Характерно, що певне відродження Російської православної церкви, що відбулося в роки війни й заохочувалося особисто Й. Сталіном та вищим керівництвом країни для піднесення патріотичних настроїв населення й залучення коштів церкви і віруючих на воєнні потреби, не виправдало надій ієрархів Української греко-католицької та Української автокефальної православної церков на подібне толерантне ставлення до національної церкви в Україні. Наступ влади на УАПЦ практично в перші місяці після звільнення областей України від нацистів швидко позбавив ілюзій навіть прихильників радянської влади. Однак значний вплив Української греко-католицької церкви на заході України, масова підтримка її з боку населення та збройний рух опору насадженню радянської влади змушували владу діяти по відношенню до УГКЦ більш обережно.
Про те, що нищення УГКЦ необхідно розглядати як складову політики сталінських трансформацій у Західній України наголошує В. Войналович23 . Досить вірно характеризує ситуацію по відношенню держави до церкви в цілому О. Замлинська, відзначаючи той факт, що церква в роки війни пережила значне піднесення, а її зростаючий вплив на народ у повоєнні роки стояв на перешкоді радянській ідеології. Масова і впливова в приєднаній але нескореній Західній Україні УГКЦ у першу чергу викликала на себе удар карального апарату Кремля24 .
Незважаючи на запевнення делегації УГКЦ під час візиту до Москви в грудні 1944 р. про можливість вільного сповідуванні греко-католицької віри, прийняття від делегатів 100 тис. крб. до фонду Червоного Хреста та „подяк за визволення" на адресу Й. Сталіна й уряду, доля УГКЦ уже була вирішена. 17 березня 1945 р. Й. Сталін особисто схвалив письмові пропозиції щодо знищення УГКЦ, в яких також йшлося про переведення в юрисдикцію Московського патріархату Мукачівсько-Пряшівської православної єпархії Сербської православної церкви.
Початок цілеспрямованого наступу на УГКЦ сучасні українські дослідники пов'язують з появою 8 квітня 1945 р. у газеті «Вільна Україна» статті «З хрестом чи ножем» під псевдонімом В. Росович, в якій УГКЦ звинувачували у співпраці з нацистами. Справжнім автором статті більшість дослідників називають Я. Галана. Проте І. Андрухів наводить дані інформаційної довідки для ЦК КП(б)У від 26 квітня 1945 р. про те, що духовенство вважало автором статті Г. Костельника, і робить припущення, що цей матеріал вони підготували разом25 . Стаття була передрукована в інших виданнях Західної України та поширювалася окремою брошурою. Уже 11 квітня у соборі св. Юра у Львовi НКВС заарештувало митрополита Й. Сліпого, інших керівників церкви та священників. Одночасно масові арешти відбулися в Станіславі (нині Івано-Франківськ) та інших містах. Подібну акцію М. Марущак26 та Е. Бистрицька27 справедливо розглядають як удар по національно-визвольному руху на західноукраїнських землях, оскільки НКВС часто небезпідставно вбачало у священниках і вірних УГКЦ активістів такого руху.
Численні праці сучасних дослідників проливають світло на детально розроблений і юридично оформлений за посередництвом Львівського собору план ліквідації радянською владою греко-католицької церкви, яка не лише не бажала перебувати у фактичній залежності від державних органів, як це сталося з Російською православною церквою, а й перебувала під юрисдикцією Ватикану, який засуджував комуністичну ідеологію та державну політику СРСР.
За словами нинішнього глави УГКЦ Л. Гузара, „для ліквідації Церкви було використано сценарій, майже релігійний, у формі, зрозумілій для церковних людей - через церковний собор. Адже саме на соборах приймають рішення щодо життя Церкви. Таким чином людям „замилили" очі: духовенство даної Церкви сказало, що воно відрікається від своєї теперішньої приналежності і бажає перейти до іншої. Зовні для багатьох людей це мало вигляд легітимної події"28 .
Однак підготовка навіть такого „собору" забрала в його ініціаторів багато часу, які так і не змогли залучити для участі в його роботі жодного з греко-католицьких єпископів, не кажучи вже про митрополита, що позбавило зібрання канонічності. Та це якраз мало цікавило кремлівське керівництво.
У контексті підготовки до Львівського собору значне зацікавлення істориків та релігієзнавців викликає діяльність так званої ініціативної групи по підготовці собору на чолі з священниками УГКЦ Г. Костельником, М. Мельником та А. Пельвецьким. Діючи умовляннями та погрозами, які часто завершувалися арештом незгодних29 , ініціативній групі вдалося залучити на свою сторону невелику кількість священників і мирян, які погодилися на перехід під юрисдикцію Російської православної церкви та ліквідацію УГКЦ. Історики наводять різні причини, які спонукали Г. Костельника до злиття з РПЦ. Так, В. Сергійчук30 , І. Білас31 , М. Прокоп та ряд інших схильні вважати, що в Костельника просто не було виходу, оскільки йому загрожувало покарання за антирадянську пропаганду та підтримку Акта 30 червня 1941 у Львові. Є свідчення й про те, що НКВС ще в 1941 р. намагалося залучити Г. Костельника до розриву унії з Ватиканом, а коли він відмовився, заарештували й закатували його сина32 . У свою чергу, О. Лисенко, не відкидаючи версії „безвихідності", припускає, що Г. Костельником рухало прагнення до самореалізації, до „виходу з тіні" таких визнаних лідерів Церкви, як А. Шептицький, Й. Сліпий, Г. Хомишин, М. Будка, М. Чарнецький33 . Він також вважає, що Г. Костельник не мав наміру зробити греко-католиків просто частиною РПЦ, а вбачав у приєднанні певну місіонерську роль, здатність оновити церкву й залучити до неї більше людей.
Проте процес переведення греко-католицьких єпархій на православ'я проходив надто повільно, а священники, які піддалися тиску і вступили до ініціативної групи, згодом часто подавали заяви про вихід із неї.
Як свідчать доповідні записки уповноваженого в релігійних справах РПЦ при РНК УРСР П. Ходченка, на користь греко-католиків спрацьовувало те, що прислані РПЦ священники мали порівняно з греко-католицькими низький рівень богословської освіти та не користувалися авторитетом в місцевого населення через погане знання української мови. Галичани також небезпідставно побоювалися, що РПЦ сприятиме русифікації краю, не довіряли православній вірі, яка насаджувалася з допомогою держави. В. Сергійчук також засвідчує, що звернення до народу і священників, з якими зверталися учасники ініціативної групи та ієрархи РПЦ, були підготовлені в НКВС34 . Водночас навіть та незначна кількість священників, які добровільно погодилися приєднатися до РПЦ, на думку О. Лисенка, бажали мирного співіснування з державною владою та тяжіли до соборності з усім українським народом, а не стали переконаними православними35 .
Більшість дослідників36 звертають увагу на те, що під час візиту делегації священників УГКЦ до Києва напередодні Львівського собору екзархом України Іоанном отці М. Мельник та А. Пельвецький були висвячені на православних єпископів. Таким чином, на момент проведення Львівського собору вони вже були православними владиками і ніякого відношення до УГКЦ не мали. Своєрідним „психологічним ударом" по тих священниках, які ще сумнівалися в доцільності „возз'єднання", за визначенням І. Андрухіва37 , стала публікація в пресі напередодні проведення собору заяви про завершення слідства над Й. Сліпим та єпископами УГКЦ і направлення справи на розгляд військового трибуналу. Практично безперервно тривали арешти непокірних священників і мирян. У таких умовах на Львівському церковному соборі 8-10 березня 1946 р. 216 делегатів від духовенства і 19 від мирян прийняли рішення про ліквідацію УГКЦ та приєднання до РПЦ. За схожим сценарієм у 1949 р. було проголошено ліквідацію Ужгородської унії та приєднання до РПЦ греко-католицької церкви Закарпаття.
Проте переможні реляції державних функціонерів, а також запевнення офіційних історіографів про добровільний перехід на православ'я і відсутність будь-яких спроб відстоювати унію з боку понад 2500 парафій УГКЦ не відповідали дійсності38 . Навіть після Львівського собору греко-католицькі громади та священники відмовлялися реєструватися як православні. За інформацією О. Лисенка39 , на середину 1946 р. на Станіславщині офіційно оформилися 216 з усіх 322 священників, у Тернопільській області - лише 19 з 270, у Львівській області відмовився від реєстрації 101 священник з 281. 56 з них полишили духовний сан або були репресовані.
Осередком опору радянській ідеології та твердими прихильниками греко-католицької віри залишалися монастирі. Лише у Станіславській області на початку 1945 р. налічувалося 11 чернечих осередків, з яких особливе занепокоєння влади викликав Гошівський монастир отців-василіян на Ясній горі, монахи якого підтримували зв'язки з українським підпіллям. Незважаючи на численні спроби ліквідації монастирів та переселення монахів протягом чотирьох років після проведення Львівського собору, станом на 1 березня 1950 р. у Львівській, Станіславській та Закарпатській областях діяло 8 греко-католицьких монастирів, які не лише проводили богослужіння та відправляли священників для обслуговування духовних потреб греко-католиків довколишніх сіл, а й перетворилися, згідно з приведеним у праці В. Сергійчука донесенням уповноваженого Ради у справах релігійних культів по Українській РСР П. Вільхового, „на центри зібрання ворожо налаштованих до радянської влади елементів"40 .
Це був своєрідний виклик владі, тому для „наведення порядку" органам державної безпеки довелося остаточно „зняти маску" демократичності й законності. Численні звернення монахів до органів влади з посиланням на нормативні акти були знехтувані. Як влучно зазначає І. Андрухів, монахам „не довелося потішитися свободою сталінської Конституції", оскільки вже в кінці березня 1950 р. мешканці головного осередку греко-католицького чернецтва - чоловічого й жіночого Гошівських монастирів Івано-Франківської області були заарештовані41 . За відпрацьованою схемою було припинено діяльність інших монастирів, а священники та монахи, які залишилися на волі, продовжили свою діяльність підпільно.