За встановленою в Російській імперії системою управління Азовське формування безпосередньо підпорядковувалося Новоросійському генерал-губернаторові як в цивільних справах, так і у військових. Через генерал-губернатора козацьке військо підлягало Військовому міністерству. До 1857 року справи Азовського формування розглядав Департамент військових поселень Військового міністерства, а з 1857 року – Управління іррегулярних військ цього ж міністерства. Питання, які не могли бути вирішені Військовим міністерством, передавалися доСенату, а його рішення, апробовані імператором, набували силу закону. Безпосередньо управляла азовцями військова канцелярія на чолі з наказним отаманом. Останній користувався в управлінні правами бригадного командира і призначався урядом. Його рішення щодо справ у війську було вирішальним. В свою чергу військова канцелярія не могла приймати рішення без згоди наказного отамана. При незгоді з рішенням наказного отамана військова канцелярія могла повідомляти про своє розуміння справ Новоросійського генерал-губернатора. Однак до прийняття рішення генерал-губернатором військова канцелярія виконувала накази отамана.
Військова канцелярія, як орган внутрішнього управління військом, відала військовими, цивільними та військово-судовими справами азовців. Цивільні судові справи козацького формування розглядалися Олександрівським повітовим судом на загальних підставах. Обов`язки та напрямки діяльності канцелярії визначили її штат. Вона складалася з голови (наказного отамана), постійного члена штаб-офіцерського чину, 3-х (а з 1852 року 2-х) асесорів обер-офіцерського чину, секретаря, канцелярських службовців. З укомплектуванням штату військової канцелярії формуються і структури, що їй підпорядковуються, – станичні та хутірські управи, медичний персонал, штат військових священиків. До складу військової канцелярії були включені військовий землемір, військовий архітектор та чиновник з особливих доручень. Щоб встановити контроль над Азовським формуванням, до війська були направлені офіцери регулярної армії.22
Військовий устрій Азовського іррегулярного війська визначався за принципом інших козацьких військ Російської імперії. Військова служба азовців поділялася на внутрішню та польову. Польова служба козацьких військ Російської імперії полягала переважно в охороні кордонів держави. Поселення Азовського формування на віддаленій від кордонів і осередків бойових дій території дуже ускладнювало виконання азовцями такого роду служби. Височайшим повелінням від 17 лютого 1837 року була визначена зовнішня служба Азовського війська. Із азовських козаків для охорони східного узбережжя Чорного моря з метою припинення зносин турецьких контрабандистів з гірськими народами Кавказу формується 10 патрульних команд по 20 чоловік у кожній.23 Для патрулювання азовськими морськими командами чорноморського узбережжя були збудовані баркаси особливої конструкції – на зразок мальтійських човнів. Вони будувалися спочатку в Миколаєві, а з 1844 року – в Редут-Кале.24 Поступово кількість азовських баркасів та команд зростають. Причиною цього були спільні операції флоту та сухопутних військ по опануванню східним узбережжям Чорного моря. Кількість азовських човнів збільшилася до 42-х і військо виставило 26 команд. Азовські морські команди базувалися на Сухумській та Костянтинівській станціях.25 Козаки несли службу позмінно: кожна сотня, прослуживши 2 роки, відводилась у військо на пільги, а її місце займала інша сотня. На зовнішній службі козак мав відслужити 25 років. Іменним указом від 14 січня 1845 року була проведена реорганізація азовських команд. Вони були поділені на два відділення і мали патрулювати чітко визначені ділянки східного узбережжя Чорного моря.26 Азовські морські команди несли свою службу на східному узбережжі Чорного моря аж до ліквідації війська.
Внутрішня служба азовських козаків була визначена указом від 2 лютого 1844 року. Згідно з ним для несення служби у військових установах та по війську була сформована команда із урядника, 14 піших і 10 кінних козаків.27
Указом від 27 жовтня 1853 року на території іррегулярного формування була створена учбова команда із офіцера, 2 урядників, 2 приказних, 4 канонірів і 30 козаків. Призначення цієї команди полягало в підготовці молодих козаків для служби на східному березі Чорного моря.28
За наказом Олександра ІІ 5 лютого 1862 року в Азовському війську була сформована специфічна паромна команда, яка крім переправи мала виконувати доручення військового керівництва.
Протягом всього періоду існування козацького формування воно було незначним. На початок переселення азовців на Кубань у війську значилося 36 офіцерів і 1569 чоловік стройових нижніх чинів. Із показаної кількості офіцерів – 1 генерал і 5 обер-офіцерів були зайняті у внутрішньому управлінні. Із 1569 чоловік стройових нижніх чинів урядників було 100 чоловік і рядових козаків 1469 чоловік На зовнішній та внутрішній службі перебувало в азовських командах при Сухумській та Костянтинівській морських станціях 34 урядники і 481 козак; в учбовій команді 2 урядники і 36 козаків; на посадах по війську 22 урядники та 20 козаків. У відпустках на території війська знаходилося 42 урядники та 929 козаків.29 Найбільший військовий склад формування був на 1 січня 1856 року – 1926 козаків та офіцерів.30
Однак малочисельність війська не завадила Азовському козацькому формуванню брати участь майже у всіх війнах, що вела Російська імперія наприкінці 20-х – початку 60-х років ХІХ століття.
Служба Азовського війська була гідно оцінена. За період свого існування воно було нагороджене прапорами та Височайшими грамотами. Першого прапора формування задунайців отримало 6 грудня 1831 року “за хоробрість і завзяття, виявлені при переправі через Дунай 27 травня 1828 року”. 1 липня 1844 року воно було нагороджене прапором “за хоробрість і завзяття при переправі через Дунай російських військ в 1828 році, постійну відданість і відмінну службу”. За Кримську війну Азовське козацьке військо отримало Георгіївський прапор з надписом: “За хоробрість і зразкову службу у війні проти французів, англічан і турків у 1853, 1854, 1855, 1856 роках”.31
Азовське козацьке військо за організацією, комплектуванням, проходженням служби, навчанням, озброєнням та обмундируванням значно відрізнялося від регулярних військових частин. Від одинадцяти іррегулярних військ Російської імперії воно відрізнялося перш за все відмінностями у несенні зовнішньої та внутрішньої військової служби, особливостями господарювання та менталітету.
Обмеженість військових функцій через малу кількість служилого козацтва та невдале розташування обумовили те, що Азовське козацьке військо не повною мірою виправдовувало себе як окреме військове з’єднання і за період свого існування набуло більш господарського та військово-резервного відтінку. Віддаленість від кордонів, поселення на обжитій території серед мирного населення, переважання в ньому “обивательського” елементу над козацьким, сприятливі кліматичні та географічні умови, наближеність до сухопутних та морських шляхів визначили господарські пріоритети азовських козаків.
При поселенні на Бердянській пустоші Азовське формування нараховувало 2319 душ обох статей.32 Така кількість була надто замалою, щоб військо із задунайців могло і надалі існувати як окреме військове з`єднання. Саме тому наказний отаман використовує будь-яку можливість, щоб збільшити чисельність формування. Намагання Й.Гладкого підтримувалися і урядом. Протягом 30 – 40-х років козацьке військо поповнювалося за рахунок приєднаних до війська петровських міщан, новоспаських державних селян, задунайських козаків, що поступово поверталися в межі російської держави із турецьких володінь, липовансько-некрасівського населення із 4-х турецьких аянств, колишніх запорозьких та задунайських козаків з Катеринославської, Херсонської, Таврійської губерній, малоросійських козаків із Чернігівської губернії та природного приросту. Російський уряд, приєднуючи до військових земель вже існуючі населені пункти, заощаджував таким чином державні кошти на створенні нових адміністративних центрів, а, приймаючи вихідців із турецьких володінь, зміцнював авторитет держави як визволительки християнських народів. За 30 – 40-і роки козацьке формування збільшилося більше ніж 5000 цивільних осіб і нараховувало на 1849 рік 8748 душ обох статей.33
В 50-х роках уряд вже не вдавався до штучного збільшення населення Азовського війська. Однак його чисельність невпинно зростає вже в основному за рахунок природного приросту, якому сприяв рівень добробуту азовських козаків. На кінець 50-х років землі козацького формування вважалися найзаселенішими у Катеринославській губернії. Щільність населення становила 14 чоловік на квадратну верству, один населений пункт приходився на 145,17 квадратних верств, на один населений пункт припадало до 354,2 дворів і більше ніж 2095 жителів. Водночас слід зазначити, що тенденція до постійного зростання чисельності азовського населення не вплинула на загальний стан речей. Військо і надалі залишалося одним з найменших козацьких формувань Російської імперії і на початок поетапного переселення азовців на Кубань нараховувало 10911 осіб.34