В 1700 году был учрежден Стрелецкий приказ, а Иноземный и Рейтарский были объединены в Особый приказ, в котором сосредоточилось высшее управление хозяйственными и судебными вопросами вооруженных сил. Кроме того, к концу XVII столетия относятся попытки территориально разделить государство на несколько разрядов и полков, отдаленно напоминающих военно-территориальные округа.
В 1701 году Особый приказ преобразовали в Приказ военных дел, во главе которого был поставлен Т. Стрешнев. Обеспечением войск оружием, обмундированием и деньгами занимался генерал-комиссар. Продовольствием и фуражом ведал созданный в 1700 году Провиантский приказ. Пушкарский приказ в 1701 году был преобразован в Приказ артиллерии. В 1706 году Приказ военных дел переименовали в Ближнюю канцелярию. Такая система, несмотря на небольшие изменения, была крайне громоздкой и неудобной, особенно на уровне местного территориального управления. Все это требовало самого радикального переустройства.
С введением в 1718 году коллегиальной системы управления была создана Военная коллегия, занимавшаяся всеми военными вопросами. В ее прерогативу входило и общее наблюдение за деятельностью Артиллерийской канцелярии, подчинявшейся непосредственно генерал-фельдцейхмейстеру. В Москве Военная коллегия имела артиллерийскую, мундирную и счетную конторы.
20 ноября 1696 года на заседании Боярской Думы было принято постановление: «Морским судам быть». Так началось создание российского военно-морского флота.
Фактически строительство флота Петром I в Воронеже было начато еще в конце 1695, после возвращения из неудачного первого Азовского похода. Духовенство должно было построить один корабль от 8 тыс. дворов, а дворянство - от 10 тыс. дворов. Дворяне, имевшие менее 100 дворов, вносили ежегодно по полтине с каждого двора. В 1696 был издан указ о постройке 12 кораблей купечеством, посадскими людьми и иностранными купцами. Всего должны были построить 52 корабля разных рангов и галеры. На деньги, собранные у населения, корабли строило государство.
Для строительства кораблей были назначены солдаты Преображенского и Семеновского полков, плотники, собранные со всех концов страны, 50 иностранных мастеров. Организация строительства судов возлагалась на Военный приказ-разряд, во главе которого был поставлен воевода Т. Н. Стрешнев. Для изучения кораблестроения и морского дела в 1697 Петр I под видом урядника Преображенского полка Петра Михайлова в составе Великого посольства поехал в Голландию и Англию и отправил туда около 100 молодых людей. В России готовились корабельные мастера и мастеровые. Строительство Азовского флота велось на верфях в Воронеже, Таврове, Ступине, Брянске, Чижовке, Павловске.
В 1697 в Воронеже было учреждено первое адмиралтейство. Осенью 1698 часть судов была спущена на воду, а весной 1699 в Азовское море вышла эскадра из 10 кораблей и нескольких судов. В августе на одном из них, 46-пушечном корабле "Крепость", Петр I отправил в Константинополь для переговоров думного дьяка Е. И. Украинцева и лично сопровождал его с эскадрой (10 кораблей, 2 галеры, 2 судна) до Керчи. Эта демонстрация русского флота способствовала подписанию мирного договора с Турцией.
К 1700 для Азовского флота было построено 40 парусных кораблей и гребных судов. Строительство Азовского флота продолжалось до 1711. Всего было построено 215 судов, в том числе 44 58-пушечных корабля. После Прутского договора (1711), по которому Азов и Таганрог были переданы Турции, Азовский флот прекратил свое существование. Опыт, накопленный при его строительстве, был использован на Балтийском море, что сыграло важную роль в Северной войне. Корабли для Балтийского флота строились на верфях Санкт-Петербурга, Новгорода, Олонца (Лодейное Поле), Углича, Архангельска и Твери (Калинин).
За 30 лет (1696-1725) был создан регулярный флот России. Всего было построено 111 линейных кораблей, 38 фрегатов, 60 бригантин, 8 шняв, 67 крупных галер, значительное количество скампавей (полугалер), бомбардирских кораблей, брандеров, шмаков, прамов, до 300 транспортных судов и множество мелких судов. По боевым и мореходным качествам русские линейные корабли, строительство которых началось с 1708, не уступали иностранным, а галеры успешно действовали в шхерных районах Балтийского моря против шведских кораблей.
К 1718 большинство командных должностей на флоте занимали русские люди, имевшие необходимые знания, опыт и отличившиеся в боях. В связи с этим в январе 1721 указом Сената было запрещено принимать иностранцев на службу во флот. К 1725 численность личного состава флота достигла 7215 человек. Офицерский состав и кораблестроители готовились в специально созданных школах (Навигацкой, адмиралтейских) и Морской академий. Главным центром кораблестроения и подготовки кадров Российского флота стал Санкт-Петербург.
В 1696-1725 были созданы Азовский и Балтийский флоты, Каспийская флотилия. Флот России в эти годы одержал первые крупные победы в морских сражениях при о. Котлин, п-ове Гангут, о-вах Эзель и Гренгам, завоевал господство на Балтийском и Каспийском морях
В 1699-1700 гг. Петр I провел централизованный набор рекрутов для пехоты, что явись предпосылкой окончательного перехода к рекрутской системе (введенной в 1705 году). Новая система комплектования армии явилась закономерным итогом развития национальных особенностей русского военного искусства.
Для проведения наборов, комплектования частей, обучения рекрутов в селе Преображенское была учреждена комиссия («Генеральный двор») во главе с Федором Головиным и Вейде (вместе с ними работал и Иван Суворов – дед будущего полководца). В штатах «Генерального двора» числилось 76 дьяков и подьячих. В итоге из охотников и даточных людей было создано 27 пехотных и 2 драгунских полка (общая численность – 32.000 человека). Их свели в 3 дивизии. 25 июня 1700 года в селе Преображенском состоялась торжественная передача первых 14 полков командирам дивизий – это день принят русской военно-исторической наукой как дата учреждения регулярной армии России. Однако, реформа на этом этапе не коснулась конницы: она, как и прежде, состояла из дворянского ополчения. Новая система комплектования давала большое преимущество русской армии перед западноевропейскими, основанными на базе наемно-вербовочной системы. Она позволила создать армию с однородным национальным составом.
Обучение офицеров и солдат проводилось уже не по ратному обычаю (как в XVII веке), а по «артикулу», по единому строевому уставу. Таким уставом было составленное Автомоном Головиным «Строевое положение 1699 года». Позже оно было дополнено «Учением для гренадеров», которое уже под названием «Краткое обыкновенное учение и т.д.» служило официальным строевым уставом до 1716 года. Так была сделана первая попытка создания единых строевых правил:
во-первых, были введены две категории обучения – для старослужащих и новобранцев;
во-вторых, было значительно уменьшено количество перестроений и ружейных приемов;
в-третьих, были выработаны простые, четкие команды и доходчивый командный язык.
Соответственно с изменением стратегии и тактики была изменена и концепция подготовки войск к боевым действиям. Рекрутов сразу же начинали обучать ратному делу, стремясь превратить вооруженные толпы в воинские подразделения, легко управляемые и дисциплинированные. На смену прежним смотрам раз в год и редким учебным стрельбам приходит постоянная подготовка, ориентированная на активное ведение боевых действий.
Большое значение придавалось воспитанию в армии войскового товарищества и поддержанию твердой дисциплины. «Всякий начальный человек и солдат должен и обязан быть имеет товарища своего от неприятеля выручать, пушечный снаряд оборонять и прапорец и знамя свое, елико возможно, боронить так, коль ему люб живот и честь его», - говорится в «Воинских статьях». Особо указывалось на строгое соблюдение дисциплины. Солдаты должны беспрекословно исполнять приказы офицеров. Дисциплина поддерживалась очень сурово: мучительные наказания – шпицрутены (гнали сквозь строй и били); отрезание ушей и носа; каторга.
В регулярной армии Петра I служба стала пожизненной. Отставка давалась только больным и увечным. Военная служба тяжким бременем легла на население и уклонение от нее было обычным явлением. Можно считать, что десятая часть рекрутов постоянно была в бегах. Был случай, когда от 23.000 драгун через несколько месяцев осталось только 8.000, остальные – разбежались.
Обучение проходило в условиях, близких к бою, в поле и обязательно офицерами, причем процесс обучения солдат являлся одновременно проверкой подготовки самого офицера. К офицерам предъявлялись высокие требования. По Уставу офицер был носителем воинской чести. Личная храбрость должна была быть обязательным свойством офицера. Боевой опыт необходимо было дополнять регулярным изучением военного дела. Пехотный офицер должен знать не только строевую службу, но и артиллерию и фортификацию. За незнание своего дела предписывалось снижать в должности.
Первоначальное обучение рекруты проходили на специальных «станциях». Петр требовал учить рекрутов «непрестанно солдатской экзерциции, и читать им Воинский Артикул, дабы в полки не сущими мужиками, но отчасти заобычайными солдатами пришли».
На «станциях» постоянно находилось от 500 до 1.000 рекрутов. Молодые солдаты поступали под начальство капралов, ефрейторов или старослужащих. Многие раненые офицеры посылались властями на рекрутские «станции», где они передавали молодым солдатам свой боевой опыт. Занятия по Уставу позволяли достичь единообразного обучения солдат.
Со временем «станции» стали своеобразными центрами подготовки резерва для действующей армии. Они вооружались оружием, которое было и в регулярной армии. Рекрутов, прошедших предварительную подготовку, направляли на пополнение существующих полков и формирование новых.