В конце 1989 г II Съезд народных депутатов СССР принимает ряд законодательных актов, изменивших систему органов правовой охраны Конституции СССР. Речь идет, прежде всего, о Законе СССР «Об изменении и дополнении статьи 125 Конституции (Основного закона) СССР», касающейся организации и деятельности Комитета конституционного надзора СССР, и Законе СССР «О конституционном надзоре в СССР». Указанные акты закрепили за Комитетом конституционного надзора СССР наряду с надзорными и контрольные функции в сфере правовой охраны Конституции, усилив его роль в охране Основного Закона. Система органов конституционного контроля Союза ССР стала четырехзвенной — Съезд народных депутатов СССР, Верховный Совет СССР, Президиум Верховного Совета СССР, Комитет Конституционного надзора СССР.
Полномочия, которыми обладал Комитет конституционного надзора СССР (раздел III Закона СССР «О конституционном надзоре в СССР») можно разделить на четыре группы. Первую группу составляли полномочия по рассмотрению вопросов о соответствии Конституции СССР проектов законов СССР, иных актов, внесенных на рассмотрение Съезда народных депутатов СССР, а также законов СССР и иных актов, принятых Съездом народных депутатов СССР, и конституций союзных республик. Комитет осуществлял надзор за соответствием Конституции СССР и законов СССР и иных актов, принятых Верховным Советом СССР, постановлений Совета Союза, Совета Национальностей, проектов актов, внесенных на рассмотрение этих органов. Он надзирал за соответствием указов Президента СССР Конституции и законам СССР. Комитет наделялся функциями по надзору за соответствием Конституции СССР и законам СССР, принятым Съездом народных депутатов СССР, Верховным Советом СССР, законов союзных республик, постановлений, распоряжений Совета Министров СССР, международных договоров и иных обязательств СССР, союзных республик, представленных на ратификацию или утверждение, руководящих разъяснений Пленума Верховного Суда СССР, имеющих нормативный характер, актов Генерального прокурора СССР, Главного государственного арбитра СССР, нормативных правовых актов других государственных органов, общественных организаций, в отношении которых в соответствии с Конституцией СССР не осуществлялся прокурорский надзор.
Вторую группу составляли полномочия Комитета по рассмотрению разногласий между Союзом ССР и республиками, между союзными республиками, между союзными республиками и национально-государственными, национально-территориальными образованиями по поводу конституционности актов, принятых их органами государственной власти и управления.
Третья группа полномочий связана с правом Комитета конституционногонадзора на законодательную инициативу.
Четвертая группа полномочий вытекала из ст. 128 Конституции СССР - это права Комитета в процессе смещения Президента СССР с его должности в случае нарушения им Конституции и законов СССР.
Следует рассмотреть вопрос о санкциях, которые мог налагать Комитет конституционного надзора СССР. Можно выделить три вида таких санкций. К первому относятся действия, связанные с заключениями Комитета по проектам законов, других актов, внесенных на рассмотрение Съезда народных депутатов, по законам СССР и иным актам, принятым Съездом по конституциям и законам союзных республик. Заключения представлялись Съезду народных депутатов СССР, а те, которые касались конституций и законов союзных республик, могли направляться также в Верховный Совет СССР. Принятие заключений не приостанавливало действия законов СССР, иных актов, принятых Съездом народных депутатов, конституций союзных республик и их отдельных положений. Таким образом, здесь можно говорить лишь о, своего рода, консультативно-надзорных полномочиях Комитета. Оценку заключений давал Съезд народных депутатов СССР. Они могли быть отклонены решением Съезда, принятым 2/3 голосов от общего числа народных депутатов СССР. Такое решение обеспечивало верховенство Съезда народных депутатов СССР в системе органов государственной власти страны, так как только он окончательно решал вопрос о конституционности своих актов. Важное значение имело также законодательное положение о том, что Комитет конституционного надзора СССР во всех случаях направлял свои заключения органу, издавшему акт, органу — инициатору рассмотрения вопроса и одновременно Президиуму Верховного Совета СССР.
Ко второму виду относились санкции, которые могли быть применены Комитетом в случае несоответствия Конституции или законам СССР иных актов или отдельных их положений. Заключения о таком несоответствии приостанавливали действие всего акта или его частей до устранения несоответствия. Орган, издавший акт, в течение трех месяцев должен был устранить отмеченное в заключении несоответствие. В ряде случаев этот срок мог быть продлен. Если срок истек, а несоответствие не устранено, Комитет был вправе войти на Съезд народных депутатов СССР в Верховный Совет СССР, в Совет Министров СССР с представлением об отмене не соответствующего Конституции СССР, закону СССР акта или его отдельного положения. Если заключение Комитета отклонялось Верховным Советом СССР, то вопрос рассматривался Съездом народных депутатов СССР. Его решение было окончательным. Решение об отклонении заключения Комитета принималось 2/3 голосов от общего числа народных депутатов СССР, если предложение об отклонении заключения Комитета не получало на Съезде необходимого числа голосов, то акт, его отдельное положение, не соответствующее Конституции или закону СССР, утрачивали силу. Таким образом, в данной области санкции Комитета носили надзорный характер.
Третий вид — это санкции, вытекающие из заключений Комитета о том, что какой-либо правовой нормативный акт или его отдельные положения нарушают основные права и свободы человека, закрепленные в Конституции СССР и в международных актах, в которых участвует Советский Союз. С момента принятия такого заключения акт, его отдельные положения утрачивали силу. Здесь налицо чисто контрольные санкции Комитета конституционного надзора СССР.
Вплоть до прекращения в конце 1991 г. деятельности Комитета конституционного надзора СССР возможность его полнокровного функционирования была блокирована постановлением Съезда народных депутатов СССР от 23 декабря 1989 года «О порядке введения в действие Закона СССР «О конституционном надзоре в СССР», п. 1 которого устанавливал, что положения Закона, «касающиеся надзора за соответствием конституций и законов союзных республик Конституции СССР и законам СССР, вступают в силу одновременно с изменениями и дополнениями раздела Конституции СССР о национально-государственном устройстве», который так и не был изменен. По этим вопросам функции конституционного контроля фактически в соответствии с конституционными положениями имел право осуществлять Президент СССР. Учреждение данного института в соответствии с Законом СССР «Об учреждении поста Президента и внесении изменений и дополнений в Конституцию (Основной закон) СССР» внесли существенные новшества в систему органов государственной власти и правовой охраны Конституции. По-новому определялось положение Верховного Совета СССР - он стал постоянно действующим законодательным и контрольным органом государственной власти СССР. Изменения были внесены в полномочия по конституционному контролю Верховного Совета СССР. Из текста Основного закона были устранены положения о его праве отменять указы и постановления Президиума Верховного Совета СССР, распоряжения Председателя Верховного Совета СССР. Президиум Верховного Совета СССР утратил все полномочия по осуществлению конституционного контроля. Полномочия Комитета конституционного надзора не претерпели существенных изменений. Президент Союза ССР наделялся рядом существенных полномочий в сфере правовой охраны Конституции СССР, в частности правом не подписывать законы СССР и не позднее чем в двухнедельный срок возвращать их со своими возражениями в Верховный Совет СССР для повторного обсуждения и голосования; если Верховный Совет СССР большинством в 2/3 голосов в каждой из палат подтвердит решение, принятое ранее, Президент подписывает закон (п. 8 ст. 127-3 Конституции СССР 1977 г. в редакции Закона СССР «Об учреждении поста Президента и внесении изменений и дополнений в Конституцию (Основной закон) СССР» от 14 марта 1990 г.) В результате в СССР впервые был введен институт отлагательного вето главы государства. Президент наделялся правом приостанавливать действие постановлений и распоряжений Совета Министров СССР.