Конституционные полномочия Президента Российской Федерации по взаимоотношению органов государственной власти ориентированы на укрепление единства системы этой власти и позволяют ему в случае неразрешённых противоречий между парламентом и Правительством либо отправить Правительство в отставку либо путём назначения выборов в Государственную Думу нормализовать политическую обстановку в стране.
Правовая регламентация отношений Президента и Правительства не даёт оснований для административного подчинения Правительства Президенту. В принципе он не должен вмешивается в дела Правительства.
Конституция требует от главы государства соблюдения дистанции по отношению к Правительству.
При оценке устойчивости взаимоотношений Президента и Правительства необходимо учитывать, что после принятия Конституции 1993 г. российская практика пока знает только опыт взаимодействия одного Президента - Б.Е. Ельцина и 2-х Правительств - во главе с В.С. Черномырдиным и с С.В. Кириенко. И поэтому, естественно пока что рано делать какие-либо выводы о путях совершенствования взаимоотношений этих институтов власти в будущем. Нынешнее положение, как отмечают отечественные государствоведы, является скорее свидетельством соответствующих политических ситуаций, нежели следствием конституционной доктрины' .1
Президент непосредственно руководит федеральными министерствами и ведомствами в сфере обороны, безопасности, внутренних дел, иностранных дел, предотвращения чрезвычайных бедствий. Нахождение этих органов в ведении Президента обуславливает его право утверждать по представлению Председателя Правительства положения о них и назначить их руководителей. Эти федеральные исполнительные органы подчиняются Правительству и ответственны перед ним. Федеральные министры подотчётны Правительству, а по вопросам, отнесённым к полномочиям Президента, также и главе государства (Ст.12 и 26 ФКЗ "О Правительстве РФ").
В настоящее время отсутствие парламентской поддержки Президенту и Правительству и откровенно выражаемое им доверие Государственной Думы свидетельствует о продолжении глубокого политического и экономического кризиса. Развязки не видно, по крайней мере, до будущих парламентских и президентских выборов.
Видимо оптимистические выводы могут последовать только тогда, когда Президент, парламент и Правительство будут действовать скоординировано, на основе согласованной общеполитической программы выхода из экономического кризиса. Реализация такой программы, естественно, потребует от Правительства большей самостоятельности и ответственности.1
В судебной сфере Президент представляет Совету Федерации кандидатуры для назначения на должности судей Конституционного Суда, Верховного и Высшего Арбитражного судов Российской Федерации, назначает судей других Федеральных судов (к ним относятся все судьи страны, кроме мировых).
В свою очередь, при решении вопроса отрешения Президента от должности, Верховный Суд даёт заключение о том, что в действиях Президента РФ имеются признаки состава преступления. А Конституционный Суд даёт заключение о соблюдении установленного порядка выдвижения обвинения''.2
Осуществление ответственных полномочий, возложенных Конституцией РФ на Президента, требует достаточного высокого уровня защищённости его статуса. Это необходимое условие для того, чтобы мотивация воли Президента основывалась на высших долгосрочных интересах России, а не на учёте колебаний в раскладе политических противоборствующих сил в Парламенте.
В соответствии со Ст.91 Конституции РФ Президент обладает неприкосновенностью. Однако Президент может досрочно прекратить исполнение своих полномочий. Это возможно в случае отставки Президента в соответствии с его заявлением, в случае стойкой неспособности по состоянию здоровья осуществлять свои полномочия, в случае отрешения от должности. В любом случае досрочного прекращения полномочий Президентом выборы нового Президента должны состоять не позднее трёхмесячного срока с момента такого прекращения. Порядок досрочного отрешения Президента Российской Федерации от должности осуществляется парламентом - Федеральным Собранием. Впервые такой порядок был установлен Конституцией США под названием импичмента, а затем предусмотрен основными законами других стран. Конституция России предусматривает более сложный, по сравнению с некоторыми зарубежными странами, порядок отрешения Президента от должности. Окончательное решение об отрешении Президента Российской Федерации от должности принимает одна из палат парламента - Совет Федерации, но после особой процедуры, в которой обязательно участвуют другая палата - Государственная Дума, Конституционный Суд Российской Федерации. В отличие от добровольной отставки Президента по собственному желанию, отрешение его от должности - принудительный акт. Президент Российской Федерации может быть отрешён от должности только на основании обвинения в государственной измене или в совершении другого тяжкого преступления.
Такое обвинение выдвигается и формулируется Государственной Думой, но оно должно быть подтверждено заключением Верховного Суда о том, что в действиях Президента Российской Федерации имеются признаки состава преступления. Кроме того, должно быть представлено заключение Конституционного Суда Российской Федерации о соблюдении установленного порядка выдвижения обвинения. Решение Совета Федерации об отрешении Президента от должности должно быть принято не позднее, чем в трёхмесячный срок после выдвижения Государственной Думой обвинения против Президента Российской Федерации, Если в этот срок решение Совета Федерации не будет принято, обвинение против Президента считается отклоненным. Участие трёх органов в процедуре отстранения Президента России от должности делает эту процедуру гораздо более сложной, чем во многих зарубежных государствах. В США, например, обвинение, формирует нижняя палата (Палата представителей) без участия других органов.
Однако нельзя не согласиться с А.Е. Якубовым, справедливо указывающим на ограниченные возможности предъявления Президенту обвинения в совершении общеуголовного преступления'.1 Представляется маловероятным совершение Президентом таких преступлений, как грабёж или мошенничество, совершённые при отягчающих обстоятельствах и т.д., которые в статье 93 Конституции обозначаются как "иное тяжкое преступление". Если же Президент всё же совершил преступление, то в таком случае на него, не должно распространяться положение о неприкосновенности личности: в противном случае это явится нарушением принципов равноправия граждан и неотвратимости показания на совершённое преступление.
Что же касается государственной измены, то квалифицировать действия президента в соответствии с ней представляется весьма затруднительным по 2 причинам. Во-первых, негативные последствия, выражающиеся в ущербе целостности, территориальной неприкосновенности, государственной безопасности или обороноспособности Российской Федерации, могут значительно отстоять по времени от момента совершения президентом страны деяния, их повлекшего.
Во-вторых, несмотря на персонофакацию должности Президента Российской Федерации как единоличного главы государства трудно предположить, что решение, содержащее признаки такого состава преступления, как государственная измена, подготавливаются и принимаются им в одиночку.
Так или иначе, но из содержания Ст.93 Конституции РФ не вытекает возможность отрешения Президента Российской Федерации от должности за совершение неправомерных деяний, непосредственно связанных с исполнением им своих должностных обязанностей. Более того, налицо сужение ответственности президента по сравнению с прежней Конституцией, которая предусматривала отрешение его от должности в случае нарушения Конституции, законов РФ и данной им присяги (Ст.121-10)’.
Г.Н. Селезнёв так же утверждает о том, что Ст.93 Конституции изложена таким образом, что отрешение Президента от должности, носит виртуальный характер. Он комментирует это так: "В Конституции заложен столь сложный правовой механизм отрешения Президента от должности, что практическое осуществление этого права маловероятно. Политико-правовые интересы большей части российского истеблишмента напрямую связаны с личностью Ельцина. В случае начала процесса отрешения сила права может уступить силе произвола...".1
Во всех случаях, когда Президент России не в состоянии выполнить свои обязанности, их временно исполняет Председатель Правительства Российской Федерации. Исполняющий обязанности президента не имеет право роспуска Государственной Думы, назначать референдум, а также вносить предложения о поправках и пересмотре положений Конституции Российской Федерации.
Первый Президент Российской Федерации был избран в июне 1996 года на второй срок и исполняет свои обязанности до настоящего времени. Депутатами поднимался и поднимается вопрос о досрочном прекращении Б.Н. Ельциным президентских полномочий в связи с болезнью. Высказывались и предложения Президенту уйти в отставку по той же причине. Обсуждался вопрос о внесении поправок в статьи 92 и 93 Конституции Российской Федерации, уточняющие процедуры, связанные с досрочным прекращением президентских полномочий. Миронов О.О. в своей работе "Конституция не может быть неизменной" поднимает вопрос об упрощении данной процедуры, иначе Ст.93 Конституции РФ будет иметь больше декларативный, нежели реализуемый характер'.1