Наконец, собрав в соборе всех властей и народ, Савонарола высказал следующие четыре пункта положения дел: "Страх Божий и восстановление добрых нравов; любовь к демократическому законодательству и к общему благу с забвением частных выгод; общая амнистия всем друзьям прежнего порядка, приговоренным к денежным пеням, и снисхождение к государственным должникам; установление правительства на широчайшем основании, чтобы все граждане принимали участие в управлении городом".
Под бдительным присмотром Савонаролы началась законодательная работа. Был установлен "большой совет", членом которого мог стать любой правоспособный житель Флоренции, достигший двадцати девяти лет, и имеющий по мужской линии предков, которые состояли членами сеньории или занимали другие почетные должности. Таких граждан набралось во всей Флоренции не более 3200 человек, и они должны были, разделившись на три части, заседать по шесть месяцев, управляя страною. Кроме того, с 15 января следующего года должен был составиться "совет восьмидесяти", состоящий из восьмидесяти граждан не моложе сорока лет, также обновляющийся каждые шесть месяцев и служащий советником сеньории, которая собирает его не менее раза в неделю. Также была избрана комиссия из десяти граждан для пересмотра налогов, денежных штрафов и тому подобного. 5 февраля 1495 года был введен поземельный налог, или "десятина", как он был назван законодателями. Заёмщиков были освобождены от уплаты долгов, а в апреле 1496 г. был основан заемный банк.
Все это совершалось по той программе, которую последовательно начертывал Савонарола в проповедях. Свою личную роль он видел именно в положении народного советника. "У евреев были пророки, которых они называли судьями и к которым они обращались в важных случаях. Эти лица после молитвы к Богу высказывали свое мнение, и если народ иудейский следовал ему, то преуспевал, в противном случае - страдал".
Представители партий хорошо понимали, что, прежде всего, нужно победить Савонаролу, чтобы действовать с развязанными руками: он дал Флоренции чисто народное республиканское правление, он подавляет умы своими проповедями, он покоряет сердца предсказаниями о будущем, это не простой правитель, а "святой" в глазах массы, и потому бороться с ним трудно. Флоренция менялась – флорентийцы постились, посещали церковь; женщины сняли с себя богатые уборы; на улицах вместо песен раздавались псалмы; читали только Библию; многие из знатных людей удалились в монастырь Сан-Марко. Савонарола назначал проповеди в часы, когда были назначены балы или маскарады, и народ стекался к нему.
С жестокостью средневекового фанатика обрушивался Савонарола на святотатцев, которым велел вырезать языки, на азартных игроков, которых наказывал огромными штрафами; развратников и содомитов он приказывал жечь живыми. Савонарола с увлечением прибегал к шпионажу, который при нем заметно распространился во Флоренции. На стороне Савонаролы были люди из простонародья, партия «белых», которых называли «плаксами» (piagnoni). Против него были «беснующиеся» (arrabiati), приверженцы аристократического республиканского правления, и «серые», стоявшие за Медичи.
В проповедях Савонарола никого не щадил и потому имел много врагов как светских, так и среди духовенства. Противники проповедника воспользовались его проповедью о необходимости церковной реформы: в этой проповеди Савонарола говорит, что гнев Божий висит над князьями и прелатами церкви. Проповедь напечатали, распространили по Италии и добились в Риме приказания, чтобы Савонарола шел проповедовать в Лукку. Удалив его из Флоренции, враги могли уничтожить начатое им дело.
Савонарола покорился, было, папскому приказанию, но его прощальная проповедь так потрясла слушателей, что они уговорили папу отсрочить высылку Савонаролы. Савонарола стал проповедовать о нравственной жизни. Только нравственно возродившиеся люди могли спасти республику. Истинная дружба, основанная на правдивости, честности и добродетели; сущность свободы и горькое положение рабов страстей; единодушие граждан, дающее силу обществу; любовь и милосердие, на которых должно созидаться общество; высокое призвание женщин поддерживать патриотизм в мужчинах и воспитывать детей гражданами – вот главная сущность проповедей в 1945 году.
Слава Савонаролы проникла даже за пределы Италии: его проповеди переводились на иностранные языки. Впечатленные словами проповедника, женщины, одетые просто и скромно, несли свои драгоценности в дар для раздачи бедным, врачующиеся давали обеты воздержания и целомудрия, молодежь перестала курить, смолкли светские песни; рабочие в праздничные дни читали Библию, церкви были полны народа, все стремились возможно чаще исповедоваться, и даже купцы и банкиры приносили в жертву бедным нечестно приобретенные деньги.
Но, восстановившийся порядок внутри Флоренции не мог спасти от нападений с внешней стороны. Карл VIII, покинув Неаполь, решил направиться через Флоренцию вместе с Петром Медичи, который хотел восстановить свою власть. Как только дошел до Флоренции слух об этом, город вооружился; во главе движения стал Савонарола. Он отправился в лагерь французов и произнёс смелую речь, грозя Карлу карой Божией, если он посягнет на свободу Флоренции.
Под влиянием Савонарола союз с Францией не был расторгнут, а отнятые у Флоренции города (кроме Пизы) были ей возвращены. Петр Медичи был окружен со всех сторон врагами; лишенный своевременной поддержки со стороны желавших его возвращения во Флоренцию союзников, он должен был снова пуститься в бегство и прибыл в Рим.
Герцог Миланский, Людовик Сфорца, агитировавший и за французов, и против них, был ненавистником Петра Медичи и потому интриговал против него, но в то же время он еще более ненавидел обличителя князей – Савонаролу. Именно он начал вести подпольную интригу против Савонаролы, стараясь вооружить против последнего папу. Из Флоренции и Милана стали приходить в Рим письма, в которых Савонарола описывался как противник духовенства и самого папы.
Папа Александр VI, пригласил Савонаролу в Рим; но тот под предлогом болезни отказался, продолжая свои обличительные проповеди. Прошло несколько месяцев, и в монастыре св. Креста, бывшем в натянутых отношениях с монастырем св. Марка, получилось послание папы, приказывающее препроводить в Рим "некоего Джироламо", распространяющего ложные учения. Затем явилось третье послание папы, запрещающее Савонароле проповедовать. Теперь дело шло уже не о борьбе на почве политики, а на почве религиозных воззрений: Савонаролу обвиняли в ереси.
Однако доминиканцы, которым папа поручил рассмотреть содержание проповедей Савонаролы, не нашли в них основания для обвинения Савонаролы, и папа опять предлагал ему сан кардинала. Савонарола возобновил чтение проповедей: «Вы испорчены в конце в речах и в безмолвии, и бездействиях и в бездеятельности, в вере и в безверии". Опять он пророчил Италии гибель, если не обновится церковь, не обновятся люди. В последних проповедях этого времени, когда происходили выборы в большой совет, он снова коснулся политики, призывал народ поддерживать "большой совет" и остерегаться возвращения Петра Медичи. Заканчивая проповеди великого поста, Савонарола пророчески заметил, что концом его деятельности будет: в общем - победа, в частности - гибель.
После удаления французской армии для республики настали тяжёлые времена: застой в торговле и промышленности, свирепствовали болезни, начался голод - это потрясло финансы Флоренции. Рядом с этим шли интриги Людовика Сфорцы, - для подкрепления лиги он призвал из-за Альп немецкого императора Максимилиана, который и должен был получить железную корону, обновить авторитет римского государства и помочь пизанцам.
Тем временем папа снова издал приказание, чтобы Савонарола не проповедовал, но сеньория со своей стороны неотступно настаивала, чтобы Савонарола исполнил свой долг относительно отчизны - вошел бы на кафедру. 28 октября проповедник снова явился на кафедру перед толпою голодного народа, жаждавшего поддержки, ободрения. Через два дня, когда все граждане шли за чудотворной иконой, в город прискакал гонец с известиями о прибытии в Ливорно из Марселя вспомогательного войска и провианта. Случайное спасение Ливорно было, в глазах народа, чудом; доверие флорентийцов к предсказаниям Савонаролы усилилось.
Стараясь еще более поднять дух народа, Савонарола учил теперь людей не дорожить жизнью: "Мы живем, братья, чтобы научиться уменью хорошо умирать". Во главе синьории стоял преданный Савонароле Франческо Валори; народная партия торжествовала.
Пользуясь этим, Савонарола задумал нанести решительный удар «беснующимся». Он организовал отряд мальчиков, которые стали стучать в двери богачей, прося или требуя от них в пользу бедных маскарадные костюмы, маски, безнравственные произведения искусства и т. д. Все эти вещи должны были послужить предметом для особого празднества, придуманного Домеником и Савонаролой. На большой площади была воздвигнута пирамида из всех этих "позорных анафем", в число которых попало, между прочим, несколько экземпляров "Декамерона" и циничных сочинений того времени, которыми зачитывались монахини и монахи; на вершине пирамиды помещалась аллегорическая фигура карнавала; пирамиду окружали пришедшие в торжественной процессии флорентийцы и поместившиеся на возвышении дети; под звуки духовных гимнов и сатирических песен против карнавала пирамида зажглась, и пламя истребило все то, что Савонарола считал бесстыдным, безнравственным и вредным.