Генеральный проект железнодорожной линии ВОЛК был утверждён приказом НКПС № 18 от 14 апреля 1937 г., а генеральная смета – 25 марта 1938. Проекты разъездов и станций были составлены ДАЛЬЛАГом НКВД под руководством И.Н. Пилина и утверждены НКПС 17 апреля 1937. Однако летом 1937 г. вместе с руководителями Дальневосточного края были арестованы уполномоченный НКВД по ДВК Т.Д. Дерибас и его сын А.Т. Дерибас, начальник паровозного депо станции Хабаровск-II. Репрессии обрушились на аппарат управления ДАЛЬЛАГа и его подразделения. «За активную контрреволюционную деятельность и тесную связь с врагом народа Т.Д. Дерибасом» были арестованы более 60 % инженерно-технических работников, в том числе Мартинелли, Жуков, Пилин, Павлов, Петров, Орловский и др. Десятки из них были расстреляны, в том числе крупные инженеры Пилин и Соколов, профессор геолог Павлов.
Этот террор привёл к тому, что на многих объектах работы вообще прекратились. В целом, несмотря на перевыполнение плана (118 %) за первое полугодие, задание по объемам 1937 г. было выполнено только на 67,7 %. В результате в конце 1937 г. строительное управление ВОЛК ДАЛЬЛАГа было расформировано, а достройка на линии поручалась железнодорожному строительству ГУЛАГа НКВД на Дальнем Востоке.
С этой целью был создан Юго-Восточный лагерь, который развернул широкое строительство на линии. Но летом 1938 г. на подразделения ЖДСУ на Дальнем Востоке обрушились новые репрессии. В связи с расследованием «большого дела БАМа» было арестовано всё руководство Юго-Восточного лагеря, десятки ведущих специалистов транспортного строительства из числа вольнонаёмных, сотни заключённых. В связи с этим строительство линии находилось в деморализованном состоянии, а аппарат лагеря потерял свою работоспособность. Выполнение производственных планов и заданий срывалось, сроки ввода в эксплуатацию железнодорожной линии были перенесены с 1938 г. на 1939 г.
В начале 1939 г. СНК потребовал от НКВД принять меры по своевременному вводу в эксплуатацию важнейших железнодорожных объектов на Дальнем Востоке, в том числе и линию ВОЛК. С этой целью в январе 1939 г. линию ВОЛК посетили руководители ЖДСУ Н.А. Френкель и А.К. Бакин. Они объехали трассу, ознакомились с ходом строительства, приняли меры по укреплению руководства Юго-Восточного лагеря и укомплектованию опытными специалистами, техникой и дополнительной рабочей силой.
Штаб Юго-Восточного лагеря находился на станции Волочаевка-II. Для временной эксплуатации железнодорожной линии ВОЛК при штабе лагеря был создан транспортный отдел вместо ЖДЭУ, который возглавил инженер Злючий. Его заместителем стал Г.М. Борзиленко. Центром новой железнодорожной линии проектировщики выбрали станцию Литовко, где развернулись основные строительные работы.
На основании приказа № 0014 НКВД СССР 4 января 1940 г. произошло фактическое объединение Юго-Восточного, Восточного, Нижнетамбовского и Нижне-Амурского лагерей в единый Нижне-Амурский лагерь. Важнейшей задачей Нижне-Амурского строительства было завершение сооружения железной дороги Волочаевка – Комсомольск и мостового перехода через реку Тунгуску.
С 25 июля по 6 августа 1940 г. работала правительственная комиссия по приёмке в постоянную эксплуатацию железнодорожной линии Волочаевка – Комсомольск. Был подписан государственный акт передачи этой железной дороги из системы Нижне-Амурского лагеря НКВД в постоянную эксплуатацию Дальневосточной железной дороги.