В заповеднике произрастают особо охраняемые виды, занесенные в книгу "Редкие и исчезающие растения Сибири" (1980). К ним относятся: лилия кудреватая, пион Марьин корень, прострел желтеющий, а также растения, рекомендованные для местной охраны: купальница азиатская, ятрышник шлехмоносный, белокрыльник болотный, борей северный, живокость высокая. Обнаружено 52 вида лекарственных, 9 видов ядовитых растений.
В зоогеографическом отношении территория заповедника расположена в пределах Европейско-Сибирской подобласти голарктической области. Тип местной фауны - европейско-сибирский. В районе Верхнетазовской возвышенности проходят границы ареалов многих видов животных. Отсутствие в прошлом рубок в бассейне Таза положительно сказалось на состоянии местных фаунистических комплексов. Территория заповедника не утратила естественной уникальности и является подлинным эталоном природы.
Фауна позвоночных насчитывает 140 видов. Основу комплекса наземных позвоночных составляют виды, характерные для подзоны северной тайги. Это преимущественно представители класса млекопитающих.
Среди отряда хищных следует особо отметить соболя, который в XVII-XVIII вв. в бассейне р. Таз был почти полностью истреблен. К середине XX в. здесь существовало лишь два очага, в каждом из которых, по-видимому, было по нескольку десятков зверьков. Один из них занимал участок темнохвойной тайги, простирающийся на 50-60 км по р. Ватыльке от ее устья, другой находился также в приречном урмане, примерно в 70 км ниже р. Тольки. Заметное заселение района соболем началось с середины 50-х годов и происходило в основном со стороны Енисея. В настоящее время соболь - обычный вид для Верхнетазовской возвышенности.
Для заповедника довольно характерны бурый медведь, выдра, норка американская, горностай, лисица обыкновенная.
Редкими видами для охраняемой территории являются колонок (за время существования заповедника отмечен три раза), песец. Заповедник довольно далек от мест постоянного обитания этих животных, появляются они, как правило, только в зимний период во время миграций. Кочующие зверьки передвигаются вдоль русел рек, осваивая при этом кормовые ресурсы долинных ландшафтов. Волк появляется на территории заповедника во время осенних миграций лося. Эпизодически отмечается росомаха.
Интересен отряд парнокопытных. Лось с начала XX века до 40-х годов в этих местах практически отсутствовал. Основная причина - истребление охотниками. К 40-м годам охотничье население в тайге резко сократилось. Глубинные районы перестали посещаться промысловиками, что позволило лосю постепенно восстановить свой ареал. В 1944 г. был добыт первый лось в бассейне р. Таз, а к 1965 г. этот зверь стал обычным во всей таежной части.
Амфибий в заповеднике обнаружено всего два вида: лягушка остромордая и сибирский углозуб, причем последний - очень редкий вид, найден в желудке щуки в районе нижнего течения р. Поколька в 1993 г. .
Рептилий на охраняемой территории также два вида: живородящая ящерица и гадюка обыкновенная, встречающаяся крайне редко, в основном в период летних миграций.
Верховья р. Таз и впадающие в нее притоки являются местами нереста и зимовки лососевых рыб. В водоемах заповедника отмечено 17 видов рыб, характерных для ихтиофауны Тазовского бассейна, за исключением хариуса, который обитает в р. Келлог. Наибольшую ценность представляют чир, муксун, пелядь, таймень, нельма.
По орнитогеографическому районированию Западно-Сибирской равнины заповедник относится к Верхнетазовскому орнитологическому участку. В ходе исследований на территории заповедника зафиксированы 97 видов птиц различного характера пребывания. Видовой состав наиболее богат в пойменных местообитаниях. Здесь доминируют перевозчик, мородунка, белая трясогузка, славка-завирушка, пеночки - теньковка и зарничка, чернозобый дрозд, буроголовая гаичка, юрок, овсянки - ремез и крошка, соловей-красношейка. В сосновых лесах многочисленен пятнистый конек. В грядово-мочажинном озерно-болотном комплексе часто на гнездовье встречаются синьга, фифи и желтая трясогузка. Много водоплавающих птиц: шилохвость, гоголь, луток, длинноносый крохаль. Глухарь - обычный гнездящийся вид; рябчик, тетерев встречаются реже. На пойменных и таежных глухих озерах гнездится редкий для Западной Сибири лебедь-кликун. Из отряда соколообразных зарегистрированы: скопа, черный коршун, полевой лунь, тетеревятник, зихмняк, беркут, орлан-белохвост, кречет, сапсан.
В условиях ограниченного финансирования возникают большие трудности с проведением научно-исследовательских работ, которые в настоящее время практически свернуты. Так, за последние годы силами сотрудников заповедника были осуществлены только два исследования по темам: "Растительность речных пойм в верхнем течении р. Таз" и "Геоботаническое районирование поймы р. Таз" (авторы Потокин А.Ф., Томаева И.Ф., научный руководитель Титов Ю. В).
Тем не менее, определенные результаты в области научных исследований были достигнуты. Так, орнитологом Екатеринбургского института экологии М.Г. Головатиным разработана методика учета птиц, приемлемая именно для данной территории; энтомологом из Санкт-Петербурга Д.Р. Каспаряном открыты несколько видов насекомых, ранее встречающихся только на весьма ограниченных территориях, например, на Камчатке; биологом Санкт-Петербургской лесотехнической академии В.Ю. Нешатаевым создана геоботаническая карта северной части Верхнетазовского заповедника. В перспективе планируется составление подобной карты на его южную часть.
Один из самых молодых заповедников нашей области - Гыданский, образован в соответствии с постановлением Правительства РФ № 1167 от 07.10.1996 г. .
Он расположен в Тазовском районе Ямало-Ненецкого округа на полуостровах Явай, Гыданский, Мамонт, Олений, а также включает островную часть (острова Шокальского, Олений, Песцовые, Ровный, Проклятые). Общая площадь заповедника - 878.174 тыс. га, охранной зоны - 150.00 тыс. га.
Климат резко континентальный. Основными факторами, определяющими его, являются циркуляция воздушных потоков атмосферы, влияние Арктики и равнинный рельеф. Зима продолжительная, суровая. В среднем 60-65 дней здесь бушует пурга. Лето с сильными ветрами, большой облачностью и незначительным количеством осадков. Ледовый период - 280-290 дней. Средняя температура самого теплого месяца (июль) не превышает +10…+12°С, января - - 24…-27°С. Во время циклонов колебания температуры могут составлять 15°С.
Отличительной особенностью являются частые ветры, незначительная испаряемость. Преобладающее направление ветра северо-западное и северо-восточное со средней скоростью 5-6 м/с. Пурга, как правило, бывает при восточном и северном ветре и продолжается 3-4 дня (2-3 раза в месяц). Первые метели начинаются в начале октября и продолжаются до мая.
Среднегодовое количество осадков не превышает 300 мм. Высота снежного покрова колеблется от 0 (на возвышенностях) до 120 см (в глубоких и узких поймах рек). Реки замерзают в середине октября, в это время устанавливается устойчивый снежный покров; вскрываются - в середине июня. Безморозный период длится от 1 до 3,5 мес.
Заповедник расположен в Обско-Тазовской провинции Западной Сибири. Он включает и прибрежную акваторию. Территория представляет собой всхолмленную равнину, изрезанную густой сетью рек и ручьев, с небольшим уклоном к северу. Абсолютная высота достигает 60-70 м над уровнем моря.
Заповедник находится в тундровой зоне с характерными тундровыми глеевыми почвами, формирующимися на суглинистом субстрате под мохово-разнотравно-дриадовой растительностью. Почва равномерно оглеена по профилю, имеет нейтральную реакцию. Мощность мерзлого слоя достигает 80 см.
С севера заповедник омывается Карским морем, включая Гыданскую и Юрацкую губы. Карское море - одно из самых холодных морей российской Арктики. Здесь самая большая на Земле шельфовая зона, поэтому впадающие в море пресные обские воды воздействуют на него на расстоянии до 2000 км от устья реки. У крайней северной точки о. Новая Земля и у о. Земля Франца-Иосифа соленость воды составляет 29-31 промилле.
Для севера Западной Сибири и ложа Карского моря большое значение имели и имеют реки Обь и Енисей. Его очертания и рельеф сформированы речными стоками. Вдоль восточного побережья Новой Земли на сотни километров проходит желоб Святой Анны - палеорусло праоби, а Байдарацкая губа - бывшее ее праустье. В плейстоцене Обь и Енисей, сливаясь в низовьях, создавали общий гигантский речной эстуарий. Их совместной деятельностью выработана значительная часть Обской губы, создана общая система намывных аллювиальных островов вдоль северного побережья Западной Сибири - от о. Белого до о. Сибирякова. Нижняя часть Енисея отступила на восток, но продуктами его деятельности остались Тазовская и Гыданская губы и ряд крупных озер.
Сток р. Оби оказывает определенное воздействие на север Западно-Сибирской равнины и на Карское море. Он влияет на биогеографические особенности региона, на условия обитания местной флоры и фауны. Твердый сток реки уникален в мировом масштабе, составляет до 40% стока арктического бассейна и превосходит сток всех остальных вместе взятых сибирских рек, впадающих в Северный Ледовитый океан. В Карском море есть собственный полузамкнутый водный цикл, что делает его бассейн и биоту, а также мигрирующие через него гидробионты зависимыми от любых загрязнений, в том числе приносимых сюда Обью и Енисеем.