Собор принял решения по наиболее важным вопросам церковной жизни. Было восстановлено в Русской церкви патриаршество и святитель Тихон (1865-1925) избран патриархом Московским и всея Руси. Допустили избрание епископов духовенством и мирянами епархии, использование в богослужении не только церковнославянского, но русского и других языков. Расширились права приходов; наметили меры по усилению миссионерской деятельности Церкви, расширению участия в ней мирян. Атеистическое государство развернуло планомерную борьбу против Церкви. Декрет 1918 г. об отделении церкви от государства лишал Церковь права юридического лица и права владения собственностью. В то же время Церковь претерпела ряд расколов (крупнейший из которых, "карловацкий", существует до сих пор).
Для большевиков Русская Православная Церковь априори была идеологическим противником. В годы гражданской войны, в 20-30-е гг. убийства священнослужителей носили массовый характер. Сокрушительный удар по Церкви был нанесен в начале 20-х гг. Церковь обвинили в том, что она отказалась отдавать церковные ценности, чтобы спасти людей в Поволжье, страдающих от голода. В действительности Церковь не отказывала в такой помощи. Она протестовала только против разграбления храмов и против надругательства над святынями. Повсюду стали проводить суды над духовенством. Во время этой кампании было осуждено большое число иерархов, в том числе патриарх Тихон. Святитель Вениамин, митрополит Петроградский, и многие другие были казнены. В 20-е гг. удар по Церкви был нанесен и изнутри. Часть священников поспешила отказаться от патриаршей Церкви, приняла советскую власть и в 1921-1922 гг. начала движение "обновленчества". Активисты обновленческого движения объявили о создании "Живой церкви", сочувствующей идеалам советской власти и призванной обновить религиозную жизнь. Некоторые обновленцы действительно искренне хотели поверить, что евангельских идеалов можно достигнуть путем социальной революции.
Лидер движения Александр Введенский пытался комплиментами в адрес новой власти усыпить ее бдительность, чтобы бороться с безбожием. Но власти не склонны были смиряться с "религиозной пропагандой". Время диспутов быстро прошло, и обновленцы, в конце концов, начали понимать, что их использовали как орудие в борьбе с Церковью. Заискивая перед властями, обновленцы подчеркивали свою готовность "служить народу". Ради "приближения к народу" вносились произвольные изменения в порядок богослужения, грубо нарушался церковный устав. Даже те изменения в жизни Церкви, которые благословил Поместный собор 1917-1918 гг., принимали грубо карикатурные формы. Конечно, за два тысячелетия существования Церкви обряд сильно изменился, однако новшества никогда не являлись самоцелью. Их задачей было более полно раскрыть неизменную веру Церкви и передать ее учение. Нововведения бывали более или менее удачными. Но обновленчество 20-30-х гг. стало таким испытанием и искушением для Церкви, что с ним в сознании многих верующих с тех пор стали ассоциироваться любые изменения, даже основанные на традиции.
Священники, не принявшие движение "обновленчества" и не успевшие эмигрировать, ушли в подполье и образовали так называемую "катакомбную церковь".
В 1923 г. на поместном соборе обновленческих общин были рассмотрены программы радикального обновления РПЦ. На соборе был низложен патриарх Тихон и провозглашена полная поддержка советской власти. Патриарх Тихон подверг обновленцев анафеме. В 1924 г. Высший церковный совет преобразован в обновленческий Синод во главе с митрополитом. Часть священнослужителей и верующих, оказавшихся в эмиграции, образовала так называемую "Русскую православную церковь зарубежную" (РПЦЗ). До 1928 года РПЦЗ поддерживала тесные контакты с РПЦ, однако впоследствии эти контакты были прекращены. В Декларации 1927 г. РПЦ заявила о своей лояльности советской власти в гражданском отношении, без каких-либо уступок в области веры. Но это не остановило репрессий. В 1930-е гг. церковь была на грани исчезновения. К 1940 г. на территории СССР осталось лишь несколько десятков действующих церквей, тогда как накануне Октября 1917 г. в России действовало около 80 тыс. православных храмов. Многие из них были разрушены, в том числе — храм Христа Спасителя в Москве, памятник благодарности Богу за избавление от врага и победу в Отечественной войне 1812 г. Если в 1917 г. православное духовенство насчитывало около 300 тыс. человек, но к 1940 г. большинства священников уже не было вживых.Выдающиеся деятели культуры, лучшие богословы России либо погибли в застенках и лагерях, как философ и богослов священник Павел Флоренский, либо оказались за рубежом, как С. Л. Франк, Н.А.Бердяев.
Власти Советского Союза изменили свое отношение к Церкви лишь тогда, когда под угрозой оказалось существование страны. Сталин мобилизовал для обороны все национальные резервы, в том числе Русскую Православную Церковь в качестве народной моральной силы. За короткое время открылось около 10 тыс. новых приходов. Священнослужители, включая епископов, были выпущены из лагерей. Русская Церковь не ограничилась только духовной поддержкой дела защиты находящегося в опасности Отечества - она оказала и материальную помощь, вплоть до обмундирования для армии, финансирования танковой колонны имени Димитрия Донского и эскадрильи имени Александра Невского. В 1943 г. Русская церковь вновь обрела патриарха. Им стал митрополит Сергий (Старгородский) (1867-1944). Сближением государства и Церкви в "патриотическом единении", был прием Сталиным 4 сентября 1943 года Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия и митрополитов Алексия (Симанского) и Николая (Ярушевича). С этого исторического момента началось "потепление" в отношениях Церкви с государством, однако Церковь непрестанно пребывала под государственным контролем, и любые попытки расширения ее деятельности вне стен храма встречали непреклонный отпор, включая административные санкции. Деятельность патриарха Сергия трудно охарактеризовать однозначно. С одной стороны, его лояльность советской власти привела к тому, что власть практически не считалась с Церковью, с другой стороны, именно такая политика патриарха и позволила не только сохранить Церковь, но и дала возможность последующего ее возрождения.Трудным было положение Русской Православной Церкви в период так называемой "хрущевской оттепели" (в начале 60-х гг.), когда в угоду идеологическим установкам были закрыты тысячи церквей на всей территории Советского Союза.
На Поместном Соборе 1971 г. произошло примирение со Старообрядцами.
Празднование Тысячелетия Крещения Руси в 1988 году ознаменовало закат государственно-атеистической системы, придало новый импульс церковно-государственным отношениям, заставило власть предержащих начать диалог с Церковью и выстраивать взаимоотношения с нею на принципах признания её огромной исторической роли в судьбе Отечества и ее вклада в формирование нравственных устоев нации. Началось подлинное возвращение народа в Отчий дом - люди потянулись ко Христу и Его Святой Церкви. Архипастыри, пастыри и миряне стали ревностно трудиться над воссозданием полнокровной церковной жизни. При этом абсолютное большинство священнослужителей и верующих явило необычайную мудрость, выносливость, стойкость в вере, преданность Святому Православию, несмотря ни на трудности, с которыми было сопряжено возрождение, ни на попытки внешних сил расколоть Церковь, расшатать ее единство, лишить ее внутренней свободы, подчинить мирским интересам. Стремление заключить Русскую Православную Церковь в рамки Российской Федерации и связанных с нею национальных диаспор доселе оказывается тщетным. Однако последствия гонений оказались весьма и весьма тяжкими. Предстояло не только восстановить из руин тысячи храмов и сотни монастырей, но и возродить традиции образовательного, просветительного, благотворительного, миссионерского, церковно-общественного служения. Возглавить церковное возрождение в этих непростых условиях было суждено митрополиту Ленинградскому и Новгородскому Алексию, который был избран Поместным Собором Русской Православной Церкви на овдовевшую после кончины Святейшего Патриарха Пимена Первосвятительскую кафедру. 10 июня 1990 года состоялась интронизация Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексий II. Под его Первосвятительским омофором Русская Православная Церковь подъяла тяжелейшие труды по воссозданию утраченного за годы гонений. Своеобразными вехами на этом нелегком пути стали Архиерейские Соборы Русской Православной Церкви, на которых свободно обсуждались актуальные проблемы церковного возрождения, принимались решения по каноническим, дисциплинарным и вероучительным вопросам.
Архиерейский Собор Русской Православной Церкви 31 марта - 5 апреля 1992 года, состоявшийся в Москве, принял ряд важнейших решений относительно церковной жизни на Украине и канонического положения Украинской Православной Церкви. На этом же Соборе было положено начало прославлению в лике святых новомучеников и исповедников Российских, пострадавших за Христа и Его Церковь в годы гонений. Кроме того, Собор принял обращение, в котором изложил позицию Русской Православной Церкви по вопросам, волновавшим общество в странах, в которых проживает ее паства. Архиерейский Собор Русской Православной Церкви 11 июня 1992 года был созван во внеочередном порядке для рассмотрения дела по обвинению митрополита Киевского Филарета в антицерковной деятельности, способствовавшей расколу Украинской Православной Церкви. В особом "Судебном деянии" Собор постановил извергнуть из сана митрополита Киевского Филарета (Денисенко) за допущенные им тяжкие нравственные и канонические преступления и учинение раскола в Церкви.Архиерейский Собор Русской Православной Церкви 29 ноября - 2 декабря 1994 года, помимо ряда решений, касавшихся внутренней церковной жизни, принял особое определение "О взаимоотношениях Церкви с государством и светским обществом на канонической территории Московского Патриархата в настоящее время", в котором подтвердил "непредпочтительность" для Церкви какого-либо государственного строя, политической доктрины и так далее, недопустимость поддержки церковной Полнотой политических партий, а также запретил священнослужителям выдвигать свои кандидатуры на выборах в местные или федеральные органы власти.