На Южном фронте перебежали к белогвардейцам последовательно три начальника штаба 8-й армии (в октябре 1918 года В. В. Вдовьев-Кабардинцев, в марте 1919 В. А. Желтышев, в августе 1919 А. С. Нечволодов). Летом 1919 года 8-я армия «заслужила» особое внимание Троцкого, потребовавшего от членов Реввоенсовета армии «самых суровых репрессий» по отношению к «анархо-шкурническим элементам, которые пытаются практически применить методы махновщины», обвинил Реввоенсовет армии в «настроении самоуспокоения», и в «скандальном факте восстания в запасной бригаде, которая должна быть предметом особых политических забот ответственных работников». В числе замечаний, высказанных руководству армии, было и то, что газета «Звезда красноармейца» «не отражает жизни 8-й армии, и может быть почти с таким же успехом названа 'Звездой Мурманского исполкома'».
Лояльность ряда «военспецов» большевикам была сомнительной. Показателен в этом плане пример бывшего царского генерала Сапожникова Н. П., заявившего, что «Октябрьскую революцию я вначале не понял и не считал ее стабильной, так как видел в то время больше разрушения…был близок скорее к сторонникам мелкобуржуазной республики, хотя, если бы была конституционная монархия, возможно, что я бы не стал против нее драться». Бывший генерал-майор Серебрянников В. Г. в анкете обозначил собственные взгляды, как «монархические», бывший офицер Генштаба Афанасьев А. В. определил себя, как «монархиста-конституционалиста»[32]. Бывший генерал-майор царской армии Свечин А. А., уже находясь на службе у большевиков, нисколько не скрывал своего негативного к ним отношения, и говорил о том, что пошёл служить только для борьбы с немцами в «войсках завесы». Один из самых лояльных большевизму «военспецов», бывший полковник царской армии Егоров А. И. во время революции 1905 года участвовал в карательных акциях, и лично командовал расстрелами манифестаций.
Тем не менее, основная масса офицеров заявляли, что они вообще «не интересуются политикой». Ричард Пайпс присоединяется к такой оценке, и утверждает, что большинство бывших офицеров не интересовались политикой, и пошли на службу к большевикам, «только потому, что они были — власть».
Помимо перехода на сторону к «белых» в некоторых случаях бывшие офицеры также поднимали и прямые восстания. Самым громким из них является мятеж бывшего подполковника царской армии, Командующего Восточным фронтом левого эсера Муравьёва М. А., в июле 1918 года. Командующий 2-й армией Восточного фронта, бывший подполковник Махин Ф. Е., в июле 1918 года дезорганизовал свою армию, и перешёл на сторону Комуча. Весной 1919 года бывшие царские офицеры, мобилизованные в Красную армию, и состоявшие в тайной эсеро-белогвардейской организации «Национальный центр», подняли мятеж на фортах «Красная Горка» и «Серая Лошадь» под Петроградом. 7 мая 1919 года взбунтовался командир 6-й Украинской советской дивизии, бывший штабс-капитан атаман Григорьев Н. А., 27 июля 1919 года застреленный махновцами. 23 августа 1919 года бывший казачий войсковой старшина (подполковник) Миронов Ф. К., назначенный командиром Донского корпуса, самовольно выступил с недоформированным корпусом против Деникина, после чего 14 сентября сдался Будённому, который приказал Миронова расстрелять. Троцкий ещё 12 сентября в приказе по 9-й армии требовал Миронова «пристрелить, как собаку», и 13 сентября написал статью «полковник Миронов», в которой обвинил его в карьеризме, и стремлении «нажить политический капиталец». Однако 14 сентября он забирает Миронова, предотвращая его расстрел, и отдаёт под трибунал, который просит «вынести мягкий приговор». После того, как трибунал приговаривает Миронова к расстрелу, Троцкий обращается в ЦК РКП(б) с просьбой Миронова амнистировать. По всей видимости, Троцкий столь резко изменил своё отношение к Миронову из-за того, что тот пользовался заметной популярностью среди казачьего населения, и мог быть использован для борьбы с «белыми» казаками.
Подобные настроения среди «военспецов» и существование ряда перебежчиков постоянно подпитывало «военную оппозицию», и дискредитировало Троцкого лично. Фурманов Д. А. так выразил отношение оппозиции к офицерам: «Спецы — полезный народ, но в то же время народ опасный и препотешный. Это какое-то особое племя — совершенно особое, ни на кого не похожее. Это могикане. Больше таких Россия не наживет: их растила нагайка, безделье и паркет». В «Правде» 25 декабря 1918 года публикуется программная статья замнаркомнаца Каменского А. З. «Давно пора», возражающая против предоставления «военспецам» командных должностей. На VIII съезде РКП(б) в марте 1919 года происходит ожесточённая дискуссия со сторонниками «военной оппозиции». Как пишет сам Троцкий в своей работе «Моя жизнь»,
Однако широкое привлечение в РККА «военспецов» и централизация командования были далеко не единственными фактом, вызывавшим раздражение «военной оппозиции». Со временем, новая армия начала всё сильнее напоминать старую: в январе 1919 года были введены индивидуальные знаки отличия в виде квадратов и ромбов, в апреле 1919 года введена единая форма одежды, одним из наиболее узнаваемых элементов которых стала «будёновка». Особое раздражение оппозиционеров вызывало также восстановление в армии традиционных воинских приветствий.
Личные ссоры
Постоянное личное вмешательство Предреввоенсовета не только в стратегические, но иногда и в оперативные, или даже тактические вопросы в ряде случаев вызывали сильное раздражение местных командиров и начальников. Член Реввоенсовета Данишевский К. Х. называет поездки Троцкого на фронт «партизанскими наскоками»: «недовольно было и командование, ибо часто при поездах и во время пребывания поездов Троцкого создавалось двоевластие, путались действия, планы, потому что Троцкий часто о своих распоряжениях и действиях не ставил в известность ни командование, ни Реввоенсовет….Иногда приходилось выделять специальные части, чтобы защитить Троцкого или выручать его (как это имело место, когда белогвардейцы прорвались к Казанской железной дороге, и заперли поезд Троцкого)». Сам Троцкий писал, что
Бесцеремонность Троцкого на посту Предреввоенсовета привела его к ряду личных ссор со своими подчинёнными. Так, латышские стрелки негативно восприняли назначение Троцкого на должность наркомвоена, и на первом красноармейском параде 1 мая 1918 года потребовали, чтобы парад принимал не Троцкий, а Ленин. После того, как на парад прибыл всё-таки Троцкий, латыши по командованием Вацетиса И. И. демонстративно парад покинули.
Во время второй обороны Царицына в сентябре — октябре 1918 года начинается личная ссора Троцкого с комиссаром Южного фронта Сталиным и командармом Ворошиловым, демонстративно обращавшихся напрямую к Предсовнаркома Ленину, минуя Реввоенсовет во главе с Троцким. Основным предлогом для конфликта стало продвигавшееся лично Троцким назначение Командующим Южным фронтом «военспеца», бывшего царского генерал-майора Сытина П. П., тогда как Сталин возражал против такого назначения, считая Сытина ненадёжным. Белогвардеец Гуль Е. Б. писал, что «…никому, кроме Ворошилова, не подчиняющаяся царицынская вольница стала поперёк горла и командованию фронта, и предреввоенсовета Троцкому…Ворошилов присланных Троцким генералов сажает на баржу. А телеграммы Троцкого рвёт Сталин». Положение усугублялось тем, что назначенный на Южный фронт лично Троцким «военспец», полковник Русской армии Носович А. Л. незадолго до происходящих событий перешёл на сторону белогвардейцев, сообщив генералу Деникину важные секретные сведения, к которым он имел доступ[33]. Со своей стороны, Троцкий утверждал, что Ворошилов и Сталин выдвинули против Носовича обвинения в измене, которые не подтвердились, только потому, что его прислал Троцкий, и «отдали Носовича в Чека». В результате Носович бежал к Деникину, опасаясь за свою жизнь.
2 октября ЦК РКП(б) принял постановление, в котором потребовал указать Сталину, что «подчинение Реввоенсовету абсолютно необходимо. В случае несогласия Сталин может приехать в Москву и аппелировать к ЦК, который и может вынести окончательное решение». От имени ЦК председатель ВЦИК Свердлов телеграфирует Сталину, Ворошилову и Минину С. К., что «все решения Реввоенсовета обязательны для военсоветов фронтов. Без подчинения нет армии». 3 октября Сталин, Ворошилов и Минин заявляют Предсовнаркома Ленину протест, обвинив Троцкого в «развале Южного фронта». В одной из своих телеграмм Ленину Сталин с негодованием отмечает, что «троцкистская дисциплина состоит на деле в том, чтобы виднейшие деятели фронта созерцали заднюю [так в тексте]военных специалистов из лагеря „беспартийных“ контрреволюционеров…это у Троцкого называется невмешательством в оперативные дела…Троцкий не может петь без фальцета, действовать без крикливых жестов… Троцкий, вчера только вступивший в партию, старается учить меня партийной дисциплине». 4 октября Троцкий лично выехал в Царицын, после чего потребовал отзыва Сталина; между сторонами состоялся разговор, который Сталин охарактеризовал, как «оскорбительный». Как пишет сам Троцкий в своей работе «Моя жизнь»,