Исследователь Александр Дерябин отмечает, что во время своего нахождения в Свияжске в августе 1918 года Троцкий даже предлагает в качестве борьбы с дезертирством в РККА следующую экзотическую меру: «Предлагаю как меру наказания ввести для армии и флота черные воротники для дезертиров, возвращенных в части, для солдат, отказавшихся от выполнения приказа, чинивших разгром и прочее. Солдаты и матросы с черными воротниками, пойманные на втором преступлении, подвергаются удвоенной каре. Черные воротники снимаются только в случае безупречного поведения или воинской доблести».
Ричард Пайпс также отмечает дисциплину, которую установил в Красной армии Троцкий, и указывает, что «Драконовские меры [в Красной Армии] превосходили по жестокости все, что было когда-либо известно в царской армии времен крепостничества. Ничего подобного не практиковалось и у белых в армии: солдат, дезертировавших из Красной Армии и оказавшихся у белых в плену, поражало там отсутствие дисциплины».
Также Ричард Пайпс утверждает, что Троцкому принадлежит и изобретение в августе 1919 года на Южном фронте заградотрядов, использовавшихся для расстрела самовольно отступавших частей. Исследователи В. Краснов и В. Дайнес утверждают, что фактически заградотряды начали применяться даже раньше. Все положения знаменитого сталинского приказа 1942-го года «Ни шагу назад!» фактически были копией приказа № 65 по Южному фронту от 24 ноября 1918 года. Положения этого приказа, вызванного массовым дезертирством частей Южного фронта, до сих пор потрясают своей жестокостью. Они требовали расстрела не только дезертиров, но также укрывателей дезертиров, и тех, кто подговаривает других к самовольному отступлению и дезертирству. Приказ требовал сжигать дома укрывателей дезертиров, разместить в прифронтовой полосе заградительные отряды для поимки дезертиров, а от комбедов требовалось два раза в сутки устраивать облавы. 25 ноября Троцкий, подписав этот приказ, доложил Предсовнаркома Ленину и Председателю ВЦИК Свердлову, что «объявлен приказ, возлагающий ответственность за дезертиров на совдепы, комбеды и домохозяев. Первые расстрелы уже произвели впечатление. Надеюсь, что перелом будет достигнут в короткий срок».
Вместе с тем подобная жестокость была довольно характерной в условиях войны. Левый эсер Муравьёв М. А., например, так докладывал предсовнаркома Ленину о боях за Киев в январе 1918 года: «Я занял город, бил по дворцам и церквам, по попам, по монахам, никому не давал пощады! 28-го января оборонческая дума просила перемирия. В отвeт я велeл бить химическими удушливыми газами. Сотни генералов, может — и тысячи были убиты беспощадно. Так мы мстили. Мы были бы в состоянии удержать взрыв мести, но не надо было этого, так как наш лозунг — быть беспощадным». Сам же Ленин во время боёв за Казань отправляет следующую телеграмму Троцкому 10 сентября 1918 года:
Удивлён и встревожен замедлением операции против Казани, особенно если верно сообщённое мне, что вы имеете полную возможность артиллерией уничтожить противника. По-моему, нельзя жалеть города, и откладывать дольше, ибо необходимо беспощадное истребление, раз только верно, что Казань в железном кольце.
«Поезд Троцкого»
Свою работу на посту наркомовенмора и предреввоенсовета Троцкий построил довольно своеобразно, на два с половиной года «переселившись» в поезд, непрерывно разъезжавший по фронтам. «Поезд Троцкого» был сформирован в ночь с 7 на 8 августа 1918 года в Москве, с 6 сентября получив название «Поезд Председателя Реввоенсовета Республики». В этом поезде Троцкий провёл два с половиной года, оставив в наркомате в Москве своего заместиля Склянского Э. М. Сам Троцкий называет Склянского так: «превосходная человеческая машина, работавшая без отказа и без перебоев», сотрудники Реввоенсовета за глаза называют Склянского «электрическим».
В своей работе «Моя жизнь» Троцкий насчитывает по крайней 36 рейсов поезда общей протяжённостью 105 тыс. км. Историк Д. Волкогонов насчитывает даже 200 тыс. км.
Организация поезда была детально продумана: так, в составе поезда имелась собственная охрана из 30 латышей, броневик, пулемётный отряд численностью в 21 человек, 5 мотоциклистов, 18 матросов, 9 кавалеристов, агитационный отряд в 37 человек, несколько автомобилей, свой собственный ревтрибунал. В общей сложности исследователи насчитывают в штате поезда 231 человека. В поезде издавалась своя собственная походная газета «В пути», имелись даже собственный оркестр и самолёт, а для персонала поезда была разработана собственная униформа с особым отличительным знаком. Исследователь Александр Дерябин описывает её следующим образом: на август 1918 года «красные рейтузы с золотыми лампасами, тужурку синего цвета с серебряной окантовкой», на 1919 год униформа была сделана из красной кожи с нарукавным знаком, «серебряным с белой и красной эмалью. На знаке имелись изображение паровоза на фоне солнца и надпись: „Р. С. Ф. С. Р. /ПРЕДРЕВВОЕНСОВЕТА/ Л.ТРОЦКОГО“».
Приказ № 58 начальника поезда Чикколини требовал от начальника охраны:
1. Чтобы у вагона Наркомвоена тов. Троцкого не скоплялись люди.
2. Чтобы при выходе Наркомвоена тов. Троцкого его не сопровождали беспорядочной кучей любые попавшиеся товарищи, а лишь для этой цели назначенные.
3. Чтобы выставленные из нашего поезда часовые у входа или выхода какого-нибудь здания для встречи Наркомвоена тов. Троцкого не устремлялись при проходе его сейчас за ним, а сходили бы с места лишь по приказанию начальника охраны.
Перед своим выездом в Свияжск Троцкий издал приказ по войскам, в котором объявил: "предупреждаю, что врагам народа, агентам иностранного империализма и наемникам буржуазии пощады не будет. В поезде Народного Комиссара по военным делам, где пишется этот приказ, заседает Военно-Революционный Трибунал… [который] снабжен неограниченными полномочиями по отношению к полосе железной дороги, объявленной на военном положении. … Назначенный мною начальник обороны железнодорожного пути Москва—Казань товарищ Каменщиков распорядился о создании в Муроме, Арзамасе и Свияжске концентрационных лагерей… Предупреждаю ответственных советских работников во всех областях военных действий и в полосе военных передвижений, что с них будет спрашиваться вдвойне. Со своими нерадивыми и преступными слугами Советская Республика будет расправляться не менее сурово, чем со своими врагами… "
Вслед за взятием Каппелем Казани вместе с Золотым запасом, в бою 28 августа 1918 года за город Свияжск ворвавшимися на железнодорожную станцию частями каппелевской бригады едва не был захвачен личный поезд Троцкого и весь штаб 5-й армии[26].
Сам Троцкий описывает свою деятельность «в поезде» следующим образом:
Современные исследователи В. Краснов и В. Дайнес в своей работе «Неизвестный Троцкий: красный Бонапарт» создают яркие картины пропагандистской деятельности Троцкого на фронтах Красной Армии. По воспоминаниям адъютанта штаба 4-й армии Ларина, появление поезда Предреввоенсовета сопровождалось митингом с оркестром и «Марсельезой». Многие выступления Троцкого перед красноармейцами носили яркий, эффектный характер. Как описывает Ларин, Троцкий во время митинга перед Самарой вывел из строя первого попавшегося рядового бойца, и объявил:
Брат! Я такой же, как ты. Нам с тобой нужна свобода — тебе и мне. Её дали нам большевики [показывает в сторону, где установлена советская власть]. А вот оттуда [выбрасывает руку в противоположную сторону] сегодня могут прийти белые офицеры и помещики, чтобы снова превратить нас в рабов!
В некоторых случаях Троцкий не брезговал даже обращаться к традиционному российскому патриотизму. Выступая на митинге в Киеве во время наступления Деникина в 1919 году, он неожиданно для очевидцев объявил, что «Враг не смеет топтать землю Матушки-Руси!»[27][28], что было бы более уместно в речи белого генерала. Ряд современных исследователей подчёркивают, что в речах перед красноармейцами Троцкий старался не афишировать свои взгляды на традиционную российскую культуру. На самом деле, после переезде правительства из Петрограда в Москву в 1918 году он высказался о Кремле так: "Тесное повседневное соприкосновение двух исторических полюсов, двух непримиримых культур и удивляло, и забавляло. Проезжая по торцовой мостовой мимо Николаевского дворца, я не раз поглядывал искоса на царь-пушку и царь-колокол. Тяжелое московское варварство глядело из бреши колокола и из жерла пушки. Принц Гамлет повторил бы на этом месте: «Порвалась связь времен, зачем же я связать ее рожден?» ". В своей работе «Преданная революция. Что такое СССР, и куда он идёт» (1937) Троцкий назвал фельдмаршала Суворова «неоспоримым мастером армии крепостных рабов».
Помимо «кнута» в виде расстрелов у Троцкого имелся также и «пряник». В составе поезда Предреввоенсовета имелся также специальный склад подарков, на который, в частности, в 1919 году было отгружено 180 пудов 35 фунтов шоколадных конфет. На складе также имелись часы, портмоне, портсигары, и т. д. Во время поездки в сентябре 1918 года в расположение отличившихся частей 4-й армии Восточного фронта Троцкий лично раздал каждому бойцу по 250 рублей сверх жалованья (на случай чего в поезде также перевозились и деньги). Раздача подарков иногда также сопровождалась эффектными жестами. В сентябре 1918 года Троцкий раздаёт перед строем серебряные портсигары двадцати особо отличившимся красноармейцам, однако в запасе оказывается только 18 портсигаров. Тогда Троцкий немедленно вручает перед строем 19му бойцу свои собственные часы, а 20му — свой собственный браунинг.