; по-видимому, ему были сообщены такие сведения о последнем времени царствования Павла Петровича, которые убедили его, что неизбежной оказалась катастрофа – такой взгляд сквозит во многих письмах Кочубея, писаных в первое же время пребывания его в Петербурге; во всяком случае он остался в Петербурге и занял место в ряду ближайших сотрудников и интимных друзей молодого государя.
Сразу же он встретил наилучший прием; немедленно ему предложено было место посла в Париже, но Кочубей отказался, желая, если служить, то в России; молодой император, по-видимому, остался очень доволен этим его решением и Кочубей был в числе самых приближенных к нему лиц, постоянно бывал при дворе.
Вместе с Н.Н. Новосильцевым, гр. П.А. Строгоновым и кн. А.А. Чарторижским Кочубей принимал постоянно участие в заседаниях того негласного комитета, который имел решающее влияние на важнейшие дела и который Император называл в шутку Comit? du salut public. Кн. Чарторижский называет Кочубея самым осторожным и благоразумным из всех членов этого комитета; по-видимому, действительно, Кочубей стоял в нем несколько особняком; в публике тоже говорили о триумвирате Чарторижского, Строганова и Новосильцева, не присоединяя к этим именам имени Кочубея; это не мешало, однако, наилучшим отношениям к Кочубею Императора; И.И. Дмитриев, говоря о вступлении новых лиц в управление, вместе с учреждением министерств, Кочубея признает «главою» той партии, которую он называет партией «молодых людей образованного ума, получивших слегка понятие о теориях новейших публицистов и напитанных духом преобразования и улучшений». Еще в мае месяце 1801 г. Кочубей представлял Императору записку, в которой говорил, что нет необходимости принимать ежедневно всех министров и вообще постоянно принимать доклады, так как при таком порядке министры поневоле должны будут нередко занимать государя делами, которые вовсе не требуют, в сущности, такого внимания и могут быть разрешаемы самими министрами сообразно законам; необходимость изменить установившийся при покойном императоре порядок Кочубей доказывал, между прочим, ссылками на пример Екатерины II, первого консула и на порядок существующий в Англии. В заседании комитета 10 июня 1801 г. ему поручено было составить записку о новых основаниях для внешней политики России; Кочубей попросил в том же заседании самого Императора дать ближайшие указания по этому предмету и в результате разговоров принято было, что Россия должна «поступать так, чтобы все державы дорожили ее дружбой, но не связывать себя никакими обязательствами подобно тому, как сделала покойная императрица, заключив в одно и то же время союзные трактаты с венским и берлинским дворами, коих интересы противоположны между собою». В августе Кочубей представил свою записку по этому вопросу. Повторив указанные выше положения и рассматривая в частности отношения России к разным державам, он следующим образом говорит о взаимном положении России и каждой из других европейских держав: Турция и Швеция являются естественными врагами России, но в настоящее время не опасны по своей слабости; распадение Турции представляется возможным и в случае наступления этого события необходимо настоять, чтобы Молдавия и Валахия не перешли к Австрии, а составили бы самостоятельное государство. В отношениях к Пруссии и Австрии, которые постоянно соперничают между собой, следует соблюдать нейтралитет, «отклоняться же от него в пользу одной из сих держав только лишь тогда, когда этого потребуют наши собственные выгоды»; на мелкие государства Германии мы должны сохранять влияние, но перемены во внутреннем устройстве Германии для нас не представляют важности. В ноябре Кочубею поручено было составить проект указа об улучшении участи крестьян; но этот вопрос занимал комитет менее, относительно него не было выработано самостоятельного решения и проекта такого указа Кочубей не представлял; вскоре за тем ему же поручено было составить план учреждения совета; наконец, в марте 1802 г. он читал первоначальные наброски плана учреждения министерств; впрочем, эта последняя работа была уже делом Сперанского, которого Кочубей узнал и стал приближать к себе с тем умением ценить и выбирать людей, какое признают за ним все, его знавшие, и даже такой вообще недоброжелательный и желчный свидетель, как Ф.Ф. Вигель.
Возвращаясь в Петербург, Кочубей выражал намерение, если уж служить, то никак не по дипломатической части, даже и в России, не говоря уже о каком-нибудь месте за границей. 23 июля 1801 г. он был назначен сенатором с повелением состоять при особе Его Величества; этим, по словам Кочубея, было подчеркнуто несколько исключительное положение его и дана ему свобода от участия в текущих делах Сената; через руки его прошла, между прочим, переписка Ф.Ц. Лагарпа с Государем о позволении ему приехать в Россию, чему, как известно, очень не сочувствовали многие, занимавшие тогда видные места, напр. гр. Н.П. Панин. 30 сентября 1801 г. гр. Н.П. Панин, с 21 марта 1801 г. заведывавший иностранными делами, был уволен в трехлетний отпуск и Кочубею пришлось уступить настояниям Государя и принять в свое управление коллегию иностранных дел, со званием присутствующего в ней; он и управлял ею до 8 сентября 1802 г.; 24 ноября 1801 г. он был назначен членом комитетов об образовании Новороссийского края и об образовании Астраханского края; 11 декабря того же года – членом Государственного Совета.
Гр. Кочубей принял управление внешними делами крайне неохотно; самое назначение его на пост министра иностранных дел состоялось без его ведома; но при своих отношениях к Государю он не счел возможным не принять этого места. Ввиду неоднократных заявлений Кочубея, что дипломатические сношения представляются ему менее интересными и менее важными, чем дела внутреннего управления, мы не можем, конечно, и ожидать у него определенной, широкой, а тем более самостоятельной программы действий в качестве министра иностранных дел. Но нельзя не поставить ему в заслугу, что на этом месте он явился верным последователем знаменитых екатерининских дипломатов графа Н.И. Панина и его преемника, князя А.А. Безбородко. Как и они, он имел твердое убеждение, что русское правительство обязано заботиться о непосредственных, ближайших выгодах своего народа. Россия, говорил он, слишком часто и без достаточного повода вмешивалась в дела, прямо ее не касавшиеся и вела войны, дорого ей стоившие и для нее бесполезные; русское население не извлекало из них никаких выгод, между тем несло и огромные экономические невыгоды, не говоря уже о потере людьми. «Я буду стараться следовать национальной системе, т.е. системе, основанной на пользе государства, а не на пристрастии к той или другой державе», писал он гр. С. P. Воронцову. Ему всегда представлялось крайне нежелательным, чтобы Россия подчинялась в своих международных отношениях какой-либо европейской державе; мы не можем сказать, чтобы Кочубей ясно и определенно видел, – а тем более, указал бы путь, каким надо и можно идти к этой цели, но несомненно, что по его убеждению к этой цели правительство не пойдет, если будет следовать слепо за какой бы то ни было другой державой. И он очень чутко относился ко всему, что казалось ему опасным в этом отношении; так, ему не нравилось, что император оказывает слишком большое расположение к Пруссии; одновременно отзывался он о донесениях Крюденера из Берлина и Разумовского из Вены, что первый слишком поддается взглядам прусского министерства, а второй – взглядам венского. В действиях своих, как министр иностранных дел, Кочубей оставался совершенно верен тем общим положениям, какие высказывал он в упомянутых выше записках своих, читанных в секретном комитете. Когда в начале 1802 года сделалось известно намерение Императора иметь свидание с прусским королем, Кочубей дважды поднимал об этом разговор в негласном комитете. В заседании негласного комитета 24 марта 1802 г. Кочубей доложил Государю, что многие обстоятельства убедили его в существовании предположения, имеющего целью союз между Россией, Пруссией и Францией и что поэтому он осмеливается спросить – нет и каких-либо признаков этому в переписке его с королем прусским; Государь ответил, что не получал от короля прусского ничего, кроме известных Кочубею писем, в которых о союзе не говорится; на вопрос Кочубея, как же следует отвечать, если бы такое предложение было сделано, Государь ответил, что он не видит в нем ничего вредного. Кочубей возражал, но Государь не согласился с его доводами; однако, он дал прямое обещание, что в Мемеле состоится только дружественная встреча, на которой вопросы политические не будут затронуты; указанные выше замечания Кочубея, что перемены во внутреннем устройстве Германии для нас не представляют важности, направлены, несомненно, против влияния на Императора разных мелких немецких владетелей, которые, к большому неудовольствию Кочубея, постоянно посещали русскую столицу и втягивали Императора, как казалось Кочубею, в свои интересы, отношения и интриги. Кочубей, вместе с Новосильцевым, гр. П.А. Толстым, кн. П.М. Волконским, кн. П.П. Долгоруковым и гр. К.А. Ливеном, сопровождал императора Александра в мае 1802 г. в его поездке в Мемель; он был осыпан наградами – король прусский пожаловал ему оба высшие прусские ордена – Красного орла и Черного орла, но тем не менее, Кочубей остался недоволен тем, что, по его наблюдениям, любезности всякого рода, какие расточены были перед Императором всей прусской королевской фамилией, не остались без влияния и что Император стал ближе прежнего принимать к сердцу прусские интересы.