Однак уже після смерті Й. Сталіна з ув'язнення було звільнено кілька сотень греко-католицького духовенства, а в 1956 р. повернулися із заслання два єпископи - М. Чарнецький до Львова та І. Лятишевський до Станіслава, які відкрили „друге дихання" „катакомбної" греко-католицької церкви42 . Таким чином, радянській владі так і не вдалося зламати опір греко-католицьких священників і вірних. Перебуваючи поза законом, УГКЦ продовжувала діяти підпільно аж до легалізації напередодні розпаду СРСР.
Проте вже самі назви праць радянського періоду, які писалися для широкого загалу, - „Уніатська церква - ворог українського народу", „Уніатство - запеклий ворог української культури", „Уніатство і український буржуазний націоналізм"43 та багато інших44 , - повинні були вселити в пересічних громадян почуття ненависті не лише до УГКЦ, а й до культурного надбання народу, яке отримало тавро „буржуазно-національного". При цьому більшість праць, до певної міри справедливо називаючи причинами Брестської (1596 р.) та Ужгородської (1646 р.) церковних уній утиски з боку поляків та угорців щодо корінних українців та їхньої православної віри, подавали ініціаторів унії не як патріотів, що протистояли цьому тиску і шукали вихід із складного становища, а як зрадників, що сприяли денаціоналізації українців. Тим самим вони намагалися переконати, що „уніатство з самого початку мало антинародний, антинаціональний характер"45 . Діяльність А. Шептицького зводилася до того, щоб поширити католицизм на схід. Для дискредитації УГКЦ радянська історіографія поширювала тезу про те, що Церква перешкоджала розвитку культури, освіти, забороняла друкування творів українських письменників тощо46 .
Сьогодні подібні тези документально спростовані дослідниками. Так, зокрема, В. Перевезій, С. Гнот, О. Ліщинська-Милян та інші присвятили дослідження визначній ролі митрополита А. Шептицького та УГКЦ у розвитку національної культури, освіти та виховання в Галичині47 .
Оскільки в радянській Україні інша точка зору не могла бути представлена, опонентом офіційних радянських історіографів на той час виступили українські наукові центри за кордоном, які намагалися донести правду про ставлення влади до церкви в Україні, збирали документи і свідчення тих церковних діячів і віруючих, що опинилися в еміграції. Нападки істориків СРСР на католицьку церкву і спотворення мотивів церковної унії викликали зростання інтересу до церковної історії в цілому та своєрідні полемічні праці, які документально спростовували твердження радянських ідеологів. Подібні праці регулярно друкувалися в еміграційних часописах та виходили окремим накладом. Зокрема, вагоме місце в зарубіжній українській історіографії діяльності УГКЦ посідає монографія А. Кравчука48 , який присвятив дослідження спростуванню радянських кліше про колабораціонізм Церкви в роки Другої світової війни. Вагомими є наукові здобутки Б. Боцюрківа. Цілий цикл праць в журналі „Сучасність" оприлюднив колишній капелан батальйону „Нахтігаль" І. Гриньох, плідно працювали інші вчені діаспори. Крім того, українцям за кордоном вдалося провести кілька дійсно визначних наукових форумів, які викликали значний резонанс у науковому світі та привернули увагу світової громадськості до проблем української церкви.
До найбільш вагомих наукових заходів за кордоном щодо дослідження історії церкви, зокрема УГКЦ, вшанування жертовницької діяльності її священників та вірних належить наукова конференція, проведена в 1963 р. у Римі на пошану глави Церкви Й. Сліпого. За задумом організаторів, захід мав не лише привернути міжнародну увагу до переслідування греко-католиків в Україні, а й продемонструвати єдність українського наукового світу в європейській діаспорі. З цією метою до організації конференції долучилися Наукове товариство ім. Т. Шевченка, Українська вільна академія наук, Український вільний університет та Українське Богословське наукове товариство. Крім того, Український технічно-господарський інститут та понтифікальна колегія ім. св. Йосафата делегували своїх ректорів на голів окремих секцій. У роботі конференції взяли участь найбільш визначні діячі української діаспори, представники як духовних, так і світських інституцій. Зусиллями А. Жуковського, О. Кульчицького, П. Курінного, Б. Микитюка, Н. Полонської-Василенко, о. Ісидора Патрила, П. Цимбалістого, В. Яніва, В. Кубійовича, Є. Словінського, Р. Єндика, о. Іринея Назарка, о. Атанасія Великого було підведено своєрідний підсумок досліджень української діаспори з історії церкви, а також засвідчено тяглість трьох генерацій науковців України за кордоном. Матеріали конференції незабаром було опубліковано і вони стали гідною відповіддю радянській пропаганді на закиди проти церкви49 .
Своєрідним енциклопедичним виданням з історії переслідування української церкви стала підготовка і видання вченими та церковними діячами діаспори „Мартирології українських церков у чотирьох томах". У другому томі видання, упорядкованому і відредагованому О. Зінкевичем та священником Т. Лончиною, вміщено документи й матеріали про Українську католицьку церкву50 . На підставі зібраних матеріалів видавці роблять висновок про те, що українська церква, не залежно від того, була вона православна чи католицька, в умовах радянського режиму була приречена на знищення.
Ще одним спільним проектом української діаспори по дослідженню історії церкви став Науковий конгрес у 1000-ліття хрещення України. Для участі в роботі Конгресу було залучено представників не лише європейської діаспори, а й США та Канади. На конгресі були оприлюднені дослідження А. Жуковського, О. Барана, С. Сеник, А. Сороковського, М. Марунчака, З. Соколюка, Л. Рудницького та інших відомих науковців51 . Більшість наукових розвідок простежували церковні відносини в Україні з часів прийняття християнства Володимиром Великим аж до другої половини ХХ століття, при цьому значне місце посідали праці про причини і характер церковної унії та подальшу історію греко-католицької церкви. Особливу увагу привернула доповідь Я. Білінського про стан української православної церкви в УРСР. У ній на підставі даних американського дослідника церкви в СРСР В. Флетчера, оприлюднених в його монографії52 , а також матеріалів своєрідної дискусії з ним представників СРСР - ієромонаха Інокентія (С. Павлова) та професора В. Щердакова - на сторінках журналу „Социологические исследования"53 , робиться висновок про те, що більше половини віруючих Російської православної церкви в СРСР насправді становлять колишні вірні УГКЦ, які продовжують дотримуватися своїх традицій і готові повернутися до УГКЦ після її легалізації. На підтвердження своїх слів Я. Білінський приводить дані Б. Боцюрківа про те, що з близько 3000 діючих церков в Україні на початок 1970-х рр. понад 1500 припадало на Західну Україну, тобто колишні храми УГКЦ54 . Варто відзначити, що ряд праць Б. Боцюрківа були опубліковані в Україні в роки незалежності, а фундаментальне дослідження про ставлення Радянської влади до УГКЦ було перекладене і видане в Україні уже після смерті автора55 .
Про значну вищу релігійність населення в західних областях України свідчать і соціологічні дослідження радянського періоду56 . Однак радянські соціологи робили висновок про те, що з кожним роком церков та віруючих стає менше, а релігійне питання незабаром узагалі зникне.
Факти цілеспрямованого переслідування віруючих, особливо підпільної греко-католицької церкви, не бралися до уваги.
Радянська історіографія 1960-1980-х рр. не лише намагалася повторювати ідеологічні штампи про співпрацю УГКЦ з нацистами та підтримку нею буржуазних націоналістів. Вона почала певною мірою полемізувати із закордонними дослідниками церковної історії та українськими діаспорними релігійними й науковими центрами, підбираючи аргументацію на закиди щодо переслідування віруючих у СРСР та порушення прав громадян. Радянські історики, філософи, релігієзнавці О. І. Уткін, О. В. Огнева, В. В. Коник, О. Ю. Гаврилюк, I. Г. Батюк, В. В. Бурков та багато інших намагалися на підставі нормативних актів та Конституцій СРСР і УРСР довести широкі права релігійних общин та громадян у СРСР, а також звинуватити зарубіжних „радянологів" у фальсифікації фактів і спробі дестабілізувати становище в Радянському Союзі та підірвати його авторитет на міжнародній арені57 . (При цьому замовчувався той факт, що дійсно гарантовані права в СРСР насправді були фікцією, а будь-яка спроба їх відстоювання завершувалася, як правило, тюремним ув'язненням.) Особливу активність у цьому напрямі проявила радянська історіографія з обранням на престол Папи римського Івана Павла II, який прихильно ставився до Української католицької церкви, а також відповідаючи на осуд Католицької церкви та українських організацій за кордоном радянської агресії у Афганістані.
Варто відзначити, що навіть представники радянської історіографії були змушені визнати зростання впливу зарубіжних українських наукових центрів та їх пропаганди. Так, О.Уткін та О.Огнева відзначають, що „зарубіжні радіостанції, організації та центри мають у своєму розпорядженні значну матеріально-технічну базу, достатню кількість експертів, великий обсяг інформації та широкі можливості для пропаганди своїх досліджень. Поширювані ними твердження люди... можуть сприймати як істинні, оскільки в них є певне теоретичне обґрунтування, насиченість різними сучасними та історичними фактами" 58 .
В Україні, як справедливо зазначають автори „Академічного релігієзнавства" за редакцією проф. А. Колодного59 , боротьбу з релігією в 1970-х - на початку 1980-х рр. також здійснювали, прикриваючись такими ідеологічними кампаніями, як атеїстична контрпропаганда, метою якої було: викриття і нейтралізація так званого зарубіжного клерикально-націоналістичного впливу на український народ, припинення підривної діяльності зарубіжних антикомуністичних центрів.